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NPO・一般社団法人向け会計ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
NPO・一般社団法人の会計ソフトは、一般企業向けの製品をそのまま使えるケースもあれば、NPO法人会計基準や公益法人会計基準に対応した専用ソフトが必要になるケースもあり、法人の種別によって選ぶべき製品がまったく異なります。FitGapでは、この「準拠すべき会計基準の違い」こそが製品選びの最大の分岐点だと考えています。本ガイドでは、会計基準の違いを軸に3つのタイプへ分類し、タイプごとのおすすめ製品・要件定義のポイント・選定ステップを順番に解説します。
レビュー担当 松浦 大輔
FP技能士2級(AFP)・日商簿記2級を保有し、財務・会計の実務知識を裏付けている。freee等の会計・経費精算システムの業務利用経験を持ち、バックオフィス業務設計の視点から製品を評価している。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
汎用会計ソフト活用タイプ 🏢
弥生会計
/ 勘定奉行クラウド
/ マネーフォワード クラウド会計
NPO法人会計基準対応タイプ 🤝
freee会計(法人)
/ PCAクラウド会計
/ 会計王
公益法人会計基準特化タイプ 🏛️
パワフル会計「公益」
/ FX4クラウド
/ 勘定奉行
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

汎用会計ソフト活用タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

公益認定を受けていない一般社団法人や、企業会計基準で会計報告を行う非営利団体の経理担当者

どんなタイプか:

公益認定を受けていない一般社団法人や、企業会計基準に準拠した処理で事足りる団体向けの会計ソフトです。弥生会計やマネーフォワード クラウド会計、勘定奉行クラウドなど、一般企業向けに広く普及している製品をそのまま利用できます。FitGapとしては、公益法人会計基準やNPO法人会計基準が不要であれば、このタイプが最もコストパフォーマンスに優れていると考えています。導入実績が圧倒的に多いため、操作ガイドや税理士の対応範囲も広く、初めて会計ソフトを使う団体でも安心して始められます。

このタイプで重視すべき機能:

🔗銀行口座・クレジットカード自動連携
金融機関やクレジットカードの取引明細を自動で取り込み、AIが仕訳候補を提案してくれます。会費収入や経費精算の入力が大幅に省力化でき、手入力のミスも減らせます。
📄電子帳簿保存法・インボイス対応
改正電子帳簿保存法やインボイス制度に標準で対応しています。領収書のスキャン保存や適格請求書の管理がソフト上で完結するため、紙書類の保管コストと手間を大幅に削減できます。

おすすめ製品3選

弥生会計
おすすめの理由
中小企業シェアがおすすめ9製品中1位タイで、NPO法人会計基準が不要な一般社団法人や任意団体が最も導入しやすい会計ソフトです。FitGapのサポート評価はおすすめ9製品中1位タイで、電話サポートを含む手厚い支援体制があるため、初めて会計ソフトを導入する団体でも操作に困りにくい点が判断材料になります。料金評価もおすすめ9製品中3位タイで、コストを抑えたい小規模団体に向きます。一方、NPO/公益法人向け会計ソフトは×(非推奨)で、活動区分配賦は追加オプション、予算管理・連携は×(非対応)のため、事業費・管理費の区分経理が必須なNPO法人には機能が不足します。要件対応率もおすすめ9製品中8位と対応範囲が狭く、組織が成長して管理会計を強化したい段階では他製品への移行が必要になる場合があります。
価格
50,000円
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
勘定奉行クラウド
おすすめの理由
仕訳承認ワークフロー・監査証憑ワークフロー・予算管理の3要件がすべて○(対応)で、理事会への報告体制や内部管理を重視する一般社団法人で候補になる製品です。シェアはおすすめ9製品中1位タイで、FitGapの機能性評価・連携評価もそれぞれおすすめ9製品中1位タイのため、活動区分配賦に○(対応)しつつ財務ダッシュボードやキャッシュフロー計算書自動生成まで一製品でカバーできます。複数事業を運営し管理精度を上げたい中規模以上の法人に向きますが、NPO/公益法人向け会計ソフトは×(非推奨)のため、NPO法人会計基準に準拠した決算書の出力が必要な団体には適しません。料金評価はおすすめ9製品中5位で、小規模団体にはコスト負担が大きくなる場合があります。
価格
7,750円
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド会計
おすすめの理由
NPO/公益法人向け会計ソフトが○(推奨)となっているのはこのタイプ3製品中この製品のみで、NPO法人会計基準に沿った区分経理をそのまま運用したい団体では第一候補です。活動区分配賦にも○(対応)しており、事業費・管理費の按分処理を会計ソフト内で完結できます。FitGapの導入しやすさ・料金の2評価がおすすめ9製品中いずれも1位タイで、請求書発行・OCR仕訳も○(対応)のため、バックオフィス業務をまとめて効率化したい団体に向きます。要件対応率もおすすめ9製品中4位と対応範囲が広く、銀行API連携で寄附や会費の入金取込も自動化できます。一方、仕訳承認ワークフローは追加オプション、e-Tax連携は×(非対応)のため、内部統制の厳格化や電子申告の直接連携を重視する法人は勘定奉行クラウドとの比較が必要です。
価格
¥3,980
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

NPO法人会計基準対応タイプ 🤝

このタイプが合う企業:

NPO法人(特定非営利活動法人)の経理担当者や、会計基準に準拠した活動報告書の作成を求められる団体

どんなタイプか:

NPO法人が所轄庁へ提出する活動計算書や財産目録など、NPO法人会計基準に沿った書類を作成できる会計ソフトです。一般企業向けの会計ソフトではNPO法人特有の勘定科目や帳票様式に対応していないため、専用ソフトまたは専用キットの利用が必要になります。FitGapでは、NPO法人の場合はこのタイプを第一候補にすることを強くおすすめしています。会計の透明性が寄付金や助成金の獲得に直結するNPO法人にとって、基準準拠の帳票をワンクリックで出力できる点は大きなメリットです。

このタイプで重視すべき機能:

📊NPO法人会計基準準拠の帳票出力
活動計算書・貸借対照表・財産目録・注記といったNPO法人特有の財務諸表を自動で作成できます。事業費と管理費の区分や事業別損益の状況も基準どおりに出力されるため、所轄庁への提出がスムーズです。
🗂️事業別・助成金別の部門管理
複数の事業や助成金ごとに部門を設定し、それぞれの収支を個別に管理できます。助成元への報告書作成が効率化されるほか、共通経費の按分計算も自動で処理してくれます。

おすすめ製品3選

freee会計(法人)
おすすめの理由
NPO法人会計基準に○(対応)しており、銀行API連携やOCR仕訳も○(対応)のため、経理専任スタッフがいないNPO法人でも日々の記帳を自動化しやすい製品です。FitGapの操作性評価はおすすめ9製品中1位で、簿記知識のないスタッフやボランティアでも仕訳入力に迷いにくい設計です。ただし活動区分配賦・ボランティア按分・資金収支自動生成はいずれも追加オプションでの対応となるため、所轄庁提出用の活動計算書や財産目録をワンクリックで出力したい場合は、オプション費用を含めた総額で比較する必要があります。FitGapの料金評価はおすすめ9製品中1位タイですが、NPO特有の按分機能をフル活用するにはオプション追加が前提です。経理兼任体制で自動化を優先したいNPO法人に向きますが、活動区分配賦が標準で必要な団体はPCAクラウド会計との比較を推奨します。
価格
2,980円
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
PCAクラウド会計
おすすめの理由
活動区分配賦・ボランティア按分・公費自己負担按分がいずれも○(対応)で、NPOタイプ3製品中、NPO法人会計基準特有の按分機能を追加オプションなしで最も広くカバーしている製品です。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中2位タイ(85項目中42件対応)で、仕訳承認ワークフローや予算管理も○(対応)しているため、助成金の使途管理や理事会報告に必要な内部統制を1つのソフトで整備できます。一方、NPO/公益法人向け会計ソフトのグループ要件は×(非推奨)となっており、NPO専用の勘定科目プリセットや活動計算書テンプレートは別途設定が必要です。料金評価はおすすめ9製品中6位と中位のため、月額コストを最小化したい小規模団体にはやや負担が重くなります。按分処理の正確さと内部統制を重視する中規模以上のNPO法人に向きます。
価格
13,860円
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
NPO法人会計基準に○(対応)しており、専用の勘定科目テンプレートとNPO向け帳票出力を標準搭載しているため、初期設定の手間なく活動計算書や財産目録を作成できます。FitGapの料金評価はおすすめ9製品中3位タイで、買い切り型のため月額課金が発生せず、年間の運用コストを固定しやすい点がNPO法人の予算管理に合います。活動区分配賦も○(対応)で追加オプション不要です。ただし連携・拡張性評価はおすすめ9製品中8位で、銀行API連携は○(対応)ですが自動仕訳精算・消込は×(非対応)のため、入出金の自動照合までは対応できません。また仕訳承認ワークフローや予算管理も×(非対応)のため、助成金ごとの予実管理を厳格に行いたい団体には機能が不足します。月額費用を抑えつつNPO専用帳票をそのまま使いたい小規模NPO法人に向きます。
価格
¥44,000
買い切り
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

公益法人会計基準特化タイプ 🏛️

このタイプが合う企業:

公益認定を受けた公益社団法人・公益財団法人の経理担当者、および公益法人会計基準に準拠した決算が必要な団体

どんなタイプか:

公益認定を受けた公益社団法人・公益財団法人のために開発された専門性の高い会計ソフトです。正味財産増減計算書の作成、指定正味財産と一般正味財産の区分管理、1取引2仕訳ルールへの対応など、公益法人会計基準特有の要件を満たす必要があります。FitGapの見解としては、公益法人に一般企業向けの会計ソフトを無理に適用するのは非常にリスクが高く、このタイプの専用ソフトを選ぶことが事実上の必須要件です。価格帯はやや高めですが、法改正への追従や専門サポートを考えると十分に投資価値があります。

このタイプで重視すべき機能:

📋正味財産増減計算書の自動作成
公益法人会計基準で求められる正味財産増減計算書(一般正味財産・指定正味財産の区分)を、日々の仕訳入力から自動で作成します。2025年4月施行の法改正にも対応し、最新の帳票様式で出力できます。
⚖️事業区分別の予算管理・按分処理
公益目的事業・収益事業・法人会計の各区分ごとに予算を設定し、共通経費の按分計算や予算残管理をリアルタイムで確認できます。伺書機能と連動して予算執行を管理できる製品もあり、内部統制の強化にも役立ちます。

おすすめ製品3選

パワフル会計「公益」
おすすめの理由
NPO/公益法人向け会計ソフトに○(推奨)で、活動区分配賦・基金管理・寄附管理・マルチテナント管理にすべて○(対応)しており、公益法人会計基準に必要な区分経理をそのまま運用できる専用設計の製品です。FitGapの機能性評価はおすすめ9製品中3位タイ、サポート評価は1位タイで、公益法人特有の制度対応について手厚い支援を受けられます。一方、要件対応率はおすすめ9製品中9位(85項目中16件対応)と汎用的な会計機能の幅は狭く、銀行API連携は×(非対応)のため自動取込による入力省力化はできません。公益認定を受けた法人で制度準拠を最優先にしたい場合に向きますが、NPO法人会計基準で運用する一般的なNPO法人や、銀行連携による自動化を重視する法人には他製品との比較が必要です。料金評価はおすすめ9製品中8位タイのため、導入コストも事前に確認してください。
価格
要問合せ
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
FX4クラウド
おすすめの理由
NPO/公益法人向けに○(推奨)かつ、要件対応率がおすすめ9製品中1位(85項目中60件対応)で、銀行API連携・OCR仕訳・資金収支自動生成・活動区分配賦・寄附管理・仕訳承認ワークフローまで幅広く○(対応)している製品です。FitGapの機能性評価は1位タイ、セキュリティ評価は単独1位で、TKC会計事務所との連携基盤上で経理データを共有しながら運用できるため、顧問税理士と二人三脚で公益法人会計を回したいNPO法人や一般社団法人に向きます。ただしTKC系の税理士・会計事務所との利用が前提となる運用体系のため、顧問先がTKC以外の場合は連携メリットを活かせません。また料金評価はおすすめ9製品中8位タイ、導入しやすさ評価も8位タイと、コストと立ち上げの負荷は高めです。小規模NPOで手軽に始めたい場合は、導入しやすさ・料金評価が上位の製品を優先してください。
価格
要問合せ
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
シェアがおすすめ9製品中1位タイ、要件対応率も2位タイ(85項目中42件対応)で、NPO/公益法人向けに○(推奨)のほか学校法人・協同組合向けにも○(推奨)と、複数の非営利法人形態に対応できる汎用性の高い製品です。銀行API連携・活動区分配賦・e-Tax連携に○(対応)しており、日常の入力自動化から決算・申告まで一連の流れをカバーできます。FitGapのサポート評価は1位タイで、法改正対応や運用相談の支援体制も判断材料になります。一方、寄附管理は追加オプション、資金収支自動生成は×(非対応)のため、寄附金の受入管理や資金収支計算書の自動作成を重視するNPO法人では運用に手間が残ります。公益法人専用の区分経理に特化した設計ではないため、公益認定法人で正味財産の区分管理を厳密に行いたい場合は専用ソフトとの比較が必要です。汎用会計の基盤の上でNPO会計も運用したい法人に向きます。
価格
7,750円
無料トライアルあり
その他の業種でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

📋NPO法人会計基準への対応度
NPO・一般社団法人の会計ソフト選びで最も差がつくポイントです。「活動計算書」「財産目録」などNPO法人会計基準に準拠した決算書をそのまま出力できる製品と、汎用的な企業会計ソフトにテンプレートやアドオンを追加して対応する製品では、決算時の作業負荷がまったく異なります。FitGapでは、基準対応がネイティブか後付けかを必ず確認することをおすすめします。
🔀事業費・管理費の区分経理と按分機能
NPO法人は費用を「事業費」と「管理費」に分け、さらに複数事業がある場合は事業別に振り分ける必要があります。共通経費を面積比や人数比で自動按分できる機能があると、決算期の手作業が大幅に減ります。この按分機能の有無や柔軟性は製品によって大きく差があるため、FitGapでは選定の決め手として重視しています。
🏷️NPO特有の勘定科目プリセット
「受取会費」「受取寄附金」「受取助成金」など、NPO法人特有の勘定科目があらかじめ設定されているかどうかは、導入直後のスムーズさを左右します。汎用の会計ソフトを使う場合は自分で科目を一から登録する必要があり、会計知識の少ないスタッフにとっては大きなハードルになります。
🤝税理士・会計事務所とのデータ共有
NPO法人は収益事業の課税判定など税務が複雑になりやすく、税理士との連携が欠かせません。顧問税理士が同じソフトを使っているか、あるいはデータをエクスポートして渡せる形式に対応しているかは、年次の申告コストに直結します。FitGapでは、顧問先で使われている税務ソフトとの互換性まで確認することを推奨しています。
💰コスト構造(買い切り vs サブスク)
NPO・一般社団法人は営利企業と比べて予算が限られるケースが多く、ランニングコストの大小が導入判断を左右します。買い切り型はイニシャルコストだけで済む反面、法改正対応に追加費用がかかる場合があります。サブスク型は常に最新機能が使える一方で年間費用が積み上がります。自団体の予算サイクルに合った課金モデルを選ぶことが大切です。
🏦銀行口座・クレジットカード自動連携
限られた人員で経理を回すNPO・一般社団法人にとって、口座やカードの取引明細を自動で取り込み仕訳候補を生成する機能は効率化の要です。ただし対応金融機関の数や学習精度は製品ごとに差があります。特に地方銀行やゆうちょ銀行との連携可否は事前にチェックしてください。

一部の企業で必須

⚖️公益法人会計基準への対応
一般社団法人のうち「公益認定」を受けた公益社団法人は、NPO法人会計基準ではなく公益法人会計基準での報告が求められます。指定正味財産・一般正味財産の区分管理や公益目的事業比率の算出に対応した製品を選ぶ必要があるため、FitGapでは法人の種別を最初に確認することをおすすめします。
📂助成金・補助金の使途別管理
複数の助成金・補助金を受けている団体では、資金源ごとに収支を追跡し報告書を作成する必要があります。プロジェクト別やファンド別の管理機能がないと、Excelで二重管理することになり非効率です。助成元への報告頻度が高い団体ほど優先度が上がる要件です。
🏢複数拠点・複数事業のセグメント管理
活動拠点が複数ある、あるいは事業の種類が多いNPO法人では、拠点別・事業別に収支を管理するセグメント機能が必要になります。小規模で単一事業の団体には不要ですが、規模が大きくなるほど欠かせない要件です。
🎁寄付金の受入管理と領収書発行
認定NPO法人など寄付金控除の対象となる団体は、寄付者ごとの受入額を管理し、年間の寄付金領収書を発行する業務が発生します。会計ソフトと連動して管理できると手作業が減り、ミスも防げます。寄付が少ない団体では優先度が下がる要件です。
📊予算管理・予実対比レポート
事業計画書に基づいた予算を立て、実績と比較する「予実管理」は、助成元や理事会への報告で重要になります。リアルタイムで予算残高を確認できると、年度途中の軌道修正がしやすくなります。

ほぼ全製品が対応

📒仕訳帳・総勘定元帳の作成
会計ソフトの基本機能として、仕訳帳や総勘定元帳の自動作成はほぼすべての製品が対応しています。NPO・一般社団法人でも帳簿の記帳義務がありますので必須ですが、製品間で差がつく要件ではありません。
📄貸借対照表の出力
NPO法人会計基準でも企業会計基準でも、貸借対照表は必ず作成する書類です。どの会計ソフトでも標準的に対応しているため、対応の有無より出力フォーマットの柔軟性に注目するとよいでしょう。
💾電子帳簿保存法への対応
2024年1月から電子取引データの電子保存が義務化されており、NPO・一般社団法人も例外ではありません。主要な会計ソフトはほぼ対応済みですが、「帳簿」や「計算書」まで電子保存に対応しているかは念のため確認してください。
🧾インボイス制度(適格請求書)対応
収益事業を行うNPO法人や課税事業者である一般社団法人にとって、インボイス制度への対応は必要です。現行の主要製品はほぼ対応済みですが、免税事業者のまま運営する団体では優先度が下がります。

優先度が低い

🌐海外会計基準(IFRS)対応
国際的な財務報告が必要なNPO・一般社団法人はごく一部に限られます。国内活動が中心の団体にとってはほぼ不要な要件ですので、選定時に気にする必要はありません。
🔗連結会計機能
グループ法人として複数の法人を束ねて連結決算を行うケースは、NPO・一般社団法人では極めて稀です。大規模なグループ組織でない限り、優先度は低いと考えて問題ありません。

NPO、一般社団法人の会計ソフトの選び方

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かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

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