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農業・林業・漁業向け会計ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/4/17
会計ソフトと一口に言っても、農業・林業・漁業の現場で本当に使える製品は限られています。種苗費や素畜費といった一次産業特有の勘定科目への対応、農業所得用の青色申告決算書の自動作成、JA取引データの取り込みなど、汎用ソフトではカバーしきれない要件が数多く存在するからです。さらに近年はAI仕訳やクラウド連携の進化により、現場作業の合間にスマホで経理を済ませるスタイルも広がっています。FitGapでは、こうした製品の多様性を「業種特化」「クラウド自動化」「税理士連携」という3つのタイプに整理し、要件定義から最終選定までを順を追ってガイドします。
レビュー担当 松浦 大輔
FP技能士2級(AFP)・日商簿記2級を保有し、財務・会計の実務知識を裏付けている。freee等の会計・経費精算システムの業務利用経験を持ち、バックオフィス業務設計の視点から製品を評価している。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
一次産業の勘定科目・申告書にそのまま対応できる専用ソフトタイプ 🌾
農業簿記
/ 弥生会計
/ 大蔵大臣NX
銀行連携・AI仕訳で日々の経理を自動化するクラウド会計タイプ ☁️
freee会計(法人)
/ マネーフォワード クラウド会計
/ ALL-IN
税理士・会計事務所とリアルタイム連携して法人経理を行うタイプ 🤝
FX4クラウド
/ JDL IBEX会計net
/ 勘定奉行クラウド
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

一次産業の勘定科目・申告書にそのまま対応できる専用ソフトタイプ 🌾

このタイプが合う企業:

個人農家・新規就農者・小規模な農林漁業の個人事業主で、簿記知識が少なくても手軽に記帳から確定申告まで完結させたい方

どんなタイプか:

農業・林業・漁業では「種苗費」「素畜費」「肥料費」「漁具費」など一般企業にはない独特の勘定科目が多く、確定申告の書式も農業所得用など専用のものが必要です。このタイプは、そうした一次産業ならではの勘定科目や青色申告決算書のフォーマットが最初から組み込まれており、初期設定の手間がほとんどかかりません。育成資産(果樹・牛馬など)の減価償却自動計算やJAの取引データ取り込みなど、現場を知り尽くした機能が充実しています。FitGapでは、簿記の知識に自信がない個人農家や新規就農者の方にまずおすすめしたいタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

📋農業・林業・漁業専用の勘定科目プリセット
種苗費・肥料費・素畜費・農薬費・漁具費など、一次産業に特有の勘定科目があらかじめ登録されています。勘定科目を自分で追加する手間なく、取引内容を選ぶだけで正しい仕訳が自動的に行われます。
📝農業所得用の青色申告決算書・収支内訳書の自動作成
日々の記帳データをもとに、農業所得用の青色申告決算書や収支内訳書を自動で作成してくれます。育成資産の減価償却計算も自動反映されるため、決算時に手作業で集計する負担が大幅に軽減されます。

おすすめ製品3選

農業簿記
おすすめの理由
JAの取引データを標準機能として取り込みながら、育成資産や種苗・肥料といった農業特有の勘定科目で日々の記帳を進めたい個人農家や新規就農者に向く製品です。JAバンクCSV取込と共済契約連携がいずれも○(対応)で、このタイプ3製品の中で両方を標準○(対応)としているのはこの製品のみです。FitGapの農業・林業・漁業シェアはページ内9製品中1位で、同業種での採用実績がそのまま書籍・ネット上の事例情報量に跳ね返りやすく、初学者の方でも調べながら運用しやすい面があります。FitGapのサポート評価はおすすめ9製品中3位タイ、料金・導入しやすさ・操作性の各評価も4〜5位タイと中位にまとまり、簿記に自信がない就農者の方でも手を動かしやすい構成です。ただし汎用法人向けは×(非推奨)、税務申告(法人税)も×(非対応)で、法人化して法人税申告まで1本で完結させたい農業法人には不向きです。個人の農業所得・漁業所得の青色申告を中心に据える方の一次候補と位置づけられます。
価格
66000
買い切り
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
農業所得の確定申告書作成を自分で仕上げつつ、将来的に不動産所得や副業の兼業収入もまとめて一つの帳簿で扱いたい個人事業主の方に向く製品です。確定申告書作成・個人消費税申告・e-Tax連携が揃って○(対応)で、このタイプ3製品の中で個人の申告フローを標準機能のみで完結できるのはこの製品のみです。汎用法人向け・個人事業主向けの両方が○(推奨)、家事按分も○(対応)のため、農地の一部を自家消費に充てる方や、農業と不動産賃貸・販売管理を兼業する方の帳簿分けに耐えます。FitGapのサポート評価はおすすめ9製品中1位タイ、操作性評価は3位タイで、電話で相談しながら確定申告期を乗り切りたい方の負担を下げやすい構成です。FitGapの農業・林業・漁業シェアはおすすめ9製品中3位タイとタイプ内最上位ではないものの、ユーザー数の多さから税理士や知人に相談しやすい点も判断材料になります。一方でJAバンクCSV取込は追加オプション扱いで、JAからの入金明細を無加工で取り込みたい大規模専業農家の方は農業専用タイプのほうが運用負荷が軽くなります。
価格
50,000円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
大蔵大臣NX
おすすめの理由
法人成りした農業法人・漁業法人で、勘定科目を自社の管理区分に合わせて細かく組み替えながら部門別・拠点別の原価管理まで社内で回したい経理担当者に向く製品です。FitGapの要件対応数はおすすめ9製品中4位タイ(85項目中36件対応)で、このタイプ3製品内では対応要件数が最も多く、複合配賦・診療科配賦・活動区分配賦・販売管理連携・全銀データ出力など法人経理で使う周辺機能が標準で組み込まれています。汎用法人向けと協同組合向けがいずれも○(推奨)で、単独農家より複数拠点・複数部門を抱える農業法人の本体会計として評価しやすい構成です。FitGapのセキュリティ評価はおすすめ9製品中5位で、タイプ内では相対的に内部統制を意識した運用に寄せやすい点も法人向けの判断材料になります。ただしe-Tax連携と確定申告書作成はいずれも×(非対応)、JAバンクCSV取込も×(非対応)のため、個人の農業所得の確定申告をこの製品1本で仕上げたい新規就農者や、JA入金明細の自動取込を前提にする小規模農家の方には向きません。法人税申告は税理士側の申告ソフトに連携する運用を前提に導入を検討する製品です。
価格
264,000円
買い切り
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

銀行連携・AI仕訳で日々の経理を自動化するクラウド会計タイプ ☁️

このタイプが合う企業:

日常の記帳作業を極力自動化したい方、スマホで経理を済ませたい若手農林漁業者、兼業で複数の所得を一元管理したい方

どんなタイプか:

農林漁業の経営者は圃場や山林・漁場での作業が中心で、事務作業に充てられる時間が限られています。このタイプは、銀行口座やクレジットカードとの自動連携によって入出金データを取り込み、AIが仕訳を提案してくれるクラウド型の会計ソフトです。スマホやタブレットからいつでも入力・確認できるため、作業現場から離れられない一次産業の方でもスキマ時間に経理を進められます。FitGapとしては、兼業農家やIT活用に積極的な若手農林漁業者に特に注目していただきたいタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

🔗銀行口座・クレジットカードとの自動データ連携
銀行口座やクレジットカード、電子マネーの明細データを自動で取り込みます。手入力の手間がなくなるため、日中は現場作業に集中し、帰宅後にまとめて確認・承認するだけで記帳が完了します。
🤖AIによる自動仕訳提案
取り込まれた取引データをAIが分析し、適切な勘定科目を自動で提案します。使い続けるほど学習精度が上がり、仕訳ミスの削減と経理時間の短縮を同時に実現できます。

おすすめ製品3選

freee会計(法人)
おすすめの理由
圃場や漁場から離れられない時間帯にスマホ側で入出金を確認し、AI仕訳の提案をその場で承認したい一次産業事業者で候補になる製品です。FitGapの操作性評価はおすすめ9製品中1位、導入しやすさ評価と料金評価も1位タイで、経理専任者を置かずに代表者自身が運用するスタイルと相性が合います。JAバンクCSV取込は○(対応)、固定資産管理も○(対応)のため、育成資産(果樹・牛馬など)の減価償却をJA口座の入出金と合わせて記帳できます。多通貨処理・マルチテナント管理も○(対応)で、輸出農産物を扱う法人や複数圃場を別会社で管理するケースにも拡張しやすい点が特徴です。一方、確定申告書作成・個人消費税申告・家事按分は×(非対応)のため、個人事業の兼業農家が青色申告まで1本で完結させたい場合は次に挙げるType内の別製品が向きます。
価格
2,980円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド会計
おすすめの理由
兼業農家として不動産所得や事業外収入を抱え、確定申告まで1製品で仕上げたい一次産業事業者で第一候補になる製品です。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中2位(85項目中41件対応)で、このタイプ3製品の中では最も広く、確定申告書作成・個人消費税申告・家事按分がいずれも○(対応)しています。JAバンクCSV取込に加えて銀行API取込・OCR仕訳も○(対応)のため、JA以外の取引金融機関や紙のレシートも1つの画面に集約して仕訳化できます。FitGapの導入しやすさ評価と料金評価はおすすめ9製品中1位タイ、使いやすさ評価は2位で、請求書や経費精算など周辺サービスをバックオフィス全般で束ねたい若手事業主にも向きます。ただし多通貨処理・為替レート自動取込は×(非対応)で、輸出比率の高い法人農家は前述のfreee側を検討したほうが運用しやすくなります。
価格
¥3,980
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
直売所やECでの農産物販売、会員制CSA(産直会員)など、販売管理まで会計と同じ基盤で回したい一次産業事業者で候補になる製品です。在庫リアル連携・販売管理連携・請求書発行・会員管理がいずれも○(対応)しており、この組合せを1製品で満たせるのはType内のクラウド会計3製品中この製品のみです。JAバンクCSV取込・銀行API取込も○(対応)で、出荷先ごとの売上と入金をつき合わせた自動仕訳精算・消込まで○(対応)しているため、販売チャネルが多い事業者ほど手入力の削減効果が出ます。一方、FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中6位(85項目中34件対応)で、確定申告書作成・e-Tax連携・個人消費税申告・固定資産管理はいずれも×(非対応)です。青色申告や育成資産の減価償却を優先する個人の農林漁業者には、同Type内の別製品のほうが運用負担が軽くなります。
価格
3,900円
月/ユーザー
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

税理士・会計事務所とリアルタイム連携して法人経理を行うタイプ 🤝

このタイプが合う企業:

税理士・会計事務所と緊密に連携したい農業法人・林業法人・漁業法人、経営規模の拡大に伴い管理会計の強化が必要な中堅以上の一次産業事業者

どんなタイプか:

農業法人や林業組合、漁業協同組合など、法人格を持つ一次産業の事業者は、税理士や会計事務所との連携が欠かせません。このタイプは、顧問税理士とデータをリアルタイムに共有し、月次監査や決算業務をスムーズに進められる設計の会計ソフトです。部門別の収支管理や補助金の管理機能など、法人経営に必要な管理会計の仕組みも備えています。FitGapでは、経営規模が拡大して本格的な財務管理が求められるようになった農業法人や一次産業の中堅企業におすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

📡税理士・会計事務所とのリアルタイムデータ共有
顧問税理士や会計事務所と同じデータベースをリアルタイムに共有できます。仕訳の確認や修正指示がオンラインで完結するため、繁忙期でもタイムリーな月次監査と的確な経営アドバイスを受けられます。
📊部門別・作目別の管理会計
水稲・畜産・野菜など作目別、あるいは事業所・圃場別に収支を管理できます。どの部門が利益を生み出しているかを可視化し、経営判断の精度を高めることが可能です。

おすすめ製品3選

FX4クラウド
おすすめの理由
月次で顧問税理士と帳簿を共有しながら、部門別収支や補助金管理まで踏み込んだ法人経理を内製化したい農業法人・漁業法人で候補になる製品です。JAバンクCSV取込・組合員管理・複合配賦・予算管理・連携・仕訳承認ワークフロー・内部統制レポート・マルチテナント管理に○(対応)しており、FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中1位(85項目中60件対応)と、本タイプ3製品のなかでも対応の幅が頭ひとつ抜けています。農業、林業、漁業シェアはおすすめ9製品中2位で、一次産業法人での採用実績も判断材料になります。FitGapの機能性・セキュリティ評価はおすすめ9製品中1位タイで、拠点別に権限を分けながら月次監査や決算早期化のPDCAを税理士と回したい中堅法人に向きます。一方、FitGapの操作性・導入しやすさ・料金評価はおすすめ9製品中下位で、経理兼任者1名のみで回す小規模経営では運用負荷とコストが重くなります。e-Tax連携・確定申告書作成は×(非対応)のため、申告まで自社完結したい場合は別製品の併用が必要です。
価格
要問合せ
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
JDL IBEX会計net
おすすめの理由
JDL系の会計事務所と伝票やデータをそのまま受け渡したい農業法人で候補になる製品です。FitGapの要件調査では税理士側ソフトと同系統での一気通貫運用を前提にした設計で、監査・証憑ワークフローに○(対応)しており、税理士の月次監査フローを事務所側の運用に合わせて受けられます。農業、林業、漁業シェアはおすすめ9製品中3位タイで、地場の会計事務所を窓口に帳簿を共有したい法人に向きます。一方、銀行API取込は追加オプション、OCR仕訳・JAバンクCSV取込・e-Tax連携・確定申告書作成・財務ダッシュボードは×(非対応)で、FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中9位(85項目中24件対応)とページ内で最も狭い水準です。日々の仕訳入力を事業者側で自動化したい、あるいはJA取引明細を直接取り込んで内製化したい農業法人には向きません。予算シミュレーションやキャッシュフロー計算書自動生成も×(非対応)のため、経営分析まで社内で完結させたい法人はType2のクラウド自動化タイプやFX4クラウドと比較してください。
価格
3,610円
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
勘定奉行クラウド
おすすめの理由
奉行シリーズの給与・販売・固定資産と同一基盤で農業法人のバックオフィスを統合しつつ、顧問税理士とのデータ共有も前提に回したい中堅法人で候補になる製品です。全体シェアはおすすめ9製品中1位で、FitGapの機能性・サポート・連携評価はいずれもおすすめ9製品中1位タイ、セキュリティ評価は2位タイと、月次監査・承認・外部連携を同じ基盤でまとめたい法人の採否判断に効きます。JAバンクCSV取込・銀行API取込・e-Tax連携・仕訳承認ワークフロー・監査・証憑ワークフロー・キャッシュフロー計算書自動生成・財務ダッシュボードに○(対応)しており、顧問先ダッシュボード(会計事務所)は追加オプションで事務所側との閲覧連携も拡張可能です。一方、農業、林業、漁業シェアはおすすめ9製品中6位タイで、一次産業特化の採用実績はFX4クラウドに劣ります。農業簿記特有の勘定科目や育成資産の仕訳は自社または顧問税理士による設計が前提となるため、勘定科目の標準搭載を最優先する法人はType1の専用ソフトタイプと比較検討する必要があります。FitGapの料金評価はおすすめ9製品中6位で、経理1名体制の小規模農業法人には投資回収が重くなります。
価格
7,750円
無料トライアルあり
農業・林業・漁業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🌾農業特有の勘定科目への標準対応
種苗費・肥料費・農薬衛生費・素畜費・飼料費など、農林漁業で頻出する勘定科目があらかじめ登録されているかどうかは、製品選びの最大の分岐点です。FitGapでは、勘定科目を手動で追加できる汎用ソフトと、最初から業種専用科目がセットされた特化ソフトでは、導入後の手間に大きな差が出ると考えています。
📄農業所得用の決算書・確定申告書の作成
個人農家にとって最重要と言えるのが、農業所得用の青色申告決算書をソフト上で直接作成できるかどうかです。汎用会計ソフトではこの様式に対応していない製品も多いため、確定申告時に別途書類を手作業で仕上げる手間が発生します。FitGapとしては、個人事業主の方はこの対応可否を最初に確認すべきだと考えます。
🏦JA(農協)取引データの取り込み
農業経営者にとってJAとの取引は日常的に発生します。JAの販売・購買・信用取引データを会計ソフトに自動で取り込めるかどうかは、仕訳入力の手間を劇的に減らせるポイントです。この機能は農業特化ソフトならではの強みで、汎用ソフトにはほぼ搭載されていません。
🐄育成資産(果樹・牛馬など)の管理機能
果樹や牛馬のように、収穫・出荷までに複数年かかる資産の育成費用を正しく計算・管理するのは、農業会計で最も複雑な処理のひとつです。この育成資産管理に対応しているかどうかで、決算時の作業負荷が大きく変わります。畜産や果樹農家の方は特に注意してください。
📊作物別・圃場別の原価管理
どの作物がどれだけ利益を出しているかを把握するには、作物別や圃場(畑・田んぼ)別のコスト管理が欠かせません。FitGapでは、経営を「見える化」して改善につなげたい方にとって、この機能が選定の決め手になると見ています。漁業であれば漁獲高や漁船別のコスト管理が同様に重要です。
💰補助金・助成金の収支管理
農林漁業は多種多様な公的補助金や助成金が存在する業界です。補助金ごとに用途別の支出を記録し、報告書を効率的に作成できる機能があるかどうかは、実務上とても大きな差になります。補助金の適正利用を証明するための帳簿管理がスムーズにできる製品を選びましょう。

一部の企業で必須

🧮消費税の軽減税率への対応
食料品を出荷する農業・漁業では、標準税率と軽減税率(8%)が混在するケースが頻繁に発生します。インボイス制度の定着に伴い、仕入税額控除の控除率指定や適格請求書の発行に正しく対応できるかも重要です。課税事業者の方は必ず確認してください。
🏢法人向け決算・税務申告への対応
農業法人や漁業法人として運営している場合は、個人の確定申告ではなく法人税申告書の作成が必要になります。法人特有の決算処理(法人税・消費税・事業税など)にどこまで対応しているかを見極めることが大切です。
📡e-Tax(電子申告)との連携
帳簿データからe-Tax用の申告データをそのまま出力・送信できる機能です。対応していれば、紙の提出が不要になり、青色申告特別控除65万円の要件も満たしやすくなります。申告業務を自力で完結させたい方には必須の機能です。
🤝税理士とのデータ共有・連携
顧問税理士に帳簿データをリアルタイムで共有できれば、月次監査や決算業務の効率が大幅に上がります。クラウド会計ソフトでは標準的に対応していることが多いですが、インストール型の場合はデータの受け渡し方法を事前に確認しておくと安心です。
🏠不動産所得など兼業収入の管理
兼業農家や農業以外にも収入源がある方は、農業所得とそれ以外の所得を一つのソフトで管理できるかが重要です。農業特化ソフトでは兼業に対応できない場合があるため、複数の収入源をお持ちの方は汎用ソフトも検討する必要があります。

ほぼ全製品が対応

仕訳の自動入力・自動転記
入力した仕訳データが元帳や試算表に自動転記され、決算書まで連動する機能は、現在販売されている会計ソフトのほぼすべてに備わっています。手書き帳簿からの移行を検討している方にとっては大きな時短になりますが、製品間での差は小さいです。
🚜減価償却費の自動計算
トラクターやコンバインなどの農業機械、漁船といった高額資産の減価償却費を自動計算する機能は、ほとんどの会計ソフトが標準で対応しています。耐用年数表に基づいて正確に計算してくれるため、この点で製品を絞り込む必要は基本的にありません。
📋貸借対照表・損益計算書の自動作成
日々の仕訳データから決算時に必要な貸借対照表や損益計算書を自動生成する機能は、会計ソフトの基本中の基本です。どの製品でも対応していますので、この機能の有無だけで製品を選ぶ必要はありません。

優先度が低い

🌐多言語対応
海外との取引が多い大規模農業法人でない限り、多言語表示や外貨建て処理の機能が必要になるケースはごくまれです。農林漁業においては、まず国内向けの機能充実度を優先して選ぶべきでしょう。
📈高度なBI・経営ダッシュボード
リアルタイムで経営指標をグラフ化するダッシュボード機能は便利ですが、農林漁業の多くの事業者にとっては、まず日々の記帳と確定申告を正確に行えることが最優先です。経営分析は導入後に段階的に活用を検討すれば十分です。

農業、林業、漁業の会計ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

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開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携