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NPO・一般社団法人向け会計ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/5/29
NPO・一般社団法人の会計ソフトは、一般企業向けの製品をそのまま使えるケースもあれば、NPO法人会計基準や公益法人会計基準に対応した専用ソフトが必要になるケースもあり、法人の種別によって選ぶべき製品がまったく異なります。FitGapでは、この「準拠すべき会計基準の違い」こそが製品選びの最大の分岐点だと考えています。本ガイドでは、会計基準の違いを軸に3つのタイプへ分類し、タイプごとのおすすめ製品・要件定義のポイント・選定ステップを順番に解説します。
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レビュー担当 松浦 大輔
FP技能士2級(AFP)・日商簿記2級を保有し、財務・会計の実務知識を裏付けている。freee等の会計・経費精算システムの業務利用経験を持ち、バックオフィス業務設計の視点から製品を評価している。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
汎用会計ソフト活用タイプ 🏢
弥生会計
/ 勘定奉行クラウド
/ マネーフォワード クラウド会計
NPO法人会計基準対応タイプ 🤝
freee会計(法人)
/ MJSLINK DX
/ 会計王
公益法人会計基準特化タイプ 🏛️
パワフル会計「公益」
/ FX4クラウド
/ 勘定奉行
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

おすすめ製品の早見表

タイプ別おすすめ製品 9

経費精算システムのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名タイプ料金企業規模評価ポイント
弥生会計
汎用会計ソフト活用タイプ 🏢
50,000円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

簿記に不慣れでも始めやすい定番ソフト。中小企業でのシェアが高く、サポートも手厚い。

勘定奉行クラウド
汎用会計ソフト活用タイプ 🏢
7,750円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

部門別管理・承認・証憑管理まで広く対応。奉行シリーズで周辺業務も統合可能。

マネーフォワード クラウド会計
汎用会計ソフト活用タイプ 🏢
¥3,980
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

明細取得から請求・経費・給与まで広げられる。低コストでクラウド運用を始めやすい。

freee会計(法人)
NPO法人会計基準対応タイプ 🤝
2,980円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

簿記知識が少なくても使いやすい。入金取込から寄附管理まで少人数で処理しやすい。

MJSLINK DX
NPO法人会計基準対応タイプ 🤝
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

財務会計から給与・人事・販売まで広く統合可能。複数事業の会計区分管理にも対応。

会計王
NPO法人会計基準対応タイプ 🤝
¥44,000買い切り
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

買い切り型で費用を抑えやすい。業種別設定と対話入力で小規模団体も始めやすい。

パワフル会計「公益」
公益法人会計基準特化タイプ 🏛️
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

公益法人会計基準に特化。正味財産区分や活動区分配賦を専用設計で管理できる。

FX4クラウド
公益法人会計基準特化タイプ 🏛️
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

税理士と月次帳簿を確認しながら正確性を保てる。監査説明が必要な団体に向く。

勘定奉行
公益法人会計基準特化タイプ 🏛️
7,750円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

奉行シリーズで給与・販売・固定資産まで連携可能。中堅企業でのシェアも高い会計基盤。

タイプ別おすすめ製品

汎用会計ソフト活用タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

公益認定を受けていない一般社団法人や、企業会計基準で会計報告を行う非営利団体の経理担当者

どんなタイプか:

企業会計基準での記帳・決算を扱う汎用会計ソフトを使うタイプです。NPO法人会計基準や公益法人会計基準の専用帳票を前提にせず、一般企業向けの機能を中心にします。

このタイプで重視すべき機能:

🔗銀行口座・クレジットカード自動連携
銀行・カード明細を自動取込し、仕訳候補の提案で会費収入や経費入力の手間を減らします。
📄電子帳簿保存法・インボイス対応
領収書の電子保存や適格請求書管理をソフト上で行い、紙書類の保管負担を抑えます。

おすすめ製品3選

弥生会計
おすすめの理由
弥生会計は、会計担当者が替わりやすい小規模なNPO・一般社団法人でも、日々の仕訳と決算書作成を引き継ぎやすい定番の会計ソフトです。入力ガイドに沿って進める設計で、FitGapではサポート評価が同ページ内で最上位、使いやすさも上位に入り、中小企業シェアも高いため、簿記に不慣れな事務局が電話やチャットで相談しながら運用したい場合に向きます。税理士との連携を前提にしやすい点も小規模団体には扱いやすいです。一方、予算管理や外部連携は弱く、基金・特別会計管理は追加対応が必要です。助成金や複数事業の予実管理、複数拠点での同時入力、Mac中心の運用を会計側で完結したい団体は、勘定奉行クラウドやマネーフォワード クラウド会計も比較した方がよいです。
価格
50,000円
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
勘定奉行クラウド
おすすめの理由
勘定奉行クラウドは、会計をクラウド化しながら部門別管理や承認、証憑管理まで組み込める、管理体制を重視する団体向けの会計ソフトです。予算管理、仕訳承認ワークフロー、監査・証憑ワークフロー、基金・特別会計管理、財務ダッシュボードを一通り扱え、このタイプの3製品の中でも管理領域を広く押さえます。FitGapでも機能性・連携・セキュリティの評価が同ページ内で上位で、大企業・中堅企業でのシェアも高く、弥生会計より内部統制寄りに選ぶ製品です。一方、機能が多い分、経理専任者がいない小規模団体では習熟と費用が重くなりがちです。会計単体で足りるか、周辺業務に奉行シリーズやオプションが必要かを確認し、低コスト重視なら他製品も検討してください。
価格
7,750円
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド会計
おすすめの理由
マネーフォワード クラウド会計は、銀行明細・カード明細の自動取得から請求書、経費精算、給与計算との連携まで広げやすい、クラウド前提の会計ソフトです。少人数の事務局が兼務で経理を回すNPO・一般社団法人に向き、FitGapでは導入しやすさと料金の評価が同ページ内で最上位、使いやすさも上位です。マルチテナント管理に対応するため、関連法人や支部の会計を切り替えて見たい団体では弥生会計よりクラウド運用に寄せやすいです。予算管理、OCR仕訳、財務ダッシュボードも使えるため、入力省力化と月次把握を同時に進めたい場合に候補になります。一方、サポートはWeb・チャット中心になりやすく、e-Tax連携や法人税申告には対応しません。税務申告を顧問税理士に任せる前提でない団体や、大規模な内部統制まで求める団体は他製品と比較が必要です。
価格
¥3,980
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

NPO法人会計基準対応タイプ 🤝

このタイプが合う企業:

NPO法人(特定非営利活動法人)の経理担当者や、会計基準に準拠した活動報告書の作成を求められる団体

どんなタイプか:

NPO法人会計基準に沿って、活動計算書・財産目録・注記などを作成するタイプです。事業費と管理費、事業別損益を基準準拠の帳票に反映できる点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

📊NPO法人会計基準準拠の帳票出力
日々の入力から活動計算書・貸借対照表・財産目録・注記を作成し、提出書類の準備を減らします。
🗂️事業別・助成金別の部門管理
複数の事業や助成金ごとに収支を分け、助成元への報告や共通経費の按分を管理できます。

おすすめ製品3選

freee会計(法人)
おすすめの理由
freee会計(法人)は、簿記に不慣れな担当者でも銀行明細の取込や自動仕訳を使って日次経理を回しやすいクラウド会計です。NPO・公益法人向けの会計に加え、銀行API取込、OCR仕訳、寄附管理、基金・特別会計管理に対応するため、会費や寄附の入金を帳簿へ取り込みながら少人数で処理したい団体に向きます。FitGapでは操作性・導入しやすさ・料金・連携の評価が同タイプ内で上位、中小企業シェアも1位タイで、会計専任者を置きにくい小規模法人が候補にしやすい製品です。一方、資金収支の自動化と活動区分配賦は追加オプションで、寄附証明や会員管理には対応していません。会員名簿や寄附者対応まで標準機能で管理したい団体は、専用機能を持つ製品や外部ツールとの併用を比べる必要があります。
価格
2,980円
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
MJSLINK DXは、財務会計を軸に給与・人事・販売・固定資産・ワークフローまで広げられる、中堅・中小向けERP型の会計システムです。NPO法人会計基準と公益法人会計基準に対応した会計モジュールで、活動計算書や正味財産増減計算書の出力、公益目的事業・収益事業・法人会計の区分管理を行えるため、複数事業を持つ団体や一般社団法人が会計区分を厳密に分けたい場合に向きます。FitGapでは中小企業シェアがカテゴリ76製品中6位、中堅企業が10位で、軽量なクラウド会計や買い切り型より管理範囲を広く取りたい法人に合います。AI仕訳やAI監査支援も、月次処理とチェック負荷を抑えたい経理体制で有効です。一方、大企業シェアは51位で、グローバル連結や超大規模取引、他社基幹システム中心の構成では適合確認が必要です。
価格
要問合せ
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
会計王は、月額課金ではなく買い切りで導入するインストール型の会計ソフトで、NPO・一般社団法人が限られた予算で基本帳票を整えたい場合に候補になります。業種別設定や対話形式の仕訳入力、銀行明細を取り込むMoneyLinkを備え、NPO・公益法人向け会計、活動区分配賦、基金・特別会計管理にも対応します。会計担当が1〜2名で所轄庁提出書類と日々の記帳をPC上で完結させたい団体に向き、FitGapでは料金評価と導入しやすさ評価が同タイプ内で上位です。一方、クラウド利用やブラウザアクセスには対応せず、複数人の同時作業には会計王PROが必要です。寄附管理は追加オプションで、寄附CRM連携・会員管理・資金収支自動化・マルチテナント管理も非対応のため、複数拠点運用や寄附者データベース連携を重視する団体は他製品を比べるべきです。
価格
¥44,000
買い切り
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

公益法人会計基準特化タイプ 🏛️

このタイプが合う企業:

公益認定を受けた公益社団法人・公益財団法人の経理担当者、および公益法人会計基準に準拠した決算が必要な団体

どんなタイプか:

公益法人会計基準に沿って、正味財産増減計算書や正味財産区分、1取引2仕訳を扱うタイプです。公益目的事業・収益事業・法人会計の区分管理が軸になります。

このタイプで重視すべき機能:

📋正味財産増減計算書の自動作成
仕訳入力から正味財産増減計算書を作成し、一般・指定正味財産の区分を反映できます。
⚖️事業区分別の予算管理・按分処理
事業区分ごとの予算設定、共通経費の按分、予算残を確認しながら執行を管理できます。

おすすめ製品3選

パワフル会計「公益」
おすすめの理由
パワフル会計「公益」は、公益法人会計基準の区分管理に絞り込んだ専用会計ソフトです。指定正味財産・一般正味財産の処理や活動区分配賦を重視する設計で、FitGapでも汎用法人向けではなくNPO/公益法人向けの位置づけとなっており、基金・特別会計管理まで対応しています。公益認定法人や一般社団法人が、一般企業向け会計ソフトでは扱いにくい会計区分を正しく管理したい場合に向きます。クラウド版とパッケージ版を選べ、保守契約中の法改正対応も見込めます。一方、銀行API取込や請求書発行は標準で使えず、OCR仕訳も追加オプションです。小規模NPOが入金管理や請求まで含めて自動化したい場合、費用も含めてより軽量な製品と比較してください。
価格
要問合せ
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
FX4クラウド
おすすめの理由
FX4クラウドは、TKC会員会計事務所との共同運用を前提に、公益法人会計を監査・内部統制まで含めて固めるクラウド会計基盤です。月次巡回監査後にデータをロックする運用や専門家のチェックを重視でき、FitGapでは資金収支自動に対応する点が同タイプ内で目立ち、仕訳承認ワークフロー、証憑ワークフロー、内部統制レポート、予算管理もカバーします。監事監査や外部監査への説明が必要な中規模以上の公益法人、複数事業・複数収入源を厳密に管理したい団体に向きます。一方、会員税理士の関与を前提に導入する製品のため、担当者だけで早く安く始めたい小規模NPOには重くなりがちです。操作習熟や費用も含め、自己完結型の製品と比較してください。
価格
要問合せ
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
勘定奉行は、公益法人会計の帳票対応に加え、給与・販売・固定資産など奉行シリーズの周辺業務と会計をつなげやすい業務基盤型の会計ソフトです。FitGapでは同ページ内で全体シェアが上位で、中堅企業シェアもカテゴリ内1位とされ、NPO/公益法人向けに加えて学校法人、協同組合、不動産賃貸向けの会計にも推奨されています。複数の事業形態を持つ一般社団法人や、既存の奉行シリーズと合わせてバックオフィスをそろえたい団体に向きます。サポート評価も高く、制度改正時に問い合わせ先を確保したい場合にも選びやすいです。一方、資金収支自動には対応せず、寄附管理と仕訳承認ワークフローは追加オプションです。寄附者別管理や資金収支計算を日常的に厳密化したい公益法人は、より専門機能の厚い製品と比較してください。
価格
7,750円
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

比較すべき機能の優先度マップ

どこから比較すべきか

製品には数多くの機能がありますが、選定の決め手になるのは一部の機能だけです。そこで各機能を「多くの企業で必要か」と「製品ごとに対応が分かれるか」の2つの軸で4つに分け、比較する順番が分かるように並べました。下の表では、このページに登場した製品が各機能にどう対応しているかを、上から順に確認できます。
標準対応
オプション/条件付き
非対応

選定の決め手

NPOや一般社団法人では、寄附・予算・承認・固定資産などの管理方法で対応差が出ます。団体の説明責任や決算負荷に直結する項目から優先して比べてください。
弥生会計
勘定奉行クラウド
マネーフォワード クラウド会計
freee会計(法人)
MJSLINK DX
会計王
パワフル会計「公益」
FX4クラウド
勘定奉行
寄附管理
寄附金・基金残高を管理できるか(正味財産区分含む)
予算管理・連携
予算執行や差異を管理し外部予算システムと連携できるか
仕訳承認ワークフロー
仕訳の起票から承認までを管理できるか
固定資産管理
固定資産台帳を管理し償却を自動計算できるか
自動仕訳精算・消込
売掛金・買掛金の入金・支払を自動突合し消込できるか
財務ダッシュボード
単一法人の主要KPIを内蔵ダッシュボードで可視化できるか

一部の企業で必須

助成金や複数事業、会費徴収、税務申告の体制によって必要性が変わる項目です。対象業務があるNPO・一般社団法人だけ、運用条件まで確認してください。
弥生会計
勘定奉行クラウド
マネーフォワード クラウド会計
freee会計(法人)
MJSLINK DX
会計王
パワフル会計「公益」
FX4クラウド
勘定奉行
複合配賦
複数ドライバや段階配賦ルールで費用を配賦できるか
全銀データ出力
全銀協フォーマットで送金・振替データを出力できるか
税務申告(法人税)
法人税申告書を作成・申告連携できるか
税務申告(内訳書・概況書)
内訳書・概況書を作成し申告へ連携できるか
会員管理
会員台帳と会費請求・入金消込を管理できるか

ほぼ全製品が対応

日々の入出金取込、現金管理、基金・特別会計の区分、決算処理は多くの製品が備えています。NPO・一般社団法人では標準対応の範囲を確認する位置づけです。
弥生会計
勘定奉行クラウド
マネーフォワード クラウド会計
freee会計(法人)
MJSLINK DX
会計王
パワフル会計「公益」
FX4クラウド
勘定奉行
銀行API取込
銀行やカード明細を取得し自動仕訳できるか
基金・特別会計管理
基金・寄附・特別会計を区分管理できるか
現金出納帳
現金の入出金を台帳管理できるか
決算早期化
月次・四半期・年次決算を自動化し決算期間を短縮できるか

優先度が低い

海外税制や連結、特定業界向けの管理は、通常のNPO・一般社団法人の会計選定では優先度が下がります。該当する活動がない場合は比較対象から外せます。
弥生会計
勘定奉行クラウド
マネーフォワード クラウド会計
freee会計(法人)
MJSLINK DX
会計王
パワフル会計「公益」
FX4クラウド
勘定奉行
GST/VATレポート
VATやGSTの国別集計レポートを出力できるか
IFRS連結
IFRS基準で連結決算を作成できるか
組合員管理
出資金・利用高・配当・債権債務を管理できるか

NPO、一般社団法人の会計ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

オフィス環境・総務・施設管理
開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携