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e-Tax対応の給与計算ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/5/13
給与計算ソフトのe-Tax対応と一口に言っても、実際の製品は「e-Tax用データをCSV出力するだけのもの」から「ソフト内のボタン一つでe-Taxへ直接送信できるもの」まで対応レベルに大きな幅があります。さらに、年末調整の電子化やeLTAXへの給与支払報告書提出まで一気通貫で処理できるかどうかも製品ごとに異なります。FitGapでは、企業規模と給与体系の複雑さという2つの軸で製品を3タイプに分類し、タイプごとの代表製品の紹介から要件定義・選定手順まで、初めてのe-Tax電子申告でも迷わず製品を選べるようガイドしています。
レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業向けクラウド一体型タイプ 🌤️
freee人事労務
/ 弥生給与Next
/ マネーフォワード クラウド年末調整
中堅企業向け給与専門タイプ 🏢
PCAクラウド給与
/ 給料王
/ 給与大臣NX Super
大企業向けERP・統合人事タイプ 🏗️
COMPANY 給与計算システム
/ PROSRV
/ POSITIVE
企業規模
大企業
個人事業主
デバイス
その他
関連カテゴリ
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タイプ別お勧め製品

中小企業向けクラウド一体型タイプ 🌤️

このタイプが合う企業:

従業員300名以下の中小企業やスタートアップで、バックオフィスの人数が限られており、給与計算から電子申告まで1つのサービスで済ませたい企業

どんなタイプか:

従業員数が数名〜300名程度の中小企業を中心に、給与計算・年末調整・法定調書作成からe-Tax連携までをワンストップで完結できるタイプです。画面の案内に沿って操作するだけで源泉徴収票や法定調書合計表のe-Tax用データが出力でき、電子申告の専門知識がなくても迷わず進められます。FitGapでは、初めてe-Taxに取り組む企業がまず検討すべきグループだと考えています。

このタイプで重視すべき機能:

📋年末調整のWeb回収・自動計算
従業員がスマホやPCから控除申告書を入力すると、保険料控除や扶養控除の計算が自動で行われます。紙の回収・転記が不要になり、年末調整にかかる工数を大幅に削減できます。
📤e-Tax・eLTAX向けデータ一括出力
源泉徴収票や法定調書合計表、給与支払報告書のデータをe-Tax/eLTAXに取り込める形式でまとめて出力できます。申告ソフトへのインポートだけで電子申告が完了します。

おすすめ製品3選

freee人事労務
おすすめの理由
freee人事労務は、勤怠・給与計算・年末調整をクラウドでまとめ、源泉徴収票や法定調書の出力、電子申請まで同じ流れで進めやすい一体型の製品です。画面案内に沿って処理できるため、人事労務の専任者が少ない中小企業でも月次給与から年末調整まで運用しやすく、FitGapでは操作性・料金・サポート・導入しやすさが同タイプ9製品中1位タイです。freee会計などとあわせてバックオフィスを集約したい企業に特に向きます。一方、退職金計算、複数企業一括管理、カスタマイズ性は非対応です。退職金規程が複雑な企業や複数法人をまとめて管理したい企業は、標準機能で足りるか他製品と比較が必要です。
価格
2,000円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
弥生給与Next
おすすめの理由
弥生給与Nextは、弥生シリーズで給与計算をクラウド化し、勤怠・労務・会計連携まで段階的に広げられる中小企業向けの給与ソフトです。年末調整自動化、住民税年度更新、源泉徴収票・法定調書出力、電子申請に対応し、紙やデスクトップ中心の給与業務をオンラインへ移したい企業に向きます。FitGapでは中小企業シェアが同タイプ9製品中1位で、料金・導入しやすさも同タイプ内で上位です。会計事務所と年末調整を分担したい企業や、まず給与・勤怠から始めて必要範囲を広げたい企業では候補にしやすいです。一方、操作ログ監査、ERP連携、経費精算連携、社労士向け機能は非対応です。上場準備で監査証跡が必要な企業や、基幹システムとリアルタイム連携したい企業は他製品も比較してください。
価格
9,000円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド年末調整
おすすめの理由
マネーフォワード クラウド年末調整は、同タイプの中でも月次給与計算ではなく、年末調整と電子申告を切り出してクラウド化する特化型の製品です。従業員はアンケート形式で申告でき、管理者は回収状況の確認や催促をオンラインで進められるため、既存の給与ソフトを残したまま源泉徴収票・法定調書の出力、e-Tax・eLTAX提出まで整えたい企業に向きます。FitGapでは導入しやすさ・料金・サポートが同タイプ9製品中1位タイで、年末調整シーズンだけ運用を立ち上げたい場合にも選びやすいです。一方、月給制・時給制、賞与計算、社会保険料自動計算、銀行振込データ作成は非対応です。毎月の給与計算まで1製品でまとめたい企業は、freee人事労務や弥生給与Nextとの比較が必要です。
価格
2,980円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

中堅企業向け給与専門タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員100名〜1,000名程度の中堅企業で、部署・拠点ごとの給与体系が異なり、正確な給与計算と電子申告の両立が求められる企業

どんなタイプか:

従業員数100名〜1,000名規模の企業で、複雑な給与体系や多拠点管理に対応しつつ、e-Tax電子申告への確実な連携を重視するタイプです。給与計算の精度と柔軟なマスター設定に強みがあり、勤怠システムや会計ソフトとのデータ連携も充実しています。FitGapとしては、給与計算の正確性を最優先しつつe-Tax対応も確保したい企業に適していると評価しています。

このタイプで重視すべき機能:

🔧複雑な給与体系への柔軟な計算式設定
手当・控除の計算ルールや日割り計算、端数処理などを細かくカスタマイズできます。複数の給与テーブルや拠点別ルールにも対応し、独自の給与規程を忠実に再現できます。
🔗法定調書CSV出力とe-Tax取込連携
源泉徴収票や給与支払報告書をCSV形式で出力し、e-TaxソフトやPCdeskに直接取り込める機能を備えています。大量の法定調書を効率よく電子提出できます。

おすすめ製品3選

PCAクラウド給与
おすすめの理由
PCAクラウド給与は、給与計算をPCAシリーズや勤怠・会計システムとつなげて運用したい中堅企業向けの、連携重視の給与ソフトです。給与・賞与、年末調整、源泉徴収票出力に加え、住民税年度更新や電子申請、勤怠管理連携まで扱えるため、e-Tax申告に必要な給与関連データを周辺業務と分断せず整えたい企業に向きます。FitGapでは連携・拡張性評価が同ページ内で最上位、セキュリティ評価も上位で、PCAの会計・人事と併用する企業では特に候補にしやすいです。一方、多拠点管理や複数企業一括管理は追加オプションで、Windows環境前提や料金体系の確認も必要です。拠点・法人管理を標準機能で広く使いたい企業は、上位ERP寄りの製品と比較してください。
価格
13,860円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
給料王は、クラウド統合よりもインストール型で費用を抑え、給与・賞与計算から年末調整、電子申請まわりまで着実に処理したい企業向けの給与ソフトです。初期設定を案内に沿って進めやすく、源泉徴収票出力、住民税年度更新、社労士連携、複数企業一括管理にも対応するため、顧問社労士と連携しながら100〜300名規模の給与業務を回す企業に向きます。FitGapでは料金評価が同ページ内で上位で、同タイプでは低コスト寄りに選びやすい点も魅力です。一方、クラウド型ではなくWindows前提で、ERP連携・高度権限制御・経営ダッシュボードは非対応です。統制や自動連携を重視する500名超の企業は別製品を比べる必要があります。
価格
44,000円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
給与大臣NX Super
おすすめの理由
給与大臣NX Superは、給与計算だけでなく内部統制や人件費分析まで給与システム側で管理したい中堅企業向けの上位版です。電子申請、年末調整、住民税年度更新、源泉徴収票出力に加え、昇給・賞与の遡及計算や労働保険関連帳票を扱えるため、e-Tax申告前後の給与業務を厳密に管理したい企業に向きます。FitGapの評価でも機能性とセキュリティが同ページ内で上位で、高度権限制御、操作ログ監査、部門別コスト配賦、複数企業一括管理まで対応します。一方、多機能な分、操作性や導入しやすさの評価は低めで、打刻データ取込、Web給与明細、人事評価連携は追加オプションです。軽量に始めたい企業や数十名規模では、負担が大きくなりやすいです。
価格
要問合せ
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

大企業向けERP・統合人事タイプ 🏗️

このタイプが合う企業:

従業員1,000名以上の大企業やグループ会社で、人事・給与を統合管理し、法定調書の大量電子提出にも組織的に対応する必要がある企業

どんなタイプか:

従業員数1,000名以上の大企業やグループ企業を対象に、人事・給与・勤怠・社会保険を統合管理しながらe-Tax/eLTAXへの電子申告を組織的に運用するタイプです。人事異動や組織改編に伴う給与変動を自動反映し、大量の法定調書を一括で電子提出できる仕組みが整っています。FitGapでは、グループ全体のガバナンスと電子申告の義務化対応を同時に実現したい企業におすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

🔄人事・給与・勤怠データの統合管理
人事情報の変更が給与計算へ自動で反映され、二重入力や転記ミスを排除できます。勤怠データとの連携により、毎月の給与処理がシームレスに完了します。
📊大量法定調書の一括電子申告
数千〜数万枚規模の源泉徴収票や給与支払報告書をe-Tax・eLTAX形式で一括出力し、まとめて電子申告できます。提出義務の基準を超える大企業に不可欠な機能です。

おすすめ製品3選

COMPANY 給与計算システム
おすすめの理由
COMPANY 給与計算システムは、大企業の複雑な人事・勤怠・給与を同じ基盤で扱い、海外拠点や多言語従業員まで含めて統合管理しやすい給与計算システムです。e-Tax/eLTAXやe-Gov電子申請、源泉徴収票・法定調書出力まで標準化したい本社集中型のグループ企業に向きます。FitGapでは大企業シェアがカテゴリ78製品中1位で、同タイプ3製品の中で海外拠点対応、複数通貨、多言語給与明細、退職金計算をすべて備えるのはこの製品だけです。一方、導入しやすさ評価は低く、個別見積もりで要件整理や教育にも時間がかかります。国内単一拠点で給与制度が単純な企業は、BPOを組み合わせやすいPROSRVや人材管理まで広く扱うPOSITIVEと費用対効果を比べる必要があります。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
PROSRVは、クラウド型の人事給与システムに年末調整や住民税更新などの代行を組み合わせられる、BPO(業務委託)併用型の大企業向け給与基盤です。給与業務をすべて内製せず、一部業務だけ外部化しながらe-Tax/eLTAXに関わる電子申請、源泉徴収票・法定調書出力をまとめたい企業に向きます。FitGapでは全体シェアが9製品中1位で、大企業・中堅企業シェアもタイプ内首位、電子申請・年末調整自動化・住民税年度更新にも対応しています。一方、最低500名規模の利用が前提で、海外拠点対応や複数通貨、社労士向け機能は非対応です。海外現地法人の給与まで統合したい企業はCOMPANY、タレントマネジメントまで同じ基盤で扱いたい企業はPOSITIVEも比較して下さい。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
POSITIVEは、給与・勤怠・基幹人事にタレントマネジメントを重ねた、大企業向けの統合HCM(人事管理システム)です。単なる給与計算ではなく、人材データや権限管理も同じ基盤で扱いながら、e-Tax/eLTAXの電子提出まで本社で統制したい企業に向きます。FitGapでは社労士事務所へ依頼・確認を回す顧問先依頼ワークフローが同タイプ3製品で唯一の対応で、電子申請、源泉徴収票・法定調書出力、複数企業一括管理にも対応しています。年末調整や行政手続きを外部専門家と分担しつつ、人材管理まで広げたい大企業では有力です。一方、料金評価は本ページ内で低めで、複数通貨対応は非対応です。外貨建て給与や会計まで含む一体運用を重視する企業はCOMPANYなども比較して下さい。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

比較すべき機能の優先度マップ

どこから比較すべきか

製品には数多くの機能がありますが、選定の決め手になるのは一部の機能だけです。そこで各機能を「多くの企業で必要か」と「製品ごとに対応が分かれるか」の2つの軸で4つに分け、比較する順番が分かるように並べました。下の表では、このページに登場した製品が各機能にどう対応しているかを、上から順に確認できます。
標準対応
オプション/条件付き
非対応

選定の決め手

e-Tax対応の給与計算ソフトでは、電子申告そのものよりも周辺業務の一体運用で差が出ます。複数法人、社労士連携、ERP連携まで含めて確認してください。
freee人事労務
弥生給与Next
マネーフォワード クラウド年末調整
PCAクラウド給与
給料王
給与大臣NX Super
COMPANY 給与計算システム
PROSRV
POSITIVE
給与明細(Web)
社労士向け機能
複数企業一括管理(マルチカンパニー)
カスタマイズ性
経費精算連携
ERP連携

一部の企業で必須

大企業、海外拠点、退職金制度、経営管理まで給与業務に含める場合は、対応製品が限られます。自社の運用条件に該当する項目だけ比較してください。
freee人事労務
弥生給与Next
マネーフォワード クラウド年末調整
PCAクラウド給与
給料王
給与大臣NX Super
COMPANY 給与計算システム
PROSRV
POSITIVE
退職金計算
海外拠点対応
経営ダッシュボード
人件費予測・シミュレーション

ほぼ全製品が対応

e-Tax対応をうたう給与計算ソフトでは、電子申請、年末調整、源泉徴収票や法定調書の作成は多くの製品で備わる基本機能として確認できます。
freee人事労務
弥生給与Next
マネーフォワード クラウド年末調整
PCAクラウド給与
給料王
給与大臣NX Super
COMPANY 給与計算システム
PROSRV
POSITIVE
電子申請対応
年末調整自動化
源泉徴収票・法定調書出力

優先度が低い

外貨建て給与や顧問先依頼の処理は、通常の国内給与計算とe-Tax提出では優先度が下がります。必要な企業だけ追加で確認すれば十分です。
freee人事労務
弥生給与Next
マネーフォワード クラウド年末調整
PCAクラウド給与
給料王
給与大臣NX Super
COMPANY 給与計算システム
PROSRV
POSITIVE
複数通貨対応
顧問先依頼ワークフロー

e-Tax対応の給与計算ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

eTax対応の給与計算ソフトを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
注意点はいくつかありますが、なかでも「初期設定と環境構築の複雑さ」「セキュリティ管理の重要性」「システム障害時の対応準備」が特に重要です。とりわけ初期設定と環境構築の複雑さについては、eTax対応の給与計算ソフトの導入には、複雑な初期設定作業が必要です。またセキュリティ管理の重要性については、給与データや税務申告データは機密性の高い情報であるため、厳格なセキュリティ管理が求められます。このほか「システム障害時の対応準備」「法改正への継続的な対応」「運用コストと予算管理」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

サービスカテゴリ

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