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農業、林業、漁業の確定申告ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/4/9
農業・林業・漁業の確定申告ソフトとは、一般的な会計ソフトとは異なり、農業所得用の青色申告決算書や専用の勘定科目(種苗費・肥料費・農薬衛生費など)にあらかじめ対応した申告支援ツールです。近年はクラウド会計ソフトに農業モードが搭載されるなど選択肢が広がる一方、農業専用ソフトから税理士連携型まで製品の性格は大きく異なります。FitGapでは「自力で完結したいか」「記帳を自動化したいか」「税理士と連携するか」という申告スタイルの違いを軸に3タイプに整理し、要件定義から製品選定までをガイドします。
レビュー担当 松浦 大輔
FP技能士2級(AFP)・日商簿記2級を保有し、財務・会計の実務知識を裏付けている。freee等の会計・経費精算システムの業務利用経験を持ち、バックオフィス業務設計の視点から製品を評価している。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
農業所得に特化した専用ソフトタイプ 🌾
らくらく青色申告農業版
/ みんなの青色申告
/ MJSかんたん!青色申告
クラウド会計ソフトの農業モード活用タイプ ☁️
freee会計(個人)
/ マネーフォワード クラウド確定申告
/ やよいの白色申告 オンライン
税理士・会計事務所連携の本格申告タイプ 🏢
JDL IBEXクラウド組曲Major 電子申告
/ 所得税の達人
/ TKC 個人決算申告システム
企業規模
大企業
個人事業主
その他
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タイプ別お勧め製品

農業所得に特化した専用ソフトタイプ 🌾

このタイプが合う企業:

初めて青色申告を行う専業農家・兼業農家、パソコン操作に不慣れな個人事業主、税理士に頼らず自力で確定申告を済ませたい農林漁業者

どんなタイプか:

農業・林業・漁業といった第一次産業の確定申告に必要な「農業所得用の青色申告決算書」をそのまま作成できるよう設計された専用ソフトです。農業特有の勘定科目(種苗費・肥料費・農薬衛生費など)や減価償却の自動計算があらかじめ組み込まれており、簿記の知識がなくても家計簿感覚で入力できます。FitGapでは、パソコン操作に不慣れな方や初めて青色申告に取り組む農家さんにまずおすすめしたいタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

📄農業所得用の決算書自動作成
農業所得用の青色申告決算書(損益計算書・貸借対照表)を、日々の収支入力だけで自動的に作成します。一般用とはフォーマットが異なる農業専用の様式にそのまま対応しているため、手書きでの転記や別途書類を用意する手間がありません。
🏷️農業向け勘定科目・摘要のプリセット
種苗費・肥料費・農機具費・飼料費など、農業経営で頻繁に使う勘定科目と摘要が最初から登録されています。入力時に摘要を選ぶだけで科目と税率が自動で設定されるため、複式簿記の知識がなくても正確な帳簿をつけることができます。

おすすめ製品3選

らくらく青色申告農業版
おすすめの理由
種苗費・肥料費など農業特有の勘定科目を最初から使い、農業所得用の青色申告決算書をそのまま作りたい農家の方で候補になる製品です。同タイプ3製品のうち農業対応に○(対応)しているのはこの製品のみで、農業、林業、漁業シェアもおすすめ9製品中1位です。FitGapの料金評価はおすすめ9製品中1位タイ、操作性評価は2位タイで、パソコンに不慣れな方でも家計簿感覚で日々の入力を進めやすい設計です。一方、銀行API連携・電子帳簿保存法(電子取引)・OCRはいずれも×(非対応)のため、JAや地方銀行の明細を自動取り込みしたい農家や、領収書の電子保存で65万円控除を狙いたい方には物足りなくなります。手書き帳簿をそのまま置き換えたいアナログ寄りの専業農家に向く製品です。
価格
5500
買い切り
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
みんなの青色申告
おすすめの理由
農業専業ではなく、農産物直売や加工品販売、不動産賃貸など複数の収入源を1本のソフトでまとめたい兼業農家に向くインストール型の製品です。農業、林業、漁業シェアはおすすめ9製品中2位で採用実績があり、銀行API連携・キャッシュレス連携・AI仕訳・固定資産台帳・在庫管理・複数事業・複数物件管理・不動産共通経費按分がいずれも○(対応)しています。要件対応数はおすすめ9製品中5位(52項目中24件対応)で、同タイプ内では最多です。日々の記帳を自動化したい兼業農家や、直売所の在庫と農業所得を同じソフトで管理したい方には向きますが、農業対応は×(非対応)で種苗費・肥料費などの勘定科目プリセットや農業所得用決算書の専用様式は搭載されていないため、農業科目を自分でカスタマイズする手間を避けたい専業農家には不向きです。
価格
¥10,780
買い切り
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
MJSかんたん!青色申告
おすすめの理由
顧問税理士にMJS系システムを使ってもらっており、年末に会計データを税理士側へそのまま引き継ぎたい農業経営者で候補になる製品です。同タイプ3製品の中では税理士共同利用向けに○(推奨)となっているのはこの製品のみで、銀行API連携・AI仕訳・仕訳ルール・複数事業・複数物件管理もすべて○(対応)しています。FitGapの料金評価はおすすめ9製品中1位タイで、低コストで日々の入力を自動化しつつ、確定申告時に税理士へ渡すデータを揃えたい兼業農家に向きます。ただし農業対応は×(非対応)で、農業特有の勘定科目や農業所得用決算書のプリセットはありません。さらに消費税申告書は×(非対応)(本則課税の仕入控除明細のみ○)のため、課税売上1千万円超で簡易課税を選んでいる農家が自分で消費税申告まで完結させたい場合には、別途申告ソフトの併用が必要になります。
価格
¥7,920
買い切り
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能

クラウド会計ソフトの農業モード活用タイプ ☁️

このタイプが合う企業:

スマホやタブレットでも経理を行いたい農林漁業者、銀行口座やクレカの自動連携で入力作業を減らしたい方、農業以外の副業収入もある兼業農家

どんなタイプか:

freee会計やマネーフォワード クラウド確定申告など、汎用的なクラウド会計ソフトに搭載された「農業モード」を使って確定申告を行うタイプです。銀行口座やクレジットカードとの自動連携、AIによる仕訳推測など、クラウドならではの自動化機能が大きな強みになります。FitGapとしては、兼業農家やネット販売を行う農家など、農業以外の所得もまとめて管理したい方に特におすすめのタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

🔗銀行口座・クレジットカードの自動連携
ネットバンクやクレジットカードの入出金データを自動で取り込み、AIが勘定科目を推測して仕訳を提案してくれます。肥料や農薬の購入代金など日々の経費をいちいち手入力する必要がなくなり、記帳にかかる時間を大幅に短縮できます。
📱スマホ・タブレット対応
ブラウザやスマホアプリからいつでもどこでも帳簿の入力・確認ができます。畑や漁港にいるときでも買い物直後にスマホから経費を入力でき、自宅のパソコンに戻ってからまとめて入力する手間を省けます。

おすすめ製品3選

freee会計(個人)
おすすめの理由
米や野菜の販売だけでなく、ネット販売や民泊、投資など農外所得も1つの申告にまとめたい兼業農家で候補になる製品です。越境EC事業者向け・暗号資産投資家向け・複業者向けがいずれも○(推奨)で、ECモール連携・副業プラットフォーム連携・外貨取引・金融デリバティブも○(対応)。タイプ内3製品の要件対応数では1位(52項目中36件対応)、FitGapの機能性・連携評価も3製品中1位タイで、所得源が多岐にわたる農家の一元管理に向きます。ただし農業対応は追加オプションの扱いで、青色申告決算書(農業所得用)の帳票レイアウトや農業簿記の勘定科目は標準プランのままでは使えない点に注意が必要です。専業農家で農業所得のみを申告する方には、標準で農業対応する専用ソフトタイプの方が費用対効果で勝る場合があります。
価格
1,780円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド確定申告
おすすめの理由
2,400社以上の金融機関と連携でき、取引明細の自動取得と仕訳提案に優れたクラウド会計ソフトです。初期設定で農業用の勘定科目を追加すれば農業所得の確定申告にも対応でき、経費・給与など関連サービスとのデータ連携も便利です。
価格
0円~
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
やよいの白色申告 オンライン
おすすめの理由
弥生が提供する無料プランのあるクラウド型確定申告ソフトです。白色申告であれば農業所得の収支内訳書作成にも利用でき、まずは費用をかけずにクラウド会計を試してみたい農林漁業の初心者に向いています。
価格
0円~
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能

税理士・会計事務所連携の本格申告タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

顧問税理士や会計事務所と連携して確定申告を行う農林漁業者、経営規模が大きく複雑な税務処理が必要な農業法人、複数の所得区分がある事業者

どんなタイプか:

JDLや所得税の達人など、税務のプロフェッショナルが使用する申告ソフト、あるいは税理士・会計事務所との連携を前提とした製品群です。農業所得だけでなく複数の所得区分を横断した複雑な申告や、消費税の本則課税への対応など、高度な税務処理にも柔軟に対応できます。FitGapでは、経営規模が大きい農業法人や、顧問税理士と連携して正確な申告を行いたい方におすすめのタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

📨電子申告(e-Tax)直接送信
作成した確定申告書や青色申告決算書をソフトから直接e-Taxに送信できます。税務署に出向く必要がなく、65万円の青色申告特別控除の適用要件である電子申告をスムーズに完了できるため、最大限の節税メリットを確実に受けられます。
📊複数所得区分・消費税への対応
農業所得に加えて不動産所得や給与所得など複数の所得がある場合も、1つのソフトで所得区分ごとに決算書を作り分けることができます。消費税の一般課税・簡易課税の両方に対応しており、インボイス制度への対応も含めて包括的な税務処理が可能です。

おすすめ製品3選

JDL IBEXクラウド組曲Major 電子申告
おすすめの理由
農業法人の申告書を税理士が顧問先分まとめて電子送信したい事務所で候補になる製品です。e-Tax送信・eLTAX送信ともに○(対応)しており、eLTAX送信はおすすめ9製品中でも対応は限られ、地方税まで含めた一括署名・送信を事務所側で完結できます。FitGapの機能性・セキュリティ評価・連携評価はいずれもおすすめ9製品中1位タイで、複数顧問先の申告データを安全に取りまとめる運用に向きます。一方で、青色申告(複式簿記)・消費税申告書・インボイス・農業対応はいずれも×(非対応)で、記帳から決算書作成までを一基盤で行う製品ではありません。関与先の記帳データを別会計ソフトで作成し、申告書作成・電子送信の工程だけを事務所側で引き受ける運用を前提とする製品です。
価格
30,000円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
所得税の達人
おすすめの理由
農業所得と不動産所得、給与など複数区分を1人の納税者についてまとめて申告したい税理士事務所で候補になる製品です。本タイプ3製品の中で農業対応・農業経営者向け・不動産オーナー向け・海外投資家向け・複業者向けをいずれも○としているのはこの製品で、区分横断の所得税申告書作成に用途が定まっています。士業・コンサルティングシェアはおすすめ9製品中1位で、顧問先の申告書作成を繰り返し回す事務所の運用実績が集まっています。ただしe-Tax送信とe-Taxデータ出力は追加オプションで対応する構成で、単体で電子申告まで完結させる用途には向きません。消費税申告書・インボイス・本則課税はいずれも×(非対応)で、消費税の本則課税処理を含む農業法人の本格申告を一基盤で行いたい場合は同タイプのTKC製品との比較が必要です。
価格
14,200円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
TKC 個人決算申告システム
おすすめの理由
消費税の本則課税まで含む農業法人の申告を、税理士と1つの基盤で完結させたい関与先で候補になる製品です。本タイプ3製品で農業対応・消費税申告書・本則課税・簡易課税・インボイスをすべて○(対応)しているのはこの製品だけで、農業所得の申告書作成と消費税申告を分けずに処理できます。e-Tax送信・eLTAX送信・電子納税(ダイレクト納付)まで○(対応)し、ダイレクト納付はおすすめ9製品中この製品のみの対応で、申告から納付までの事務所運用を一気通貫で設計できます。償却資産申告書・外国税額控除にも○(対応)で、FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中3位(52項目中27件対応)です。一方、FitGapの料金評価はおすすめ9製品中9位、セットアップ評価も9位で、会員制の価格体系と導入負荷に耐えられる経営規模が前提となります。個人事業主向けは×(非推奨)で、小規模農家の自計化用途には向きません。
価格
要問合せ
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🌾農業所得用の青色申告決算書の作成
農業・林業・漁業の確定申告では、一般的な事業所得とは異なる専用様式の決算書が必要になります。FitGapでは、この「農業所得用の青色申告決算書」をソフト上で直接作成できるかどうかが、製品選定で最も重要なポイントだと考えています。汎用クラウド会計ソフトの中には、確定申告書自体は作れても農業所得用決算書には非対応というものが少なくありません。ここを見落とすと、結局手書きやe-Tax上での手入力が必要になってしまいます。
📒農業簿記の勘定科目プリセット
農業には「種苗費」「素畜費」「肥料費」「農薬衛生費」など、一般的な簿記にはない独自の勘定科目が多数あります。これらが最初から設定されている製品を選ぶと、自分で科目を一つずつ登録する手間が省けます。FitGapとしては、とくに簿記の知識に自信のない方ほど、農業簿記プリセットの有無を最優先で確認すべきだと考えます。
📡e-Tax(電子申告)対応
青色申告特別控除の最大65万円を適用するには、e-Taxでの電子申告が必須条件です。ソフトから直接e-Taxに送信できる製品と、e-Tax用のデータファイルを出力するだけの製品があり、操作の手軽さに大きな差が出ます。ITに不慣れな方ほど、ソフト上からワンストップで申告まで完了できる製品を選ぶのがおすすめです。
🏦JAバンク・地方金融機関との自動連携
農林漁業者のメインバンクはJAバンクや地方銀行であることが多く、メガバンク中心の連携対応では不十分です。口座明細の自動取り込みと自動仕訳ができるかどうかで日々の記帳負担が大きく変わるため、FitGapでは自分が利用している金融機関に対応しているかを必ず導入前に確認していただきたいと考えています。
🧾インボイス制度対応
スーパーへの納入や食品メーカーとの契約栽培など、課税事業者との取引がある農林漁業者にとって、インボイス(適格請求書)の発行・管理は避けて通れません。仕入税額控除の経過措置率の自動計算や、適格請求書の発行機能をソフトが備えているかどうかは、実務上の差が大きいポイントです。
🖱️操作のわかりやすさ(簿記知識不要の入力UI)
農林漁業者の中には、パソコン操作や簿記の知識にあまり馴染みのない方が少なくありません。家計簿感覚で入力できるUIや、質問に答えるだけで書類が完成するガイド機能があると、導入のハードルが大幅に下がります。FitGapでは、無料体験版やトライアル期間を活用して操作感を事前に確認することを強くおすすめしています。

一部の企業で必須

📱スマホアプリでの入力・撮影
農繁期や漁期はパソコンに向かう時間がほとんど取れません。スマホアプリで領収書を撮影したり、ちょっとした空き時間に仕訳入力ができる製品は、記帳の溜め込みを防ぐうえで非常に有効です。ただし、インストール型の農業専門ソフトにはスマホ対応がないものも多いので、自分のワークスタイルに合わせて判断してください。
🚜減価償却の自動計算(農機具・漁船等)
トラクター、コンバイン、漁船など高額な固定資産を持つ方にとっては、耐用年数に応じた減価償却の自動計算機能が重要です。資産の種類ごとに異なる耐用年数をソフトが自動判定してくれると、計算ミスや申告漏れを防げます。逆に、高額な設備を持たない小規模農家の方には優先度が下がります。
🤝税理士・会計事務所とのデータ共有
顧問税理士に申告を依頼している方や、農協の記帳指導を利用している方には、会計データをスムーズに共有できる仕組みが必要です。TKCやJDLなど税理士事務所側のシステムとの連携に対応した製品を選ぶと、データの受け渡しがスムーズになります。自分で申告まで完結する方には不要な要件です。
📊部門別・作物別の収支管理
複数の作物を栽培していたり、林業と農業を兼業していたりする場合は、品目別・部門別に収支を管理できる機能があると経営判断に役立ちます。FitGapでは、経営の見える化を進めたい中規模以上の事業者にはぜひ検討いただきたい要件だと考えています。
📂電子帳簿保存法対応(JIIMA認証)
帳簿や領収書を電子データで保存するには、電子帳簿保存法の要件を満たす必要があります。JIIMA認証を取得している製品であれば法的要件を満たしていることが明確なので安心です。紙の帳簿で管理し続ける方には優先度は低いですが、ペーパーレス化を進めたい方は必ずチェックしてください。

ほぼ全製品が対応

📝複式簿記での記帳
青色申告で55万円・65万円控除を受けるには複式簿記が必須です。現在販売されている確定申告ソフトはほぼすべてが複式簿記に対応しているため、この要件自体で製品が絞り込まれることはほとんどありません。
🖨️確定申告書の作成・印刷
確定申告書(第一表・第二表)の作成と印刷は、どの確定申告ソフトでも基本機能として備わっています。農業所得用の「決算書」とは別の書類ですので混同しないよう注意してください。
💰消費税申告書の作成
課税事業者であれば消費税の申告書も作成する必要がありますが、ほぼすべての確定申告ソフトがこの機能を標準搭載しています。インボイス制度に伴い免税から課税に切り替えた方も安心して利用できます。
📑仕訳帳・総勘定元帳の出力
帳簿の基本である仕訳帳と総勘定元帳の作成・出力機能は、事実上すべての製品が対応しています。税務調査の際に提出を求められることもありますが、ソフトを導入していれば自動的に作成されるため、特別な心配は不要です。

優先度が低い

💵給与計算機能
従業員を多数雇用している農業法人では必要になることもありますが、家族経営や個人の農林漁業者には不要なケースがほとんどです。必要な場合も、給与計算は別の専用ソフトで対応するほうが効率的なことが多いため、確定申告ソフトの選定軸としての優先度は低いとFitGapでは考えています。
🌐多言語対応
技能実習生など外国人スタッフが経理に携わるケースはごく一部に限られます。国内の農林漁業向け確定申告ソフトで多言語対応を提供している製品自体がほとんどないため、現時点では選定要件として重視する必要はありません。

農業、林業、漁業の確定申告ソフトの選び方

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かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

農業、林業、漁業において確定申告ソフトを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
農業、林業、漁業において確定申告ソフトの導入でよく相談を受けるのが、「操作習得のための時間確保が必要」と「インターネット環境の整備」に関する問題です。操作習得のための時間確保が必要については、確定申告ソフトは便利な機能が多い反面、使いこなすためには一定の学習時間が必要です。さらにインターネット環境の整備の点でも、Web型の確定申告ソフトを利用する場合、安定したインターネット接続環境が必要です。このほか「データのバックアップ管理」「費用対効果の見極め」「税制改正への対応状況の確認」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。
農業、林業、漁業向けの確定申告ソフトは、生成AIやAIエージェントの登場でどのように変化していますか?
生成AIやAIエージェントの活用により、農業、林業、漁業向けの確定申告ソフトは大きく変化しています。生成AIを活用し、領収書や帳簿の情報を自動で認識・整理する機能が実現しています。例えば、GoogleのGeminiでは「領収書の山」をAIで瞬時にデジタル化し、わずか2ステップで経費処理の下準備が完了すると報告されています。最新ツールは単なるOCRを超え、文書の文脈を理解して適切な勘定科目に振り分けます。数十枚の書類も数分で処理でき、従来何時間も要した作業が短時間で完了します。また抽出したデータを過去の記録や法令データと突合して不整合を検出し、入力ミスを大幅に抑制します。AIエージェントの導入で、経理・税務作業のワークフローが大きく変わっています。米Avalaraの新技術では、AIエージェントがERPやメール内を監視し、請求書処理から税申告書の提出まで自動実行します。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

オフィス環境・総務・施設管理
開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携