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e-Gov対応の給与計算ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
給与計算ソフトの中でも、e-Gov APIと連携して社会保険届出を電子申請できる製品が急速に普及しています。ただし「e-Gov対応」と一口に言っても、対応する届出の種類や申請後の公文書管理の深さ、勤怠・会計とのデータ連携の範囲は製品ごとに大きく異なります。FitGapでは、この差を見極めることが導入後の満足度を左右すると考えています。本ガイドでは、企業規模や業務範囲の違いから3つのタイプに分類し、タイプごとの代表製品を紹介したうえで、要件の優先度整理から最終的な1製品の絞り込みまでをステップ形式で解説します。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
人事労務を丸ごとカバーするスモールビジネス向けタイプ 🚀
freee人事労務
/ 弥生給与Next
/ マネーフォワード クラウドERP
給与計算に特化した中堅企業向けタイプ 🧮
PCAクラウド給与
/ 給料王
/ 給与大臣NX Super
大企業の複雑な給与制度に対応するERPタイプ 🏢
COMPANY 給与計算システム
/ PROSRV
/ POSITIVE
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
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タイプ別お勧め製品

人事労務を丸ごとカバーするスモールビジネス向けタイプ 🚀

このタイプが合う企業:

従業員数5〜300名程度の中小・中堅企業で、少人数のバックオフィス担当が給与から労務手続きまで幅広く兼務している企業

どんなタイプか:

給与計算だけでなく、勤怠管理・入退社手続き・年末調整・社会保険届出までを1つのサービスで完結させるタイプです。e-Gov APIと直接つながっているため、算定基礎届や月額変更届などの届出をソフトから直接電子申請でき、役所への移動や紙書類の準備が不要になります。FitGapとしては、バックオフィス担当が1〜2名しかいない企業にとって、業務のヌケモレを防ぐうえで最も効果的な選択肢だと考えています。会計ソフトなど同一シリーズとの連携が強く、給与仕訳の自動連携まで見据えた運用ができる点も見逃せません。

このタイプで重視すべき機能:

🔗人事労務一体型の給与計算
勤怠データ・従業員情報から給与・社会保険料・所得税を自動計算し、入退社手続きや年末調整まで1つの画面で完結します。データの二重入力がなくなるため、計算ミスや届出漏れのリスクを大幅に減らせます。
📡e-Gov API連携による届出の電子申請
算定基礎届・月額変更届・被保険者資格取得届などの社会保険届出を、ソフト上のデータからそのまま電子申請できます。進捗管理や公文書ダウンロードにも対応しており、紙の届出書を作成して窓口に持参する手間がなくなります。

おすすめ製品3選

freee人事労務
おすすめの理由
会計freeeとのシームレスな連携で給与仕訳まで自動化でき、e-Gov・マイナポータル双方に対応。勤怠から届出まで一気通貫で処理できるため、少人数バックオフィスの企業に高い支持を得ています。
価格
2,000円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
弥生給与Next
おすすめの理由
弥生シリーズの安心感と手厚い電話サポートが強み。初めて給与計算ソフトを導入する企業でも迷わず設定でき、e-Gov電子申請やマイナポータル連携にも標準対応しています。
価格
9,000円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウドERP
おすすめの理由
給与・会計・経費・勤怠など幅広いバックオフィス業務をクラウドERPとして統合管理できます。マネーフォワード クラウド社会保険と組み合わせることで、e-Gov電子申請もスムーズに行えます。
価格
要問合せ
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

給与計算に特化した中堅企業向けタイプ 🧮

このタイプが合う企業:

従業員数50〜500名程度の中堅企業で、複数の給与体系や雇用形態を抱えており、正確で柔軟な給与計算を求めている企業

どんなタイプか:

給与・賞与計算の正確性と柔軟性を追求した専門特化型のソフトです。100以上の給与項目を自由に設定できたり、複数の給与体系や締め日に対応できるなど、業種ごとに異なる給与ルールをきめ細かくカバーします。e-GovやeLTAXとの連携に対応しており、社会保険届出や源泉所得税の電子申告もソフトから直接行えます。FitGapでは、従業員数が増えて手当や勤務形態が複雑になってきた企業が、計算精度を担保しながら電子申請にも対応したい場合に最適なタイプだと評価しています。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️複数給与体系・雇用形態への柔軟対応
月給制・日給制・時給制の混在や、部門ごとに異なる手当計算ルールなどを給与項目単位で細かく設定できます。パートタイマーの有給付与計算や、インセンティブ計算など、独自ルールへの適応力が高い点が特徴です。
📋社会保険届出・年末調整の電子申請
算定基礎届・月額変更届の自動作成からe-Govへの電子申請、さらにeLTAXを使った給与支払報告書の提出まで対応します。年末調整もWeb申告で進められるため、紙の配布・回収・転記にかかる繁忙期の負荷を大きく軽減します。

おすすめ製品3選

PCAクラウド給与
おすすめの理由
15年以上の稼働実績と25,000法人超の導入実績を持つクラウド給与計算ソフト。100以上の給与項目を自由に設定でき、e-Gov・eLTAX連携にも対応。バックアップ・リカバリ機能や充実した電話サポートも安心材料です。
価格
13,860円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
ソリマチが提供する中小規模特化の給与計算ソフト。利用頻度の高い機能を表示するAIメニューや給与明細のクラウド配信を標準装備し、初めてでも扱いやすい設計です。e-Gov電子申請に対応しています。
価格
44,000円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
給与大臣NX Super
おすすめの理由
帳票や伝票をイメージした画面デザインで手書き感覚の操作性を実現。複雑な給与体系にも計算式登録で自動対応し、e-GovやeLTAXを使った電子申請にも対応。人事大臣・就業大臣との連携で二重入力を削減できます。
価格
要問合せ
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

大企業の複雑な給与制度に対応するERPタイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員数500名以上の大企業・企業グループで、複雑な給与制度や多様な福利厚生を抱え、人事・給与・勤怠を統合的に管理したい企業

どんなタイプか:

従業員数が数百名〜数万名規模の大企業が持つ、事業部ごとの給与テーブル・複雑な福利厚生制度・グループ会社間の出向管理といった高度な要件に標準機能で対応できるタイプです。人事管理・勤怠管理・タレントマネジメントなどの周辺領域もシリーズで統合されているため、入社から退職までのライフサイクル全体をワンシステムで管理できます。e-Gov APIとの連携で社会保険届出の電子申請から進捗管理・公文書取得まで対応しており、FitGapとしては、大量の届出処理が発生する大企業こそ電子申請の効果が最大化すると考えています。

このタイプで重視すべき機能:

🏗️大企業向け複雑な給与計算の自動化
会社・事業・職種・社員区分ごとに異なる給与制度をすべて計算式で設定し、ボタン一つで自動計算できます。遡及計算や年俸制、等級別給与テーブルなど、大規模組織特有の複雑なルールにも標準機能で対応します。
🗂️福利厚生・行政手続きの一元管理
財形貯蓄・持株会・寮社宅管理・貸付金など多様な福利厚生を1つのデータベースで管理します。e-Gov API連携により社会保険届出の電子申請から進捗確認、公文書ダウンロードまで一貫して対応でき、大量の届出処理を効率化します。

おすすめ製品3選

COMPANY 給与計算システム
おすすめの理由
大手法人の約3社に1社が利用するといわれる統合人事システム。複雑な給与制度への標準対応力が圧倒的で、e-Gov API連携による届出電子申請・進捗管理・公文書取得までサポートします。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
BPO(業務委託)と給与計算システムを組み合わせた大企業向けサービス。給与計算の運用ノウハウごと提供してもらえるため、人事部門の負荷を抜本的に下げながらe-Gov電子申請にも対応できます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
6,600社・300以上の企業グループでの導入実績を持つ国産ERP。人事給与から会計・販売管理まで基幹業務を統合管理でき、e-Gov外部連携APIにも対応した電子申請で届出業務を効率化します。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

📡e-Gov API連携による電子申請の対応範囲
算定基礎届・月額変更届・資格取得届など、e-Gov APIで直接申請できる届出の種類数は製品ごとに大きく異なります。対応帳票が多いほど、役所への紙提出や別ソフトでの申請を減らせます。FitGapでは、自社で頻繁に発生する届出がカバーされているかを最優先で確認することをおすすめしています。
⏱️勤怠管理システムとのデータ連携
給与計算の前段階である勤怠データの取り込み方法が、製品選定の実質的な分かれ目になります。API連携で自動取り込みできる製品と、CSVの手動インポートが必要な製品では毎月の作業負担が大きく変わります。現在お使いの勤怠システムとの相性を必ず確認してください。
📄社会保険届出書類の自動作成
給与データや従業員情報から算定基礎届・月額変更届・賞与支払届などの届出書類を自動作成できるかどうかは、年間の事務コストに直結します。手入力や転記が残る製品ではe-Govに対応していても効率化効果が半減してしまいます。
🪪マイナポータル申請APIへの対応
e-Govだけでなく、マイナポータル経由での健康保険組合への電子申請に対応しているかも重要な差別化ポイントです。協会けんぽ以外の健保組合に加入している企業は、マイナポータル対応の有無で手続きのオンライン完結度が変わります。
🎄年末調整のWeb申告・電子化対応
従業員がWebやスマホから扶養控除申告書・保険料控除証明書などを入力でき、そのデータが給与計算と連動する仕組みがあると、紙の配布・回収・転記の手間を大幅に削減できます。製品によって対応の深さにかなり差があります。
📬公文書の受領・管理機能
e-Govで申請した後の公文書(決定通知書など)をソフト上で自動受領し、一覧管理できる機能です。公文書の取得を手動でe-Govサイトに取りに行く必要がある製品もあるため、申請から完了までの一気通貫性をチェックしてください。
🏢対応企業規模・複数事業所管理
中小企業向けのシンプルな製品と、大企業・グループ企業に対応した製品では、複数事業所・複数法人の一括管理や複雑な給与体系への対応力が全く異なります。FitGapでは、自社の従業員規模と事業所数に合った製品レンジを最初に絞ることを推奨しています。

一部の企業で必須

🏦eLTAX・e-Tax連携(電子申告)
給与支払報告書や源泉徴収票の電子申告をeLTAXやe-Tax経由で行いたい場合に必要です。e-Gov連携だけでは税務申告はカバーされないため、税務手続きもオンライン化したい企業は別途確認が必要です。
📊会計ソフト・ERPとの連携
給与データを仕訳として会計ソフトやERPに自動連携できると、月次決算の効率が上がります。特にマネーフォワードやfreeeなど同一ベンダーのシリーズ製品を使っている場合はシームレスに連動しますが、他社製品との連携可否はケースバイケースです。
🔐マイナンバー管理機能
従業員や扶養家族のマイナンバーを安全に収集・保管し、届出書類に自動反映できる機能です。外部の専用サービスとの連携で対応する製品もありますが、社会保険の電子申請にはマイナンバーが必須になるケースが増えているため、管理方法を事前に整理しておくと安心です。
👨‍💼社労士事務所との共有・委託連携
給与計算や社会保険手続きを社労士に委託している企業では、社労士事務所とデータを共有できる仕組みがあるかが重要です。アカウントの共有や権限設定の柔軟性は製品によって異なります。
⚙️複雑な給与体系・手当設定のカスタマイズ
変形労働時間制やシフト制、独自の手当体系を持つ企業では、給与計算のルールを細かくカスタマイズできるかが実運用の決め手になります。小規模向け製品ではカスタマイズ性が限られるケースもあります。
📱従業員セルフサービス(給与明細Web配信)
給与明細や源泉徴収票を従業員本人がWebやスマホアプリで確認できる機能です。ペーパーレス化に直結しますが、紙での配布を続ける企業にとっては優先度が下がります。

ほぼ全製品が対応

🧮月次給与・賞与の自動計算
基本給・各種手当・残業代・控除項目から支給額を自動計算する機能は、給与計算ソフトの基本中の基本です。ほぼ全ての製品が対応しているため、この機能だけで製品を比較する必要はありません。
🔄社会保険料の自動計算・料率自動更新
健康保険・厚生年金・雇用保険などの保険料を最新の料率で自動計算する機能です。クラウド型の製品であれば法改正や料率変更に自動で追従するため、対応差分はほとんどありません。
💰所得税・住民税の自動計算
源泉所得税の計算や住民税の特別徴収額の管理は、どの製品でも標準的に搭載されています。税額表の更新タイミングに若干の差はありますが、実用上の差はほぼありません。
🏧振込用FBデータの出力
全銀フォーマット(FBデータ)での給与振込データ出力は、大半の製品が標準対応しています。銀行への振込手続きのデジタル化は基本機能として備わっていると考えて問題ありません。

優先度が低い

📈給与データのグラフ・可視化機能
部門別人件費の推移や前月差額をグラフで表示する機能です。経営分析には役立ちますが、e-Gov対応の給与計算ソフトを選ぶ上では優先度が低く、専用のBIツールで代替できます。
🎯人事評価・タレントマネジメント連携
人事評価の結果を給与に反映する連携機能です。大企業向けの統合型製品では搭載されていることもありますが、給与計算とe-Gov電子申請の効率化を目的とする場合には直接の判断基準にはなりません。

e-Gov対応の給与計算ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

eGov対応の給与計算ソフトを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
ツール選定の観点から特に確認しておきたいのが、「電子証明書の取得と管理」と「システム要件とネットワーク環境」の2点です。電子証明書の取得と管理については、eGovでの電子申請には電子証明書が必要となるため、事前に適切な証明書を取得し継続的に管理する体制を整えることが大切です。一方、システム要件とネットワーク環境については、eGov連携機能を正常に動作させるためには、一定以上のシステム性能とセキュアなネットワーク環境が必要です。このほか「操作習熟とトレーニング」「データ移行とバックアップ」「運用コストと保守体制」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

サービスカテゴリ

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