あなたにぴったりの生成AI、エージェント、ソフトウェアが見つかる
あなたにぴったりの
クリニック向けの会計ソフト
を無料で選定
Q. どちらに当てはまりますか？
クリニック向けの会計ソフトを知りたい
あなたにおすすめ
条件に合う会計ソフトを知りたい
経理業務を効率化したい
今の会計ソフトから乗り換えたい
タイプ別お勧め製品
顧問税理士との連携を重視した税理士主導タイプ 🤝
このタイプが合う企業：
顧問税理士に記帳代行や月次監査を依頼しているクリニック。院長自身は会計業務に時間を割きたくない個人開業医の方に最適です。
どんなタイプか：
クリニックでは院長が診療に専念し、会計処理は顧問税理士に大きく依存するケースが非常に多いです。このタイプは、税理士事務所が日常的に使用しているソフトをクリニック側にも導入し、同じデータをリアルタイムで共有することで、月次の巡回監査や確定申告をスムーズに進められる製品群です。FitGapでは、クリニックの会計ソフト選びにおいて「まず顧問税理士が何を使っているか」を確認することが最重要だと考えています。税理士事務所との二人三脚で運用する前提の設計になっているため、仕訳の正確性や税務申告との連動に強みがあります。
このタイプで重視すべき機能：
🔗税理士事務所とのデータ共有・巡回監査対応
クリニックと税理士事務所が同一のデータベースをクラウド上で共有し、月次の巡回監査や仕訳チェックをオンラインで完結できます。監査完了後にデータがロックされる仕組みを持つ製品もあり、金融機関への信頼性向上にもつながります。
📋確定申告・税務申告へのシームレスな連動
日々の仕訳データが確定申告書や法人税申告書の作成システムと直接連動します。税理士側の申告ソフトへデータをそのまま引き渡せるため、決算期の転記作業や手戻りが大幅に削減されます。
おすすめ製品３選
FX4クラウド
おすすめの理由
価格
要問合せ
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
大蔵大臣NX
おすすめの理由
価格
264,000円
買い切り
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
JDL IBEX会計net
おすすめの理由
価格
3,610円
月
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
院長・スタッフが自力で運用するクラウド自計化タイプ ☁️
このタイプが合う企業：
自院で記帳を行い経営状況をタイムリーに把握したいクリニック。会計コストを抑えたい開業初期の個人クリニックや、ITに抵抗のない院長に向いています。
どんなタイプか：
税理士に丸投げするのではなく、クリニックの院長やスタッフが自ら日々の記帳を行い、経営数値をリアルタイムに把握したいというニーズに応える製品群です。銀行口座やクレジットカードとの自動連携で仕訳入力の手間を最小限に抑え、簿記の知識が少ない方でも直感的に操作できる設計が特徴です。FitGapとしては、保険診療の入金タイムラグ（約2ヶ月）を踏まえた資金繰り管理をリアルタイムで行える点が、クリニック経営において大きな価値を持つと考えています。
このタイプで重視すべき機能：
🏦銀行口座・クレジットカードの自動連携と自動仕訳
オンラインバンキングやクレジットカードの明細データを自動取得し、AIが勘定科目を推測して仕訳候補を提示します。手入力の手間が大幅に削減され、簿記の専門知識がなくても日常の記帳作業を進められます。
📊リアルタイム経営レポート・損益モニタリング
入力されたデータがすぐにグラフや損益レポートに反映され、いつでも最新の経営状況を確認できます。保険診療と自費診療の売上推移を分けて把握できるため、クリニック経営の意思決定に直結します。
おすすめ製品３選
freee会計（法人）
おすすめの理由
価格
2,980円
月
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド会計
おすすめの理由
価格
¥3,980
月
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
弥生会計
おすすめの理由
価格
50,000円
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
医療法人・複数拠点に対応した中規模以上タイプ 🏥
このタイプが合う企業：
医療法人化済みまたは法人化を検討中のクリニック。複数の分院を持つクリニックグループや、部門別に収支を管理したい中規模以上の医療機関に適しています。
どんなタイプか：
個人クリニックから医療法人化した場合や、分院を展開するクリニックグループでは、医療法人会計基準への準拠や部門別の損益管理といった高度な会計処理が求められます。このタイプは、法人の拠点ごとにデータを集約・統合し、医療法人特有の決算書式や勘定科目に対応する製品群です。FitGapでは、将来的な分院展開や法人化を見据えているクリニックにとって、拡張性の高いこのタイプが長期的なコストメリットをもたらすと考えています。
このタイプで重視すべき機能：
📑医療法人会計基準対応・法人決算書式の自動出力
医療法で定められた会計基準に沿った勘定科目体系や決算書式にあらかじめ対応しています。事業報告書や財産目録など医療法人特有の書類を自動生成でき、法令遵守の負担を大幅に軽減します。
🏢部門別・拠点別の損益管理と予算統制
本院・分院ごと、あるいは診療科ごとにデータを分けて管理し、部門別の損益を可視化できます。拠点間のデータ統合や予算対比分析も行えるため、経営の全体像と各拠点の課題を同時に把握できます。
おすすめ製品３選
勘定奉行クラウド
おすすめの理由
価格
7,750円
月
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
MJSLINK DX
おすすめの理由
価格
要問合せ
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
PCAクラウド会計
おすすめの理由
価格
13,860円
月
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
要件の優先度のチャート：比較すべき機能はどれか
要件の優先度チャートとは？
製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。
選定の決め手
🤝顧問税理士との連携・データ共有
クリニックの多くは税理士に会計業務をアウトソーシングしています。そのため、顧問税理士が普段使っている会計ソフトと同じ製品、または同じ形式でデータをやり取りできるかどうかが最重要ポイントです。FitGapでは、ここが合わないと導入後に「データの二重入力」「決算期のやり取り地獄」が発生するため、最初に確認すべき要件だと考えています。
🏥医療法人会計基準への対応
医療法人として開設しているクリニックでは、厚生労働省令に定められた医療法人会計基準に沿った決算書類の作成が求められます。一般企業向けの会計ソフトでは対応していないケースがあるため、医療法人のクリニックにとっては製品を絞り込む最大の分岐点になります。個人開業の場合は不要ですので、ここで候補が大きく変わります。
🏦銀行口座・クレジットカード自動連携
保険収入・自費収入・物品売上など、クリニックの入出金は意外と種類が多いです。金融機関と自動連携できれば、入出金明細の取得から仕訳候補の提案まで自動化でき、院長やスタッフが手入力する手間を大幅に減らせます。FitGapとしては、対応金融機関数が多い製品ほどストレスなく運用できるとお伝えしています。
📅保険収入の入金タイムラグに対応した売掛管理
クリニック特有の課題として、保険診療の収入は診療月から約2か月後に入金されます。この入金タイムラグを正しく管理できる売掛金管理の仕組みがないと、月次の損益がズレてしまい資金繰りの見通しが立ちません。FitGapでは、医療機関向けテンプレートや仕訳パターンが用意されている製品を推奨しています。
📊診療科目・部門別の損益管理
複数の診療科を持つクリニックや、保険診療と自費診療を併設しているケースでは、部門ごとの収益とコストを分けて把握できるかが経営改善の鍵になります。部門別管理に対応していない製品だと、どの診療が利益を生んでいるのかが見えなくなりますので、分院展開や自費メニュー拡大を検討中のクリニックは必ず確認してください。
🔰操作のわかりやすさ・会計初心者への配慮
クリニックでは院長自身が経理を兼務していたり、専任の経理担当者がいないケースが非常に多いです。会計用語に不慣れな方でも直感的に操作できるUI、仕訳の自動提案、ガイド付き入力画面など、初心者サポートの充実度は製品選定で大きな差がつくポイントです。
一部の企業で必須
🔗レセコン・電子カルテとのデータ連携
レセプトコンピューターや電子カルテから売上データを自動取り込みできると、月末の転記作業が激減します。外来件数が多いクリニックほど効果が大きいですが、会計ソフト側がAPIやCSV取込に対応しているか、また自院のレセコンの出力形式と合うかは個別確認が必要です。
🧩バックオフィス一体型（給与・経費・勤怠の統合）
看護師・受付スタッフなど複数の職種を抱えるクリニックでは、給与計算や経費精算、勤怠管理を会計と同一プラットフォームで処理できると業務が一気に効率化します。FitGapでは、スタッフ10名以上のクリニックにはバックオフィス統合型の製品を検討する価値が十分あると考えています。
🏢分院・複数拠点でのデータ共有
分院展開しているクリニックでは、各拠点の経理データをリアルタイムに本院側で確認できる機能が必要です。拠点ごとにバラバラのデータ管理になると、法人全体の損益把握が遅れ、経営判断に支障が出ます。
📜電子帳簿保存法・インボイス制度への対応
電子帳簿保存法の改正やインボイス制度への対応は、法令遵守の観点から見逃せません。すべての製品が最新の法改正に即座に対応しているわけではないため、とくにオンプレミス型を使っているクリニックはアップデート体制を事前にチェックしてください。
📈経営分析・キャッシュフローレポート
月次の損益レポートだけでなく、資金繰り表や損益分岐点分析など、経営判断をサポートする分析機能が備わっているかも差別化ポイントです。安定経営が求められるクリニックにおいて、リアルタイムで経営状況を俯瞰できる機能は意思決定のスピードを上げてくれます。
ほぼ全製品が対応
📝仕訳入力・帳簿作成
振替伝票の入力、総勘定元帳・補助元帳・試算表の自動作成は、どの会計ソフトでも標準搭載されている基本機能です。ここで差がつくことはほとんどありませんので、選定の判断軸にはなりにくいです。
📄決算書・確定申告書類の出力
貸借対照表や損益計算書、消費税申告書などの出力機能はほぼすべての製品に備わっています。個人開業クリニックの確定申告に必要な書類も基本的にはカバーされています。
🧮消費税の自動計算・集計
伝票入力時に内税・外税を自動判定し、消費税集計表や申告書を出力する機能は現在の会計ソフトではほぼ標準です。クリニック特有の非課税取引の区分にも多くの製品が対応しています。
優先度が低い
🌐多言語・外貨対応
外貨建て取引や多言語での帳票出力が必要なクリニックはごくまれです。海外送金が頻繁に発生するような特殊なケースを除き、この要件を重視する必要はありません。
🏗️大規模グループ連結決算
数十法人規模の連結決算機能は、大手病院グループ向けの要件です。一般的なクリニック経営においては不要な機能ですので、ここにコストをかける優先度は低いです。
クリニックの会計ソフトの選び方
1.顧問税理士に「何のソフトを使っていますか？」と聞くところから始めます
クリニックの会計ソフト選びで最初にやるべきことは、製品を比較することではありません。顧問税理士（または契約予定の税理士）に、事務所で使っている会計ソフトを確認することです。TKC系の事務所ならFX4クラウド、JDL系ならJDL IBEX会計net、ミロク系ならMJSLINK DXというように、税理士事務所が所属する団体や導入しているシステムによって推奨製品がほぼ決まります。ここを無視して院長の好みだけで選んでしまうと、データ共有ができず二重入力が発生し、月次監査や確定申告のたびに余計なコストと時間がかかります。FitGapでは、このステップだけで候補が3〜4製品に絞られるケースが大半だと実感しています。逆に言えば、税理士を変更する予定がある場合や、記帳代行を依頼せず自力で運用する方針の場合は、このステップをスキップしてSTEP2に進んでください。
サービスカテゴリ
AI・エージェント
汎用生成AI・エージェント
テキスト・ドキュメント
営業・マーケティング
ソフトウェア(Saas)
HR (人事・労務・組織・採用)
オフィス環境・総務・施設管理
プロジェクト管理・業務効率化
Web／ECサイト構築
開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携