医療費控除対応の確定申告ソフトおすすめ9選｜タイプ別の選び方ガイド

更新：2026/5/29

医療費控除に対応した確定申告ソフトは、クラウド会計ソフト・国税庁の無料ツール・税理士向け業務用ソフトなど、想像以上に種類が豊富です。近年はマイナポータル連携で医療費データを自動取得できる製品が増え、手入力の負担は大きく減りました。しかし「会社員が医療費控除だけ申告したい」のか「個人事業主が帳簿管理とまとめて処理したい」のかによって、選ぶべきソフトはまったく異なります。FitGapでは、利用目的の違いを3つのタイプに整理し、要件の優先度と具体的な選定ステップを解説します。自分に合った1本を迷わず見つけるためのガイドとしてご活用ください。

レビュー担当 松浦大輔

FP技能士2級（AFP）・日商簿記2級を保有し、財務・会計の実務知識を裏付けている。freee等の会計・経費精算システムの業務利用経験を持ち、バックオフィス業務設計の視点から製品を評価している。

FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

経費精算システムのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名	タイプ	料金	企業規模	評価ポイント
freee会計（個人）	クラウド会計ソフトで医療費控除もまとめて申告するタイプ 📊	1,780円月	中小中堅大企業	マイナポータル連携で医療費控除を自動入力。簿記に不慣れでも申告まで進めやすい。
マネーフォワードクラウド確定申告	クラウド会計ソフトで医療費控除もまとめて申告するタイプ 📊	0円~月	中小中堅大企業	請求書と証券連携まで対応。副業収入や投資損益を含めて年次申告できる。
やよいの青色申告オンライン	クラウド会計ソフトで医療費控除もまとめて申告するタイプ 📊	11,800円年	中小中堅大企業	初年度無料で全機能を試せる。医療・福祉分野の個人事業主にも選ばれている。
確定申告書等作成コーナー	国税庁の無料ツールで医療費控除だけ申告するタイプ 🏛️	0円~	中小中堅大企業	国税庁公式で無料。医療費控除の申告書作成から提出まで画面案内で進められる。
e-Taxソフト	国税庁の無料ツールで医療費控除だけ申告するタイプ 🏛️	0円~	中小中堅大企業	無料で主要税目の電子申告に対応。作成コーナー対象外の手続きも続けやすい。
マイナポータル	国税庁の無料ツールで医療費控除だけ申告するタイプ 🏛️	0円~	中小中堅大企業	医療費や源泉徴収票の行政データを取得可能。作成コーナーへの自動入力に使える。
JDL IBEXクラウド組曲Major 所得税確定申告書・青色申告決算書	税理士・会計事務所向けの業務用申告ソフトタイプ 💼	¥30,000年額	中小中堅大企業	顧問先資料をクラウドで共有可能。医療費・寄附金控除の明細取込にも対応。
TKC 個人決算申告システム	税理士・会計事務所向けの業務用申告ソフトタイプ 💼	要問合せ	中小中堅大企業	国税・地方税から電子納税まで一体処理。税法チェックで事務所業務を標準化できる。
やるぞ！青色申告	税理士・会計事務所向けの業務用申告ソフトタイプ 💼	9,357円年	中小中堅大企業	帳票に近い画面で申告書を作成可能。Windows・Mac両対応で小規模事務所も扱いやすい。

タイプ別おすすめ製品

クラウド会計ソフトで医療費控除もまとめて申告するタイプ 📊

このタイプが合う企業：

個人事業主・フリーランスなど、事業所得の帳簿管理と医療費控除の確定申告を一括で行いたい方

どんなタイプか：

日々の帳簿付けから確定申告書作成・提出、医療費控除の入力と控除額計算まで一体で扱うクラウド会計タイプです。銀行・カード連携で仕訳も自動化できる点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能：

🔗銀行・カード自動連携による仕訳の自動化

銀行・カード明細を自動取得し、勘定科目の提案で仕訳入力の手間を減らします。

🏥医療費控除の自動計算と明細書作成

医療費の金額や医療機関名を入力すると、家族分を含む控除額と明細書を自動作成できます。