SwissDock

目次

SwissDockとは

SwissDockは、SIB Swiss Institute of Bioinformaticsが提供する創薬・分子設計向けのWebツールです。主な機能はタンパク質と低分子化合物のドッキングシミュレーションをオンライン上で実行することで、構造ベース創薬（SBDD）におけるヒット探索やポーズ解析の効率化を支援します。SwissDrugDesignの一部として2011年に公開され、ドッキングエンジンとしてAttracting CavitiesとAutoDock Vinaの両方に対応しており、目的に応じて高速な推定と信頼性を重視した解析を使い分けることができます。リガンドおよび標的タンパク質の自動前処理機能や3D可視化付きの結果ページを備え、専門的な知識がなくても操作しやすい設計となっています。計算処理はサーバ側で実行されるため、手元の端末に高い計算性能は必要ありません。また、コマンドラインアクセスにも対応しており、自動化やパイプラインへの統合も可能です。ログイン不要で無償利用できるため導入障壁が低く、アカデミアや企業の研究部門など幅広い用途に適しています。FitGapの導入しやすさ評価はカテゴリ35製品中2位、料金評価はカテゴリ35製品中5位で、環境構築や費用負担を抑えてドッキング解析を始めたい研究用途で候補になります。

強み

無料のクラウドドッキング

SwissDockは、ソフトウェアのインストールやユーザー登録なしに利用できる無料のウェブサービスです。PDBコードやSMILESを入力するだけでタンパク質とリガンドを指定でき、手軽にドッキング解析を開始できます。環境構築の手間がかからないため、初めて利用するユーザーでも解析へ取り組みやすい点が特長です。FitGapの料金評価はカテゴリ35製品中5位で、費用を抑えてクラウド上でドッキング解析を試したい研究者や部門に向いています。

簡単セットアップ＆プリセット

タンパク質・リガンドの構造はアップロードまたはID指定によって自動的にセットアップされるため、複雑な前処理を必要としません。ドッキング設定には「very fast」「fast」「accurate」などのプリセットが用意されており、計算時間と精度のバランスを目的に応じて選択できます。高速モードから詳細モードまで柔軟に切り替え可能なため、解析条件に不慣れなユーザーでも利用を始めやすい設計です。FitGapの導入しやすさ評価はカテゴリ35製品中2位、操作性評価はカテゴリ35製品中8位で、前処理や設定に時間をかけずに解析を開始したい場合の判断材料になります。

可視化・解析機能

ドッキング結果はブラウザ上のJmolアプレットで可視化できるほか、UCSF ChimeraのViewDockプラグインを使った詳細解析にも対応しています。リガンドの結合ポーズを直感的に確認しながら、さらなる解析へと展開できます。また、予測された結合ポーズはPDB形式でダウンロード可能なため、他のツールとの連携もしやすいです。FitGapの連携評価はカテゴリ35製品中13位で中位にとどまるため、外部ツール連携を重視する場合は、必要な出力形式や解析フローに合うかを確認すると判断しやすくなります。

注意点

ネットワーク環境によってはアクセスが詰まりやすい

SwissDockは、企業ネットワークや厳格なセキュリティ設定の環境下では、Webサーバーへのアクセスが制限される場合があります。そのため、ターミナルからのコマンドラインアクセスやファイアウォール外での利用といった代替手段が案内されています。導入を検討する際は、社内ネットワークでの疎通確認をあらかじめ行っておくことで、後からの手戻りを抑えやすくなります。

1ジョブあたりの計算時間に上限がある

SwissDockでは、サーバー上の処理ジョブ数を考慮し、1ジョブあたりの計算時間に上限が設けられています。具体的には、Attracting Cavities 2.0が最大1時間、AutoDock Vinaが最大10分と明記されており、探索空間の広さやパラメータの設定によっては処理が完了しない場合もあります。そのため、条件を適切に絞り込んだうえで利用することが求められる点には留意が必要です。

mmCIFはPDB変換が前提

SwissDockでは、mmCIFファイルはPDB形式へ変換可能な場合に限り扱えます。そのため、mmCIF形式でしか入手できない構造は、そのままではロードできず、あらかじめファイルをダウンロードしてPDB形式に整形する工程が必要です。構造の取得から前処理までを含めたデータ準備の工数を事前に見込んでおくと、運用時の手戻りを抑えやすくなります。

カテゴリ別マーケットシェア

2026年3月 FitGap調査

SwissDockの創薬・分子設計AIマーケットシェア

シェア

事業規模

中小

中堅

大企業

SwissDockの利用環境・機能

サービス基本情報

リリース : 2011年

https://www.swissdock.ch/

SIB Swiss Institute of Bioinformatics運営サービス一覧

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