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年末調整ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2025年10月02日
年末調整ソフトは、従業員からの申告書回収・控除額の計算・源泉徴収票の作成といった年に一度の業務を効率化するためのソフトです。近年はマイナポータル連携による控除証明書の電子取込や、OCRによる紙証憑の自動読取といった機能が普及し始めており、手入力に頼る場面は年々減っています。ただし、年末調整の申告回収「だけ」に特化した製品から、給与計算や人事労務管理まで一体化した製品まで、カバー範囲は製品ごとに大きく異なります。 年末調整ソフトと一口に言っても、申告回収の効率化に絞った製品もあれば、給与計算や労務手続きまで含めてカバーする製品もあり、比較する前にまず自社に合うタイプの見極めが必要です。 タイプを分ける軸は「年末調整ソフトにどこまでの業務範囲を任せるか」です。このガイドでは業務範囲の広さに応じて3つのタイプに整理し、タイプ別の主要製品と選び方のステップを紹介します。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
申告回収・確認の効率化タイプ 📋
マネーフォワード クラウド年末調整
/ オフィスステーション年末調整
/ ジョブカン年末調整
給与計算まとめて運用タイプ 💰
給与奉行クラウド
/ KING OF TIME 給与
/ 弥生給与Next
人事労務一元管理タイプ 🗂️
freee人事労務
/ SmartHR 労務管理
/ ジンジャー給与
企業規模
大企業
中小企業
その他
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タイプ別お勧め製品

申告回収・確認の効率化タイプ 📋

このタイプが合う企業:

年末調整の申告回収や証憑確認に多くの時間を費やしている企業の人事・総務担当者の方に向いています。給与計算は既存システムで運用しており、年末調整部分だけを効率化したいケースに適しています。

どんなタイプか:

従業員からの年末調整の申告書回収、控除証明書などの証憑確認、不備時の差戻し対応を効率化することに特化したタイプです。紙やExcelでの運用から脱却し、Web上で申告の回収・確認・差戻しを完結できます。給与計算は既存のシステムを使い続けたい場合にも導入しやすく、年末調整の実務負担だけをピンポイントで軽減できます。

このタイプで重視すべき機能:

📱Web申告・回収管理
従業員がスマホやPCから申告書を入力・提出でき、担当者側では回収状況を一覧で把握できます。未提出者へのリマインド送信にも対応しており、督促の手間を減らせます。
📸証憑の画像添付・オンライン確認
控除証明書などの証憑を画像で添付・提出でき、担当者がオンライン上で内容を確認・差戻しできます。紙の証憑を物理的に回収・保管する負担を軽減できます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド年末調整
おすすめの理由
年末調整専用のクラウドソフトとしてシェアが高く、従業員への案内から申告回収・証憑確認までをWeb上で完結できます。マネーフォワードシリーズの他サービスとの連携にも対応しています。
価格
2,980円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
オフィスステーション年末調整
おすすめの理由
年末調整業務に特化した設計で、申告書の配付・回収・確認をオンラインで効率化できます。必要な機能に絞られているため導入しやすく、既存の給与ソフトと併用する運用に向いています。
価格
¥11,000
年額
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン年末調整
おすすめの理由
ジョブカンシリーズの年末調整モジュールです。従業員がアンケート形式で簡単に申告でき、担当者側の確認・差戻し作業もスムーズに行えます。
価格
2,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

給与計算まとめて運用タイプ 💰

このタイプが合う企業:

給与計算ソフトの導入やリプレースとあわせて年末調整も効率化したい企業や、年末調整の結果を給与に反映する際の手作業・転記ミスを削減したい担当者の方に向いています。

どんなタイプか:

年末調整の結果をそのまま給与計算に反映し、還付・徴収処理から源泉徴収票の発行までを一連の流れで処理できるタイプです。年末調整と給与計算を別々のソフトで運用する場合に発生するデータの転記や突合の手間を省けます。FitGapでは、給与計算ソフトのリプレースも視野に入れている企業にとって最も費用対効果が高いタイプと考えています。

このタイプで重視すべき機能:

🔗給与・賞与データとの自動連携
年末調整で確定した控除額や過不足額を給与計算側に自動で反映できます。手入力による転記ミスを防ぎ、還付・徴収処理をスムーズに進められます。
📄源泉徴収票・法定調書の自動作成
年末調整と給与計算のデータをもとに、源泉徴収票を自動で作成できます。法定調書や給与支払報告書の出力にも対応しており、年末から年始にかけての提出業務を効率化できます。

おすすめ製品3選

給与奉行クラウド
おすすめの理由
OBCが提供する給与計算クラウドソフトで、年末調整機能を標準搭載しています。給与・賞与計算から年末調整、源泉徴収票発行までをひとつのシステム内で完結できます。
価格
5,500円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
KING OF TIME 給与
おすすめの理由
勤怠管理で広く利用されるKING OF TIMEシリーズの給与計算ソフトです。勤怠データの取り込みから給与計算、年末調整までを一気通貫で処理できます。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
弥生給与Next
おすすめの理由
弥生シリーズの給与計算ソフトで、年末調整機能を備えています。中小企業での導入実績が豊富で、操作のわかりやすさに定評があります。
価格
9,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

人事労務一元管理タイプ 🗂️

このタイプが合う企業:

人事労務全般のデジタル化を進めたい企業や、入退社・社会保険などの労務手続きと年末調整を同じプラットフォーム上で管理したい担当者の方に向いています。

どんなタイプか:

年末調整を人事情報や入退社手続き、社会保険手続きなどの労務業務とあわせて一元管理できるタイプです。従業員情報を共通のデータベースで管理するため、年末調整時に住所や扶養情報を改めて入力し直す手間が省けます。FitGapとしては、人事労務のデジタル化をこれから本格的に進める企業にとって、最も広い範囲の業務改善が見込めるタイプだと考えています。

このタイプで重視すべき機能:

👤従業員情報の共通データベース
従業員のマスタ情報(氏名・住所・扶養家族など)を人事労務システム全体で共有できます。年末調整でデータを二重入力する必要がなく、情報の整合性を保てます。
🔄労務手続きとの情報連動
入退社手続きや扶養変更届などの労務手続きと年末調整の情報が連動しています。年度途中の異動や変更内容が年末調整にも反映されるため、確認作業を減らせます。

おすすめ製品3選

freee人事労務
おすすめの理由
人事労務業務を幅広くカバーするクラウドソフトで、給与計算・年末調整・労務手続きを一元管理できます。従業員情報をもとに年末調整の申告書を自動作成する機能を備えています。
価格
2,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
SmartHR 労務管理
おすすめの理由
労務管理分野で高いシェアを持つクラウドソフトです。入退社や社会保険の手続きとあわせて年末調整をオンラインで完結でき、従業員にとって使いやすいUI設計に定評があります。
価格
0円~
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジンジャー給与
おすすめの理由
jinjerシリーズの給与・労務プラットフォームです。人事データベースと連携して年末調整を運用でき、勤怠・給与・人事情報をひとつのシリーズ内でまとめて管理できます。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

📥控除証明書の電子データ取込
マイナポータル連携や保険会社発行のXML電子証明書を直接取り込む機能です。対応状況は製品ごとに大きく異なり、FitGapでは手入力の手間と転記ミスを減らすうえで最も差が出るポイントと考えています。
🔗給与計算への自動データ連携
年末調整の結果を給与計算システムへそのまま引き渡せるかどうかの機能です。ここが自動化されていないと、CSV出力や手入力による二重作業が発生するため、運用負荷に直結します。
🔄差戻し・修正依頼ワークフロー
申告内容に不備があった際、該当箇所を指定して従業員へ差し戻す機能です。コメント付与や自動リマインドの有無など、製品ごとの作り込みに差があり、担当者の確認工数を左右します。
💬質問形式の入力ナビゲーション
従業員が画面の質問に順番に答えるだけで申告書が完成する仕組みです。この機能の有無や質によって、従業員からの問い合わせ件数が変わるため、FitGapでは選定時に必ず確認すべき項目としています。
📝前年データの自動プリフィル
前年の申告内容を自動的に引き継ぎ、変更がない項目の再入力を省略できる機能です。従業員側の入力負荷を減らすことに直接つながりますが、対応範囲は製品によって異なります。
📊提出進捗の管理ダッシュボード
未提出者の一覧表示やリマインドメールの一括送信など、管理者が全体の進捗を把握するための機能です。一覧性やフィルタ条件の柔軟さに製品間で差があり、従業員数が多いほど重要度が増します。
📷控除証明書のOCR・画像読取
紙の控除証明書をスマホで撮影し、記載内容を自動で読み取る機能です。電子証明書に未対応の保険会社が残る現状では実用的ですが、対応している製品はまだ一部に限られます。

一部の企業で必須

🌐多言語対応
申告画面を英語や他言語で表示できる機能です。外国人従業員が多い企業では必須ですが、対応製品は限られるため、該当する場合は早い段階で絞り込み条件に加えることをおすすめします。
🏢グループ会社の一括管理
複数法人の年末調整をひとつの管理画面でまとめて運用できる機能です。グループ経営や複数事業所を持つ企業では不可欠ですが、単独法人の場合は不要です。
📄源泉徴収票の電子交付
従業員へ源泉徴収票をWeb上で配付する機能です。ペーパーレス化を進めている企業では重視されますが、紙での配付で問題ない企業では優先度が下がります。
⚙️API連携
他の人事・給与・勤怠システムとAPIで自動的にデータを受け渡す機能です。既存システムが複数ある環境で手作業を減らしたい場合に必要になります。
👤退職者・休職者への個別対応
中途退職者や育休中の従業員に対して個別に年末調整を処理する機能です。該当者が多い企業では確認しておくべきですが、発生頻度が低い企業では優先度が下がります。
📁CSV一括取込・出力
既存システムからのデータ移行や、自治体向け給与支払報告書の一括出力に使う機能です。他システムとの連携手段がAPIではなくファイルベースの企業で特に重要になります。

ほぼ全製品が対応

💻従業員によるWeb入力
PC・スマートフォンから従業員自身が申告内容を入力・提出する機能です。現在販売されている年末調整ソフトのほぼすべてが対応しており、製品選定の差別化要因にはなりにくいです。
📋各種控除申告書の自動作成
基礎控除・配偶者控除・保険料控除など、必要な申告書を入力内容から自動で生成する機能です。法定様式への出力は基本機能として各製品に備わっています。
管理者による確認・承認機能
従業員が提出した申告内容を管理者が確認し、承認または差戻しを行う基本的なワークフロー機能です。ほぼ全製品に搭載されています。
🔢所得税の過不足額自動計算
年間の源泉徴収額と確定税額の差額を自動で算出する機能です。年末調整ソフトの中核機能であり、どの製品でも標準的に対応しています。

優先度が低い

🤖AIチャットボットによる問い合わせ対応
従業員からの年末調整に関する質問にAIが自動回答する機能です。搭載製品は増えつつありますが、FitGapとしては現時点で回答精度にばらつきがあり、選定の優先項目にはしづらいと考えています。
📑カスタムレポート・独自帳票作成
年末調整データを独自のフォーマットで集計・出力する機能です。多くの場合はCSVエクスポートとExcelで代替でき、この機能の有無で製品を選ぶ必要性は低いです。

年末調整ソフトの選び方

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