あなたにぴったりの
農業、林業、漁業向けの確定申告ソフト
を無料で選定
Q. どちらに当てはまりますか?
農業、林業、漁業向けの確定申告ソフトを知りたい
あなたにおすすめ
条件に合う確定申告ソフトを知りたい
初めての確定申告を簡単に済ませたい
申告作業の時間を短縮したい

農業、林業、漁業の確定申告ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
農業・林業・漁業の確定申告ソフトとは、一般的な会計ソフトとは異なり、農業所得用の青色申告決算書や専用の勘定科目(種苗費・肥料費・農薬衛生費など)にあらかじめ対応した申告支援ツールです。近年はクラウド会計ソフトに農業モードが搭載されるなど選択肢が広がる一方、農業専用ソフトから税理士連携型まで製品の性格は大きく異なります。FitGapでは「自力で完結したいか」「記帳を自動化したいか」「税理士と連携するか」という申告スタイルの違いを軸に3タイプに整理し、要件定義から製品選定までをガイドします。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
農業所得に特化した専用ソフトタイプ 🌾
らくらく青色申告農業版
/ みんなの青色申告
/ MJSかんたん!青色申告
クラウド会計ソフトの農業モード活用タイプ ☁️
freee会計(個人)
/ マネーフォワード クラウド確定申告
/ やよいの白色申告 オンライン
税理士・会計事務所連携の本格申告タイプ 🏢
JDL IBEXクラウド組曲Major 電子申告
/ 所得税の達人
/ TKC 個人決算申告システム
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
関連カテゴリ
すべて表示

タイプ別お勧め製品

農業所得に特化した専用ソフトタイプ 🌾

このタイプが合う企業:

初めて青色申告を行う専業農家・兼業農家、パソコン操作に不慣れな個人事業主、税理士に頼らず自力で確定申告を済ませたい農林漁業者

どんなタイプか:

農業・林業・漁業といった第一次産業の確定申告に必要な「農業所得用の青色申告決算書」をそのまま作成できるよう設計された専用ソフトです。農業特有の勘定科目(種苗費・肥料費・農薬衛生費など)や減価償却の自動計算があらかじめ組み込まれており、簿記の知識がなくても家計簿感覚で入力できます。FitGapでは、パソコン操作に不慣れな方や初めて青色申告に取り組む農家さんにまずおすすめしたいタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

📄農業所得用の決算書自動作成
農業所得用の青色申告決算書(損益計算書・貸借対照表)を、日々の収支入力だけで自動的に作成します。一般用とはフォーマットが異なる農業専用の様式にそのまま対応しているため、手書きでの転記や別途書類を用意する手間がありません。
🏷️農業向け勘定科目・摘要のプリセット
種苗費・肥料費・農機具費・飼料費など、農業経営で頻繁に使う勘定科目と摘要が最初から登録されています。入力時に摘要を選ぶだけで科目と税率が自動で設定されるため、複式簿記の知識がなくても正確な帳簿をつけることができます。

おすすめ製品3選

らくらく青色申告農業版
おすすめの理由
農業所得の青色申告に完全特化したインストール型ソフトで、農林漁業分野でトップシェアを誇ります。大きなアイコンや色分けされた画面でパソコンに不慣れな方でも迷わず操作でき、電話・メール・FAXによるサポート体制も充実しています。
価格
5500
買い切り
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
みんなの青色申告
おすすめの理由
ソリマチが提供する個人事業者向けの青色申告ソフトで、農業簿記に対応した科目設定と決算書作成機能を備えています。無料の自動仕訳連携ソフト「MoneyLink」を併用すれば銀行口座やクレカの明細取り込みも可能です。
価格
¥10,780
買い切り
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
MJSかんたん!青色申告
おすすめの理由
ミロク情報サービスが提供するインストール型の青色申告ソフトで、帳簿入力の支援機能や自動集計機能が充実しています。シンプルな画面構成で初心者でも扱いやすく、手頃な価格で導入できる点が農林漁業の小規模事業者に支持されています。
価格
¥7,920
買い切り
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

クラウド会計ソフトの農業モード活用タイプ ☁️

このタイプが合う企業:

スマホやタブレットでも経理を行いたい農林漁業者、銀行口座やクレカの自動連携で入力作業を減らしたい方、農業以外の副業収入もある兼業農家

どんなタイプか:

freee会計やマネーフォワード クラウド確定申告など、汎用的なクラウド会計ソフトに搭載された「農業モード」を使って確定申告を行うタイプです。銀行口座やクレジットカードとの自動連携、AIによる仕訳推測など、クラウドならではの自動化機能が大きな強みになります。FitGapとしては、兼業農家やネット販売を行う農家など、農業以外の所得もまとめて管理したい方に特におすすめのタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

🔗銀行口座・クレジットカードの自動連携
ネットバンクやクレジットカードの入出金データを自動で取り込み、AIが勘定科目を推測して仕訳を提案してくれます。肥料や農薬の購入代金など日々の経費をいちいち手入力する必要がなくなり、記帳にかかる時間を大幅に短縮できます。
📱スマホ・タブレット対応
ブラウザやスマホアプリからいつでもどこでも帳簿の入力・確認ができます。畑や漁港にいるときでも買い物直後にスマホから経費を入力でき、自宅のパソコンに戻ってからまとめて入力する手間を省けます。

おすすめ製品3選

freee会計(個人)
おすすめの理由
スタンダード以上のプランで農業モードを利用でき、農業所得用の青色申告決算書を作成可能です。農業用の勘定科目テンプレートを一括登録するだけで農業会計に対応でき、質問に答える形式で確定申告書類を作れる操作性の良さが魅力です。
価格
1,780円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド確定申告
おすすめの理由
2,400社以上の金融機関と連携でき、取引明細の自動取得と仕訳提案に優れたクラウド会計ソフトです。初期設定で農業用の勘定科目を追加すれば農業所得の確定申告にも対応でき、経費・給与など関連サービスとのデータ連携も便利です。
価格
0円~
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
やよいの白色申告 オンライン
おすすめの理由
弥生が提供する無料プランのあるクラウド型確定申告ソフトです。白色申告であれば農業所得の収支内訳書作成にも利用でき、まずは費用をかけずにクラウド会計を試してみたい農林漁業の初心者に向いています。
価格
0円~
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

税理士・会計事務所連携の本格申告タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

顧問税理士や会計事務所と連携して確定申告を行う農林漁業者、経営規模が大きく複雑な税務処理が必要な農業法人、複数の所得区分がある事業者

どんなタイプか:

JDLや所得税の達人など、税務のプロフェッショナルが使用する申告ソフト、あるいは税理士・会計事務所との連携を前提とした製品群です。農業所得だけでなく複数の所得区分を横断した複雑な申告や、消費税の本則課税への対応など、高度な税務処理にも柔軟に対応できます。FitGapでは、経営規模が大きい農業法人や、顧問税理士と連携して正確な申告を行いたい方におすすめのタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

📨電子申告(e-Tax)直接送信
作成した確定申告書や青色申告決算書をソフトから直接e-Taxに送信できます。税務署に出向く必要がなく、65万円の青色申告特別控除の適用要件である電子申告をスムーズに完了できるため、最大限の節税メリットを確実に受けられます。
📊複数所得区分・消費税への対応
農業所得に加えて不動産所得や給与所得など複数の所得がある場合も、1つのソフトで所得区分ごとに決算書を作り分けることができます。消費税の一般課税・簡易課税の両方に対応しており、インボイス制度への対応も含めて包括的な税務処理が可能です。

おすすめ製品3選

JDL IBEXクラウド組曲Major 電子申告
おすすめの理由
日本デジタル研究所が提供するクラウド型の税務申告システムで、電子申告への対応力が高い製品です。税理士・会計事務所との共同利用を前提に設計されており、農業所得用の決算書作成からe-Tax送信までをワンストップで処理できます。
価格
30,000円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
所得税の達人
おすすめの理由
NTTデータが提供する税務申告の専門ソフトで、所得税の確定申告書作成に特化した高い精度が強みです。農業所得用の青色申告決算書にも対応しており、税理士事務所での利用実績が豊富なため、顧問税理士とのデータ連携がスムーズに行えます。
価格
14,200円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
TKC 個人決算申告システム
おすすめの理由
TKCが提供する会計事務所向けの申告支援システムで、全国のTKC会員税理士を通じて利用します。農業所得を含む個人の確定申告業務を包括的にサポートし、正確性の高い申告書類を作成できるため、税務調査への備えも万全です。
価格
要問合せ
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🌾農業所得用の青色申告決算書の作成
農業・林業・漁業の確定申告では、一般的な事業所得とは異なる専用様式の決算書が必要になります。FitGapでは、この「農業所得用の青色申告決算書」をソフト上で直接作成できるかどうかが、製品選定で最も重要なポイントだと考えています。汎用クラウド会計ソフトの中には、確定申告書自体は作れても農業所得用決算書には非対応というものが少なくありません。ここを見落とすと、結局手書きやe-Tax上での手入力が必要になってしまいます。
📒農業簿記の勘定科目プリセット
農業には「種苗費」「素畜費」「肥料費」「農薬衛生費」など、一般的な簿記にはない独自の勘定科目が多数あります。これらが最初から設定されている製品を選ぶと、自分で科目を一つずつ登録する手間が省けます。FitGapとしては、とくに簿記の知識に自信のない方ほど、農業簿記プリセットの有無を最優先で確認すべきだと考えます。
📡e-Tax(電子申告)対応
青色申告特別控除の最大65万円を適用するには、e-Taxでの電子申告が必須条件です。ソフトから直接e-Taxに送信できる製品と、e-Tax用のデータファイルを出力するだけの製品があり、操作の手軽さに大きな差が出ます。ITに不慣れな方ほど、ソフト上からワンストップで申告まで完了できる製品を選ぶのがおすすめです。
🏦JAバンク・地方金融機関との自動連携
農林漁業者のメインバンクはJAバンクや地方銀行であることが多く、メガバンク中心の連携対応では不十分です。口座明細の自動取り込みと自動仕訳ができるかどうかで日々の記帳負担が大きく変わるため、FitGapでは自分が利用している金融機関に対応しているかを必ず導入前に確認していただきたいと考えています。
🧾インボイス制度対応
スーパーへの納入や食品メーカーとの契約栽培など、課税事業者との取引がある農林漁業者にとって、インボイス(適格請求書)の発行・管理は避けて通れません。仕入税額控除の経過措置率の自動計算や、適格請求書の発行機能をソフトが備えているかどうかは、実務上の差が大きいポイントです。
🖱️操作のわかりやすさ(簿記知識不要の入力UI)
農林漁業者の中には、パソコン操作や簿記の知識にあまり馴染みのない方が少なくありません。家計簿感覚で入力できるUIや、質問に答えるだけで書類が完成するガイド機能があると、導入のハードルが大幅に下がります。FitGapでは、無料体験版やトライアル期間を活用して操作感を事前に確認することを強くおすすめしています。

一部の企業で必須

📱スマホアプリでの入力・撮影
農繁期や漁期はパソコンに向かう時間がほとんど取れません。スマホアプリで領収書を撮影したり、ちょっとした空き時間に仕訳入力ができる製品は、記帳の溜め込みを防ぐうえで非常に有効です。ただし、インストール型の農業専門ソフトにはスマホ対応がないものも多いので、自分のワークスタイルに合わせて判断してください。
🚜減価償却の自動計算(農機具・漁船等)
トラクター、コンバイン、漁船など高額な固定資産を持つ方にとっては、耐用年数に応じた減価償却の自動計算機能が重要です。資産の種類ごとに異なる耐用年数をソフトが自動判定してくれると、計算ミスや申告漏れを防げます。逆に、高額な設備を持たない小規模農家の方には優先度が下がります。
🤝税理士・会計事務所とのデータ共有
顧問税理士に申告を依頼している方や、農協の記帳指導を利用している方には、会計データをスムーズに共有できる仕組みが必要です。TKCやJDLなど税理士事務所側のシステムとの連携に対応した製品を選ぶと、データの受け渡しがスムーズになります。自分で申告まで完結する方には不要な要件です。
📊部門別・作物別の収支管理
複数の作物を栽培していたり、林業と農業を兼業していたりする場合は、品目別・部門別に収支を管理できる機能があると経営判断に役立ちます。FitGapでは、経営の見える化を進めたい中規模以上の事業者にはぜひ検討いただきたい要件だと考えています。
📂電子帳簿保存法対応(JIIMA認証)
帳簿や領収書を電子データで保存するには、電子帳簿保存法の要件を満たす必要があります。JIIMA認証を取得している製品であれば法的要件を満たしていることが明確なので安心です。紙の帳簿で管理し続ける方には優先度は低いですが、ペーパーレス化を進めたい方は必ずチェックしてください。

ほぼ全製品が対応

📝複式簿記での記帳
青色申告で55万円・65万円控除を受けるには複式簿記が必須です。現在販売されている確定申告ソフトはほぼすべてが複式簿記に対応しているため、この要件自体で製品が絞り込まれることはほとんどありません。
🖨️確定申告書の作成・印刷
確定申告書(第一表・第二表)の作成と印刷は、どの確定申告ソフトでも基本機能として備わっています。農業所得用の「決算書」とは別の書類ですので混同しないよう注意してください。
💰消費税申告書の作成
課税事業者であれば消費税の申告書も作成する必要がありますが、ほぼすべての確定申告ソフトがこの機能を標準搭載しています。インボイス制度に伴い免税から課税に切り替えた方も安心して利用できます。
📑仕訳帳・総勘定元帳の出力
帳簿の基本である仕訳帳と総勘定元帳の作成・出力機能は、事実上すべての製品が対応しています。税務調査の際に提出を求められることもありますが、ソフトを導入していれば自動的に作成されるため、特別な心配は不要です。

優先度が低い

💵給与計算機能
従業員を多数雇用している農業法人では必要になることもありますが、家族経営や個人の農林漁業者には不要なケースがほとんどです。必要な場合も、給与計算は別の専用ソフトで対応するほうが効率的なことが多いため、確定申告ソフトの選定軸としての優先度は低いとFitGapでは考えています。
🌐多言語対応
技能実習生など外国人スタッフが経理に携わるケースはごく一部に限られます。国内の農林漁業向け確定申告ソフトで多言語対応を提供している製品自体がほとんどないため、現時点では選定要件として重視する必要はありません。

農業、林業、漁業の確定申告ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

農業、林業、漁業において確定申告ソフトを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
農業、林業、漁業において確定申告ソフトの導入でよく相談を受けるのが、「操作習得のための時間確保が必要」と「インターネット環境の整備」に関する問題です。操作習得のための時間確保が必要については、確定申告ソフトは便利な機能が多い反面、使いこなすためには一定の学習時間が必要です。さらにインターネット環境の整備の点でも、Web型の確定申告ソフトを利用する場合、安定したインターネット接続環境が必要です。このほか「データのバックアップ管理」「費用対効果の見極め」「税制改正への対応状況の確認」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。
農業、林業、漁業向けの確定申告ソフトは、生成AIやAIエージェントの登場でどのように変化していますか?
生成AIやAIエージェントの活用により、農業、林業、漁業向けの確定申告ソフトは大きく変化しています。生成AIを活用し、領収書や帳簿の情報を自動で認識・整理する機能が実現しています。例えば、GoogleのGeminiでは「領収書の山」をAIで瞬時にデジタル化し、わずか2ステップで経費処理の下準備が完了すると報告されています。最新ツールは単なるOCRを超え、文書の文脈を理解して適切な勘定科目に振り分けます。数十枚の書類も数分で処理でき、従来何時間も要した作業が短時間で完了します。また抽出したデータを過去の記録や法令データと突合して不整合を検出し、入力ミスを大幅に抑制します。AIエージェントの導入で、経理・税務作業のワークフローが大きく変わっています。米Avalaraの新技術では、AIエージェントがERPやメール内を監視し、請求書処理から税申告書の提出まで自動実行します。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

オフィス環境・総務・施設管理
開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携