給与計算における所得税の計算方法｜手順とよくある間違いの対策を紹介

毎月の給与計算において、所得税の控除額を正確に算出することは企業の重要な責務です。法改正や税率変更への対応、源泉徴収額の適切な管理など、給与担当者が直面する課題は多岐にわたります。

手計算で対応している事業者も多く、また外部委託から内製化を検討している企業も増えています。年末調整や翌年の住民税にも影響する所得税計算だからこそ、基本的な仕組みから具体的な計算手順まで、しっかりと理解しておくことが大切です。

本記事では、所得税と給与計算の関係性や、具体的な計算方法を解説します。また、よくある間違いや対策など、担当者が知っておくべき情報を紹介するので、ぜひ参考にしてください。

所得税と給与計算の基本

所得税は、企業が給与計算を行う際に必ず関わるため、基本的な仕組みと給与計算における役割を正しく理解することが重要です。

そもそも所得税とは？

所得税は、個人が1年間に得た所得に対して課税される国税です。給与や賞与といった勤労所得をはじめ、事業所得や不動産所得、配当所得など、さまざまな種類の所得が課税対象となります。

企業は従業員に給与を支払う際に、所得税を源泉徴収する義務があります。これは「源泉徴収制度」と呼ばれる仕組みで、企業が従業員に代わって税務署に所得税を納付することを意味します。従業員にとっては、確定申告をしなくても税務処理が完了するという利便性があり、国にとっては税収の確実な確保につながります。

源泉徴収義務者となる企業は、毎月の給与支払い時に所得税を天引きし、翌月10日までに税務署に納付する必要があります。また、年末調整を通じて1年間の所得税額を精算し、過不足があれば還付または追加徴収を行います。

この一連の流れを正確に実行することが、企業に求められる重要な責務となります。

給与計算における所得税の位置づけ

給与計算において所得税は、総支給額から各種控除を行った後に算出される項目です。控除項目には、健康保険料や厚生年金保険料、雇用保険料といった社会保険料と、所得税や住民税といった税金があります。

所得税は、総支給額から社会保険料を差し引いて課税対象となる金額を求め、その金額に基づいて算出します。住民税は、前年の所得に基づいて決定された金額をそのまま控除するため、所得税とは計算方法が異なります。

所得税は、扶養親族の人数や配偶者の有無によって税額が変わるのが特徴です。従業員から提出される「給与所得者の扶養控除等申告書」の内容によって適用される税率表が決まり、同じ給与額でも扶養人数によって所得税額に差が生じます。

また、毎月徴収する所得税は概算額であり、年末調整において正確な年間所得税額を計算し直します。保険料控除や配偶者特別控除など、年末調整でしか適用できない控除もあるため、月次の所得税計算と年末調整は一体的に捉える必要があります。

【手順】給与計算における所得税の計算方法

所得税の計算は、「給与 − 社会保険料 × 税率表」が基本的な流れとなります。最終的には年末調整で過不足を調整するため、毎月の計算精度と正しい情報の収集が重要です。以下では、企業が毎月の給与から差し引く「源泉所得税」の計算方法を手順に沿って説明します。

支給金額を確定する

毎月の給与から天引きされる「所得税（源泉所得税）」は、まず支給する給与の総額を正確に把握することから始まります。

支給金額には、基本給や各種手当、残業代、賞与などが含まれます。その中で所得税の計算においては、課税対象となるものと非課税のものを区別する必要があります。

【例】

• 基本給：250,000円
• 残業代：20,000円
• 通勤手当：10,000円
• 合計：280,000円

上記で注意すべきは通勤手当です。通勤手当には非課税限度額が設定されており、電車やバスなど公共交通機関を利用する場合は月額15万円まで、自動車や自転車を使用する場合は通勤距離に応じて月額31,600円までが非課税となります。上記の例で通勤手当10,000円が非課税限度額内であれば、所得税の計算対象からは除外されます。

その他にも、旅費交通費の実費弁償分や、慶弔見舞金（一定額まで）、食事の支給（一定の条件下）なども非課税扱いとなる場合があります。

所得税の対象となる金額を算出する

支給金額が確定したら、次に社会保険料を差し引いて課税対象額（課税給与所得）を計算します。社会保険料には、健康保険料や厚生年金保険料、雇用保険料、介護保険料（40歳以上）が含まれます。

【例】

• 課税対象支給額：270,000円（通勤手当10,000円が非課税の場合）
• 健康保険料：13,500円
• 厚生年金保険料：24,300円
• 雇用保険料：1,350円
• 社会保険料合計：39,150円
• 課税対象額：270,000円 − 39,150円 = 230,850円

社会保険料の料率は毎年見直されるため、最新の料率表を使用することが重要です。また、社会保険料の控除タイミングは給与の締切日や支払日によって決まるため、自社のルールを明確にしておく必要があります。

扶養控除等申告書の情報を確認する

課税対象額が算出できたら、従業員が提出した「給与所得者の扶養控除等申告書」の内容を確認します。申告書に記載された扶養親族の人数によって、適用される源泉徴収税額表の区分（甲欄・乙欄）や控除人員数が決まります。

甲欄は主たる給与の支払者として扶養控除等申告書の提出を受けた場合に適用され、乙欄は申告書の提出がない場合や従たる給与として支払う場合に適用されます。一般的に、正社員やメインの勤務先での給与は甲欄、アルバイトや副業での給与は乙欄となることが多いです。

扶養親族には、配偶者や16歳以上の親族（所得金額38万円以下）が含まれ、それぞれの人数に応じて控除人員数が決定されます。例えば、本人・配偶者・子ども2人（16歳以上）の世帯では、控除人員数は3人となります。

申告書の内容に変更があった場合は、速やかに更新する必要があります。結婚や出産、子どもの年齢変更（16歳到達）、配偶者の所得変動などは、扶養人数に影響する重要な変更事項です。

源泉徴収税額表で税額を確認する

課税対象額と控除人員数が確定したら、国税庁が公開している「源泉徴収税額表」を使って所得税額を調べます。この税額表は、給与の支払頻度（月額・日額）と扶養親族の人数に応じて税額が設定されています。

税額表は毎年更新されるため、最新版を使用してください。また、賞与の場合は、別途「賞与に対する源泉徴収税額の算出率の表」を使用します。賞与の計算では、前月の給与額と賞与額、扶養親族数から算出率を求め、賞与額に乗じて税額を計算します。

年末調整を行う

月々の所得税は、あくまで概算の税額として計算されています。年の終わりには、実際の年間所得と各種控除額をもとに正確な所得税額を計算し、毎月徴収してきた税額との過不足を調整する「年末調整」を行う必要があります。

年末調整では以下の作業を行います。

【年間給与収入の確定】
1〜12月までに支払った給与・賞与の合計額を集計し、年間の給与収入を確定させます。中途入社や退職者は、在籍期間中の給与のみを対象とします。

【各種控除の適用】
生命保険料控除や地震保険料控除、住宅ローン控除、配偶者控除、配偶者特別控除、扶養控除などの所得控除を適用します。これらの控除は、従業員から提出される各種申告書や証明書類に基づいて計算されます。

【税額の再計算と過不足調整】
年間の課税所得に税率を適用して正確な年間所得税額を算出し、毎月徴収してきた源泉徴収税額の合計と比較します。実際の年間所得税額の方が少なければ還付、多ければ追加徴収となります。

例えば、毎月4,000円ずつ（年間48,000円）所得税を徴収していた従業員について、年末調整の結果、実際の年間所得税額が44,000円だった場合、4,000円を還付することになります。逆に、年間所得税額が52,000円だった場合は、4,000円を追加徴収します。

給与計算における所得税の計算でよくある間違いやトラブル

給与計算において所得税の処理は複雑な部分が多く、担当者が陥りやすいミスも数多く存在します。間違いが発生すると、従業員への影響だけでなく、税務署からの指摘や追加納付といったリスクにもつながります。ここでは、実務でよく発生する間違いのパターンを紹介します。

控除額の反映漏れや扶養人数の誤り

従業員の結婚や出産、子どもの年齢変更（16歳到達）、配偶者の所得変動などの変更があったにも関わらず、申告書の更新が行われていない場合は、月々の所得税額が正しく計算されません。

例えば、従業員が年の途中で結婚し、配偶者を扶養に入れた場合は、扶養人数が1人増加するため適用される税額表の区分が変わります。

しかし、変更が反映されていなければ、本来よりも多い所得税を徴収し続けることになります。逆に、配偶者が就職して扶養から外れたにも関わらず、システム上で扶養人数が減らされていなければ、所得税の徴収不足が発生します。

また、扶養親族の人数を手入力する際の打ち間違いや、甲欄・乙欄の区分を誤って設定してしまうケースもあります。特に、アルバイトや契約社員で複数の勤務先がある従業員は、主たる給与と従たる給与の区別を正確に把握し、適切な欄を適用する必要があります。

法改正の見落とし

税制は毎年のように改正が行われており、源泉徴収税額表や社会保険料率の変更に対応できていないケースが見られます。特に、年度の切り替え時期（4月や1月）に新しい料率表や税額表への更新を忘れてしまい、旧データのまま数ヶ月間計算を続けてしまうことがあります。

例えば、健康保険料率が年度途中で改定された場合は、改定後の料率を適用しなければ社会保険料の控除額が変わり、結果として所得税の課税対象額にも影響が出ます。また、扶養控除の適用要件や控除額の変更、税率区分の変更なども定期的に行われるため、常に情報をキャッチアップしておく必要があります。

法改正の見落としは、税務署からの指摘や修正指導の対象となるだけでなく、従業員への説明責任も発生するため、企業にとって大きなリスクとなります。遡って修正が必要になった場合は、該当する従業員全員の給与を再計算し、過不足分の調整を行う必要があり、業務負荷も相当なものになります。

社会保険料の控除タイミングのズレ

社会保険料は、当月分を翌月の給与から控除するルールが一般的ですが、これを前月分として処理してしまったり、反映漏れを起こしたりすることがあります。

例えば、4月分の社会保険料を5月支給の給与から控除すべきところを、4月支給の給与から控除してしまうと、1ヶ月分のズレが生じます。このズレは、所得税の課税対象額にも影響し、結果として所得税額も変わってしまいます。

また、月の途中で入社や退職があった従業員は、社会保険料の日割り計算や、控除開始・終了のタイミングを正確に把握する必要があります。特に、月末在籍の原則により社会保険料が発生しない場合（月の途中退職）などの特殊なケースでは、所得税の計算にも注意が必要です。

賞与支給時の社会保険料控除も、標準賞与額の上限や控除タイミングを正しく理解していないと、所得税の計算にも影響が出る場合があります。

通勤手当などの非課税限度額の超過に気づかない

通勤手当の非課税限度額を超える部分は課税対象となるものの、非課税限度額を正しく処理・適用できていないケースが多く見られます。

例えば、新幹線通勤で月額18万円の通勤手当を支給している場合、15万円を超える3万円部分は課税対象となり、所得税の計算に含める必要があります。しかし、全額を非課税として処理してしまうと、課税対象額が実際よりも少なくなり、所得税の徴収不足が発生します。

また、通勤方法の変更（電車から自動車への変更など）があった場合の非課税限度額の変更や、複数の交通手段を組み合わせた通勤の場合の限度額適用も、正確な理解と処理が求められます。

住宅手当や家族手当も、支給条件によっては課税対象となる場合があるため、各種手当の性質を正しく理解し、適切に課税・非課税の判定を行う必要があります。

源泉徴収簿・支払調書の記載ミス

年間を通じて所得税の月次計算を正しく行っていても、年末調整や法定調書の作成段階で記載ミスが発生することがあります。源泉徴収簿は、従業員ごとの年間の給与・賞与支給額や源泉徴収税額を記録する重要な帳簿ですが、転記ミスや集計ミスが起こりやすい書類でもあります。

支払調書も、年間の支払金額や源泉徴収税額の記載を間違えてしまうと、税務署への提出書類として不適切な内容となり、後日の修正が必要になる場合があります。特に、中途入社や中途退職の従業員は、在籍期間中の正確な集計が必要で、計算ミスが起こりやすい部分です。

法定調書合計表の作成でも、個別の支払調書の合計額と整合性を保つ必要があり、集計段階でのミスは税務署からの問い合わせや修正指示の原因となります。これらの書類は税務署への法定提出書類であるため、正確性が強く求められます。

副業・ダブルワーク社員の所得区分の判断ミス

近年増加している副業やダブルワークの従業員について、所得税の区分を正しく判断できていないケースがあります。扶養控除等申告書は、主たる給与の支払者にのみ提出するため、副業先では乙欄での所得税計算が必要となりますが、これを甲欄で計算してしまうミスが発生しています。

乙欄での計算では、扶養親族の人数に関係なく支給額に応じた税率が適用されるため、甲欄と比較して税額が高くなります。甲欄で計算してしまうと所得税の徴収不足となり、年末調整や確定申告で追加納付が必要になる場合があります。

また、従業員から他社での勤務状況の正確な情報を得られていない場合は、適切な区分での計算ができません。入社時や年末調整時には、他社での勤務の有無や扶養控除等申告書の提出状況の確認を行い、正しい区分で所得税を計算する必要があります。

年末調整における証明書の未提出処理漏れ

年末調整では、生命保険料控除や地震保険料控除などを適用するために、保険会社から発行される控除証明書の提出が必要です。しかし、従業員が証明書を未提出にも関わらず、前年と同じ控除額で処理してしまうケースがあります。

控除証明書が未提出の場合は、当該控除を適用することができないため、控除額をゼロとして年末調整を行う必要があります。誤って控除を適用してしまうと、本来納めるべき所得税額よりも少ない金額で処理されることになり、後日の修正が必要となります。

住宅ローン控除も、税務署からの「年末調整のための住宅借入金等特別控除証明書」と金融機関からの「住宅取得資金に係る借入金の年末残高等証明書」の両方が必要ですが、どちらか一方が未提出の場合は控除を適用できません。

証明書類の管理体制を整備し、提出期限を明確にして従業員への周知を徹底することが、正確な年末調整を行うための重要なポイントとなります。

給与計算を正確・効率的に行うにはソフトの導入がおすすめ

手計算やExcelでの給与計算処理には、属人化リスクや入力ミス、法改正対応の遅れなどが発生する可能性が高いという課題があります。所得税を含む給与計算業務全体を効率化し、正確性を担保するためには、給与計算ソフトの導入・活用が非常に有効です。

給与計算ソフトは単なる計算ツールではなく、労務管理全体を支援する統合的なシステムとして機能し、業務の質的向上とリスク軽減を同時に実現できます。

扶養人数の誤りや控除額の反映漏れの防止

給与計算ソフトでは、従業員ごとの扶養情報や各種控除項目をシステム上で一元管理できるため、情報の更新漏れや入力ミスを大幅に削減できます。従業員の個人情報画面で、扶養親族の人数や配偶者の有無、各種控除の適用状況などを一括して管理し、これらの情報が給与計算に自動で反映される仕組みになっています。

年に一度提出される「扶養控除等申告書」も、多くの給与計算ソフトでは提出時期が近づくと自動でリマインド機能が働き、更新忘れを防止できます。また、申告書の内容をシステムに入力する際も、前年度の情報を引き継ぎながら変更点のみを修正する形で作業できるため、効率的かつ正確な情報管理が可能です。

法改正への自動対応

給与計算ソフトでは、自動アップデート機能により法改正にも確実に対応できます。所得税率の変更や源泉徴収税額表の改定、社会保険料率の変更など、毎年発生する税制・社会保険制度の変更に対して、ベンダーが最新の情報を収集し、システムに反映したアップデートを提供します。

インターネット経由で自動的にアップデートを受け取り、手作業で税率表を確認・更新する必要がなくなります。これにより、法改正の見落としによる計算ミスや、税務署からの指摘を受けるリスクを大幅に軽減できます。

社会保険料の控除タイミングの自動調整

給与計算ソフトでは、あらかじめ設定されたルールに基づいて、正しいタイミングで社会保険料の控除が自動実行されます。通常の「当月分を翌月控除」というルールはもちろん、企業ごとの特殊なルール設定にも対応できるため、月をまたいでの反映漏れや誤った月での計上を防げます。

入社・退職時の社会保険料も、月末在籍の原則や日割り計算の要否を自動で判定し、適切な控除額を算出します。特に、月の途中で入退社が発生した場合の複雑な計算も、ルールに従って正確に処理されるため、担当者が個別に判断する必要がありません。

通勤手当の非課税範囲の自動判定

通勤手当の非課税限度額の判定は、交通手段の種類や距離によって複雑な計算が必要となります。給与計算ソフトでは、従業員ごとの通勤方法と距離を登録することで、自動的に非課税限度額を判定し、超過分のみを課税対象とする処理が行われます。

通勤方法や距離に変更があった場合も、従業員情報の更新により新しい限度額が自動適用されるため、変更に伴う計算ミスを防げます。また、通勤手当以外の各種手当も、課税・非課税の区分を設定することで、適切な所得税計算が行われます。

源泉徴収簿・法定調書の自動生成

給与計算ソフトは、毎月の給与計算処理で蓄積されたデータをもとに、源泉徴収簿や支払調書、法定調書合計表などの年末調整関連書類を自動で作成します。手入力による転記ミスや集計ミスがなくなり、年末業務の効率化と正確性の向上を同時に実現できます。

二重チェック・エラー検知

多くの給与計算ソフトには、計算結果の妥当性をチェックする機能やエラー検知機能が搭載されており、人的ミスの早期発見と修正が可能です。

例えば、「課税対象額がゼロまたはマイナスになっている」「扶養人数と年齢の組み合わせが矛盾している」「前月と比較して異常な増減がある」などの異常値を自動で検出し、確認アラートを表示します。

給与計算実行前の事前チェック機能では、必須項目の入力漏れや設定値の異常、マスタ情報の不整合などを検知し、計算実行前に修正を促します。これにより、誤った計算結果が生成されることを未然に防げます。

まとめ

給与計算における所得税の計算は、企業が負う重要な法的責務であり、従業員の生活にも直接影響する業務です。手計算やExcelでの処理では、入力ミスや法改正対応の遅れなどのリスクが常に存在します。また、業務の属人化により、担当者の異動や休暇時に業務が停滞するリスクも無視できません。

こうした課題を根本的に解決するために、給与計算ソフトの導入は非常に有効な手段です。正確な給与計算は企業の信頼性向上につながり、従業員満足度の向上やコンプライアンス体制の強化、業務効率化による生産性向上など、経営全体にプラスの影響をもたらします。

所得税の計算に関する理解を深めると同時に、業務の質的向上を目指すのであれば、給与計算ソフトの導入を積極的に検討されることをおすすめします。

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給与計算ソフトは、製品によって備わっている機能やサービスの幅が異なります。そのため、自社の導入目的や効果を考慮して選ぶことが大切です。

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