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医療・福祉向け会計ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
医療・福祉の会計ソフトは、一般企業向けの会計ソフトとは求められる機能が大きく異なります。病院会計準則や社会福祉法人会計基準への対応、施設・拠点ごとの区分経理、WAM NETへの電子開示など、業界特有の要件を満たす必要があるからです。さらに、顧問税理士との連携を重視するか、複数拠点の管理会計を重視するか、日々の記帳の省力化を重視するかによって最適な製品タイプが分かれます。FitGapでは、この3つの軸をもとに主要9製品をタイプ別に整理し、要件定義から製品選定までを一気通貫でガイドします。
レビュー担当 松浦 大輔
FP技能士2級(AFP)・日商簿記2級を保有し、財務・会計の実務知識を裏付けている。freee等の会計・経費精算システムの業務利用経験を持ち、バックオフィス業務設計の視点から製品を評価している。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
税理士・会計事務所と連携しながら運用する顧問パートナータイプ🤝
FX4クラウド
/ JDL IBEX会計net
/ MJSLINK DX
診療科・拠点・事業区分を細かく管理する中堅法人向けタイプ📊
勘定奉行クラウド
/ 大蔵大臣NX
/ 財務大将 (Galileopt DX 財務大将)
クラウド×自動仕訳で経理を省力化する小規模事業所タイプ⚡
freee会計(法人)
/ マネーフォワード クラウド会計
/ 弥生会計
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

税理士・会計事務所と連携しながら運用する顧問パートナータイプ🤝

このタイプが合う企業:

経理専任スタッフが少なく、顧問税理士と二人三脚で会計業務を進めたい中小規模の医療法人・クリニック・社会福祉法人

どんなタイプか:

医療法人やクリニック、介護事業所の多くは、税理士や会計事務所に記帳指導・月次監査を依頼しています。このタイプは、顧問の税理士・会計事務所と同じソフトを共有し、仕訳チェックや巡回監査をオンラインでやり取りできることが最大の特徴です。病院会計準則や社会福祉法人会計基準といった業界特有の勘定科目・帳票にもあらかじめ対応しており、専門家のサポートを受けながら正確な会計処理を実現できます。FitGapとしては、経理の専任スタッフがいない中小規模の医療・福祉法人にとって、まず検討すべきタイプだと考えています。

このタイプで重視すべき機能:

🔗税理士・会計事務所とのデータ共有
顧問の会計事務所と同じ環境でリアルタイムに仕訳データを共有できます。月次監査のたびに紙の資料を郵送したりUSBを受け渡したりする必要がなくなり、タイムラグのない正確な財務把握につながります。
🏥業種別テンプレート(病院会計準則・社会福祉法人会計基準対応)
病院会計準則や社会福祉法人会計基準に準拠した勘定科目や帳票テンプレートがあらかじめ用意されています。科目の設定ミスを防ぎ、行政への報告書類もスムーズに作成できます。

おすすめ製品3選

FX4クラウド
おすすめの理由
要件対応数60件で全製品中1位です。患者別入金消込や資金収支計算書の自動作成に対応しており、社会福祉法人やNPO法人の会計処理を税理士と共同で進める運用に向いています。OCRによる証憑読取やマルチテナント管理にも対応しているため、複数施設を抱える福祉法人が顧問税理士とデータを共有しながら記帳・確認を行う流れを組みやすい構成です。一方、医療法人会計は×(非推奨)、消費税申告も×(非対応)のため、医療法人本体の決算処理には別製品との併用が必要になります。44テーマに登場しており、業種横断で幅広い会計要件をカバーできる点が、多角的に事業を展開する福祉系法人にとっての選定根拠になります。税理士事務所側のTKC製品群との連携を前提に、記帳代行や月次監査の効率を重視する場合に適合度が高い製品です。
価格
要問合せ
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
JDL IBEX会計net
おすすめの理由
固定資産管理と監査ワークフローに対応しており、税理士主導で帳簿の正確性を担保する運用を想定した構成です。JDL製の税務申告ソフトとの一体運用が前提となるため、顧問税理士がJDL環境を使っている場合に導入障壁が低くなります。ただし要件対応数は24件で9製品中最下位であり、OCR×(非対応)、マルチテナント×(非対応)など、証憑の自動読取や複数法人管理といった省力化機能が欠けています。医療・福祉特有の患者別入金消込や診療科配賦、活動区分配賦には対応していないため、業界固有の管理会計要件が少ない小規模な単一施設で、税理士に記帳を一任する運用に限定されます。将来的に事業区分が増える見込みがある法人では機能不足が顕在化するリスクがあります。
価格
3,610円
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
要件対応数50件で全製品中2位です。医療法人会計○(推奨)、社会福祉法人、NPO法人、学校法人の各会計に対応し、活動区分配賦や固定資産管理も備えています。医療・福祉分野で複数の法人格を持つグループが、税理士と連携しながら法人種別ごとの決算を一元的に処理する構成に適合します。特に活動区分配賦への対応は、社会福祉法人の資金収支計算書作成や事業区分別の管理において実務上の工数を削減できるポイントです。マルチテナントは×(非対応)のため、法人ごとにデータベースを分けて運用する必要があり、グループ全体を一画面で横断管理したい場合は運用設計で補う形になります。医療法人会計を推奨水準で扱える点はT0製品の中で唯一の特長であり、医療法人の顧問先を持つ税理士事務所にとって指名理由になり得ます。
価格
要問合せ
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

診療科・拠点・事業区分を細かく管理する中堅法人向けタイプ📊

このタイプが合う企業:

複数の診療科・拠点・サービス種別を運営し、事業区分・拠点区分ごとの損益管理が必要な中堅〜大規模の医療法人・社会福祉法人

どんなタイプか:

複数の診療科を持つ病院や、デイサービス・訪問介護など複数の介護サービスを運営する法人では、事業区分・拠点区分ごとに会計を分けて管理する義務があります。このタイプの製品は、部門別・セグメント別の損益管理や予算実績対比など、きめ細かい管理会計機能を備えているのが特徴です。FitGapでは、拠点数が増えてきた段階や、行政監査で会計区分の整備を指摘された法人には、このタイプを強くおすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

📂部門別・セグメント別損益管理
診療科別、事業所別、サービス種別など、法人が求める切り口で損益を自動集計できます。共通経費の按分ルールもあらかじめ設定でき、事業区分ごとの正確な収支把握を実現します。
📈予算管理・実績対比レポート
診療科や事業所ごとに予算を設定し、月次で実績と自動対比できます。補助金事業の予実管理など、行政報告にも活用できるレポート機能が備わっています。

おすすめ製品3選

勘定奉行クラウド
おすすめの理由
複数の診療科や介護事業を抱える中堅法人が勘定奉行クラウドを選ぶ最大の理由は、部門別・セグメント別の損益管理と予算実績対比をクラウド上で一元的に回せる点です。FitGapの利用動向データでは、大企業・中堅企業セグメントでいずれも1位の導入シェアを記録しており、複数拠点を運営する法人での採用実績が厚いことが裏付けられます。医療法人向け会計モードを標準搭載し、診療科配賦にも○(対応)しているため、病院会計準則に沿った区分経理をそのまま設定に落とし込めます。自動仕訳とチェック機能により月次決算を早期化できるほか、API・CSV双方の外部連携に対応しているため、レセプトシステムや給与計算との接続も柔軟です。ただし、社会福祉法人向け会計ソフトは×(非対応)であるため、医療法人と社会福祉法人の両方を運営するグループでは別システムとの併用が必要です。また、患者別入金消込連携が×(非対応)、複合配賦・介護請求CSV連携がオプション課金($)のため、介護事業の比重が大きい法人では追加費用と運用負荷を事前に確認する必要があります。
価格
7,750円
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
大蔵大臣NX
おすすめの理由
医療福祉セグメントで1位タイの導入シェアを持ち、診療科配賦・複合配賦・介護請求CSV連携など、病院や複合福祉施設が日常的に必要とする配賦・連携機能を標準で備えている点が選定理由です。要件対応では85項目中36件と中位ですが、診療科配賦、活動区分配賦、包括払い配賦、公費自己負担按分といった医療・福祉固有の配賦項目をいずれも標準対応しており、追加費用なく使える範囲が広いのが特徴です。オンプレミス型のため、院内ネットワークだけで閉じた運用が可能で、電子カルテと同一セグメントに配置しやすいという導入面の利点もあります。固定資産管理や製造原価報告書にも○(対応)しているため、医療法人が附帯事業を持つケースでも一本の会計ソフトで完結しやすい構造です。
価格
264,000円
買い切り
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
財務大将 (Galileopt DX 財務大将)
おすすめの理由
MJS(ミロク情報サービス)が中堅法人向けに提供する会計モジュールで、医療法人向け会計モードを備えています。中堅企業セグメントで2位タイの導入シェアを持ち、官公庁セグメントでは2位と、組織統制を重視する法人への導入実績が目立ちます。85項目中38件の要件対応はこのタイプ3製品中で最多であり、診療科配賦・複合配賦・介護請求CSV連携・活動区分配賦など医療福祉固有の項目もカバーしています。MJSグループの電子カルテ・レセコンと同一基盤で動作するため、グループ内の医事システムを利用している法人であれば、仕訳データの受け渡しを最小工数で構築できます。ただし、銀行API取込・OCR仕訳がいずれもオプション課金($)であり、仕訳承認ワークフロー・監査証憑ワークフローもオプション($)のため、自動記帳や内部統制の機能をフルに使うには追加コストが発生します。また、患者別入金消込連携は×(非対応)であり、入院患者ごとの入金消込を自動化したい病院には不向きです。
価格
要問合せ
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

クラウド×自動仕訳で経理を省力化する小規模事業所タイプ⚡

このタイプが合う企業:

経理専任者がおらず、院長・管理者が会計業務を兼任している個人クリニックや小規模介護事業所

どんなタイプか:

個人開業のクリニックや小規模な介護事業所では、院長や管理者が経理を兼務しているケースが少なくありません。このタイプは、銀行口座やクレジットカードの明細を自動取得してAIが仕訳を提案してくれるクラウド会計ソフトです。専門的な会計知識がなくても日々の記帳が進むため、本業に集中できます。FitGapとしては、まず日常の記帳業務を楽にしたいという方に最適なタイプだと感じています。ただし、病院会計準則や社会福祉法人会計基準への標準対応は限定的なため、対象の法人形態に合うか事前に確認することが大切です。

このタイプで重視すべき機能:

🤖銀行・カード明細の自動取込と仕訳提案
銀行口座やクレジットカードの明細データを自動で取り込み、AIが勘定科目を提案します。使い続けるほど学習が進み、仕訳精度が向上するため、日常の入力作業が大幅に軽減されます。
📄インボイス・電子帳簿保存法への自動対応
適格請求書(インボイス)の自動判定や、電子帳簿保存法に準拠した証憑の電子保存機能を備えています。法令対応の負担が大きい小規模事業所でも、ソフト任せで要件を満たせます。

おすすめ製品3選

freee会計(法人)
おすすめの理由
院長や施設長が経理を兼務する小規模クリニック・介護事業所にとって、記帳の自動化で本業に時間を戻せる製品です。中小企業セグメントで1位タイの導入シェアを持ち、飲食・宿泊やサービス業など少人数運営の事業者に広く使われています。銀行API連携とOCR仕訳を標準搭載しており、通帳やレシートから自動で仕訳候補を生成できるため、簿記知識が限られるスタッフでも日々の記帳が進みます。医療法人向け会計モードがあり、診療科配賦や医療・介護の請求CSV取込にも○(対応)しているため、小規模な医療法人でも病院会計準則に沿った区分経理が可能です。スマホアプリからの入力にも対応しており、訪問系サービスなど外出先での経費精算にも使いやすい設計になっています。
価格
2,980円
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド会計
おすすめの理由
請求書・経費精算・給与計算といった関連サービスとの自動連携によって、経理業務をまとめて省力化できるクラウド会計です。中小企業セグメントで2位の導入シェアを記録しており、85項目中41件の要件対応はこのタイプ3製品中で最も多くなっています。銀行API取込・OCR仕訳に加え、請求書発行や確定申告書作成にも○(対応)しているため、記帳から申告まで一つのプラットフォーム内で完結しやすい構造です。医療法人向け会計モードがあり、診療科配賦や活動区分配賦もカバーしています。ただし、社会福祉法人向け会計ソフトは×(非対応)であるため、社会福祉法人会計基準に準拠する必要がある事業所には利用できません。また、複合配賦と資金収支自動化が×(非対応)のため、複数の配賦基準を組み合わせた原価配分や、資金収支計算書の自動作成が求められる法人には機能が不足します。バックオフィス全体を一つのクラウドに集約したい小規模医療法人や介護事業所にとって、システム間のデータ転記をなくせる点が実務上の大きなメリットになります。
価格
¥3,980
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
中小企業セグメントで1位タイ、医療福祉セグメントで2位タイの導入シェアを記録しており、小規模な医療・介護事業所での採用実績が確認できます。クラウド版とデスクトップ版の両方を提供しており、ネット環境が不安定な施設ではデスクトップ版を選べる柔軟性があります。銀行API取込やOCR仕訳といったクラウド会計の自動化機能を備えつつ、電話サポートに力を入れている点が特徴で、経理専任者がいない事業所でも問い合わせしながら運用を立ち上げられます。医療法人向け会計モードがあり、医療・介護の請求CSV連携にも○(対応)しています。ただし、要件対応数は85項目中32件で9製品中7位と対応範囲は広くなく、社会福祉法人向け会計ソフトや複合配賦は×(非対応)のため、社会福祉法人会計基準への準拠や複数配賦基準の運用が求められる法人には機能が足りません。日々の記帳を確実にこなすことに集中したい小規模事業所に向いています。
価格
50,000円
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🏥医療法人会計基準・病院会計準則への対応
医療法人では、厚生労働省令に基づく「医療法人会計基準」や「病院会計準則」に準拠した決算書・附属明細書の作成が求められます。一般的な企業会計ソフトではこれらの帳票を出力できないため、対応の有無が製品選定の最大の分岐点になります。FitGapでは、この要件を最初に確認することを強くおすすめしています。
🤝社会福祉法人会計基準への対応
社会福祉法人は企業会計とは全く異なる「事業活動計算書」「資金収支計算書」などの作成が義務付けられています。さらに区分経理(法人全体・事業区分・拠点区分・サービス区分)への対応も必須です。医療法人向けと社会福祉法人向けでは会計基準が根本的に異なるため、自法人の種別に合った製品かどうかを必ず確認してください。
🏢施設・拠点別の部門管理
病院や福祉施設を複数運営している場合、施設ごと・診療科ごと・病棟ごとに収支を管理する必要があります。部門の階層数や配賦ルールの柔軟性は製品によって大きく異なります。FitGapの経験上、拠点が2つ以上ある法人では部門管理の使い勝手が日常業務の効率を大きく左右します。
📊予算管理・予算実績比較
医療法人ではモデル定款上、理事会や社員総会での予算承認が求められるケースが多く、社会福祉法人でも予算の執行状況の管理が重要です。科目別・事業別・拠点別に予算と実績を比較できる機能があるかどうかで、経営管理の精度が大きく変わります。
🔗税理士・会計事務所とのデータ連携
医療・福祉法人の多くは顧問の税理士や会計事務所に決算を委託しています。顧問先が使っている会計ソフトとスムーズにデータ連携できるかどうかは、月次チェックや決算作業の効率に直結します。FitGapでは、製品選定前に顧問税理士に推奨ソフトを確認することを強くおすすめしています。
📈経営分析帳票の出力
厚生労働省の病院経営管理指標に基づく分析表や、損益分岐点計算書などの経営分析帳票を出力できるかどうかは、経営改善に取り組む法人にとって重要です。特に病院機能評価を受審する医療機関では、経営分析機能が評価項目に含まれるため必須になります。

一部の企業で必須

📤財務諸表等電子開示システム(WAM NET)連携
社会福祉法人は、独立行政法人福祉医療機構が運営するWAM NETの「財務諸表等電子開示システム」へ財務データを公開する義務があります。入力シートへの一括出力に対応していると、手作業での転記ミスを防ぎ、決算時期の作業負担を大幅に軽減できます。
💰キャッシュ・フロー計算書の自動作成
社会医療法人債を発行する法人や一定規模以上の医療法人では、キャッシュ・フロー計算書の作成が義務付けられています。直接法・間接法の両方に対応している製品を選ぶと、資金繰りの把握と法定書類の作成を同時に行えるため効率的です。
🏗️固定資産管理の内蔵
医療機関では高額な医療機器やCTスキャナーなどの設備投資が多く、減価償却の管理が煩雑になりがちです。会計ソフト内に固定資産台帳の機能が組み込まれていると、償却仕訳の自動起票や別表十六の作成まで一括で対応でき、別途ソフトを購入する手間が省けます。
⚖️複数会計基準の同時運用
病院と介護老人保健施設を併設する医療法人のように、施設ごとに異なる会計基準が適用されるケースがあります。病院会計準則と介護関連の会計基準を一つのソフト内で同時に管理できると、法人全体の連結的な決算処理がスムーズになります。
🔄給与計算・レセコンなど外部システム連携
医療・福祉の現場では、レセプトコンピュータや給与計算ソフト、介護請求ソフトなど業界特有のシステムを利用しています。これらとの仕訳データ連携に対応していると、二重入力の手間やミスを大幅に削減できます。

ほぼ全製品が対応

🤖仕訳の自動入力・学習機能
銀行口座やクレジットカードの明細を取り込み、過去の仕訳パターンを学習して勘定科目を自動提案する機能は、現在ほとんどの会計ソフトに搭載されています。製品選定の決め手にはなりにくいですが、日常業務の効率化には欠かせない基本機能です。
🧾消費税申告書の作成
消費税の集計や申告書の出力機能は、法人向け会計ソフトであればほぼすべての製品が標準で対応しています。インボイス制度への対応も含め、基本機能として備わっているものと考えて問題ありません。
📁電子帳簿保存法への対応
電子帳簿保存法への対応は、現在販売されている主要な会計ソフトのほぼすべてがカバーしています。JIIMA認証を取得している製品も多く、製品間の差分は小さい領域です。

優先度が低い

📱スマートフォンアプリでの仕訳入力
スマホから手軽に仕訳入力や経費登録ができる機能は、個人事業主や小規模事業者には便利ですが、医療・福祉法人の経理業務では利用頻度が低い傾向にあります。院内・施設内のPCで入力するのが一般的なため、選定時の優先度は低めで問題ありません。
🌐多通貨対応
海外取引や外貨建て資産の管理が必要な医療・福祉法人はごく少数です。ほとんどの法人にとって多通貨対応は不要な機能ですので、この要件の有無で製品を絞り込む必要はありません。

医療、福祉の会計ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

オフィス環境・総務・施設管理
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データ分析・連携