FitGap | 【2025年】e-Tax対応の給与計算ソフトのおすすめ10製品（全205製品）を徹底比較！

e-Tax対応の給与計算ソフトとは？

e-Tax対応の給与計算ソフトは、企業が従業員の給与を正確かつ効率的に計算するだけでなく、国税電子申告・納税システム(e-Tax)を通じて電子的に申告や納税を行うことができるツールです。このソフトウェアは、給与計算に必要な基本情報を入力すると、税金や社会保険料、労働時間などを考慮して給与額を自動で算出する機能を持っています。多くのソフトでは、毎月の基本給、残業代、各種手当といった支給額の計算から、所得税、社会保険料、雇用保険料、住民税などの控除、さらには賞与計算や年末調整までを効率化します。

e-Taxとは？e-Taxとは、国税電子申告・納税システムの略称で、所得税や法人税、消費税などの申告書や各種申請・届出書を、インターネットを通じて電子的に提出できる仕組みです。従来の紙による申告方法と比較して、税務署に出向く必要がなく、24時間365日いつでも申告・納税が可能になります。給与計算ソフトとe-Taxを連携させることで、源泉所得税の徴収高計算書や給与支払報告書、年末調整関連書類などの電子申告が可能になります。特に年末調整や法定調書の提出作業は、多くの書類と計算が必要な業務ですが、e-Tax対応の給与計算ソフトを利用することで大幅な業務効率化が実現できます。

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e-Tax対応の給与計算ソフト（シェア上位）

弥生給与

弥生株式会社が提供する給与計算ソフトウェアです。中小企業向けで使いやすい設計と充実したサポートを特長とし、累計ユーザー数は数十万社に及びます。勤怠データ連携による自動計算で残業代や社会保険料の反映ミスを防ぎ、計算業務を効率化します。昇給・賞与計算も簡単操作で対応し、最新法令への迅速対応で年末調整まで一気通貫で処理可能です。源泉徴収票や給与支払報告書はe-Tax/eLTAX用データを出力でき、Windows版に加えクラウド版でも提供。クラウド版は従業員数無制限プランもあり、Web明細配信やマイナンバー管理によるペーパーレス化も可能です。他社製品と比べて豊富な導入実績と直感的UIによる学習コストの低さが強みで、低価格帯から高機能版まで選べる柔軟なプラン設計も評価されています。金融機関との連携も簡単で、担当者向けにわかりやすいナビ機能があるなど初学者への配慮も万全です。税理士事務所との連携も密で、ITトレンド調査でも中堅企業向け給与ソフトのシェアトップクラスを獲得するなど、多くの企業が安心して利用しています。

コスト

月額￥4,374～

無料プラン

IT導入補助金

無料トライアル

〇

全276サービス中1位

事業規模

中小企業 72％

中堅企業 21％

大企業 5％

メリット・注意点

仕様・機能

COMPANY 給与計算システム

Works Human Intelligence社が提供する給与計算システムです。人事・会計・勤怠管理を一つのERP基盤で統合管理できるため、データの一元化と業務効率化を実現します。特に注目すべきは充実したe-Tax対応機能で、年末調整では数万名規模の大量データも自動でバッチ分割処理し、税務署への電子申告をスムーズに行えます。また、AI機能が控除項目の入力漏れをリアルタイムで検知し、自動再計算まで提案してくれるので、ミスの防止と作業時間の大幅短縮が可能です。大学法人やグローバル企業での導入実績が豊富で、多言語による従業員のセルフ申告機能も備えています。システム運用についてはクラウドとオンプレミスの混在運用が選択でき、各企業の方針に柔軔に対応します。さらに、J-SOX法対応として監査ログの自動記録と多段階承認フローを標準搭載しており、内部統制の強化も万全です。高い処理速度と安定性を誇り、数千名以上の従業員を抱える大企業のERPシステムとして確かな実力を発揮します。

コスト

要問合せ

無料プラン

IT導入補助金

無料トライアル

全276サービス中4位

事業規模

中小企業 0％

中堅企業 39％

大企業 59％

メリット・注意点

仕様・機能

freee人事労務

freee株式会社が提供するクラウド給与計算ソフト。最大の特徴は、国税庁のe-Tax APIと直接連携している点で、年末調整の控除申告書をアップロードしてから電子送信まで、わずか2ステップで完了できます。従業員の年末調整書類の回収も簡単で、スマートフォンから必要事項を入力してもらうだけ。プッシュ通知機能があるため、提出忘れの心配もありません。紙での運用が根強い職場でも、QRコードを使って手軽に導入できるのが魅力です。特に便利なのがAI機能で、生命保険料控除などの計算ミスを自動で見つけて修正してくれるため、人事担当者は最終確認だけで作業が終わります。また、同じfreeeシリーズの会計ソフトや勤怠管理システムと連携すれば、仕訳データや有給残高が自動で反映され、実際に事務作業を平均68%削減できた実績もあります。 SlackやTeamsとの連携で進捗管理もスムーズに行え、書類の自動読み取り機能も搭載。セキュリティ面ではISO27001やSOC2に準拠しており、上場準備中の企業でも安心して利用できます。月額制で創業期から300人規模まで柔軟に対応し、法改正への迅速な対応も評価されています。

コスト

月額￥440～

無料プラン

IT導入補助金

〇

無料トライアル

全276サービス中5位

事業規模

中小企業 58％

中堅企業 27％

大企業 13％

メリット・注意点

仕様・機能

ジョブカン給与計算

Donuts社が提供するクラウド給与計算ソフトです。手頃な価格設定でありながら、給与計算に必要な機能を幅広くカバーしています。特にe-Taxへの対応が充実しており、年末調整に必要なXMLファイルを自動で作成できます。年末調整オプションを併用すれば、電子申告もワンクリックで完了するため、税務手続きの負担を大幅に軽減できます。複数店舗を展開する企業には特に重宝される機能として、地域ごとの税率の違いや各店舗の就業規則をテンプレートで一元管理できる点が挙げられます。勤怠管理やシフト管理、ワークフロー機能との連携により、給与計算時の差異もリアルタイムで把握可能です。200名から1,000名規模のチェーン店でも安定して運用できる実績があります。運用面では、提出書類の管理機能が便利で、未提出項目を色分け表示し、督促メールの自動送信も行えます。外部の社会保険労務士にもアカウントを無料で発行できるため、専門家との連携もスムーズです。チャットサポートは迅速な対応が評判で、動画マニュアルも充実しており、初心者でもすぐに操作を覚えられます。SOC2レベルの高いセキュリティ基準を満たし、英語表示にも対応しているため、外資系企業でも安心して利用できます。

コスト

月額￥440～

無料プラン

〇

IT導入補助金

〇

無料トライアル

〇

全276サービス中7位

事業規模

中小企業 30％

中堅企業 49％

大企業 20％

メリット・注意点

仕様・機能

PCAクラウド給与

ピー・シー・エー株式会社が提供するクラウド型給与計算ソフトです。中小企業向けの機能を充実させており、給与・賞与計算から算定基礎届・月額変更届の作成、年末調整処理まで一気通貫で行えます。月次データ入力だけでリアルタイムに計算が完了し、支給控除項目の反映ミスを抑制します。オンライン銀行振込データの作成やWeb給与明細発行機能を備え、従業員にペーパーレスで給与明細を配布できます。最新の税率・保険料率への自動対応で法改正も安心です。e-Tax/eLTAX提出用の法定調書や源泉徴収票も作成可能で、電子申告に対応します。他社製品に比べ導入企業数が多く、20,000社以上の採用実績がある点が信頼されています。UIはわかりやすく、オンライン利用でサーバ管理不要なのも中小企業には魅力です。さらにPCAは中小企業向けの経理・人事ソフトで実績が豊富な大手ベンダーであり、安心のサポート体制にも定評があります。また、PCA会計ソフトなど同社製品との連携オプションも充実しており、データ連携で経理・労務業務をさらに効率化できます。

コスト

月額￥17,820～

無料プラン

IT導入補助金

〇

無料トライアル

〇

全276サービス中8位

事業規模

中小企業 69％

中堅企業 29％

大企業 1％

メリット・注意点

仕様・機能

給料王

ソリマチ社が提供するオンプレミス給与計算ソフトです。ローカル環境にインストールするため、ネット接続に厳しい制限がある製造業や医療法人でも安心して運用できます。特に注目すべきは、電子申告オプションの「e-Tax連携ツール」です。年末調整で作成したデータを瞬時に変換し、そのまま税務署へ送信できるため、e-Taxへの対応もスムーズに行えます。また、帳票のカスタマイズ機能が充実しており、会社独自のレイアウトで源泉徴収票を作成したい場合にも威力を発揮します。 AI補助入力機能も実用的で、控除の入力漏れを自動で検知し、再計算を提案してくれるため、人的ミスを大幅に減らせます。300名規模の中堅企業でも処理速度が落ちることなく、保守費用を含めたトータルコストもクラウド型と同等かそれ以下に抑えられます。さらに、外部の会計ソフトとの連携もスムーズで、法改正への対応スピードもオンプレミス型としてはトップクラスです。セキュアな環境で電子申告まで完結させたい企業には最適な選択肢といえるでしょう。

コスト

要問合せ

無料プラン

IT導入補助金

〇

無料トライアル

〇

全276サービス中10位

事業規模

中小企業 83％

中堅企業 16％

大企業 0％

メリット・注意点

仕様・機能

給与大臣NX

応研株式会社が提供する給与計算ソフトです。初心者に配慮した大きめ文字表示と直感的な操作性により、複雑な計算知識がなくても使える易しさが特徴ですが、その一方で複雑な給与制度にも対応できる柔軟な機能も備えています。給与・賞与計算、年休管理、代替休暇、社会保険・労働保険手続き、年末調整などを一貫して処理でき、最新の税制・保険料率にも自動で対応します。マイナンバー登録から廃棄まで制度に沿った運用が可能で、帳票出力ではe-Tax/eLTAX用の申告データも作成できます。他社製品に比べて、使いやすさと高い正確性を両立している点が強みで、中小企業から上場企業まで幅広い規模で利用されています。また、クラウド版も提供されておりサーバー運用不要で利用できるため、導入時のIT負担を低減できます。多数のヘルプ機能やサポート資料が充実しており、法改正対応やユーザーの立ち上げもスムーズです。給与明細の電子配布にも対応しており、ペーパーレス化にも役立ちます。初めて給与計算ソフトを導入する企業にも安心のサポート体制が整った製品です。

コスト

要問合せ

無料プラン

IT導入補助金

〇

無料トライアル

全276サービス中11位

事業規模

中小企業 50％

中堅企業 50％

大企業 0％

メリット・注意点

仕様・機能

PX2

TKC株式会社が提供する給与計算システムです。勤怠管理との連携が進んでおり、働き方改革に伴う残業上限規制や有給取得義務の管理を支援します。給与計算業務のほか、社会保険・労働保険の電子申請や源泉所得税・住民税の電子納税にも対応するなど、関連業務をワンストップでデジタル化できます。e-Tax/eLTAX用の申告データを生成でき、Web給与明細配信も可能です。他社製品と比較すると、TKC会計・税務システムとの連携が強力で、会計事務所サポート下で利用されることが多い点が特徴です。大企業や会計事務所が顧客に多く、大量データ処理に耐える信頼性があります。給与業務データを活用した分析・レポート機能も備え、経営判断に必要な情報を提供できる点も強みです。また、タイムレコーダー連携や給与即時払いサービスなどオプション機能も用意されており、従業員の利便性向上にも配慮しています。最新バージョンではクラウド対応版も提供されており、サーバー運用不要でスムーズに導入できます。豊富な会計事務所ネットワークによるサポートが受けられ、大手・上場企業での導入事例も多数あります。継続的な機能拡充と法改正対応により、安定した運用が可能です。

コスト

要問合せ

無料プラン

IT導入補助金

〇

無料トライアル

全276サービス中13位

事業規模

中小企業 90％

中堅企業 9％

大企業 0％

メリット・注意点

仕様・機能

フリーウェイ給与計算

フリーウェイジャパン社が提供するクラウド給与計算ソフト。最大の魅力は、従業員20名以下なら月額0円で利用できることです。無料版でもe-Tax対応機能が使えるため、電子申告にかかるコストを大幅に削減できます。 e-Taxでの電子申告が初めてという方でも心配ありません。控除申告書のPDFをドラッグ＆ドロップするだけで、OCR機能が自動的に内容を読み取ってXML形式に変換し、オンライン提出まで丁寧にガイドしてくれます。この一連の流れにより、複雑な電子申告の手続きがぐっと身近になります。さらに、給与計算だけでなく会計機能やマイナンバー管理も無料で利用できるのが嬉しいポイント。事業が拡大してプランを変更する際も、面倒なデータ移行作業は不要です。管理画面のダッシュボードでは提出状況が色分けで一目瞭然。CSVエクスポート機能により税理士との情報共有もスムーズに行えます。セキュリティ面では、国内データセンター使用とISO27017準拠で安心です。平日22時までのチャットサポートも用意されており、夜間に作業することが多い個人事業主の強い味方となっています。低コストでe-Tax対応を実現したい小規模事業者から成長企業まで、幅広く支持されている製品です。

コスト

月額￥1,980～

無料プラン

〇

IT導入補助金

〇

無料トライアル

〇

全276サービス中19位

事業規模

中小企業 88％

中堅企業 11％

大企業 0％

メリット・注意点

仕様・機能

MJSかんたん！給与

株式会社ミロク情報サービスが提供する給与計算ソフトです。従業員50人程度までの中小企業向けに設計され、保険料・源泉所得税を自動算出しながら給与明細をかんたんに作成できます。自社独自の支給手当や控除項目を追加設定でき、柔軟な計算にも対応します。スマートフォンアプリと連携して給与明細を電子配布できるため、ペーパーレス運用を促進します。社会保険算定基礎届や月額変更届のデータも自動集計でき、年末調整も実績データから自動計算できます。e-Tax/eLTAX用の年末調整データ出力にも対応しており、必要な帳票は電子申告用ファイルとして出力可能です。他社製品と比べ必要機能を厳選している分、画面もシンプルで習熟しやすい点が強みです。また同社の会計・労務ツールとも連携できるため、バックオフィス業務全体の効率化にも貢献します。コストパフォーマンスも高く、低価格でもしっかりとした機能が揃っている点が評価されています。導入・運用サポートも充実しており、初めて給与計算ソフトを扱う担当者でも安心です。マニュアルやヘルプコンテンツも充実しており、会計事務所や専門家にも高い評価を得ています。

コスト

要問合せ

無料プラン

IT導入補助金

無料トライアル

〇

全276サービス中21位

事業規模

中小企業 81％

中堅企業 12％

大企業 6％

メリット・注意点

仕様・機能

e-Tax対応の給与計算ソフトとは？

更新：2025年06月19日

e-Taxとは？e-Taxとは、国税電子申告・納税システムの略称で、所得税や法人税、消費税などの申告書や各種申請・届出書を、インターネットを通じて電子的に提出できる仕組みです。従来の紙による申告方法と比較して、税務署に出向く必要がなく、24時間365日いつでも申告・納税が可能になります。給与計算ソフトとe-Taxを連携させることで、源泉所得税の徴収高計算書や給与支払報告書、年末調整関連書類などの電子申告が可能になります。特に年末調整や法定調書の提出作業は、多くの書類と計算が必要な業務ですが、e-Tax対応の給与計算ソフトを利用することで大幅な業務効率化が実現できます。

e-Tax対応の給与計算ソフトを導入するメリット

e-Tax対応の給与計算ソフトを導入するメリットには、業務効率化や申告ミス防止などがあります。ここでは、具体的な導入メリットを紹介します。

申告作業の大幅な時間短縮

e-Tax対応の給与計算ソフトを導入すると、税務署への移動時間や窓口での待ち時間が不要になります。給与データから自動的に申告書類が作成され、インターネット経由で直接提出できるため、従来の紙ベースの申告に比べて作業時間が半分以下になることも珍しくありません。また、夜間や休日でも申告手続きが可能になり、繁忙期の業務負担を分散させることができます。

ペーパーレス化による保管コスト削減

e-Tax対応の給与計算ソフトでは、申告書類や控えをデータで保存できるため、書類の印刷や保管スペースが不要になります。大量の紙書類を整理・保管するための労力やコストが削減され、オフィスの省スペース化につながります。さらに、データ検索機能によって過去の申告情報を瞬時に取り出せるため、税務調査などの際にも迅速に対応できるようになります。

計算ミスや申告漏れの防止

e-Tax対応の給与計算ソフトでは、税制改正に合わせた自動アップデート機能により、常に最新の計算ルールが適用されます。手計算や古い情報による計算ミスを防ぎ、特に複雑な年末調整や法定調書作成の際の正確性が向上します。加えて、申告書類の送信前にエラーチェック機能が働くため、記入漏れや入力ミスを事前に発見できる仕組みが整っています。

e-Tax対応の給与計算ソフトを導入する際の注意点

e-Tax対応の給与計算ソフトを導入する際の注意点には、システム要件の確認や運用体制の整備などがあります。ここでは、導入前に検討すべき具体的な注意点を紹介します。

電子証明書の準備と管理

e-Tax対応の給与計算ソフトを利用するためには、電子証明書の取得が必要です。法人の場合は法人番号と電子証明書の取得手続きが必要で、取得までに1〜2週間程度かかる場合があります。また、電子証明書には有効期限があり、通常は1〜3年で更新が必要なため、期限管理を行う担当者を決めておくことが重要です。さらに、セキュリティ確保のため、電子証明書を保存するICカードやファイルの管理には十分な注意が必要です。

適切なシステム環境の確保

e-Tax対応の給与計算ソフトを導入する際は、推奨システム要件を必ず確認する必要があります。特にインターネット接続環境やセキュリティソフトとの互換性、OSのバージョンによっては動作しない場合があるため事前確認が欠かせません。また、データベースサーバーを別途用意する必要があるタイプのソフトもあり、追加のハードウェア投資が必要になることも考慮しておくべきです。

操作研修と運用体制の整備

e-Tax対応の給与計算ソフトは機能が豊富な反面、操作方法の習得に時間がかかる場合があります。担当者の異動や休職に備えて、複数人が操作できるよう研修を実施しておくことが重要です。また、毎月の給与計算から年末調整までの年間スケジュールを把握し、各業務の担当者や代理者を明確にしておくことで、申告期限に余裕を持った運用が可能になります。

かんたんな質問に答えてぴったりのe-Tax対応の給与計算ソフトをチェック

e-Tax対応の給与計算ソフトの選び方

e-Tax対応の給与計算ソフトの選び方には、企業規模や業種に合わせたソフト選定のポイントがあります。ここでは、最適な給与計算ソフトを選ぶための重要なポイントを紹介します。

会社規模と従業員数に適した機能

企業の規模や従業員数に合わせたソフト選びが重要です。小規模企業では、シンプルで基本的な機能に特化したソフトが操作性も良く、コスト面でも優れています。一方、従業員が100名を超える中規模企業では、一括処理機能や多様な雇用形態に対応できる柔軟性が求められるでしょう。また、複数事業所を持つ企業の場合、拠点別の給与体系や就業規則に対応できる機能が必要になるケースも多いです。

業種特有の給与体系への対応

業種によって給与体系や手当の種類は大きく異なるため、自社の給与体系に対応したソフトを選ぶことが重要です。医療機関では夜勤手当や特殊勤務手当などに対応したソフトが必要になります。建設業では現場ごとの単価設定や出来高払いに対応した機能が重宝されるでしょう。飲食・小売業などシフト制の業種では、シフト管理と連動した給与計算機能があるソフトが作業効率を大幅に向上させます。

他システムとの連携性

既存の社内システムとの連携がスムーズにできるソフトを選ぶことで、二重入力などの無駄な作業を省けます。勤怠管理システムとの連携では、タイムカードや打刻データを自動取り込みできると残業時間の計算ミスが減少します。会計ソフトとの連携機能があれば、給与データを総務や経理部門に円滑に引き継ぐことが可能になります。人事システムとの統合により、昇給や異動情報を給与計算に自動反映させる仕組みも多くのソフトで提供されています。

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