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農業・林業・漁業向け会計ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/4/17
会計ソフトと一口に言っても、農業・林業・漁業の現場で本当に使える製品は限られています。種苗費や素畜費といった一次産業特有の勘定科目への対応、農業所得用の青色申告決算書の自動作成、JA取引データの取り込みなど、汎用ソフトではカバーしきれない要件が数多く存在するからです。さらに近年はAI仕訳やクラウド連携の進化により、現場作業の合間にスマホで経理を済ませるスタイルも広がっています。FitGapでは、こうした製品の多様性を「業種特化」「クラウド自動化」「税理士連携」という3つのタイプに整理し、要件定義から最終選定までを順を追ってガイドします。
レビュー担当 松浦 大輔
FP技能士2級(AFP)・日商簿記2級を保有し、財務・会計の実務知識を裏付けている。freee等の会計・経費精算システムの業務利用経験を持ち、バックオフィス業務設計の視点から製品を評価している。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
一次産業の勘定科目・申告書にそのまま対応できる専用ソフトタイプ 🌾
農業簿記
/ 弥生会計
/ 大蔵大臣NX
銀行連携・AI仕訳で日々の経理を自動化するクラウド会計タイプ ☁️
freee会計(法人)
/ マネーフォワード クラウド会計
/ ALL-IN
税理士・会計事務所とリアルタイム連携して法人経理を行うタイプ 🤝
FX4クラウド
/ JDL IBEX会計net
/ 勘定奉行クラウド
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

一次産業の勘定科目・申告書にそのまま対応できる専用ソフトタイプ 🌾

このタイプが合う企業:

個人農家・新規就農者・小規模な農林漁業の個人事業主で、簿記知識が少なくても手軽に記帳から確定申告まで完結させたい方

どんなタイプか:

農業・林業・漁業では「種苗費」「素畜費」「肥料費」「漁具費」など一般企業にはない独特の勘定科目が多く、確定申告の書式も農業所得用など専用のものが必要です。このタイプは、そうした一次産業ならではの勘定科目や青色申告決算書のフォーマットが最初から組み込まれており、初期設定の手間がほとんどかかりません。育成資産(果樹・牛馬など)の減価償却自動計算やJAの取引データ取り込みなど、現場を知り尽くした機能が充実しています。FitGapでは、簿記の知識に自信がない個人農家や新規就農者の方にまずおすすめしたいタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

📋農業・林業・漁業専用の勘定科目プリセット
種苗費・肥料費・素畜費・農薬費・漁具費など、一次産業に特有の勘定科目があらかじめ登録されています。勘定科目を自分で追加する手間なく、取引内容を選ぶだけで正しい仕訳が自動的に行われます。
📝農業所得用の青色申告決算書・収支内訳書の自動作成
日々の記帳データをもとに、農業所得用の青色申告決算書や収支内訳書を自動で作成してくれます。育成資産の減価償却計算も自動反映されるため、決算時に手作業で集計する負担が大幅に軽減されます。

おすすめ製品3選

農業簿記
おすすめの理由
農業、林業、漁業シェアがおすすめ9製品中1位で、一次産業での採用実績が最も広い製品です。JAバンクCSV取込に○(対応)しており、農協口座の入出金をそのまま仕訳に反映できます。個人事業主向け会計ソフトは○(推奨)で、家事按分・個人消費税申告・e-Tax連携にも○(対応)しているため、個人農家の確定申告を一本で完結しやすい構成です。FitGapのサポート評価はおすすめ9製品中2位タイ、導入しやすさ評価も3位タイで、簿記に不慣れな新規就農者でも立ち上げやすいです。一方、汎用法人向け会計ソフトは×(非推奨)のため、農業法人化を見据える場合は法人対応のある他製品との比較が必要です。要件対応率はおすすめ9製品中7位(85項目中31件対応)と対応範囲は絞られており、銀行API連携やOCR仕訳で入力を自動化したい方にはクラウド会計タイプが向きます。
価格
66000
買い切り
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
個人農家から農業法人まで幅広く使える汎用性がこの製品の差別化ポイントです。個人事業主向け・汎用法人向け・会計事務所向けの3グループ要件がいずれも○(推奨)で、経営規模が変わっても同じソフトを使い続けられます。確定申告書作成・e-Tax連携・家事按分に○(対応)しており、農業所得の申告に必要な機能が一通りそろいます。FitGapのサポート評価はおすすめ9製品中1位タイで、操作でつまずいた際の電話問い合わせに対応しています。中小企業シェアはおすすめ9製品中1位タイと、幅広い業種で導入されている実績も判断材料になります。ただしJAバンクCSV取込は追加オプションでの対応となり、銀行API取込やOCR仕訳は○(対応)ですが農業専用の勘定科目設定は初期設定で手間がかかる場合があります。作物別・圃場別の原価管理を重視する場合は、農業特化の設計を持つ同タイプの他製品と比較してください。
価格
50,000円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
大蔵大臣NX
おすすめの理由
農業法人や農事組合法人など、法人形態で一次産業を営む事業者に向く製品です。汎用法人向けと協同組合向けの両方が○(推奨)で、FitGapの要件対応率はこのタイプ3製品中1位(85項目中36件対応)と対応範囲が最も広いです。複合配賦・予算管理・キャッシュフロー計算書自動生成に○(対応)しており、部門別の収支管理や資金繰りの把握など法人経理に必要な機能がそろいます。共済契約連携と全銀データ出力にも○(対応)しているため、農協との取引が多い法人の経理処理を効率化できます。一方、個人事業主向けは×(非推奨)で、確定申告書作成・e-Tax連携も×(非対応)のため、個人農家の青色申告には使えません。JAバンクCSV取込も×(非対応)で、農協口座の自動取込を重視する個人事業主は同タイプの他製品を選んでください。
価格
264,000円
買い切り
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

銀行連携・AI仕訳で日々の経理を自動化するクラウド会計タイプ ☁️

このタイプが合う企業:

日常の記帳作業を極力自動化したい方、スマホで経理を済ませたい若手農林漁業者、兼業で複数の所得を一元管理したい方

どんなタイプか:

農林漁業の経営者は圃場や山林・漁場での作業が中心で、事務作業に充てられる時間が限られています。このタイプは、銀行口座やクレジットカードとの自動連携によって入出金データを取り込み、AIが仕訳を提案してくれるクラウド型の会計ソフトです。スマホやタブレットからいつでも入力・確認できるため、作業現場から離れられない一次産業の方でもスキマ時間に経理を進められます。FitGapとしては、兼業農家やIT活用に積極的な若手農林漁業者に特に注目していただきたいタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

🔗銀行口座・クレジットカードとの自動データ連携
銀行口座やクレジットカード、電子マネーの明細データを自動で取り込みます。手入力の手間がなくなるため、日中は現場作業に集中し、帰宅後にまとめて確認・承認するだけで記帳が完了します。
🤖AIによる自動仕訳提案
取り込まれた取引データをAIが分析し、適切な勘定科目を自動で提案します。使い続けるほど学習精度が上がり、仕訳ミスの削減と経理時間の短縮を同時に実現できます。

おすすめ製品3選

freee会計(法人)
おすすめの理由
スマホやタブレットから仕訳入力・残高確認ができるため、圃場や山林など作業現場を離れにくい農林漁業者がスキマ時間で経理を進めやすい製品です。FitGapの操作性評価はおすすめ9製品中1位で、簿記に不慣れな兼業農家でも入力に迷いにくい点が強みです。JAバンクCSV取込に○(対応)しており、銀行API連携と合わせて農協口座の入出金を手入力なしで取り込めます。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中3位(85項目中40件対応)、料金評価・導入しやすさ評価もともに1位タイで、コストを抑えて素早く立ち上げたい小規模経営体に向きます。一方、確定申告書作成・家事按分は×(非対応)のため、個人農家が申告まで1本で完結させたい場合は同タイプの他製品か専用ソフトタイプとの比較が必要です。
価格
2,980円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド会計
おすすめの理由
確定申告書作成・家事按分・個人消費税申告にすべて○(対応)しており、個人経営の農林漁業者が記帳から申告書の作成まで1つのサービスで完結させやすい製品です。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中2位(85項目中41件対応)で、同タイプ3製品中では最も広い対応範囲を持ちます。JAバンクCSV取込にも○(対応)し、請求書・経費精算など周辺業務のクラウドサービスと連携して自動仕訳できるため、出荷伝票や資材購入の記帳工数を減らせます。FitGapの導入しやすさ・料金評価はともに1位タイです。ただし、農業所得に特化した勘定科目テンプレートや育成資産管理は標準搭載ではないため、作物別・圃場別の原価管理を細かく行いたい場合は専用ソフトタイプと機能差を比較してください。
価格
¥3,980
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
会計・販売・在庫を1つの画面で管理できる一体型の設計で、収穫物の出荷管理と会計を別々のソフトに分けたくない農林漁業の法人経営体で候補になる製品です。在庫リアル連携に○(対応)しており、出荷や仕入の数量と金額を会計側へ直接反映できます。自動仕訳精算・消込と監査・証憑ワークフローにも○(対応)しているため、補助金の証憑保管や経理チェック体制を整えたい農業法人に適しています。FitGapの導入しやすさ評価はおすすめ9製品中2位、料金評価も2位です。一方、OCR仕訳・確定申告書作成・家事按分はいずれも×(非対応)で、FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中5位(85項目中34件対応)にとどまるため、個人経営で申告まで完結させたい方には向きません。
価格
3,900円
月/ユーザー
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

税理士・会計事務所とリアルタイム連携して法人経理を行うタイプ 🤝

このタイプが合う企業:

税理士・会計事務所と緊密に連携したい農業法人・林業法人・漁業法人、経営規模の拡大に伴い管理会計の強化が必要な中堅以上の一次産業事業者

どんなタイプか:

農業法人や林業組合、漁業協同組合など、法人格を持つ一次産業の事業者は、税理士や会計事務所との連携が欠かせません。このタイプは、顧問税理士とデータをリアルタイムに共有し、月次監査や決算業務をスムーズに進められる設計の会計ソフトです。部門別の収支管理や補助金の管理機能など、法人経営に必要な管理会計の仕組みも備えています。FitGapでは、経営規模が拡大して本格的な財務管理が求められるようになった農業法人や一次産業の中堅企業におすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

📡税理士・会計事務所とのリアルタイムデータ共有
顧問税理士や会計事務所と同じデータベースをリアルタイムに共有できます。仕訳の確認や修正指示がオンラインで完結するため、繁忙期でもタイムリーな月次監査と的確な経営アドバイスを受けられます。
📊部門別・作目別の管理会計
水稲・畜産・野菜など作目別、あるいは事業所・圃場別に収支を管理できます。どの部門が利益を生み出しているかを可視化し、経営判断の精度を高めることが可能です。

おすすめ製品3選

FX4クラウド
おすすめの理由
農業法人の部門別原価管理と税理士の月次監査を1つのクラウド基盤で回したい企業で第一候補になる製品です。FitGapの要件チェック(85項目)ではおすすめ9製品中1位(60件対応)で、組合員管理・JAバンクCSV取込・信用事業仕訳連携・共済契約連携の4要件がいずれも○(対応)と、一次産業特有のデータ経路を標準でカバーしています。農業、林業、漁業シェアはおすすめ9製品中2位で、同業種での採用実績も判断材料になります。FitGapのセキュリティ評価はおすすめ9製品中1位のため、巡回監査の証跡管理を重視する税理士事務所との運用に向きます。一方、FitGapの料金評価はおすすめ9製品中6位タイと導入コストは高めで、圃場が少ない小規模農家には過剰投資になる場合があります。
価格
要問合せ
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
JDL IBEX会計net
おすすめの理由
JDL系の税理士事務所と同一環境で帳簿データをやり取りしたい農業法人で候補になる製品です。監査・証憑ワークフローに○(対応)しており、顧問税理士が仕訳を直接チェック・修正する運用に合わせやすい設計です。FitGapの要件チェック(85項目)ではおすすめ9製品中8位(24件対応)と対応範囲が狭く、JAバンクCSV取込は×(非対応)、銀行API取込も追加オプション扱いのため、JA口座の入出金を自動で取り込みたい場合は別途手段の確認が必要です。OCR仕訳も×(非対応)のため、領収書を手入力する工数が残ります。税理士主導で記帳・申告を進める体制が確立している法人に向きますが、自計化を進めて経理の内製化を図りたい企業にはタイプ内の他製品を推奨します。
価格
3,610円
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
勘定奉行クラウド
おすすめの理由
シェアはおすすめ9製品中1位で、税理士事務所との連携実績が幅広い製品です。銀行API取込・JAバンクCSV取込の両方に○(対応)しており、JA口座と一般銀行口座の入出金をまとめて自動取込できるため、複数金融機関を使い分ける農業法人の仕訳入力を効率化できます。FitGapの要件チェック(85項目)ではおすすめ9製品中4位(36件対応)で、仕訳承認ワークフロー・監査証憑ワークフロー・予算管理にも○(対応)と、法人経理に必要な統制機能をひと通り備えています。FitGapのサポート評価はおすすめ9製品中1位タイで、導入後の運用定着にも手厚いです。一方、農業、林業、漁業シェアはおすすめ9製品中5位タイにとどまり、組合員管理は×(非対応)のため、協同組合での利用にはタイプ内の別製品との比較が必要です。
価格
7,750円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🌾農業特有の勘定科目への標準対応
種苗費・肥料費・農薬衛生費・素畜費・飼料費など、農林漁業で頻出する勘定科目があらかじめ登録されているかどうかは、製品選びの最大の分岐点です。FitGapでは、勘定科目を手動で追加できる汎用ソフトと、最初から業種専用科目がセットされた特化ソフトでは、導入後の手間に大きな差が出ると考えています。
📄農業所得用の決算書・確定申告書の作成
個人農家にとって最重要と言えるのが、農業所得用の青色申告決算書をソフト上で直接作成できるかどうかです。汎用会計ソフトではこの様式に対応していない製品も多いため、確定申告時に別途書類を手作業で仕上げる手間が発生します。FitGapとしては、個人事業主の方はこの対応可否を最初に確認すべきだと考えます。
🏦JA(農協)取引データの取り込み
農業経営者にとってJAとの取引は日常的に発生します。JAの販売・購買・信用取引データを会計ソフトに自動で取り込めるかどうかは、仕訳入力の手間を劇的に減らせるポイントです。この機能は農業特化ソフトならではの強みで、汎用ソフトにはほぼ搭載されていません。
🐄育成資産(果樹・牛馬など)の管理機能
果樹や牛馬のように、収穫・出荷までに複数年かかる資産の育成費用を正しく計算・管理するのは、農業会計で最も複雑な処理のひとつです。この育成資産管理に対応しているかどうかで、決算時の作業負荷が大きく変わります。畜産や果樹農家の方は特に注意してください。
📊作物別・圃場別の原価管理
どの作物がどれだけ利益を出しているかを把握するには、作物別や圃場(畑・田んぼ)別のコスト管理が欠かせません。FitGapでは、経営を「見える化」して改善につなげたい方にとって、この機能が選定の決め手になると見ています。漁業であれば漁獲高や漁船別のコスト管理が同様に重要です。
💰補助金・助成金の収支管理
農林漁業は多種多様な公的補助金や助成金が存在する業界です。補助金ごとに用途別の支出を記録し、報告書を効率的に作成できる機能があるかどうかは、実務上とても大きな差になります。補助金の適正利用を証明するための帳簿管理がスムーズにできる製品を選びましょう。

一部の企業で必須

🧮消費税の軽減税率への対応
食料品を出荷する農業・漁業では、標準税率と軽減税率(8%)が混在するケースが頻繁に発生します。インボイス制度の定着に伴い、仕入税額控除の控除率指定や適格請求書の発行に正しく対応できるかも重要です。課税事業者の方は必ず確認してください。
🏢法人向け決算・税務申告への対応
農業法人や漁業法人として運営している場合は、個人の確定申告ではなく法人税申告書の作成が必要になります。法人特有の決算処理(法人税・消費税・事業税など)にどこまで対応しているかを見極めることが大切です。
📡e-Tax(電子申告)との連携
帳簿データからe-Tax用の申告データをそのまま出力・送信できる機能です。対応していれば、紙の提出が不要になり、青色申告特別控除65万円の要件も満たしやすくなります。申告業務を自力で完結させたい方には必須の機能です。
🤝税理士とのデータ共有・連携
顧問税理士に帳簿データをリアルタイムで共有できれば、月次監査や決算業務の効率が大幅に上がります。クラウド会計ソフトでは標準的に対応していることが多いですが、インストール型の場合はデータの受け渡し方法を事前に確認しておくと安心です。
🏠不動産所得など兼業収入の管理
兼業農家や農業以外にも収入源がある方は、農業所得とそれ以外の所得を一つのソフトで管理できるかが重要です。農業特化ソフトでは兼業に対応できない場合があるため、複数の収入源をお持ちの方は汎用ソフトも検討する必要があります。

ほぼ全製品が対応

仕訳の自動入力・自動転記
入力した仕訳データが元帳や試算表に自動転記され、決算書まで連動する機能は、現在販売されている会計ソフトのほぼすべてに備わっています。手書き帳簿からの移行を検討している方にとっては大きな時短になりますが、製品間での差は小さいです。
🚜減価償却費の自動計算
トラクターやコンバインなどの農業機械、漁船といった高額資産の減価償却費を自動計算する機能は、ほとんどの会計ソフトが標準で対応しています。耐用年数表に基づいて正確に計算してくれるため、この点で製品を絞り込む必要は基本的にありません。
📋貸借対照表・損益計算書の自動作成
日々の仕訳データから決算時に必要な貸借対照表や損益計算書を自動生成する機能は、会計ソフトの基本中の基本です。どの製品でも対応していますので、この機能の有無だけで製品を選ぶ必要はありません。

優先度が低い

🌐多言語対応
海外との取引が多い大規模農業法人でない限り、多言語表示や外貨建て処理の機能が必要になるケースはごくまれです。農林漁業においては、まず国内向けの機能充実度を優先して選ぶべきでしょう。
📈高度なBI・経営ダッシュボード
リアルタイムで経営指標をグラフ化するダッシュボード機能は便利ですが、農林漁業の多くの事業者にとっては、まず日々の記帳と確定申告を正確に行えることが最優先です。経営分析は導入後に段階的に活用を検討すれば十分です。

農業、林業、漁業の会計ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

サービスカテゴリ

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