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年末調整ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/6/17
年末調整ソフトは、従業員の申告をWebで集めるだけのものに見えますが、控除証明書の確認後にどの業務へつなぐかで比較の入り口が変わります。申告回収と差戻しに絞るもの、年末調整結果を給与計算や源泉徴収票へ連携するもの、人事情報や労務手続きと一元管理するものでは、担当者が見る画面やデータの流れが異なります。まず控除証明書の画像確認を中心にしたいのか、還付・徴収処理まで同じ流れで扱いたいのか、従業員マスタを労務全体で共通化したいのかを整理すると、候補を見る条件を絞れます。このページでは、申告回収、給与計算連携、人事労務管理を分けて、年末調整ソフトの候補を比較できます。
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FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
申告回収・確認の効率化タイプ 📋
マネーフォワード クラウド年末調整
/ オフィスステーション年末調整
/ ジョブカン年末調整
給与計算まとめて運用タイプ 💰
給与奉行クラウド
/ KING OF TIME 給与
/ 弥生給与Next
人事労務一元管理タイプ 🗂️
freee人事労務
/ SmartHR 労務管理
/ ジンジャー給与
提供形態
オンプレミス
デバイス
その他
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おすすめ製品の早見表

タイプ別おすすめ製品 9

年末調整ソフトの比較表を作成!おすすめや選び方も解説のおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名タイプ料金企業規模評価ポイント
マネーフォワード クラウド年末調整
申告回収・確認の効率化タイプ 📋
2,980円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

年末調整の配布から電子申告までクラウド完結。導入しやすくシェアも高い。

オフィスステーション年末調整
申告回収・確認の効率化タイプ 📋
¥11,000年額
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

14問の回答導線とAI-OCRで入力を標準化。既存給与ソフトとも連携可能。

ジョブカン年末調整
申告回収・確認の効率化タイプ 📋
2,000円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

ジョブカン労務・給与利用中なら追加料金なし。社内ルールも画面に組み込める。

給与奉行クラウド
給与計算まとめて運用タイプ 💰
5,500円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

給与・賞与から年末調整まで一体運用。金融機関水準のセキュリティにも対応。

KING OF TIME 給与
給与計算まとめて運用タイプ 💰
300円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

勤怠データを給与へ直結し最短1分で計算。月額300円で費用も抑えやすい。

弥生給与Next
給与計算まとめて運用タイプ 💰
9,000円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

給与・年末調整から弥生会計への仕訳連携まで対応。中小企業シェアがトップ。

freee人事労務
人事労務一元管理タイプ 🗂️
2,000円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

給与・勤怠・労務を同じクラウドで一元管理。使いやすく中小企業シェアもトップ。

SmartHR 労務管理
人事労務一元管理タイプ 🗂️
0円~
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

労務手続きで従業員データを蓄積。導入シェアがトップで全社員が使いやすい。

ジンジャー給与
人事労務一元管理タイプ 🗂️
300円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

複雑な給与体系にもカスタマイズ性で対応。勤怠・人事データも連携できる。

タイプ別おすすめ製品

申告回収・確認の効率化タイプ 📋

このタイプが合う企業:

年末調整の申告回収や証憑確認に多くの時間を費やしている企業の人事・総務担当者の方に向いています。給与計算は既存システムで運用しており、年末調整部分だけを効率化したいケースに適しています。

どんなタイプか:

従業員の年末調整申告、証憑提出、確認、差戻しをWebで完結するタイプです。給与計算は既存環境に残し、申告回収と不備対応の負担削減に絞ります。

このタイプで重視すべき機能:

📱Web申告・回収管理
従業員がスマホやPCから申告でき、担当者は提出状況と未提出者への督促を一覧で管理できます。
📸証憑の画像添付・オンライン確認
控除証明書を画像で提出・確認でき、紙の回収や保管、差戻し対応の手間を減らせます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド年末調整

申告の回収から確認までネットで完結できる年末調整専用ソフト

年末調整専用のクラウドソフトとしてシェアが高く、従業員への案内から申告回収・証憑確認までをWeb上で完結できます。 マネーフォワードシリーズの他サービスとの連携にも対応しています。
価格
2,980円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
オフィスステーション年末調整

いまの給与ソフトを変えずに年末調整だけ効率化したい企業向け

年末調整業務に特化した設計で、申告書の配付・回収・確認をオンラインで効率化できます。 必要な機能に絞られているため導入しやすく、既存の給与ソフトと併用する運用に向いています。
価格
¥11,000
年額
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン年末調整

従業員が質問に答えるだけで申告を済ませられる年末調整ソフト

ジョブカンシリーズの年末調整モジュールです。 従業員がアンケート形式で簡単に申告でき、担当者側の確認・差戻し作業もスムーズに行えます。
価格
2,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

給与計算まとめて運用タイプ 💰

このタイプが合う企業:

給与計算ソフトの導入やリプレースとあわせて年末調整も効率化したい企業や、年末調整の結果を給与に反映する際の手作業・転記ミスを削減したい担当者の方に向いています。

どんなタイプか:

年末調整結果を給与計算へ連携し、還付・徴収処理や源泉徴収票発行まで扱うタイプです。申告処理と給与計算を分けず、転記や突合作業を減らせる点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

🔗給与・賞与データとの自動連携
確定した控除額や過不足額を給与計算へ反映し、手入力や転記ミスを減らせます。
📄源泉徴収票・法定調書の自動作成
年末調整と給与データから源泉徴収票や法定調書を作成し、提出準備を効率化できます。

おすすめ製品3選

給与奉行クラウド

給与計算から年末調整まで同じシステムで済ませたい企業向け

OBCが提供する給与計算クラウドソフトで、年末調整機能を標準搭載しています。 給与・賞与計算から年末調整、源泉徴収票発行までをひとつのシステム内で完結できます。
価格
5,500円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
KING OF TIME 給与

勤怠から給与、年末調整までまとめて処理したい企業におすすめ

勤怠管理で広く利用されるKING OF TIMEシリーズの給与計算ソフトです。 勤怠データの取り込みから給与計算、年末調整までを一気通貫で処理できます。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
弥生給与Next

わかりやすい操作で給与と年末調整を進めたい中小企業向け

弥生シリーズの給与計算ソフトで、年末調整機能を備えています。 中小企業での導入実績が豊富で、操作のわかりやすさに定評があります。
価格
9,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

人事労務一元管理タイプ 🗂️

このタイプが合う企業:

人事労務全般のデジタル化を進めたい企業や、入退社・社会保険などの労務手続きと年末調整を同じプラットフォーム上で管理したい担当者の方に向いています。

どんなタイプか:

年末調整を人事情報、入退社、社会保険などの労務手続きと一元管理するタイプです。従業員マスタを共通化し、住所や扶養情報の再入力を減らします。

このタイプで重視すべき機能:

👤従業員情報の共通データベース
氏名・住所・扶養家族などの従業員情報を共有し、二重入力と情報不整合を減らせます。
🔄労務手続きとの情報連動
入退社や扶養変更の情報を年末調整へ連動し、年度途中の変更確認を減らせます。

おすすめ製品3選

freee人事労務

給与・労務とあわせて年末調整まで一元管理したい企業向け

人事労務業務を幅広くカバーするクラウドソフトで、給与計算・年末調整・労務手続きを一元管理できます。 従業員情報をもとに年末調整の申告書を自動作成する機能を備えています。
価格
2,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
SmartHR 労務管理

社会保険などの手続きと一緒に年末調整も済ませたい企業向け

労務管理分野で高いシェアを持つクラウドソフトです。 入退社や社会保険の手続きとあわせて年末調整をオンラインで完結でき、従業員にとって使いやすいUI設計に定評があります。
価格
0円~
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
ジンジャー給与

人事情報とひとまとめに年末調整を運用したい企業におすすめ

jinjerシリーズの給与・労務プラットフォームです。 人事データベースと連携して年末調整を運用でき、勤怠・給与・人事情報をひとつのシリーズ内でまとめて管理できます。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

比較すべき機能の優先度マップ

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

📥控除証明書の電子データ取込
マイナポータル連携や保険会社発行のXML電子証明書を直接取り込む機能です。対応状況は製品ごとに大きく異なり、FitGapでは手入力の手間と転記ミスを減らすうえで最も差が出るポイントと考えています。
🔗給与計算への自動データ連携
年末調整の結果を給与計算システムへそのまま引き渡せるかどうかの機能です。ここが自動化されていないと、CSV出力や手入力による二重作業が発生するため、運用負荷に直結します。
🔄差戻し・修正依頼ワークフロー
申告内容に不備があった際、該当箇所を指定して従業員へ差し戻す機能です。コメント付与や自動リマインドの有無など、製品ごとの作り込みに差があり、担当者の確認工数を左右します。
💬質問形式の入力ナビゲーション
従業員が画面の質問に順番に答えるだけで申告書が完成する仕組みです。この機能の有無や質によって、従業員からの問い合わせ件数が変わるため、FitGapでは選定時に必ず確認すべき項目としています。
📝前年データの自動プリフィル
前年の申告内容を自動的に引き継ぎ、変更がない項目の再入力を省略できる機能です。従業員側の入力負荷を減らすことに直接つながりますが、対応範囲は製品によって異なります。
📊提出進捗の管理ダッシュボード
未提出者の一覧表示やリマインドメールの一括送信など、管理者が全体の進捗を把握するための機能です。一覧性やフィルタ条件の柔軟さに製品間で差があり、従業員数が多いほど重要度が増します。
📷控除証明書のOCR・画像読取
紙の控除証明書をスマホで撮影し、記載内容を自動で読み取る機能です。電子証明書に未対応の保険会社が残る現状では実用的ですが、対応している製品はまだ一部に限られます。

一部の企業で必須

🌐多言語対応
申告画面を英語や他言語で表示できる機能です。外国人従業員が多い企業では必須ですが、対応製品は限られるため、該当する場合は早い段階で絞り込み条件に加えることをおすすめします。
🏢グループ会社の一括管理
複数法人の年末調整をひとつの管理画面でまとめて運用できる機能です。グループ経営や複数事業所を持つ企業では不可欠ですが、単独法人の場合は不要です。
📄源泉徴収票の電子交付
従業員へ源泉徴収票をWeb上で配付する機能です。ペーパーレス化を進めている企業では重視されますが、紙での配付で問題ない企業では優先度が下がります。
⚙️API連携
他の人事・給与・勤怠システムとAPIで自動的にデータを受け渡す機能です。既存システムが複数ある環境で手作業を減らしたい場合に必要になります。
👤退職者・休職者への個別対応
中途退職者や育休中の従業員に対して個別に年末調整を処理する機能です。該当者が多い企業では確認しておくべきですが、発生頻度が低い企業では優先度が下がります。
📁CSV一括取込・出力
既存システムからのデータ移行や、自治体向け給与支払報告書の一括出力に使う機能です。他システムとの連携手段がAPIではなくファイルベースの企業で特に重要になります。

ほぼ全製品が対応

💻従業員によるWeb入力
PC・スマートフォンから従業員自身が申告内容を入力・提出する機能です。現在販売されている年末調整ソフトのほぼすべてが対応しており、製品選定の差別化要因にはなりにくいです。
📋各種控除申告書の自動作成
基礎控除・配偶者控除・保険料控除など、必要な申告書を入力内容から自動で生成する機能です。法定様式への出力は基本機能として各製品に備わっています。
管理者による確認・承認機能
従業員が提出した申告内容を管理者が確認し、承認または差戻しを行う基本的なワークフロー機能です。ほぼ全製品に搭載されています。
🔢所得税の過不足額自動計算
年間の源泉徴収額と確定税額の差額を自動で算出する機能です。年末調整ソフトの中核機能であり、どの製品でも標準的に対応しています。

優先度が低い

🤖AIチャットボットによる問い合わせ対応
従業員からの年末調整に関する質問にAIが自動回答する機能です。搭載製品は増えつつありますが、FitGapとしては現時点で回答精度にばらつきがあり、選定の優先項目にはしづらいと考えています。
📑カスタムレポート・独自帳票作成
年末調整データを独自のフォーマットで集計・出力する機能です。多くの場合はCSVエクスポートとExcelで代替でき、この機能の有無で製品を選ぶ必要性は低いです。

年末調整ソフトの選び方

このページでの絞り込み方

  1. 1
    タイプを見て、任せる業務範囲を決める年末調整だけを電子化するか、給与計算や人事労務までまとめるかで、導入の進め方が変わります。まずは申告回収・確認、給与計算まとめて運用、人事労務一元管理のどれに近いかを確認します。タイプ別おすすめへ ↑
  2. 2
    必要な機能は、優先度マップで整理する電子データ取込とOCRは、年末の入力負荷に直結します。質問形式の入力や進捗管理も、給与計算への連携と合わせて整理します。機能の優先度マップへ ↑
  3. 3
    運用条件までそろえて比較する年末調整ソフトは、同じWeb申告でも既存システムの残し方や社内フォローの体制で使いやすさが変わります。下の比較ポイントでは、機能の○×に加えて確認したい運用・契約条件を整理します。

ここからは、年末調整の短い期間で実際に運用したときの条件をそろえます。業務範囲と給与計算への戻し方をそろえます。従業員への案内と料金、導入支援も同じ前提にすると、自社で扱いやすい製品を判断しやすくなります。

機能だけでは分かりにくい、運用・契約条件の比較ポイント

年末調整だけ切り出すか、給与・労務まで広げるか

いま使っている給与計算システムを残す企業では、年末調整だけを置き換えるほうが社内変更を小さくできます。給与計算や入退社情報まで同じ基盤に集める企業では、設定範囲と切り替え時期が広がります。業務範囲を曖昧にすると、導入後に二重入力や担当者の分担漏れが残ります。

製品の分かれ方:製品は大きく3通りです。年末調整単体で使う製品、給与計算と一体で運用する製品、人事労務の従業員情報から進める製品があります。

  • 年末調整単体で使う製品既存の給与計算システムを大きく変えずに、申告回収から確認までを切り出しやすい製品です。ただし給与計算へ戻すデータの受け渡し手順は先に決めます。代表製品:マネーフォワード クラウド年末調整 / オフィスステーション年末調整
  • 給与計算と一体で運用する製品年末調整後の計算や帳票作成まで、毎月の給与運用と同じ流れに載せやすい製品です。ただし給与計算の設定見直しも同時に発生します。代表製品:給与奉行クラウド / 弥生給与Next
  • 人事労務の従業員情報から進める製品住所や家族情報を、年末調整前から同じ画面で整えやすい製品です。ただし入退社や労務手続きの運用も合わせて決める必要があります。代表製品:freee人事労務 / SmartHR 労務管理

給与計算へ戻すデータの扱い

年末調整後の結果を別の給与計算システムへ戻す企業では、締め日までに出力と取込の確認が必要です。同じシリーズ内で処理する場合でも、給与確定の順番や修正時の戻し方を決めていないと、年末の確認作業が重くなります。

製品の分かれ方:製品は大きく3通りです。ファイルや連携で既存環境へ渡す製品、給与計算まで同じシリーズで進める製品、勤怠や人事情報もつないで処理する製品があります。

  • 既存環境へ渡す製品現在の給与計算環境を残したまま、申告回収だけを電子化しやすい製品です。ただし出力形式と取込後の確認担当を決める必要があります。代表製品:マネーフォワード クラウド年末調整 / オフィスステーション年末調整
  • 給与計算まで同じシリーズで進める製品過不足額の反映や帳票作成まで、給与計算の流れにまとめやすい製品です。ただし給与設定の移行や初期確認に時間がかかります。代表製品:給与奉行クラウド / KING OF TIME 給与
  • 勤怠や人事情報もつないで処理する製品勤怠や人事情報と合わせて、年末調整結果を月次給与に反映しやすい製品です。その分、関連サービスの利用範囲を先に決める必要があります。代表製品:弥生給与Next / ジンジャー給与

従業員への案内と差戻しの運用

従業員数が多い企業や店舗勤務が多い企業では、回答依頼の伝え方だけで提出の遅れが増えます。管理者が個別連絡をメールや口頭で補う運用のままだと、締め日前に問い合わせと再提出が集中します。

製品の分かれ方:製品は大きく3通りです。質問形式で自己入力を促す製品、進捗確認と個別連絡を重視する製品、人事ポータル上で回答場所をまとめる製品があります。

  • 質問形式で自己入力を促す製品従業員が画面の案内に沿って回答しやすく、問い合わせを減らしやすい製品です。ただし社内独自の案内文は事前に整える必要があります。代表製品:マネーフォワード クラウド年末調整 / オフィスステーション年末調整
  • 進捗確認と個別連絡を重視する製品未提出や再提出の状況を管理者が追いやすく、短い期間の回収を進めやすい製品です。ただし担当者の確認ルールがないと連絡が散らばります。代表製品:SmartHR 労務管理
  • 人事ポータル上で回答場所をまとめる製品従業員が普段使う人事労務の入口から回答でき、案内先を統一しやすい製品です。ただし年末調整以外の通知設計も合わせて整えます。代表製品:freee人事労務 / SmartHR 労務管理

料金・導入支援の合わせ方

年末調整は年に一度の業務でも、準備は短期間に集中します。利用人数や初期設定、関連サービスの範囲をそろえずに料金を比べると、初年度の作業量と費用が想定からずれます。

製品の分かれ方:料金と導入支援は大きく3通りです。年末調整だけの料金を確認しやすい製品、給与・労務のプラン内で考える製品、構成を伝えて相談する製品があります。

  • 年末調整だけの料金を確認しやすい製品年末調整部分から始める費用感をつかみやすい製品です。ただし登録料や関連機能を含めた初年度総額は別に確認します。代表製品:オフィスステーション年末調整
  • 給与・労務のプラン内で考える製品月次給与や労務手続きも含めた契約で、年間業務全体の費用をまとめやすい製品です。ただし年末調整だけ使う場合より範囲が広がります。代表製品:弥生給与Next / freee人事労務
  • 構成を伝えて相談する製品従業員数や既存システムとの連携を伝え、導入手順と料金を合わせて相談しやすい製品です。その分、比較前に利用範囲を整理する手間がかかります。代表製品:給与奉行クラウド / ジンジャー給与

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かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

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よくある質問

年末調整ソフトでは、年に一度の年末調整業務をどこまで効率化できますか?

従業員からの申告書の回収をWeb化し、扶養や保険料、住宅ローンの控除額を自動で計算できます。控除証明書の画像提出やマイナポータル連携、OCRで証憑を取り込め、源泉徴収票や法定調書の作成から電子申告までつなげられます。紙の回収や手計算の手間を大きく減らせます。

従業員への差し戻しや進捗の管理、給与計算との連携もできますか?

できます。入力の誤りや不足を自動でチェックして従業員に差し戻したり、回収の進捗を一覧で管理して未提出者に催促メールを送ったりできます。計算した結果を給与計算ソフトに連携して過不足税額を給与に反映でき、担当者の確認や転記の作業を減らして計算ミスも防げます。

年末調整ソフトを入れれば、税の知識がなくても問題なく進められますか?

基本は自動化されますが、丸投げできるわけではありません。控除の要件や税制は毎年改正され、扶養の判定や住宅ローン控除など個別の事情で確認が要る場面は残ります。従業員の入力誤りのチェックや源泉徴収票の最終確認は担当者の役目なので、法令の最新対応と自社の運用に合うかを試用で確かめましょう。

年末調整ソフトの料金はどのくらいですか?

年末調整に特化した製品はジョブカン年末調整が月2,000円、マネーフォワードが月2,980円ほどから使えます。給与計算と一体のジンジャーやKING OF TIMEは1ユーザー月300円、年額制のオフィスステーション年末調整は年11,000円です。SmartHRには無料から使えるプランもあり、従業員数や連携範囲で総額が変わります。

年末調整ソフトの導入前に、何を決めておくとよいですか?

年末調整の申告回収だけを効率化したいのか、給与計算や労務まで一体にしたいかをまず決めると選定がぶれません。今使う給与計算ソフトとの連携、従業員がスマホで申告できるか、マイナポータルやOCRへの対応も整理しておきます。年に一度の繁忙期に間に合うよう、試用で実際の申告と計算の流れを確かめましょう。

※掲載している機能・対応範囲・料金は一般的な目安です。製品・プラン・契約条件により異なる場合があるため、導入前に各製品の最新の公式情報や比較表でご確認ください。

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