農業の青色申告では、一般用とはレイアウトが異なる「青色申告決算書（農業所得用）」を提出します。ここが最初の分岐点です。農業特化・かんたん申告タイプや農業専門・経営管理タイプの製品（らくらく青色申告農業版、農業簿記など）はこの決算書をそのまま印刷・提出できますが、汎用クラウド会計タイプの製品では農業所得用の決算書出力に制限があるケースがあります。たとえばマネーフォワード クラウド確定申告は確定申告書の作成には対応しているものの、農業所得用の決算書作成には一部制限があるため、最終的に国税庁サイトへの転記が必要になる場合があります。まず「ソフトだけで農業所得用の決算書が完成するか」を確認し、対応していない製品は候補から外すか、転記の手間を許容できるかを判断してください。