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インボイス対応の会計ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年03月05日
インボイス制度に対応した会計ソフトは、単に適格請求書を発行できるだけのものから、AI-OCRで受領請求書の登録番号を自動照合し経過措置の控除率まで自動判定してくれるものまで、製品ごとの対応レベルに大きな幅があります。さらに、自社が請求書を「発行する側」か「受領して処理する側」かによっても必要な機能は異なり、経理体制や税理士との連携方法次第で最適な製品タイプが変わります。本ガイドでは、インボイス対応の会計ソフトを3タイプに分類して計9製品を紹介したうえで、要件の優先度整理から具体的な選定ステップまでを解説します。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業向けオールインワン会計タイプ 🚀
freee会計(法人)
/ マネーフォワード クラウド会計
/ PCAクラウド会計
中堅〜大企業向けERP統合会計タイプ 🏢
勘定奉行クラウド
/ 奉行V ERPクラウド
/ SuperStream-NX 会計
税理士・会計事務所連携重視タイプ 🤝
FX4クラウド
/ 財務大将 (Galileopt DX 財務大将)
/ JDL IBEX会計net
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
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タイプ別お勧め製品

中小企業向けオールインワン会計タイプ 🚀

このタイプが合う企業:

経理専任者が少ない中小企業・スタートアップで、記帳からインボイス発行・消費税申告まで一つのソフトで完結させたい方

どんなタイプか:

経理の専任担当者がいない中小企業やスタートアップに向いているタイプです。銀行口座やクレジットカードとの自動連携で日々の記帳を省力化しつつ、インボイスの発行・受領・消費税申告までワンストップで完結できます。FitGapでは、経理業務をできるだけ自動化したい少人数チームの方にまずおすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

🔄銀行・カード明細の自動取込と自動仕訳
インターネットバンキングやクレジットカードの明細を自動で取り込み、AIが勘定科目や消費税区分を推測して仕訳候補を作成します。手入力の手間を大幅に減らせるため、経理に不慣れな方でもインボイス制度下の複雑な税区分に対応しやすくなります。
📄適格請求書(インボイス)の作成・発行機能
登録番号・税率区分ごとの消費税額など、インボイスの必須記載事項を自動でセットした請求書をソフト内で作成・送付できます。記載漏れや計算ミスを防ぎつつ、発行した控えもそのまま電子保存できるため、電子帳簿保存法への対応も同時に進められます。

おすすめ製品3選

freee会計(法人)
おすすめの理由
銀行・カード連携による自動仕訳に加え、登録番号の国税庁データベース自動照合機能を搭載しており、インボイスの受領処理まで自動化できる点が中小企業に支持されています。
価格
2,980円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド会計
おすすめの理由
請求書・経費精算・給与など周辺サービスとのセット利用でバックオフィス業務を一元管理でき、インボイスの発行から消費税申告書作成まで一気通貫で対応できます。
価格
¥3,980
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
PCAクラウド会計
おすすめの理由
伝統的な会計ソフトのPCAシリーズをクラウドで利用でき、インボイス制度に対応した消費税区分の管理や経過措置の自動判定機能を備えています。税理士との連携実績も豊富です。
価格
13,860円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

中堅〜大企業向けERP統合会計タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

部門や拠点が複数あり、大量のインボイス受領処理・内部統制への対応・他業務システムとの連携が必要な中堅〜大企業

どんなタイプか:

部門数や取引先が多い中堅企業・大企業では、会計処理だけでなく販売管理・購買管理・経費精算といった周辺業務との連携が欠かせません。このタイプは、大量のインボイスを受領して仕分ける買い手側の処理や、部門別の消費税集計、内部統制に対応した承認ワークフローなど、組織的な運用を前提とした機能が充実しています。FitGapとしては、月に数百枚以上の請求書を処理する企業に特におすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

適格請求書の自動判定と登録番号の一括照合
受領した請求書が適格請求書の要件を満たしているかをシステムが自動判定し、登録番号を国税庁データベースと一括照合します。大量の仕入先を抱える企業でも、インボイスと非インボイスの区分を正確かつ効率的に行えます。
🔐承認ワークフローと内部統制対応
仕訳の入力から承認までを多段階のワークフローで管理でき、操作ログの記録や権限設定など内部統制に必要な機能を標準装備しています。監査対応や上場準備にも適した運用が可能です。

おすすめ製品3選

勘定奉行クラウド
おすすめの理由
中堅企業での導入実績が非常に豊富で、インボイス登録番号の自動判定やOBC製品群との連携により、経理だけでなく販売・人事まで一体管理できます。
価格
7,750円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
奉行V ERPクラウド
おすすめの理由
勘定奉行の上位版にあたるERP製品で、グループ会社の連結管理や高度な部門別会計にも対応。大規模組織でのインボイス運用に必要な統制機能が揃っています。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
SuperStream-NX 会計
おすすめの理由
大企業・上場企業向けのERP会計として実績があり、IFRS対応や連結会計機能を備えつつ、インボイス制度にも標準対応。基幹システムとの柔軟な連携が強みです。
価格
¥90,000
年額
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

税理士・会計事務所連携重視タイプ 🤝

このタイプが合う企業:

顧問税理士・会計事務所にインボイス対応を含む経理業務のサポートを受けながら運用したい企業や個人事業主

どんなタイプか:

顧問税理士や会計事務所と二人三脚で経理を進めている企業に適したタイプです。税理士側と同じソフト環境を共有することで、仕訳データのやり取りやインボイスの消費税区分チェックをリアルタイムで行えます。FitGapでは、自社の経理体制が手薄でも税理士と密に連携できる仕組みを重視する方に向いていると考えています。

このタイプで重視すべき機能:

👥税理士とのリアルタイムデータ共有
企業側と税理士側が同一のデータベースを参照できるため、仕訳の入力状況やインボイスの消費税区分を税理士がリアルタイムで確認・修正できます。データの受け渡しに伴う転記ミスやタイムラグを解消します。
📊消費税申告書の自動作成と税務チェック支援
インボイスの有無による仕入税額控除の計算や経過措置の適用を踏まえた消費税申告書を自動作成します。税理士が最終チェックしやすいレイアウトで出力されるため、申告業務の精度とスピードが向上します。

おすすめ製品3選

FX4クラウド
おすすめの理由
TKC会計事務所との連携を前提に設計されており、税理士がリモートで仕訳監査やインボイスの消費税区分チェックを行える「巡回監査」の仕組みが最大の特長です。
価格
要問合せ
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
財務大将 (Galileopt DX 財務大将)
おすすめの理由
ミロク情報サービス(MJS)が提供する税理士向け定番ソフトの系列製品で、会計事務所とのデータ連携がスムーズ。インボイス対応の消費税処理も税理士と共同で運用しやすい設計です。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
JDL IBEX会計net
おすすめの理由
JDL製品を利用する会計事務所との親和性が高く、仕訳データの双方向同期やインボイスに対応した消費税計算を税理士と共有しながら進められます。
価格
3,610円
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🔀消費税区分の自動判定
取引先が適格請求書発行事業者かどうかを判別し、課税・免税・経過措置(80%控除/50%控除)などの消費税区分を自動で切り替えてくれる機能です。インボイス制度では仕訳ごとの税区分が非常に煩雑になるため、FitGapではこの自動判定精度こそが製品選びの最大の分かれ目と考えています。
📄適格請求書の発行機能
登録番号・税率ごとの消費税額など、インボイスの法定記載事項を満たした請求書をそのまま作成・発行できる機能です。会計ソフト単体で発行まで完結するか、別途請求書ソフトとの連携が必要かは製品によって大きく異なります。
🔍登録番号の自動照合
受領した請求書に記載された13桁の登録番号を、国税庁の公表サイト(Web-API)と自動で突合する機能です。手作業での確認は膨大な手間とミスの温床になるため、FitGapでは取引先が多い企業ほどこの機能の有無を重視すべきだと考えます。
📊消費税申告書の作成
日々の仕訳データから消費税を自動集計し、消費税の確定申告書を作成する機能です。一般課税だけでなく簡易課税や2割特例への対応可否は製品ごとに差があり、自社の申告方式に合っているか必ず確認してください。
経過措置への対応
免税事業者からの仕入に対する経過措置(2026年9月まで80%控除、2029年9月まで50%控除)を帳簿上で自動適用できる機能です。期限による控除率変更の切り替えを手動で管理するのはミスにつながるため、FitGapではシステムで自動対応できるかを必ずチェックすることを推奨します。
🤖AI-OCRによる証憑読み取り
紙やPDFの請求書・領収書をスキャンすると、AI-OCRが金額・税率・登録番号などを自動で読み取り、仕訳候補を生成してくれる機能です。手入力を大幅に削減でき、読み取り精度や対応書類の種類が製品選定の差別化ポイントになります。

一部の企業で必須

📥請求書受領・一元管理
取引先から届く紙・PDF・メール添付などさまざまな形式の請求書を一カ所に集約し、インボイスか否かを自動分類して管理する機能です。受領する請求書が月に数十枚以上ある企業では、FitGapとしてはこの機能が業務効率を左右すると見ています。
🌐デジタルインボイス(Peppol)対応
国際標準規格Peppolに準拠した電子インボイスを送受信できる機能です。取引先がデジタルインボイスでのやり取りを求めてくる場合に必要となりますが、現時点では対応を求められる企業は一部に限られます。
🏢部門別・プロジェクト別の消費税管理
部門やプロジェクト単位で消費税の集計・分析ができる機能です。複数の事業や拠点を持つ中規模以上の企業では必須となりますが、小規模事業者には不要なケースがほとんどです。
🤝税理士・会計事務所との共有機能
入力データや仕訳帳を税理士・会計事務所とリアルタイムで共有し、遠隔で確認・修正してもらえる機能です。顧問税理士に記帳チェックや決算を依頼している企業にとっては業務のスピードが大きく変わります。
🧮積上げ計算・割戻し計算の選択
消費税の計算方法として「積上げ計算」と「割戻し計算」のどちらを適用するかを選択・切替できる機能です。インボイス制度では積上げ計算が原則となりましたが、業態によって有利な計算方法が異なるため、両方に対応しているかの確認が重要です。

ほぼ全製品が対応

💾電子帳簿保存法への対応
電子取引データの保存やスキャナ保存など、改正電子帳簿保存法が求める要件を満たす機能です。2025年現在、主要なクラウド会計ソフトではほぼ標準搭載されており、JIIMA認証の取得も一般的になっています。
🔢複数税率(10%・8%)の区分記帳
標準税率10%と軽減税率8%を取引ごとに区分して記帳できる機能です。インボイス制度の大前提となる機能であり、現在販売されている会計ソフトであればほぼすべてが対応しています。
🏦銀行口座・クレジットカード自動連携
インターネットバンキングやクレジットカードの明細を自動で取り込み、仕訳候補を生成する機能です。クラウド会計ソフトでは標準的に搭載されており、手入力の手間を大幅に削減できます。
📂適格請求書と区分記載請求書の区別保存
受領した書類をインボイス(適格請求書)とそれ以外(区分記載請求書)に分けて保存する機能です。インボイス制度対応を謳う製品であれば基本的に備わっている機能ですので、対応差はほとんどありません。

優先度が低い

💱多通貨対応・外貨建取引管理
外貨建て取引の為替換算や多通貨での消費税処理に対応する機能です。海外取引がない国内中心の事業者にとっては優先度が低く、必要になった段階で検討すれば十分です。
🏗️連結会計・グループ通算対応
グループ企業間の連結決算やグループ通算制度に対応する機能です。大企業やホールディングス体制の企業以外では不要であり、インボイス対応の観点では選定の決め手にはなりません。

インボイス対応の会計ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイドの選び方

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