あなたにぴったりの
マイナンバー管理システム
を無料で選定
Q. どちらに当てはまりますか?
条件に合うマイナンバー管理システムを知りたい
あなたにおすすめ
従業員のマイナンバーを安全に収集・保管したい
現在の管理方法のセキュリティリスクを解消したい
主要なマイナンバー管理システムを比較したい

マイナンバー管理システムおすすめ6選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
マイナンバー管理システムとは、従業員や扶養家族のマイナンバーを安全に収集・保管・利用・廃棄するための専用ツールです。近年はスマートフォンからの番号提出や本人確認書類の撮影提出が当たり前になり、従業員セルフサービス型の収集が主流になっています。さらに保管期限を過ぎた番号の自動廃棄や、給与・年末調整システムとのAPI連携など、法令遵守と業務効率化を両立する機能が標準装備される時代に入っています。 しかし製品ごとに「自社の担当者がすべて運用する前提のもの」と「BPO事業者に実務を委託する前提のもの」に大きく分かれており、自社に合わないタイプを選ぶと運用が破綻しかねません。 この違いを生む最大の軸は「マイナンバーの実務を社内で完結させるか、外部に委託するか」という運用方針です。本ガイドではこの軸で製品をタイプ分けし、要件の整理から選定手順までを順を追って解説します。
レビュー担当 松浦 大輔
人事統括として新卒・中途採用から育成・離職抑制・制度改定まで一貫して担当。約20件の人事・給与・勤怠システム導入プロジェクトに携わり、制度と運用の両面を踏まえた要件整理を強みとしている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
社内完結運用タイプ🏢
SmartHR 労務管理
/ オフィスステーション マイナンバー
/ freee人事労務
委託運用タイプ🤝
ラクラス マイナンバー管理サービス
/ マイナンバーBPOサービス
/ NEC マイナンバー対応BPOサービス
企業規模
中小企業
個人事業主
大企業
業種
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

社内完結運用タイプ🏢

このタイプが合う企業:

自社の人事・労務部門でマイナンバー管理を完結させたい企業や、既に人事労務クラウドを導入しておりその延長でマイナンバー管理も一元化したい企業に向いています。

どんなタイプか:

マイナンバーの収集から保管・利用・廃棄まで、すべてのプロセスを自社内で完結させるタイプです。クラウド上で従業員本人にマイナンバーを入力してもらい、暗号化された状態で安全に保管します。退職者の番号は保管期限が過ぎると自動で削除されるなど、法令に沿った運用を社内の担当者だけで回せる仕組みが整っています。外部に情報を渡さないため、情報漏えいリスクの管理をシンプルに保てるのが大きなメリットです。

このタイプで重視すべき機能:

📱従業員セルフ収集機能
スマートフォンやPCから従業員本人がマイナンバーと本人確認書類を提出できます。担当者が紙で集める手間を大幅に削減し、入力ミスや紛失のリスクも抑えられます。
🗑️保管期限の自動管理・廃棄機能
法定保管期限を過ぎたマイナンバーを自動で検知し、廃棄処理まで行います。手作業での台帳管理が不要になり、うっかり保管し続けてしまう法令違反を防げます。

おすすめ製品3選

SmartHR 労務管理
おすすめの理由
人事労務クラウドの最大手で、入退社手続きの中にマイナンバー収集がシームレスに組み込まれています。UIが直感的で、ITに不慣れな従業員でもスムーズに提出できる点が高く評価されています。
価格
0円~
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
オフィスステーション マイナンバー
おすすめの理由
マイナンバー管理に特化した専門製品で、収集・保管・利用・廃棄の全工程を網羅しています。既存の給与ソフトとAPI連携できる柔軟性があり、システムを入れ替えずに導入しやすいのが強みです。
価格
¥3,300
月額
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
freee人事労務
おすすめの理由
会計・給与・労務を一体で提供するfreeeシリーズの一部で、マイナンバーの収集から年末調整・法定調書作成までワンストップで対応できます。中小企業を中心に幅広く導入されています。
価格
2,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

委託運用タイプ🤝

このタイプが合う企業:

社内に人事労務の専任担当者が少ない企業や、グループ会社のマイナンバーを一括で外部委託したい企業、セキュリティ体制の構築コストを抑えたい企業に向いています。

どんなタイプか:

マイナンバーの収集・保管といった実務をBPO事業者やシェアードサービス会社に委託することを前提としたタイプです。専門スタッフが番号の収集代行や本人確認を行い、堅牢なデータセンターで保管・管理します。自社に専門知識を持つ担当者がいなくても法令に準拠した運用が可能になるため、管理負荷を大幅に軽減できます。情報漏えいリスクも委託先のセキュリティ基盤に任せられる点が安心材料です。

このタイプで重視すべき機能:

📨収集代行・本人確認代行
従業員へのマイナンバー提出依頼から番号確認・本人確認書類の突合までを委託先が代行します。自社の担当者は進捗を管理画面で確認するだけで済み、繁忙期の業務集中を避けられます。
🔒委託先セキュリティ基盤
ISMS認証やプライバシーマークを取得した委託先の堅牢なデータセンターでマイナンバーを保管します。自社でセキュリティ環境を構築・維持するコストと手間を削減できます。

おすすめ製品3選

ラクラス マイナンバー管理サービス
おすすめの理由
人事BPO大手のラクラスが運営し、収集から保管・廃棄まで一貫して委託できます。給与計算BPOと組み合わせて利用する企業が多く、管理業務をまるごと外出しできる点が支持されています。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マイナンバーBPOサービス
おすすめの理由
マイナンバー業務に特化したBPOサービスで、収集代行・保管・法定調書への番号提供までをワンストップで対応します。スポットでの大量収集にも柔軟に対応できる運用体制が強みです。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
NEC マイナンバー対応BPOサービス
おすすめの理由
NECグループの高度なセキュリティ基盤を活用した委託サービスです。大企業・官公庁向けの実績が豊富で、厳格なセキュリティ要件を求める組織から選ばれています。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

📲収集方法の多様性
スマホ撮影・PC入力・紙の郵送など、従業員がマイナンバーを提出できる手段の幅です。提出手段が多いほど収集率が上がり、督促の手間も減ります。
🔗給与・労務システムとの連携
年末調整や法定調書の作成時に、マイナンバーを手入力なしで連携できるかが業務効率を大きく左右します。自社で使っている給与ソフトとつながるかが最重要チェック項目です。
🗑️保管期限管理と自動廃棄
退職者など法定保存期間を過ぎたマイナンバーを自動で検知し、確実に廃棄できる機能です。手動管理では漏れが生じやすく、法令違反リスクに直結します。
📋利用履歴の自動記録
いつ・誰が・どの事務目的で番号を参照したかを自動で記録する機能です。特定個人情報の取扱いログを証跡として残せるかどうかで、監査対応の負荷が変わります。
🖼️本人確認書類の画像管理
通知カードやマイナンバーカード、身元確認書類の画像を番号と紐づけて安全に保管できる機能です。紙の原本管理から解放されるため、FitGapとしては特に重視すべき要件と考えます。
👤従業員側の操作のわかりやすさ
提出画面のUIが直感的かどうかで、問い合わせ件数や収集完了までの期間が大きく変わります。ITに不慣れな従業員が多い企業ほど重要度が増します。
👨‍👩‍👧‍👦扶養家族の番号一括管理
従業員本人だけでなく、配偶者や扶養親族のマイナンバーもまとめて収集・紐づけ管理できるかです。年末調整の実務を考えると、ほぼ全社で必要になります。

一部の企業で必須

📦大量一括収集・インポート
数千人以上の従業員から短期間でまとめて番号を集める必要がある大企業向けの機能です。CSV一括取込やAPI連携の有無を確認しましょう。
💼外部支払先の番号管理
フリーランスや外注先など雇用関係のない支払先の番号を管理する機能です。報酬の支払調書を発行する企業では対応が必須になります。
🏢グループ会社横断の一元管理
複数法人のマイナンバーをひとつのシステムで管理したい企業グループ向けの機能です。法人ごとに別システムを使うと運用コストが膨らみます。
🤝BPO事業者向けデータ受け渡し
委託先とセキュアにデータをやり取りする専用機能です。委託運用タイプを選ぶ企業にとっては必須の要件になります。
🏠オンプレミス・閉域網対応
セキュリティポリシー上クラウドが利用できない企業向けに、自社サーバーで運用できる提供形態です。金融機関や官公庁でニーズがあります。
🌐多言語対応
外国人従業員が多い企業では、提出画面が母国語で表示されるかどうかが収集率に直結します。製造業や飲食業で特に求められる要件です。

ほぼ全製品が対応

🔒マイナンバーの暗号化保管
登録された番号を暗号化して保管する機能です。特定個人情報の安全管理措置としてほぼ全製品が標準対応しています。
🛡️管理者のアクセス権限設定
番号を閲覧・操作できる担当者を制限する機能です。部署やロールごとに権限を分ける仕組みはどの製品でもほぼ備わっています。
📝操作ログの記録
管理画面上の操作をログとして記録する基本機能です。不正アクセスの検知や内部統制の観点から、対応していない製品はほぼありません。
番号の形式チェック
入力されたマイナンバーが12桁かどうか、検証番号が正しいかを自動でチェックする機能です。誤入力の防止策として標準搭載されています。

優先度が低い

💳マイナンバーカードのICチップ読取
ICカードリーダーでチップ情報を読み取る機能です。対面での本人確認が減っている現在では、活用場面がかなり限定されます。
📱管理者向けスマホアプリ
管理者がスマホから番号を確認・承認できるアプリです。セキュリティの観点からPC操作に限定する企業が多く、FitGapとしても優先度は低いと考えます。

マイナンバー管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

マイナンバー管理システムを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
マイナンバー管理システムの導入でよく相談を受けるのが、「セキュリティ基準の確認が必要」と「既存システムとの連携確認」に関する問題です。セキュリティ基準の確認が必要については、マイナンバー管理システムを選ぶ際、セキュリティ対策が十分かどうかを慎重に確認することが大切です。さらに既存システムとの連携確認の点でも、マイナンバー管理システムを導入する際、既存の給与計算システムや人事システムと連携できるかを確認することが大切です。このほか「運用ルールの整備が不可欠」「従業員への説明と教育が必要」「導入後のサポート体制の確認」「コストの見積もりが複雑」「データ移行の手間とリスク」「法改正への対応体制の確認」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。
マイナンバー管理システムは、生成AIやAIエージェントの登場でどのように変化していますか?
生成AIやAIエージェントの活用により、マイナンバー管理システムは大きく変化しています。マイナンバーに関する疑問や手続き問い合わせに、AIチャットボットや音声エージェントが24時間対応する取り組みが進んでいます。例えば北九州市では、マイナンバーカード問い合わせの電話応対にAIエージェントを導入し、職員の電話対応件数を大幅に削減実証実験が行われています。企業においても、従業員がマイナンバー提出方法や利用目的を質問できる社内チャットボットの導入が検討され、迅速で統一的な回答により人事部門の負担軽減が期待されています。生成AIは複雑な規定や手順をわかりやすく解説したり、社内文書の作成を支援したりする用途でも活用されています。例えばマイナンバーの取扱マニュアルや従業員向けガイドラインのドラフトをAIが作成し、人事担当者がそれを基に修正することで、文書作成工数を大幅に削減できます。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

オフィス環境・総務・施設管理
開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携