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マイナンバー管理システムおすすめ6選｜タイプ別の選び方ガイド

更新：2026/5/13

マイナンバー管理システムとは、従業員や扶養家族のマイナンバーを安全に収集・保管・利用・廃棄するための専用ツールです。近年はスマートフォンからの番号提出や本人確認書類の撮影提出が当たり前になり、従業員セルフサービス型の収集が主流になっています。さらに保管期限を過ぎた番号の自動廃棄や、給与・年末調整システムとのAPI連携など、法令遵守と業務効率化を両立する機能が標準装備される時代に入っています。しかし製品ごとに「自社の担当者がすべて運用する前提のもの」と「BPO事業者に実務を委託する前提のもの」に大きく分かれており、自社に合わないタイプを選ぶと運用が破綻しかねません。この違いを生む最大の軸は「マイナンバーの実務を社内で完結させるか、外部に委託するか」という運用方針です。本ガイドではこの軸で製品をタイプ分けし、要件の整理から選定手順までを順を追って解説します。

レビュー担当 松浦大輔

人事統括として新卒・中途採用から育成・離職抑制・制度改定まで一貫して担当。約20件の人事・給与・勤怠システム導入プロジェクトに携わり、制度と運用の両面を踏まえた要件整理を強みとしている。

FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

経費精算システムのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名	タイプ	料金	企業規模	評価ポイント
SmartHR 労務管理	社内完結運用タイプ🏢	0円~	中小中堅大企業	従業員が直接入力でき、労務手続きに番号管理を統合。連携・セキュリティも高い。
オフィスステーションマイナンバー	社内完結運用タイプ🏢	¥3,300月額	中小中堅大企業	収集から保管期限・廃棄証跡まで管理できる。番号のライフサイクルを社内で統制できる。
freee人事労務	社内完結運用タイプ🏢	2,000円月	中小中堅大企業	勤怠・給与・年末調整と番号管理を同じクラウドで運用。中小企業シェアもトップ。
ラクラスマイナンバー管理サービス	委託運用タイプ🤝	要問合せ	中小中堅大企業	収集から本人確認・廃棄まで丸ごと委託できる。大企業・中堅企業での利用傾向も強い。
マイナンバーBPOサービス	委託運用タイプ🤝	要問合せ	中小中堅大企業	既存の人事給与システムを改修せず、収集から廃棄まで外付けで委託できる。
NEC マイナンバー対応BPOサービス	委託運用タイプ🤝	要問合せ	中小中堅大企業	郵送・スマホ収集と専用ポータルで厳格管理。サポートが手厚く官公庁でも候補になる。

タイプ別おすすめ製品

社内完結運用タイプ🏢

このタイプが合う企業：

自社の人事・労務部門でマイナンバー管理を完結させたい企業や、既に人事労務クラウドを導入しておりその延長でマイナンバー管理も一元化したい企業に向いています。

どんなタイプか：

マイナンバーの収集、本人確認、保管、利用、廃棄を社内のクラウド運用で完結するタイプです。従業員セルフ入力と期限管理で、番号を外部に預けずに統制します。

このタイプで重視すべき機能：

📱従業員セルフ収集機能

従業員がスマートフォンやPCから番号と本人確認書類を提出でき、紙回収の手間を減らします。

🗑️保管期限の自動管理・廃棄機能

保管期限を過ぎた番号を検知して廃棄し、台帳確認や削除漏れの管理負荷を減らします。

委託運用タイプ🤝

このタイプが合う企業：

社内に人事労務の専任担当者が少ない企業や、グループ会社のマイナンバーを一括で外部委託したい企業、セキュリティ体制の構築コストを抑えたい企業に向いています。

どんなタイプか：

マイナンバーの収集、本人確認、保管、廃棄をBPO事業者に委託するタイプです。専門スタッフと委託先のセキュリティ基盤を使い、社内作業を進捗確認中心に絞ります。

このタイプで重視すべき機能：

📨収集代行・本人確認代行

提出依頼、番号確認、本人確認書類の突合を委託先が担い、自社は進捗確認に集中できます。

🔒委託先セキュリティ基盤

認証取得済みの委託先基盤で番号を保管し、自社でのセキュリティ環境維持の負担を減らします。

比較すべき機能の優先度マップ

どこから比較すべきか

製品には数多くの機能がありますが、選定の決め手になるのは一部の機能だけです。そこで各機能を「多くの企業で必要か」と「製品ごとに対応が分かれるか」の2つの軸で4つに分け、比較する順番が分かるように並べました。下の表では、このページに登場した製品が各機能にどう対応しているかを、上から順に確認できます。

標準対応

オプション/条件付き

非対応

選定の決め手

マイナンバー管理システムでは、候補ごとの差が導入後の運用に響く項目を中心に確認し、必要な体制や利用場面に合う製品を絞り込みます。

	SmartHR 労務管理	オフィスステーションマイナンバー	freee人事労務	マイナンバーBPOサービス	NEC マイナンバー対応BPOサービス
利用目的管理利用目的を登録し用途ごとに取扱を管理できるか
同意記録利用目的への同意を記録できるか
委託先アクセス範囲設定委託先ごとに閲覧や出力の範囲を制限できるか
不備差戻し記載不備や書類不足の提出を差し戻して再提出を依頼できるか
保管期限設定法令や社内規程に沿って保管期限を設定できるか

一部の企業で必須

マイナンバー管理システムでは、特定の業務条件や連携先がある場合に効く項目を確認し、自社だけに必要な対応を見落とさないようにします。

	SmartHR 労務管理	オフィスステーションマイナンバー	freee人事労務	マイナンバーBPOサービス	NEC マイナンバー対応BPOサービス
二要素認証二要素認証でログインを強化できるか
パスワード付き出力出力データをパスワード付きで提供できるか
退職者保管期限管理退職者の保管期限を個別に管理できるか

ほぼ全製品が対応

マイナンバー管理システムでは、多くの製品に備わる基本対応を確認し、候補同士で差が出にくい前提機能を整理して比較します。比較時は、掲載製品の対応状況と実際の運用条件を合わせて確認します。

	SmartHR 労務管理	オフィスステーションマイナンバー	freee人事労務	マイナンバーBPOサービス	NEC マイナンバー対応BPOサービス
複数法人管理複数法人や拠点を分けてマイナンバー情報を管理できるか
社員ID紐付け社員番号など社内IDとマイナンバー情報を紐付けて管理できるか
確認証跡管理確認の担当や方法や承認を記録して管理できるか

優先度が低い

マイナンバー管理システムでは、用途が限られる項目を切り分け、初期選定では重視しすぎず、必要な段階で確認する観点として扱います。

	SmartHR 労務管理	オフィスステーションマイナンバー	freee人事労務	マイナンバーBPOサービス	NEC マイナンバー対応BPOサービス
支払先コード紐付け報酬支払先コードなど支払管理用IDとマイナンバー情報を紐付けて管理できるか
廃棄証跡保存削除や廃棄の証跡を記録して保存できるか

マイナンバー管理システムの選び方

1.運用を社内完結か委託かに分ける

まず、マイナンバーの収集、本人確認、保管、利用、廃棄を誰が担うかを決めます。自社の人事・労務担当者が管理するなら「社内完結運用タイプ🏢」を軸にします。専任担当者が少ない、グループ会社分をまとめたい、収集や本人確認を任せたい場合は「委託運用タイプ🤝」を軸にします。

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

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よくある質問

マイナンバー管理システムを導入する際、どのような点に注意すべきですか？

マイナンバー管理システムの導入でよく相談を受けるのが、「セキュリティ基準の確認が必要」と「既存システムとの連携確認」に関する問題です。セキュリティ基準の確認が必要については、マイナンバー管理システムを選ぶ際、セキュリティ対策が十分かどうかを慎重に確認することが大切です。さらに既存システムとの連携確認の点でも、マイナンバー管理システムを導入する際、既存の給与計算システムや人事システムと連携できるかを確認することが大切です。このほか「運用ルールの整備が不可欠」「従業員への説明と教育が必要」「導入後のサポート体制の確認」「コストの見積もりが複雑」「データ移行の手間とリスク」「法改正への対応体制の確認」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

マイナンバー管理システムは、生成AIやAIエージェントの登場でどのように変化していますか？

生成AIやAIエージェントの活用により、マイナンバー管理システムは大きく変化しています。マイナンバーに関する疑問や手続き問い合わせに、AIチャットボットや音声エージェントが24時間対応する取り組みが進んでいます。例えば北九州市では、マイナンバーカード問い合わせの電話応対にAIエージェントを導入し、職員の電話対応件数を大幅に削減実証実験が行われています。企業においても、従業員がマイナンバー提出方法や利用目的を質問できる社内チャットボットの導入が検討され、迅速で統一的な回答により人事部門の負担軽減が期待されています。生成AIは複雑な規定や手順をわかりやすく解説したり、社内文書の作成を支援したりする用途でも活用されています。例えばマイナンバーの取扱マニュアルや従業員向けガイドラインのドラフトをAIが作成し、人事担当者がそれを基に修正することで、文書作成工数を大幅に削減できます。

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