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e-Tax対応の給与計算ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
給与計算ソフトのe-Tax対応と一口に言っても、実際の製品は「e-Tax用データをCSV出力するだけのもの」から「ソフト内のボタン一つでe-Taxへ直接送信できるもの」まで対応レベルに大きな幅があります。さらに、年末調整の電子化やeLTAXへの給与支払報告書提出まで一気通貫で処理できるかどうかも製品ごとに異なります。FitGapでは、企業規模と給与体系の複雑さという2つの軸で製品を3タイプに分類し、タイプごとの代表製品の紹介から要件定義・選定手順まで、初めてのe-Tax電子申告でも迷わず製品を選べるようガイドしています。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業向けクラウド一体型タイプ 🌤️
freee人事労務
/ 弥生給与Next
/ マネーフォワード クラウド年末調整
中堅企業向け給与専門タイプ 🏢
PCAクラウド給与
/ 給料王
/ 給与大臣NX Super
大企業向けERP・統合人事タイプ 🏗️
COMPANY 給与計算システム
/ PROSRV
/ POSITIVE
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
関連カテゴリ
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タイプ別お勧め製品

中小企業向けクラウド一体型タイプ 🌤️

このタイプが合う企業:

従業員300名以下の中小企業やスタートアップで、バックオフィスの人数が限られており、給与計算から電子申告まで1つのサービスで済ませたい企業

どんなタイプか:

従業員数が数名〜300名程度の中小企業を中心に、給与計算・年末調整・法定調書作成からe-Tax連携までをワンストップで完結できるタイプです。画面の案内に沿って操作するだけで源泉徴収票や法定調書合計表のe-Tax用データが出力でき、電子申告の専門知識がなくても迷わず進められます。FitGapでは、初めてe-Taxに取り組む企業がまず検討すべきグループだと考えています。

このタイプで重視すべき機能:

📋年末調整のWeb回収・自動計算
従業員がスマホやPCから控除申告書を入力すると、保険料控除や扶養控除の計算が自動で行われます。紙の回収・転記が不要になり、年末調整にかかる工数を大幅に削減できます。
📤e-Tax・eLTAX向けデータ一括出力
源泉徴収票や法定調書合計表、給与支払報告書のデータをe-Tax/eLTAXに取り込める形式でまとめて出力できます。申告ソフトへのインポートだけで電子申告が完了します。

おすすめ製品3選

freee人事労務
おすすめの理由
中小企業シェアトップクラスのクラウド給与ソフトで、年末調整のWeb回収からe-Tax用データ出力までワンストップ対応しています。
価格
2,000円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
弥生給与Next
おすすめの理由
弥生シリーズの信頼性を引き継ぎながらクラウド化し、控除申告書のWeb配布・回収やe-Tax連携にも標準対応しています。
価格
9,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド年末調整
おすすめの理由
マネーフォワード クラウド給与と連携し、年末調整からe-Tax提出データの出力まで一気通貫で処理できます。
価格
2,980円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

中堅企業向け給与専門タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員100名〜1,000名程度の中堅企業で、部署・拠点ごとの給与体系が異なり、正確な給与計算と電子申告の両立が求められる企業

どんなタイプか:

従業員数100名〜1,000名規模の企業で、複雑な給与体系や多拠点管理に対応しつつ、e-Tax電子申告への確実な連携を重視するタイプです。給与計算の精度と柔軟なマスター設定に強みがあり、勤怠システムや会計ソフトとのデータ連携も充実しています。FitGapとしては、給与計算の正確性を最優先しつつe-Tax対応も確保したい企業に適していると評価しています。

このタイプで重視すべき機能:

🔧複雑な給与体系への柔軟な計算式設定
手当・控除の計算ルールや日割り計算、端数処理などを細かくカスタマイズできます。複数の給与テーブルや拠点別ルールにも対応し、独自の給与規程を忠実に再現できます。
🔗法定調書CSV出力とe-Tax取込連携
源泉徴収票や給与支払報告書をCSV形式で出力し、e-TaxソフトやPCdeskに直接取り込める機能を備えています。大量の法定調書を効率よく電子提出できます。

おすすめ製品3選

PCAクラウド給与
おすすめの理由
中堅企業での導入実績が豊富で、複雑な給与体系にも柔軟に対応しながらe-Tax・eLTAX連携機能を標準搭載しています。
価格
13,860円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
軽快な操作性と充実した年末調整機能を兼ね備え、全銀協フォーマットやe-Taxデータ出力にも対応した定番製品です。
価格
44,000円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
給与大臣NX Super
おすすめの理由
応研が提供する実績豊富な給与ソフトで、法定調書・源泉徴収票の作成からe-Tax連携まで一貫して処理できます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

大企業向けERP・統合人事タイプ 🏗️

このタイプが合う企業:

従業員1,000名以上の大企業やグループ会社で、人事・給与を統合管理し、法定調書の大量電子提出にも組織的に対応する必要がある企業

どんなタイプか:

従業員数1,000名以上の大企業やグループ企業を対象に、人事・給与・勤怠・社会保険を統合管理しながらe-Tax/eLTAXへの電子申告を組織的に運用するタイプです。人事異動や組織改編に伴う給与変動を自動反映し、大量の法定調書を一括で電子提出できる仕組みが整っています。FitGapでは、グループ全体のガバナンスと電子申告の義務化対応を同時に実現したい企業におすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

🔄人事・給与・勤怠データの統合管理
人事情報の変更が給与計算へ自動で反映され、二重入力や転記ミスを排除できます。勤怠データとの連携により、毎月の給与処理がシームレスに完了します。
📊大量法定調書の一括電子申告
数千〜数万枚規模の源泉徴収票や給与支払報告書をe-Tax・eLTAX形式で一括出力し、まとめて電子申告できます。提出義務の基準を超える大企業に不可欠な機能です。

おすすめ製品3選

COMPANY 給与計算システム
おすすめの理由
大手企業向けの代表的クラウド給与システムで、複雑な給与制度や大量の法定調書処理、e-Gov・e-Tax連携に対応しています。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
三菱総研DCSが提供するBPO連携型の人事給与サービスで、大企業の給与アウトソーシングとe-Tax電子申告を一体で運用できます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
電通総研が提供する統合人事システムで、大規模組織の人事・給与・就業管理からe-Tax対応の電子申告まで包括的にカバーしています。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

📡e-Tax直接送信(API連携)
給与計算ソフトからe-Taxへ源泉徴収票や法定調書を直接送信できる機能です。これがないと、別途e-Taxソフト(WEB版)でデータを読み込む手間が発生します。FitGapでは、ソフト内で電子申告まで完結できるかどうかが最大の選定ポイントだと考えています。
🎄年末調整の電子化対応
従業員がスマホやPCから保険料控除申告書などを入力・提出でき、そのデータがそのまま年末調整計算に反映される機能です。紙の申告書を配布・回収する運用と比べて工数が大幅に削減されます。
🏛️eLTAX連携(給与支払報告書の電子提出)
e-Taxと並んで重要なのが、地方税ポータルシステムeLTAXへの給与支払報告書の電子提出です。e-TaxとeLTAXの両方にソフト内から直接提出できるかで、年次の法定手続きにかかる時間が大きく変わります。
🔄法改正への自動アップデート
毎年改正される税率・保険料率・定額減税などに、追加費用なしで自動対応する仕組みです。FitGapとしては、特にクラウド型は自動更新が標準ですが、インストール型は有償アップデートの場合もあるため注意が必要です。
🔐マイナンバー管理機能
従業員のマイナンバーを安全に収集・保管し、源泉徴収票など法定調書への自動転記まで行える機能です。e-Taxでの電子申告にはマイナンバーの記載が求められるため、給与計算ソフト内で一元管理できるかが実務上の鍵になります。
🔗勤怠・人事システムとの連携
勤怠管理や人事労務システムから労働時間・手当情報を自動で取り込める連携機能です。手入力のミスを減らし、毎月の給与計算から年末調整・e-Tax申告までの一連の流れをスムーズにつなげます。

一部の企業で必須

🏢複数法人・グループ一括処理
グループ企業や複数法人の給与計算・電子申告をまとめて処理できる機能です。子会社や支店ごとに別ソフトを使う必要がなくなり、大規模組織では必須といえます。
📋社会保険の電子申請(e-Gov連携)
算定基礎届や月額変更届などの社会保険届出をe-Gov経由で電子申請できる機能です。給与計算と一体化していれば転記ミスがなくなりますが、社労士に委託している企業では優先度が下がります。
📱Web給与明細の配信
給与明細・賞与明細・源泉徴収票をWeb上で従業員に配信できる機能です。ペーパーレス化を進めたい企業には必須ですが、紙配布の運用で問題ない場合は不要です。
⚙️多様な給与体系への対応
日給・時給・月給・年俸制・歩合給など複数の給与体系を同時に管理できる機能です。雇用形態が多様な企業では欠かせませんが、正社員のみの企業では標準設定で十分対応できます。
🏦全銀協フォーマット対応(振込データ作成)
給与の振込データを全銀協フォーマットで出力し、インターネットバンキングに取り込める機能です。振込先が多い企業には大きな効率化になりますが、少人数で手動振込の場合は優先度が低くなります。

ほぼ全製品が対応

📄源泉徴収票の自動作成
毎月の給与データをもとに源泉徴収票を自動生成する機能です。e-Tax対応の給与計算ソフトであればほぼ全製品が標準で備えています。
🧮所得税・住民税の自動計算
給与支給額に応じた所得税の源泉徴収額や住民税の特別徴収額を自動で計算する機能です。給与計算ソフトの基本機能であり、対応していない製品はまずありません。
💰社会保険料の自動計算
健康保険料・厚生年金保険料・雇用保険料などを標準報酬月額に基づいて自動計算する機能です。料率改定にも対応しており、ほぼ全製品が標準搭載しています。
🎁賞与計算
賞与支給時の所得税・社会保険料を自動計算し、賞与明細や賞与支払届を作成する機能です。こちらもほぼ全ての給与計算ソフトに含まれている基本機能です。

優先度が低い

🌍多言語対応
給与明細や操作画面を英語など多言語で表示できる機能です。外国籍の従業員が多い企業では便利ですが、e-Tax申告自体は日本語のみのため、選定の優先度としては低めです。
🎯人事評価・タレントマネジメント連携
人事評価や目標管理の結果を給与・賞与に反映させる連携機能です。戦略人事を推進する企業向けの付加機能であり、e-Tax対応の給与計算ソフトを選ぶ段階では優先度が低いといえます。

e-Tax対応の給与計算ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

eTax対応の給与計算ソフトを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
注意点はいくつかありますが、なかでも「初期設定と環境構築の複雑さ」「セキュリティ管理の重要性」「システム障害時の対応準備」が特に重要です。とりわけ初期設定と環境構築の複雑さについては、eTax対応の給与計算ソフトの導入には、複雑な初期設定作業が必要です。またセキュリティ管理の重要性については、給与データや税務申告データは機密性の高い情報であるため、厳格なセキュリティ管理が求められます。このほか「システム障害時の対応準備」「法改正への継続的な対応」「運用コストと予算管理」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

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