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マイナンバー管理システムおすすめ6選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/6/20
番号と本人確認書類を集める作業は、社内で持つか外部に任せるかが分かれます。自社型は期限の追跡まで担い、委託型は提出依頼や本人確認を任せます。進み具合や期限切れを見ると、自社側に残る作業が分かります。このページでは、マイナンバー管理システムの候補を、社内完結運用と委託運用に分けながら、提出後の進み具合や期限切れの扱いも見て、自社の体制に合う選択肢として比較できます。
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レビュー担当 松浦 大輔
人事統括として新卒・中途採用から育成・離職抑制・制度改定まで一貫して担当。約20件の人事・給与・勤怠システム導入プロジェクトに携わり、制度と運用の両面を踏まえた要件整理を強みとしている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
社内完結運用タイプ 🏢
SmartHR 労務管理
/ オフィスステーション マイナンバー
/ freee人事労務
委託運用タイプ 🤝
ラクラス マイナンバー管理サービス
/ マイナンバーBPOサービス
/ NEC マイナンバー対応BPOサービス
すべて表示

おすすめ製品の早見表

タイプ別おすすめ製品 6

マイナンバー管理システムのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名タイプ料金企業規模評価ポイント
SmartHR 労務管理
社内完結運用タイプ🏢
0円〜
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

従業員が直接入力でき、労務手続きに番号管理を統合。連携・セキュリティも高い。

オフィスステーション マイナンバー
社内完結運用タイプ🏢
3,300円月額
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

収集から保管期限・廃棄証跡まで管理できる。番号のライフサイクルを社内で統制できる。

freee人事労務
社内完結運用タイプ🏢
2,000円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

勤怠・給与・年末調整と番号管理を同じクラウドで運用。中小企業シェアもトップ。

ラクラス マイナンバー管理サービス
委託運用タイプ🤝
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

収集から本人確認・廃棄まで丸ごと委託できる。大企業・中堅企業での利用傾向も強い。

マイナンバーBPOサービス
委託運用タイプ🤝
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

既存の人事給与システムを改修せず、収集から廃棄まで外付けで委託できる。

NEC マイナンバー対応BPOサービス
委託運用タイプ🤝
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

郵送・スマホ収集と専用ポータルで厳格管理。サポートが手厚く官公庁でも候補になる。

マイナンバー管理システムの導入によって得られる効果

マイナンバー管理システムは、マイナンバーを安全に集めて保管、確認するための仕組みです。導入前後で変わる点は、下の表で確認できます。

導入前の課題導入によって得られる効果
番号収集に手間がかかる従業員から必要情報を安全に集めやすくなり、収集や確認の作業を減らせます
本人確認書類の管理が大変番号と確認書類を紐づけて管理し、書類確認や保管の負担を抑えられます
利用履歴の確認が不安誰がいつ利用したかを残しやすくなり、監査や社内確認を進めやすくなります
廃棄期限の管理が大変保管期限や廃棄対象を確認しやすくなり、不要データの残存を抑えられます
法令対応が不安取り扱い権限や保管ルールを管理しやすくなり、法令対応時の確認負担を抑えられます

続いて、マイナンバー管理システムをタイプ別に分類し、それぞれのおすすめ製品を紹介します。

マイナンバー管理システム2タイプを解説

比較項目社内完結運用タイプ委託運用タイプ
優れている点番号管理を社内で完結統制収集から保管までBPOに委託
できること従業員セルフ収集本人確認書類提出保管期限自動管理収集代行本人確認代行セキュリティ基盤委託
適している企業/業種人事労務部門労務クラウド利用企業少人数人事部門グループ会社
料金目安月額数百円〜(1人あたり、有料プランのみ)要問合せ(BPO委託の個別見積もり)

タイプ別おすすめ製品

社内完結運用タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

自社の人事・労務部門でマイナンバー管理を完結させたい企業や、既に人事労務クラウドを導入しておりその延長でマイナンバー管理も一元化したい企業に向いています。

どんなタイプか:

マイナンバーの収集、本人確認、保管、利用、廃棄を社内のクラウド運用で完結するタイプです。従業員セルフ入力と期限管理で、番号を外部に預けずに統制します。

おすすめ製品3選

SmartHR 労務管理

番号管理を入退社手続きと一体で運用したい企業におすすめ

SmartHR 労務管理は、マイナンバーだけを切り出すより、入退社手続きや従業員情報管理の中に番号管理を組み込みたい企業向けの人事労務基盤です。外部の勤怠・給与ソフトと連携しやすく、暗号化保管、監査ログ、マスキング表示、権限分離に対応するため、閲覧・更新・出力を社内で統制しながら既存の労務フローに載せられます。 FitGapでは連携評価とセキュリティ評価が同ページ内で上位で、シェアも高く、中堅企業を含めた標準化に向きます。従業員が直接入力するセルフサービス運用を進めやすい点も強みです。 一方、保管期限設定や退職者番号の自動削除は非対応です。番号の廃棄期限までシステムで厳密に回したい企業は、オフィスステーション マイナンバーと比べる必要があります。
価格
0円〜
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
オフィスステーション マイナンバー

収集から廃棄証跡まで番号管理を完結させたい企業におすすめ

オフィスステーション マイナンバーは、マイナンバーの収集、保管期限管理、廃棄証跡までを社内で完結させることに軸足を置いた専用システムです。収集依頼・督促管理、取扱ステータス管理、保管期限設定、廃棄証跡保存に対応し、暗号化保管、監査ログ、マスキング表示、権限分離も備えるため、番号のライフサイクルをルール化して運用したい企業に向きます。 FitGapでは対応できる管理範囲がこの候補群で広く、中小・中堅企業でのシェアも上位です。 複数拠点や扶養家族の番号もまとめやすい一方、利用開始時に登録料が必要で無料プランはありません。不備差戻しが非対応、複数法人管理は追加オプションのため、提出ミスの差戻しやグループ会社単位の管理を細かく作りたい企業は運用設計を確認してください。
価格
3,300円
月額
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
freee人事労務

労務と同じ画面で番号管理を小さく始めたい中小企業におすすめ

freee人事労務は、勤怠・給与・年末調整と同じクラウド上でマイナンバー管理まで扱える、freee系バックオフィスの延長線上の製品です。画面案内に沿って進めやすく、収集依頼・督促管理、取扱ステータス管理、本人確認書類管理に対応するため、紙やExcelから小さく社内完結へ移したい小規模〜中小企業に向きます。 FitGapでは操作性・導入しやすさ・料金評価が同ページ内で高く、中小企業シェアも1位です。既にfreee会計や給与を使っている企業なら、労務データをまとめやすい点も魅力です。 一方、保管期限設定、退職者番号の期限管理、廃棄証跡保存、支払先コード紐付けは非対応です。退職者や外部支払先まで厳密に管理する企業、大規模・複雑な組織運用を前提にする企業は他製品と比較してください。
価格
2,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

委託運用タイプ 🤝

このタイプが合う企業:

社内に人事労務の専任担当者が少ない企業や、グループ会社のマイナンバーを一括で外部委託したい企業、セキュリティ体制の構築コストを抑えたい企業に向いています。

どんなタイプか:

マイナンバーの収集、本人確認、保管、廃棄をBPO事業者に委託するタイプです。専門スタッフと委託先のセキュリティ基盤を使い、社内作業を進捗確認中心に絞ります。

おすすめ製品3選

ラクラス マイナンバー管理サービス

番号を自社に持たずに丸ごと委託したい大規模組織におすすめ

ラクラス マイナンバー管理サービスは、収集キット送付や本人確認、保管、廃棄、税務申告までを外部に任せ、自社に番号情報を持たずに運用しやすい業務委託型サービスです。 対象者数が多いほど収集状況の確認や扶養家族分の管理負荷を減らしやすく、FitGapでは大企業シェアがカテゴリ43製品中2位、中堅企業も3位です。 全国拠点やパート・アルバイトを含む大規模組織が、専門担当者を増やさず委託運用したい場合に向きます。 一方、丸ごと委託する代行費用がかかり、料金評価や連携評価は低めです。既存の人事・労務システムと密に連携したい企業、短期導入や独自手順への柔軟な変更を重視する企業は比較が必要です。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
マイナンバーBPOサービス

既存システムを改修せず番号業務を委託したい大企業向け

マイナンバーBPOサービスは、富士通の管理センターを使い、既存の人事給与システムを大きく改修せずに収集・本人確認・保管・廃棄を外付けで委託できるサービスです。 大量の番号収集が発生する大企業や、アルバイト・パートタイマーを多く抱える企業で、制度対応の作業増を抑えたい場合に向きます。 FitGapでは大企業シェアがカテゴリ43製品中5位で、収集依頼・督促管理、本人確認書類管理、保管期限設定、廃棄証跡保存にも対応しています。 一方、中小企業シェアは16位で、対象者が少ない企業では委託費用が割高になりやすいです。外部システムへ番号データを渡す運用、収集時の同意記録、委託先の操作権限を細かく分ける運用は制約があるため、別運用や他製品も確認してください。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
NEC マイナンバー対応BPOサービス

手厚い支援と厳格な権限管理で委託したい官公庁・大企業向け

NEC マイナンバー対応BPOサービスは、郵送とスマートフォン収集、書類の自動読み取り、指定PCからのみ使う専用ポータルを組み合わせた、セキュリティと運用支援を重視する委託型サービスです。収集対象者向けヘルプデスクと管理者向けサポートがあり、登録者数に上限を設けないため、従業員や支払先が多い企業でも委託範囲を広げやすいです。 FitGapではサポート評価がカテゴリ43製品中1位、セキュリティ評価も3位で、同意記録や委託先ユーザー管理、委託先アクセス範囲設定にも対応しています。官公庁や厳格な権限制御を求める組織に向きます。 一方、収集方法は郵送・スマートフォンに限られ、二要素認証と利用目的管理は非対応です。メールなど別チャネルで回収したい企業や、認証・目的別管理を細かく求める企業は他製品も比べてください。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

比較すべき機能の優先度マップ

どこから比較すべきか

製品には数多くの機能がありますが、選定の決め手になるのは一部の機能だけです。そこで各機能を「多くの企業で必要か」と「製品ごとに対応が分かれるか」の2つの軸で4つに分け、比較する順番が分かるように並べました。下の表では、このページに登場した製品が各機能にどう対応しているかを、上から順に確認できます。
標準対応
オプション/条件付き
非対応

選定の決め手

マイナンバー管理システムでは、候補ごとの差が導入後の運用に響く項目を中心に確認し、必要な体制や利用場面に合う製品を絞り込みます。
SmartHR 労務管理
オフィスステーション マイナンバー
freee人事労務
ラクラス マイナンバー管理サービス
マイナンバーBPOサービス
NEC マイナンバー対応BPOサービス
利用目的管理
利用目的を登録し用途ごとに取扱を管理できるか
同意記録
利用目的への同意を記録できるか
委託先アクセス範囲設定
委託先ごとに閲覧や出力の範囲を制限できるか
不備差戻し
記載不備や書類不足の提出を差し戻して再提出を依頼できるか
保管期限設定
法令や社内規程に沿って保管期限を設定できるか

一部の企業で必須

マイナンバー管理システムでは、特定の業務条件や連携先がある場合に効く項目を確認し、自社だけに必要な対応を見落とさないようにします。
SmartHR 労務管理
オフィスステーション マイナンバー
freee人事労務
ラクラス マイナンバー管理サービス
マイナンバーBPOサービス
NEC マイナンバー対応BPOサービス
二要素認証
二要素認証でログインを強化できるか
パスワード付き出力
出力データをパスワード付きで提供できるか
退職者保管期限管理
退職者の保管期限を個別に管理できるか

ほぼ全製品が対応

マイナンバー管理システムでは、多くの製品に備わる基本対応を確認し、候補同士で差が出にくい前提機能を整理して比較します。比較時は、掲載製品の対応状況と実際の運用条件を合わせて確認します。
SmartHR 労務管理
オフィスステーション マイナンバー
freee人事労務
ラクラス マイナンバー管理サービス
マイナンバーBPOサービス
NEC マイナンバー対応BPOサービス
複数法人管理
複数法人や拠点を分けてマイナンバー情報を管理できるか
社員ID紐付け
社員番号など社内IDとマイナンバー情報を紐付けて管理できるか
確認証跡管理
確認の担当や方法や承認を記録して管理できるか

優先度が低い

マイナンバー管理システムでは、用途が限られる項目を切り分け、初期選定では重視しすぎず、必要な段階で確認する観点として扱います。
SmartHR 労務管理
オフィスステーション マイナンバー
freee人事労務
ラクラス マイナンバー管理サービス
マイナンバーBPOサービス
NEC マイナンバー対応BPOサービス
支払先コード紐付け
報酬支払先コードなど支払管理用IDとマイナンバー情報を紐付けて管理できるか
廃棄証跡保存
削除や廃棄の証跡を記録して保存できるか

マイナンバー管理システムの選び方

このページでの絞り込み方

  1. 1
    タイプを見て、番号業務を社内で担うか委託するかを決めるマイナンバー管理システムは、社内の人事労務部門で運用する製品と、収集や本人確認を外部に任せるサービスで進め方が変わります。まずは自社の担当者数、対象者の多さ、外部委託の方針に近いタイプを確認します。タイプ別おすすめへ ↑
  2. 2
    必要な管理項目は、機能の優先度マップで確認する利用目的の記録、本人確認書類の扱い、保管期限や廃棄証跡は運用の安定に関わります。給与や年末の手続きとつなげる場合は、条件付きで必要になる項目も合わせて整理します。機能の優先度マップへ ↑
  3. 3
    運用責任と契約条件をそろえて確認するタイプと機能を確認したうえで、日常運用では誰が収集依頼を出し、誰が不備や廃棄を判断するかが差になります。下の比較ポイントでは、機能の○×に加えて確認したい運用体制と契約条件を整理します。

マイナンバー管理では、番号を集める画面だけでなく、社内に残る作業と外部へ任せる作業の線引きが重要です。従業員への案内や本人確認、保管後の削除記録を同じ条件でそろえると、導入後の負担を比べやすくなります。

機能だけでは分かりにくい、運用・契約条件の比較ポイント

番号業務を担う範囲

人事労務担当者が少ない会社では、収集依頼や本人確認まで社内で抱えると繁忙期に作業が集中します。外部へ委託する場合も、自社に残る承認や進捗確認の担当が曖昧だと、問い合わせや差し戻しが滞ります。

製品の分かれ方:製品は大きく2通りです。労務クラウド上で社内担当者が運用する製品と、収集や本人確認を委託先と分担するサービスがあります。

  • 社内担当者がクラウドで運用する製品従業員情報や労務手続きと同じ流れで番号管理を進めやすい製品です。ただし提出状況の確認や不備連絡は、社内の担当者が継続して回す必要があります。代表製品:SmartHR 労務管理 / freee人事労務
  • 番号業務を外部と分担するサービス収集キットや本人確認を委託先に任せ、自社の作業を進捗確認中心にしやすいサービスです。ただし社内の承認者と委託先への指示方法を先に決める必要があります。代表製品:ラクラス マイナンバー管理サービス

従業員からの収集方法

従業員や扶養家族の提出が多い職場では、紙とメールとスマートフォンの案内が混在すると回収状況を追いにくくなります。不備が出たときの再提出ルールが弱いと、給与や年末の手続き前に確認作業が積み残されます。

製品の分かれ方:収集方法は大きく3通りです。PCやスマートフォンから直接入力してもらう製品、依頼や督促をクラウドで管理する製品、紙の収集キットを使うサービスがあります。

  • PCやスマートフォンで提出してもらう製品従業員が画面から番号と確認書類を提出でき、紙の受け渡しを減らしやすい製品です。ただしメールを見ない従業員への案内方法を別に用意する必要があります。代表製品:freee人事労務 / オフィスステーション マイナンバー
  • 依頼や督促をクラウドで管理する製品提出状況を画面で追いながら、未提出者への連絡を整理しやすい製品です。ただし不備が出た場合の社内連絡ルールを決めないと対応が止まりやすくなります。代表製品:オフィスステーション マイナンバー
  • 紙の収集キットを使うサービス郵送や書類返送を前提に、PCを使わない従業員にも案内しやすいサービスです。ただし再発送や督促の指示は、自社側の判断が必要になります。代表製品:ラクラス マイナンバー管理サービス

保管・削除の証跡の残し方

退職者や外部支払先の番号を扱う会社では、使い終わった番号を残し続けると管理範囲が広がります。削除予定日や廃棄記録の扱いが曖昧だと、監査や社内点検のたびに過去の処理を追い直す負担が出ます。

製品の分かれ方:証跡の残し方は大きく3通りです。クラウド上で削除予定や履歴を管理する製品、収集から破棄まで同じクラウドにまとめる製品、廃棄まで委託先に任せるサービスがあります。

  • 削除予定や履歴をクラウドで管理する製品管理画面で削除予定や操作履歴を残し、社内点検に使う記録を集めやすい製品です。ただし誰が削除を承認するかを決めないと、退職後の番号が残りやすくなります。代表製品:オフィスステーション マイナンバー
  • 収集から破棄まで同じクラウドにまとめる製品番号の収集から破棄までを同じ環境で扱いやすい製品です。ただし外部出力したデータや関連書類の保管ルールは、別に決める必要があります。代表製品:freee人事労務
  • 廃棄まで委託先に任せるサービス保管期限後の消去や廃棄ログまで外部と分担しやすいサービスです。ただし廃棄実行の可否を自社で判断する場面が残るため、確認担当を決めておく必要があります。代表製品:ラクラス マイナンバー管理サービス

料金・契約の進め方

利用人数が少ない会社とグループ会社を含める会社では、初期費用や月額、委託範囲のそろえ方が変わります。料金表だけで決めると、収集代行やサポートを含めた初年度の負担が想定とずれやすくなります。

製品の分かれ方:契約の進め方は大きく3通りです。料金表で概算をつかみやすい製品、無料で試してから申し込む製品、委託範囲を相談して見積もるサービスがあります。

  • 料金表で概算をつかみやすい製品従業員数に合わせた費用を事前に計算しやすい製品です。ただし登録料やオプションを含めると、初年度の総額は変わります。代表製品:オフィスステーション マイナンバー
  • 無料で試してから申し込む製品画面操作を短期間で確かめてから契約へ進みやすい製品です。ただし本番データの移行や権限設計は、試用とは別に準備が必要です。代表製品:SmartHR 労務管理 / freee人事労務
  • 委託範囲を相談して見積もるサービス収集から本人確認、保管、廃棄までの分担を整理して契約しやすいサービスです。ただし見積もり前に対象者数と社内に残す作業を決める必要があります。代表製品:ラクラス マイナンバー管理サービス

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かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

マイナンバー管理システムでは何ができますか?

従業員や扶養家族のマイナンバーを収集・本人確認・保管・利用・廃棄まで安全に管理できます。スマホからの番号提出や本人確認書類の撮影、保管期限を過ぎた番号の自動廃棄、給与・年末調整との連携に対応する製品もあります。社内で完結するか、収集や本人確認を外部に委託するかで向く製品が分かれます。

番号法で求められる安全管理措置に対応できますか?

対応できます。マイナンバーは番号法で安全管理措置が義務付けられており、暗号化保管・操作の監査ログ・画面のマスキング・閲覧や出力の権限分離に対応した製品なら社内で安全に統制できます。SmartHRやオフィスステーション マイナンバーはこれらを備えます。保管期限の管理や廃棄証跡の保存まで必要かも確かめましょう。

番号の収集から廃棄までどう運用できますか?

社内で完結する方法と、外部に委託する方法があります。社内完結型は従業員がスマホで提出し、保管期限の管理や廃棄証跡の保存まで自社で統制でき、オフィスステーション マイナンバーが代表例です。専任担当が少ない企業やグループ会社分をまとめたい企業は、収集・本人確認・廃棄まで任せるラクラスやBPO型が向きます。

マイナンバー管理システムの料金はどのくらいですか?

社内完結型は無料〜月数千円で始められ、SmartHR労務管理は無料から、freee人事労務は月2,000円、オフィスステーション マイナンバーは月3,300円が目安です。収集や本人確認まで任せる委託型のラクラスやBPOサービスは、対象人数に応じた要問い合わせが中心です。社内完結か委託かで費用の考え方が変わります。

マイナンバーの管理で気をつけることは何ですか?

マイナンバーは漏えいすると重い責任を問われるため、暗号化や権限分離、操作ログといった安全管理措置と、保管期限後の確実な廃棄が欠かせません。会計や勤怠のついでに番号も扱う場合、保管期限の管理や退職者番号の自動削除に対応していない製品もあります。番号のライフサイクル全体を統制できるかを確かめてから選びましょう。

※掲載している機能・対応範囲・料金は一般的な目安です。製品・プラン・契約条件により異なる場合があるため、導入前に各製品の最新の公式情報や比較表でご確認ください。

サービスカテゴリ

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汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

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