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医療・福祉向け給与計算ソフトおすすめ9選｜タイプ別の選び方ガイド

更新：2026/5/29

医療・福祉の給与計算ソフトは、夜勤手当や資格手当の自動計算、変形労働時間制への対応など、一般企業向けにはない機能が求められます。しかし製品ごとに得意な領域は大きく異なり、小規模クリニック向けのシンプルなソフトから、勤怠・労務まで一体運用できるクラウド型、さらにはBPOで給与業務を丸ごと委託できる大規模法人向けまで多様です。FitGapでは組織規模と運用体制を軸に3タイプに整理し、タイプごとの代表製品と選定で差がつく要件、そして導入までの具体的なステップを解説します。

レビュー担当 加藤杏奈

業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。

FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

医療、福祉向けの給与計算ソフトのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名	タイプ	料金	企業規模	評価ポイント
弥生給与Next	小規模クリニック・施設向けのシンプル給与計算タイプ 🏥	9,000円年	中小中堅大企業	給与・勤怠・労務を同一クラウドで連動。中小企業シェアもトップ。
CCS給与計算	小規模クリニック・施設向けのシンプル給与計算タイプ 🏥	27,500円パッケージ	中小中堅大企業	Excel環境で複数企業の給与を低コスト管理でき、医療・福祉シェアがトップ。
給料王	小規模クリニック・施設向けのシンプル給与計算タイプ 🏥	44,000円本	中小中堅大企業	インストール型で変形労働・割増賃金まで対応。医療・福祉シェアも上位。
freee人事労務	勤怠・労務と一体運用できるクラウドHR一体タイプ ☁️	2,000円月	中小中堅大企業	専任者が少なくても給与・労務を進めやすい。導入が容易で支援も手厚い。
マネーフォワードクラウド給与	勤怠・労務と一体運用できるクラウドHR一体タイプ ☁️	2,480円月	中小中堅大企業	勤怠・労務・会計を給与計算へ連動でき、連携に強く段階拡張できる。
給与奉行クラウド	勤怠・労務と一体運用できるクラウドHR一体タイプ ☁️	5,500円月	中小中堅大企業	監査ログ・権限管理・社労士連携に対応。中堅法人の給与運用を統制できる。
PROSRV on Cloud	大規模法人・BPO対応の統合人事給与タイプ 🏢	要問合せ	中小中堅大企業	給与計算に年末調整・住民税の外部委託を追加可能。大企業シェアもトップ。
奉行V ERP smartプラン	大規模法人・BPO対応の統合人事給与タイプ 🏢	要問合せ	中小中堅大企業	給与・会計・販売管理を同じERPで統合可能。中堅企業シェアがトップ。
COMPANY 給与計算システム	大規模法人・BPO対応の統合人事給与タイプ 🏢	要問合せ	中小中堅大企業	複雑な給与ルールと海外拠点を一元管理。大企業シェアもトップ。

タイプ別おすすめ製品

小規模クリニック・施設向けのシンプル給与計算タイプ 🏥

このタイプが合う企業：

従業員20名以下の個人クリニック・診療所・小規模介護事業所で、専任の経理担当者がいない、または少人数で給与業務を回している組織の方におすすめです。

どんなタイプか：

小規模クリニックや施設の給与計算を、画面案内に沿って進められるシンプルなタイプです。夜勤手当・資格手当や年末調整まで処理しやすい点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能：

📋年末調整・法改正の自動アップデート

年末調整や税率・社会保険料率の改正を自動反映し、担当者の調査・設定し直しを減らします。

🖨️給与明細書のかんたん作成・印刷

給与データから明細の印刷・PDF出力・Web配信を行い、紙の手渡し作業を減らします。

検証比較ノート

クラウド電子化か買い切りオンプレかが分かれ目

小規模クリニック・施設向けにシンプル給与計算タイプを選ぶ際は、クラウドで電子申請まで電子化するか、買い切りで紙運用を残すかが判断軸になります。弥生給与Nextは給与計算をクラウド化し、勤怠連携、変形労働時間制、Web明細配信、電子申請まで対応する給与ソフトで、看護師・ヘルパーのシフトを給与へつなげたい数名規模の施設に向きます。 FitGapの実機検証では、画面が従業員情報、勤怠、支給・控除、明細確認の順に並び、給与専任を置きにくい施設でも処理を進めやすい印象でした。 CCS給与計算はWindowsとExcel環境のインストール型で、1社100名まで・データファイル数無制限の構成で、Excel操作で給与計算と年末調整を堅実に回したい医療法人に合います。給料王はWindows上のインストール型で、変形労働時間制や割増賃金自動計算、複数企業一括管理まで1製品でカバーでき、オンプレで機能幅を揃えたい候補です。 電子化なら弥生、Excel運用ならCCS、機能広めなら給料王で整理してください。

シフト勤務の給与を電子化したい小規模施設におすすめ

弥生給与Nextは、給与計算をクラウド化し、勤怠連携からWeb明細、年末調整、電子申請まで紙のやり取りを減らせる給与計算ソフトです。 数名規模のクリニックや介護事業所で、看護師・ヘルパーのシフトや変形労働時間制を給与へつなげたい場合に向きます。タイプ内では勤怠管理連携、打刻データ取込、変形労働時間制、給与明細のWeb配信、電子申請をそろえており、FitGapでも医療・福祉シェアはおすすめ9製品中2位タイです。一方、退職金計算と振込指示書出力は非対応で、年末調整の計算・帳票・電子申告データ作成はプラン確認が必要です。退職金制度や紙の振込指示書を残す施設、基幹システム連携を重視する法人は他製品も比べてください。

価格

9,000円

年

無料トライアルあり

医療・福祉業界でのシェア

ユーザの企業規模

中小企業

中堅企業

大企業

使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ

メリットと注意点

仕様・機能

CCS給与計算

製品情報を見る

おすすめの理由

Excel感覚の買い切りで複数事業所をまとめたい医療法人向け

CCS給与計算は、WindowsとExcel環境で動くインストール型の低価格な給与計算ソフトです。クラウド化よりも、使い慣れたExcel操作で毎月の給与計算と年末調整を堅実に回したい小規模クリニック・福祉事業所に向きます。タイプ内では社労士向け機能と複数企業一括管理に対応し、FitGapでは医療・福祉シェアがおすすめ9製品中1位です。1社100名まで、データファイル数に制限がないため、医療法人グループや顧問社労士が複数事業所をまとめる用途にも合います。一方、勤怠連携、打刻データ取込、Web明細、銀行振込データ作成、会計ソフト連携、電子申請には対応しません。夜勤シフトの自動取込や紙を減らす運用をしたい施設は、弥生給与Nextや給料王を比較した方がよいです。

価格

27,500円

パッケージ

無料トライアルあり

医療・福祉業界でのシェア

ユーザの企業規模

中小企業

中堅企業

大企業

使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ

メリットと注意点

仕様・機能

給料王

製品情報を見る

おすすめの理由

オンプレ運用で機能の幅を確保したい医療法人におすすめ

給料王は、Windows上で使うインストール型ながら、シフト勤務を含む給与計算を比較的広くカバーできる中小企業向けソフトです。 オンプレミス運用を維持したい医療法人が、変形労働時間制や割増賃金自動計算、複数企業一括管理、操作ログ監査まで1製品で扱いたい場合に向きます。 FitGapでは医療・福祉シェアがCCS給与計算に次ぐ2位タイで、タイプ内でも対応機能の幅が広い製品です。給与・賞与計算、年末調整、社会保険料計算に加え、給与明細のPDF出力やメール配信も使えます。一方、クラウド完結型ではなくMac環境では使えません。退職金計算と部門別コスト配賦も非対応のため、退職金規程の内製や部門別の人件費分析、既存勤怠システムとの自動連携を重視する施設は、弥生給与Nextや上位機能の製品を比較してください。

価格

44,000円

本

無料トライアルあり

医療・福祉業界でのシェア

ユーザの企業規模

中小企業

中堅企業

大企業

使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ

メリットと注意点

仕様・機能