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勤怠管理対応の給与計算ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
勤怠管理システムと連携できる給与計算ソフトは、勤怠データを自動で取り込んで給与を正確に計算してくれる、バックオフィスの心強い味方です。ただし、一口に「勤怠対応の給与計算ソフト」と言っても、少人数向けのシンプルなクラウド型から、会計・人事まで一気通貫で管理できるERP型、さらにはグループ企業の一括処理やBPO委託にも対応する大企業向けまで、製品の性格は大きく異なります。FitGapでは、この違いを「従業員規模」と「給与体系の複雑さ」という2つの軸で3タイプに整理しました。本ガイドでは、タイプ別のおすすめ製品紹介から、要件定義の優先度整理、具体的な選定ステップまでを順番に解説します。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業向けクラウド給与計算タイプ 🌤️
給与奉行クラウド
/ freee人事労務
/ 弥生給与Next
中堅企業向け統合ERP・人事給与タイプ 🏢
マネーフォワード クラウドERP
/ 奉行クラウド HR DX Suite
/ MJSLINK DX
大企業・グループ企業向けBPO対応タイプ 🏭
PROSRV on Cloud
/ COMPANY 給与計算システム
/ ProActive C4
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
関連カテゴリ
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タイプ別お勧め製品

中小企業向けクラウド給与計算タイプ 🌤️

このタイプが合う企業:

従業員数が数名〜300名程度の中小企業で、クラウド上で手軽に勤怠集計と給与計算を一本化したい企業の経理・総務担当者の方におすすめです。

どんなタイプか:

従業員数が数名〜数百名規模の中小企業に向けて、勤怠データの取り込みから給与明細の発行までをクラウド上で完結できる給与計算ソフトです。FitGapとしては、初めて給与計算ソフトを導入する企業や、Excelでの手作業から脱却したい企業にまずおすすめしたいタイプです。画面がシンプルで操作しやすく、月額料金も比較的リーズナブルなため、専任の経理担当がいない少人数の会社でも無理なく運用できます。勤怠管理システムとのAPI連携やCSV取り込みに対応しており、打刻データをそのまま給与計算に反映できる点が大きな強みです。

このタイプで重視すべき機能:

⏱️勤怠データ自動取り込み
勤怠管理システムや打刻データをAPI連携・CSV取り込みで自動的に給与計算へ反映できます。手入力の手間と転記ミスを大幅に削減できます。
📨Web給与明細配信
給与明細をクラウド上で従業員に配信できます。紙の印刷・配布が不要になり、従業員はスマホやPCからいつでも確認できます。

おすすめ製品3選

給与奉行クラウド
おすすめの理由
勤怠管理システムとの連携実績が豊富で、中小企業の導入シェアがトップクラスです。法改正への自動対応も早く、安心して運用できます。
価格
5,500円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
freee人事労務
おすすめの理由
勤怠管理・給与計算・年末調整・労務手続きを一つの画面で操作でき、バックオフィス業務をまとめて効率化したい企業に人気があります。
価格
2,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
弥生給与Next
おすすめの理由
弥生シリーズの使いやすさを引き継いだクラウド給与計算ソフトで、会計ソフト「弥生会計」との連携がスムーズです。コストパフォーマンスにも優れています。
価格
9,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

中堅企業向け統合ERP・人事給与タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員数300名〜数千名規模の中堅企業で、給与計算を会計・人事と統合管理し、業務全体の効率化を図りたい経理部門・情報システム部門の方におすすめです。

どんなタイプか:

給与計算だけでなく、会計・人事・販売管理などを含む統合ERPの一機能として給与計算を利用するタイプです。FitGapでは、部門間のデータ連携を重視し、勤怠から給与、さらに会計仕訳まで一気通貫で処理したい中堅企業に特に注目していただきたいタイプと考えています。勤怠管理モジュールと給与計算モジュールがもともと同一基盤上にあるため、データの受け渡しにCSVのやり取りなどが発生しにくく、月次の締め作業を大幅に短縮できます。組織改編や人事異動にも柔軟に対応できる設計になっている製品が多いのが特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

📊会計仕訳の自動生成
給与データから勘定科目ごとの仕訳を自動生成し、会計モジュールへ直接連携します。月次決算のスピードアップに大きく貢献します。
🔧複雑な給与体系への対応
役職手当・地域手当・シフト手当など多様な手当や変動項目を柔軟に設定できます。就業規則が複雑な企業でも正確に計算できます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウドERP
おすすめの理由
給与・会計・経費・勤怠など幅広い業務をクラウドERPとして統合的に提供しており、部門横断でのデータ活用がしやすい製品です。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
奉行クラウド HR DX Suite
おすすめの理由
勤怠管理から給与計算、人事管理までをワンストップで揃えたHR特化のクラウドスイートで、中堅企業での導入実績が豊富です。
価格
18,750円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
財務会計と人事給与を統合したERPパッケージで、会計事務所との連携にも強みがあります。中堅企業の基幹システムとして定評があります。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

大企業・グループ企業向けBPO対応タイプ 🏭

このタイプが合う企業:

従業員数1,000名以上の大企業やグループ経営企業で、給与計算のBPO活用やマルチカンパニー管理を検討している人事部門・経営管理部門の方におすすめです。

どんなタイプか:

従業員数が数千名以上の大企業やグループ企業を対象に、給与計算のアウトソーシング(BPO)にも対応できる高機能な給与計算ソフトです。FitGapとしては、複数法人の給与を一括処理したい企業や、給与計算業務そのものを外部委託したい企業にフィットするタイプだと考えています。大量の勤怠データを高速に処理する性能と、グループ会社ごとに異なる就業規則・給与体系を一つのシステム上で管理できる柔軟性が最大の強みです。給与計算BPOベンダーが運用することを前提に設計された製品も多く、自社運用と外部委託のどちらにも対応できます。

このタイプで重視すべき機能:

🌐マルチカンパニー管理
グループ会社や複数法人の給与計算を一つのシステムで一括管理できます。法人ごとの就業規則や給与テーブルの違いにも柔軟に対応します。
🤝給与計算BPO連携
給与計算業務をアウトソーシングする際に、BPOベンダーとのデータ受け渡しや権限管理がスムーズに行える仕組みを備えています。

おすすめ製品3選

PROSRV on Cloud
おすすめの理由
大企業向け給与計算BPOの実績が豊富なクラウド型サービスで、数千名規模の給与処理を安定して行える処理性能が強みです。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
COMPANY 給与計算システム
おすすめの理由
大企業・官公庁向けに特化した統合人事システムの給与モジュールで、複雑な給与体系やマルチカンパニー運用に高い対応力を持ちます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
大企業向けクラウドERPの人事給与モジュールで、グループ全体の人事・給与データを統合的に管理できます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🔗勤怠データとの自動連携(API連携)
勤怠管理システムで確定した出退勤・残業・休暇データが、CSVの手動取り込みではなくAPI経由でリアルタイムに給与計算へ反映される機能です。FitGapでは、この自動連携の有無が製品選定で最も差がつくポイントだと考えています。手入力による転記ミスや締め日後の集計作業を大幅に削減できます。
👥複数の給与体系・雇用形態への対応
正社員・パート・アルバイト・契約社員など雇用形態ごとに異なる給与テーブルや手当ルールを柔軟に設定できる機能です。時給・月給・日給の混在や、定額残業代などのイレギュラーな計算にも対応できるかどうかが、中規模以上の企業では選定の決め手になります。
📋年末調整の電子化対応
年末調整の申告書をWeb上で配信・回収し、控除額の自動計算から法定調書の作成までをシステム内で完結できる機能です。紙の申告書を配って回収する手間がなくなるため、FitGapとしてはバックオフィスの負担を最も軽減できる機能の一つだと考えています。
⚖️法改正への自動アップデート
社会保険料率の改定や税制改正など、毎年のように発生する法令変更をベンダー側で自動的にシステムへ反映してくれる機能です。特にクラウド型の製品で対応が進んでおり、手動更新による対応漏れリスクを防げます。
📱Web給与明細の発行
給与明細をPCやスマートフォンから閲覧できる形で電子配信する機能です。印刷・封入・配布の手間とコストを削減できるだけでなく、従業員がいつでも過去の明細を確認できるようになります。対応している製品は多いものの、対応レベルに差があるため確認が必要です。
🔄対応する勤怠管理システムの幅広さ
自社で既に利用中の勤怠管理システムとスムーズに連携できるかどうかは極めて重要です。同一シリーズでの連携だけでなく、他社製品ともCSVやAPIで柔軟に接続できる製品を選ぶと、将来のシステム変更時にも安心です。

一部の企業で必須

🏛️社会保険の電子申請(e-Gov連携)
算定基礎届や月額変更届などの社会保険関連書類を、e-GovやマイナポータルとAPI連携して電子申請できる機能です。届出業務が頻繁に発生する従業員数の多い企業や、社労士事務所への委託を減らしたい企業には必須になります。
📅シフト管理機能
シフト制を採用している企業向けに、シフトの作成・収集・確定をシステム上で行い、その結果をそのまま勤怠・給与計算に反映できる機能です。固定勤務時間の企業には不要ですが、飲食・小売・医療などの業種では欠かせません。
フレックスタイム・変形労働制への対応
フレックスタイム制や変形労働時間制など、標準的な固定時間勤務とは異なる就業規則に対応した勤怠集計・給与計算ができる機能です。これらの制度を導入済み、または導入予定の企業では必ず確認すべきポイントです。
🔒マイナンバー管理
従業員や扶養親族のマイナンバーを安全に収集・保管・利用・廃棄できる機能です。収集から廃棄まで一連のライフサイクルをシステム内で管理でき、アクセス権限の制御や暗号化にも対応した製品を選ぶと安心です。
📊会計ソフトとの仕訳連携
給与計算結果から会計仕訳を自動生成し、会計ソフトに連携できる機能です。経理部門が給与仕訳を手入力している企業では大きな効率化が見込めますが、会計業務を税理士に一任している小規模企業では優先度が下がります。

ほぼ全製品が対応

🧮給与・賞与の自動計算
基本給に各種手当・控除(所得税・住民税・社会保険料など)を加減算し、支給額を自動で算出する機能です。給与計算ソフトの根幹であり、ほぼすべての製品が標準で対応しています。
📄賃金台帳・法定帳票の作成
賃金台帳、所得税徴収高計算書、源泉徴収票など、法定で作成・保管が義務付けられている帳票を自動出力する機能です。大半の製品が対応しており、製品間の差はほとんどありません。
🗂️従業員情報の管理
氏名・住所・扶養情報・口座情報といった従業員の基本情報を一元管理する機能です。給与計算に必要な基礎データとして、ほぼすべての製品に搭載されています。

優先度が低い

🏢組織図の自動作成
部署・役職などの情報から組織図を自動生成する機能です。あると便利ですが、給与計算や勤怠管理の正確性・効率性に直接影響しないため、製品選定時の優先度は低くなります。
プロジェクト別の工数管理
従業員の労働時間をプロジェクトごとに振り分けて管理する機能です。IT企業やコンサルティング企業など一部の業種では有用ですが、多くの企業にとっては給与計算の選定基準としての重要度は高くありません。

勤怠管理の給与計算ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

勤怠管理対応の給与計算ソフトを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
勤怠管理対応の給与計算ソフトの導入後に「想定外だった」という声が多いのが、「初期設定とカスタマイズの複雑さ」と「従業員への操作教育と定着化」の問題です。初期設定とカスタマイズの複雑さについては、勤怠管理システムの導入時には、就業規則や給与体系に合わせた詳細な設定作業が必要になります。従業員への操作教育と定着化については、新しい勤怠管理システムに対する従業員の理解と協力が必要重要です。このほか「既存システムとの連携課題」「コストと投資対効果の見極め」「データ移行とセキュリティリスク」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

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