残業手当を自動計算できる給与計算ソフトおすすめ9選｜タイプ別の選び方ガイド

更新：2026/5/29

給与計算ソフトと一口にいっても、残業手当の自動計算ひとつとっても対応力には大きな幅があります。固定残業代の差額計算や月60時間超の割増率自動切替に対応した製品もあれば、基本的な割増率設定のみの製品もあり、自社の残業ルールの複雑さによって最適な選択肢はまったく変わります。本記事では、残業手当の自動計算に対応した給与計算ソフトを「労務管理一体化型」「基幹業務統合型」「シンプル特化型」の3タイプに分類し、それぞれの代表製品を紹介します。さらに、要件定義のコツと製品選定の具体的な手順もガイドしていますので、自社に合った一本を見つけてください。

レビュー担当 加藤杏奈

業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。

FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

残業手当の自動計算機能対応の給与計算ソフトのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名	タイプ	料金	企業規模	評価ポイント
freee人事労務	労務管理と一体化した中小企業向けタイプ 🏢	2,000円月	中小中堅大企業	勤怠から給与・年末調整まで一体管理。中小企業シェアがトップで少人数運用に強い。
マネーフォワードクラウド給与	労務管理と一体化した中小企業向けタイプ 🏢	2,480円月	中小中堅大企業	給与を起点に勤怠・労務・会計を連携。必要機能を段階的に広げられる。
弥生給与Next	労務管理と一体化した中小企業向けタイプ 🏢	9,000円年	中小中堅大企業	弥生会計へ給与仕訳をつなげられる。中小企業シェアがトップで年末調整分業にも対応。
給与奉行クラウド	中堅〜大企業向けの基幹業務統合タイプ 🏛️	5,500円月	中小中堅大企業	奉行シリーズで勤怠から会計まで連携。製造業シェアがトップで事業会社に強い。
奉行クラウド HR DX Suite	中堅〜大企業向けの基幹業務統合タイプ 🏛️	18,750円月	中小中堅大企業	給与周辺の70業務を標準化。人件費分析まで扱え、中堅企業シェアもトップ。
MJSLINK DX	中堅〜大企業向けの基幹業務統合タイプ 🏛️	要問合せ	中小中堅大企業	会計・給与・販売までERPで統合。複雑な給与体系や人件費予測にも対応。
CCS給与計算	少人数企業・会計事務所向けのシンプル特化タイプ 💡	27,500円パッケージ	中小中堅大企業	Excel環境で複数社の給与を低コスト管理。1社100名までの代行業務向き。
給料王	少人数企業・会計事務所向けのシンプル特化タイプ 💡	44,000円本	中小中堅大企業	PC上で勤怠取込から年末調整まで完結。中小企業での利用傾向も強い。
PCAクラウド給与	少人数企業・会計事務所向けのシンプル特化タイプ 💡	13,860円月	中小中堅大企業	支給・控除項目を細かくカスタマイズ可能。連携とセキュリティも強い。

タイプ別おすすめ製品

労務管理と一体化した中小企業向けタイプ 🏢

このタイプが合う企業：

従業員数300名以下の中小企業で、給与・労務を少人数で兼任している担当者の方

どんなタイプか：

勤怠・給与・年末調整・入退社手続きを一体で扱うクラウド型です。勤怠から残業時間を取り込み、割増賃金まで自動計算できる点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能：

⏱️勤怠データからの残業手当自動連携

打刻や勤怠申請から残業区分を判定し、割増率を反映して残業手当の手入力を減らします。

📋入退社・社会保険手続きとの一気通貫処理

従業員情報を一元管理し、入退社から社会保険、給与計算までの二重入力を減らします。