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医療・福祉向け給与計算ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/4/9
医療・福祉の給与計算ソフトは、夜勤手当や資格手当の自動計算、変形労働時間制への対応など、一般企業向けにはない機能が求められます。しかし製品ごとに得意な領域は大きく異なり、小規模クリニック向けのシンプルなソフトから、勤怠・労務まで一体運用できるクラウド型、さらにはBPOで給与業務を丸ごと委託できる大規模法人向けまで多様です。FitGapでは組織規模と運用体制を軸に3タイプに整理し、タイプごとの代表製品と選定で差がつく要件、そして導入までの具体的なステップを解説します。
レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
小規模クリニック・施設向けのシンプル給与計算タイプ 🏥
弥生給与Next
/ CCS給与計算
/ 給料王
勤怠・労務と一体運用できるクラウドHR一体タイプ ☁️
freee人事労務
/ マネーフォワード クラウド給与
/ 給与奉行クラウド
大規模法人・BPO対応の統合人事給与タイプ 🏢
PROSRV on Cloud
/ 奉行V ERP smartプラン
/ COMPANY 給与計算システム
企業規模
大企業
個人事業主
デバイス
その他
関連カテゴリ
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タイプ別お勧め製品

小規模クリニック・施設向けのシンプル給与計算タイプ 🏥

このタイプが合う企業:

従業員20名以下の個人クリニック・診療所・小規模介護事業所で、専任の経理担当者がいない、または少人数で給与業務を回している組織の方におすすめです。

どんなタイプか:

従業員数が数名〜数十名程度の個人クリニックや小規模福祉施設を主なターゲットとした給与計算ソフトです。FitGapでは、医療・福祉の現場で最も導入ハードルが低いタイプとして位置づけています。画面の案内に沿って操作するだけで毎月の給与計算から年末調整までを完結でき、給与計算の専門知識がなくても使いこなせるのが最大の特長です。夜勤手当や資格手当など医療・福祉特有の手当項目を設定すれば、あとは勤怠データを入力するだけで自動計算してくれます。導入コストが低く、買い切り型やワンコインで使えるプランもあるため、コストを抑えたい小さな組織にフィットします。

このタイプで重視すべき機能:

📋年末調整・法改正の自動アップデート
税率や社会保険料率の改正があっても自動で最新情報に更新されるため、担当者が自分で調べて設定し直す必要がありません。医療・福祉業界では本業で手一杯のことが多いため、法改正対応を自動化できる安心感は大きいです。
🖨️給与明細書のかんたん作成・印刷
入力した給与データをもとにA4用紙への明細印刷やPDF出力がワンクリックで行えます。Web明細に対応した製品も増えており、シフト制で出勤日がバラバラな看護師やヘルパーにも手渡し不要で届けられます。

おすすめ製品3選

弥生給与Next
おすすめの理由
数名規模のクリニックや小規模介護事業所で、勤怠データの取込から給与明細のWeb配信までをクラウドで一気通貫させたい組織で候補になる製品です。タイプ内3製品で唯一、勤怠管理連携・打刻データ取込・変形労働時間制対応・給与明細(Web)・電子申請対応のすべてに○(対応)しており、シフト制で出勤がバラバラな看護師やヘルパーへの明細手渡しを省きたい現場と相性が良いです。医療、福祉シェアはおすすめ9製品中2位タイで採用実績の裏付けもあります。一方、退職金計算・振込指示書出力は×(非対応)のため、退職金規程を社内で運用したい施設や、ネットバンキングを使わず紙の振込指示書を金融機関に持ち込む運用には別製品の併用が必要です。
価格
9,000円
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
CCS給与計算
おすすめの理由
1名の事務担当が複数の小規模法人の給与をまとめて回したい医療法人グループや、顧問社労士と紙ベースの運用を続けたい施設で候補になる製品です。タイプ内3製品で唯一、社労士向け機能と複数企業一括管理(マルチカンパニー)の両方に○(対応)しており、医療、福祉シェアはおすすめ9製品中1位で、タイプ内では最も採用実績の裏付けが厚い製品です。ただしクラウド型給与計算ソフト・勤怠連携型給与計算ソフトのいずれにも×(非推奨)で、勤怠管理連携・打刻データ取込・変形労働時間制対応・給与明細(Web)・銀行振込データ作成・会計ソフト連携・電子申請対応はすべて×(非対応)です。夜勤シフトの自動取込やWeb明細配信、振込FB作成までを一体化したい事業所には弥生給与Nextや給料王の方が適合します。
価格
27,500円
パッケージ
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
オンプレミス運用を維持しながら、変形労働時間制の自動計算と複数事業所の一括管理を1パッケージで完結させたい医療法人で候補になる製品です。FitGapの要件対応数はタイプ内3製品中で最多のおすすめ9製品中3位(45項目中35件対応)で、変形労働時間制対応・割増賃金自動計算・社労士向け機能・複数企業一括管理(マルチカンパニー)・人事評価連携・操作ログ監査がすべて○(対応)しており、夜勤割増の処理から職員評価との突合までを1製品でカバーできます。医療、福祉シェアはおすすめ9製品中2位タイです。一方でクラウド型給与計算ソフトは×(非推奨)で、退職金計算・部門別コスト配賦は×(非対応)のため、サーバー運用を持たずクラウドで完結させたい施設や、退職金規程・部門別人件費分析を内製したい法人には弥生給与Nextや上位タイプの製品の検討が必要です。
価格
44,000円
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

勤怠・労務と一体運用できるクラウドHR一体タイプ ☁️

このタイプが合う企業:

従業員数20〜300名程度の中規模病院・介護施設・社会福祉法人で、勤怠管理や労務手続きも含めてデジタル化を進めたい組織の方におすすめです。

どんなタイプか:

給与計算だけでなく、勤怠管理・労務手続き・年末調整・社会保険手続きなどのバックオフィス業務をクラウド上でまとめて運用できるタイプです。FitGapとしては、医療・福祉業界で最も導入が伸びているカテゴリだと考えています。病院やある程度の規模の介護施設では、夜勤・日勤・当直など複雑なシフトの勤怠データをそのまま給与計算に自動連携できる点が非常に大きなメリットです。外部の勤怠管理システムとのAPI連携も豊富で、すでに導入済みのシステムを活かしたまま給与計算を効率化できます。従業員がスマホから給与明細を確認したり、年末調整の申告書を提出したりと、ペーパーレス化にも貢献します。

このタイプで重視すべき機能:

⏱️勤怠データとの自動連携
KING OF TIMEやジョブカン勤怠管理など主要な勤怠管理システムとAPI連携し、夜勤・当直・変則シフトの勤務時間データを給与計算にそのまま反映できます。手入力による転記ミスがなくなり、締め日から支給日までの作業時間を大幅に短縮できます。
📱Web給与明細・年末調整のオンライン化
従業員がスマートフォンやPCから給与明細を閲覧でき、年末調整の控除申告書もオンラインで回収できます。シフト制で全員が同時に出勤しない医療・福祉の現場では、紙の配布・回収が不要になることで事務負担が劇的に減ります。

おすすめ製品3選

freee人事労務
おすすめの理由
経理・労務の専任者を置きにくい20〜100名規模のクリニック・介護施設で、勤怠から年末調整までを最も少ない学習コストで一体運用したい場合に候補になる製品です。FitGapの操作性・導入しやすさ・料金の3評価がいずれもおすすめ9製品中1位で、サポート評価も1位タイのため、立ち上げ後すぐに自走しやすい設計です。年末調整自動化・電子申請・源泉徴収票出力はいずれも○(対応)で、シフト制で全員が同時出勤しない現場のペーパーレス回収と相性が良い点も判断材料になります。一方、退職金計算・複数企業一括管理・人事評価連携・カスタマイズ性は×(非対応)のため、長期勤続者の退職金規程を給与側で管理したい施設や、複数法人を一拠点で締めたい社会福祉法人には合わず、その場合は同タイプ内のマネーフォワード クラウド給与や給与奉行クラウドを比較検討すべきです。
価格
2,000円
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウド給与
おすすめの理由
勤怠・経費・会計まで含めたクラウド一式を1つのIDで運用し、医療法人本体と関連事業会社をまとめて締めたい組織で候補になる製品です。FitGapの連携・拡張性評価がおすすめ9製品中1位タイで、機能性・使いやすさ・セットアップのしやすさ・料金・サポート・セキュリティの6評価もすべて2位以内に収まっており、タイプ内で評価の偏りが少ない設計です。退職金計算・複数企業一括管理(マルチカンパニー)・ERP連携・人事評価連携が○(対応)で、複数施設を持つ社会福祉法人や、本部で関連法人をまとめて運用する組織で活きます。一方、年末調整自動化は×(非対応)、電子申請・社労士向け機能・源泉徴収票出力は追加オプションでの対応のため、年末の電子申告まで標準機能で完結させたい場合は同タイプ内のfreee人事労務や給与奉行クラウドを比較検討すべきです。
価格
2,480円
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
給与奉行クラウド
おすすめの理由
100〜300名規模で、医療法人本部の人事・給与・会計を奉行シリーズで揃えて、職種・資格別手当や夜勤・当直の割増を取りこぼさずに処理したい施設で候補になる製品です。FitGapの機能性・使いやすさ・セットアップのしやすさ・サポート・セキュリティ・統制の評価がいずれもおすすめ9製品中2位タイ、連携・拡張性は1位タイで、大企業シェアもタイプ内では最上位の3位に位置しており、規模が大きい医療法人での採用実績の幅が判断材料になります。社労士向け機能・操作ログ監査・高度権限制御・ERP連携はいずれも○(対応)で、内部統制と監査ログを重視する病院・社会福祉法人と相性が良い設計です。一方、Web給与明細・電子申請・源泉徴収票出力・多拠点管理・複数企業一括管理は追加オプションでの対応となり、最初から月額固定で全機能を使いたい中小施設には割高に映ります。その場合はfreee人事労務やマネーフォワード クラウド給与を比較検討すべきです。
価格
5,500円
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

大規模法人・BPO対応の統合人事給与タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員300名以上の大規模病院・医療法人グループ・広域展開する社会福祉法人で、給与業務の属人化リスクを解消したい、または給与業務そのものをアウトソーシングしたい組織の方におすすめです。

どんなタイプか:

数百名以上の従業員を抱える大規模病院や医療法人グループ、社会福祉法人を対象とした統合型の人事給与システムです。FitGapでは、給与計算の正確性だけでなく「運用体制そのものを外部に任せられるか」が選定の鍵になるタイプだと捉えています。給与計算のBPO(業務プロセスアウトソーシング)に対応した製品が多く、年末調整や社会保険届出の代行まで一括で委託できるのが特長です。複数拠点・複数法人の給与を一元管理する機能や、人事管理・人材配置まで含めた統合的なHR機能を備えており、グループ経営の効率化にも貢献します。

このタイプで重視すべき機能:

🤝給与業務のBPO(アウトソーシング)対応
月次の給与計算処理から年末調整、社会保険届出まで、給与業務の一部または全部を専門スタッフに委託できます。医療現場では人事担当者の確保が難しいケースも多く、属人化リスクの解消と業務継続性の確保に大きく貢献します。
🏗️複数法人・複数拠点の一元管理
医療法人グループや複数施設を運営する社会福祉法人で、拠点ごとに異なる給与体系や手当ルールを一つのシステムで統合管理できます。グループ全体の人件費を横断的に可視化でき、経営判断のスピードが上がります。

おすすめ製品3選

PROSRV on Cloud
おすすめの理由
数百名規模の医療法人グループで給与業務そのものを外部に任せたい組織で第一候補になる製品です。FitGapの要件チェックではおすすめ9製品中2位(45項目中38件対応)で、複数企業一括管理・退職金計算・多拠点管理・人事管理連携・部門別コスト配賦に○(対応)し、複数法人と複数拠点をまたぐ給与一元管理と人件費の按分まで一基盤で完結できます。大企業シェアはおすすめ9製品中1位タイ、金融・保険シェアは1位で、運用代行を前提とした組織での採用実績が判断材料になります。一方、電子申請は×(非対応)で社内完結の電子化を急ぐ組織には別途の手当てが必要となり、料金評価はおすすめ9製品中5位タイのため小規模クリニック単独での採用には投資が見合いません。
価格
要問合せ
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
奉行V ERP smartプラン
おすすめの理由
医療法人グループの給与計算を会計・人事と同じERP基盤に載せて統合運用したい組織で候補になる製品です。中堅企業シェアはおすすめ9製品中1位、大企業シェアは2位で、医療・福祉シェアもおすすめ9製品中2位タイと、グループ経営フェーズの法人での採用層が厚い点が判断材料になります。FitGapのサポート評価とセキュリティ評価はいずれもおすすめ9製品中2位タイで、複数法人を抱える組織で求められる権限統制と運用支援の両面で安心して任せやすい構成です。一方、料金評価はおすすめ9製品中5位タイで、ERP一式での導入が前提となるため、給与単体の入れ替えだけを目的とする組織や、数十名規模の単独施設では投資規模が見合いません。給与だけ先に切り出したい場合は同タイプの他製品との比較が必要です。
価格
要問合せ
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
COMPANY 給与計算システム
おすすめの理由
数百名以上の従業員と複数法人・海外拠点を抱える大規模医療法人グループで、給与・人事・タレントマネジメントまで一基盤で回したい組織で候補になる製品です。FitGapの要件チェックではおすすめ9製品中1位(45項目中42件対応)で、海外拠点対応・複数通貨・多言語給与明細をいずれも○(対応)しているのは同タイプ3製品中この製品のみ、人件費予測・シミュレーションや人事評価連携にも○(対応)しています。FitGapの機能性評価とセキュリティ評価はおすすめ9製品中1位、サポート評価と連携評価も1位タイで、グループ全体の人件費可視化や監査対応まで踏み込めます。一方、料金評価はおすすめ9製品中5位タイ、導入しやすさはおすすめ9製品中5位で、単一施設の数十名規模や短期立ち上げを優先する組織には投資と導入期間の両面で見合いません。
価格
要問合せ
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🌙変則シフト・交代制勤務の割増計算
医療・福祉では二交代制や三交代制が一般的で、深夜手当・夜勤手当・当直手当など複数の割増賃金が重なります。時間帯ごとの割増率を正確に自動計算できるかどうかは、製品によって対応度が大きく異なります。FitGapでは、ここが医療・福祉向け選定で最も差がつくポイントだと考えています。
🏥職種・資格別の手当設定の柔軟性
医師・看護師・薬剤師・介護福祉士・事務職など、同じ組織内に多数の職種が混在します。職種ごとの資格手当や危険手当、オンコール手当などを個別に設定できる柔軟性が求められます。手当項目が少ない製品だと運用が回らないケースがあるため注意が必要です。
🔗勤怠管理システムとの連携方法
病院や介護施設では、シフト管理と給与計算を別々のシステムで行うことが多いです。勤怠データをAPIで自動連携できるのか、CSVで手動取り込みなのかによって毎月の作業負荷が大きく変わります。FitGapとしては、既存の勤怠システムとの連携可否を最優先で確認することをおすすめします。
🏢複数拠点の一括管理
病院グループや複数の介護施設を運営する法人では、拠点ごとに給与規定や手当基準が異なることがあります。本部で一括して給与計算を管理しつつ、拠点ごとに個別ルールを適用できるかは、導入効果に直結する重要なポイントです。
👥雇用形態の多様性への対応
正職員・パート・非常勤・派遣・嘱託など、医療・福祉は雇用形態が特に多様です。時給制・日給制・月給制が混在する環境で、すべての雇用形態を一つのソフト内で管理できるかどうかは必ず確認してください。
📅変形労働時間制への対応
医療機関の多くは1か月単位の変形労働時間制を採用しています。シフトに応じた所定労働時間の設定や、変形期間内の法定労働時間超過の自動判定ができないと、残業代の計算が正しく行えません。対応状況は製品ごとに大きな差があります。

一部の企業で必須

💰処遇改善加算への対応
介護職員処遇改善加算を受けている施設では、加算額を各職員の給与に適切に配分・反映する仕組みが必要です。すべての医療機関で必要になるわけではありませんが、介護事業を営む法人にとっては欠かせない要件です。
⏱️医師の働き方改革への対応
2024年4月施行の医師の時間外労働上限規制に伴い、宿日直許可の取得状況や副業・兼業先の労働時間の通算管理が必要になるケースがあります。医師を雇用する医療機関では、この制度に対応したアラート機能や集計方法があるかを確認してください。
📊会計ソフト・ERPとの連携
給与計算データを会計仕訳として自動連携できると、月次決算の工数を大幅に削減できます。同一ベンダーのシリーズ製品であれば連携がスムーズなことが多いですが、既存の会計ソフトがある場合は互換性を事前に確認しましょう。
📄様式9など医療業界特有の帳票出力
病院では施設基準の届出に使う様式9の作成が必要になることがあります。勤怠・給与データから様式9を自動出力できる製品を選ぶと、事務部門の大きな負担軽減につながります。すべての医療機関で必要なわけではないため、自院の状況に合わせて判断してください。
📨電子申請(社会保険・労働保険)
社会保険の算定基礎届や月額変更届、労働保険の年度更新などをe-Govやマイナポータルから電子申請できる機能です。担当者が少ない施設では大きな時短効果がありますが、社労士に手続きを委託している場合は優先度が下がります。

ほぼ全製品が対応

🧮社会保険料の自動計算
健康保険・厚生年金・雇用保険などの保険料率の自動反映と控除額の計算は、現在流通しているほぼすべての給与計算ソフトが対応しています。製品間の差はほとんどないため、選定時にこの機能だけで製品を比較する必要はありません。
🎄年末調整機能
年末調整の計算処理や源泉徴収票の発行は、給与計算ソフトの基本機能として広く対応されています。Web回収や電子交付に対応する製品も増えており、大きな差別化要因にはなりにくいです。
📱Web給与明細の発行
給与明細をWeb上で配信し、スマートフォンやPCで従業員が確認できる機能です。シフト制で出勤日がバラバラな医療・福祉の現場では重宝しますが、対応製品がほとんどであるため、これだけで製品を絞る必要はありません。
⚖️法改正への自動アップデート
税率や保険料率の変更に自動で対応してくれる機能は、クラウド型を中心にほぼすべての製品が備えています。手動での更新が不要なため安心ですが、製品間で差がつきにくい要素です。

優先度が低い

🌐多言語対応
外国人スタッフが多い施設では給与明細の多言語表示が便利ですが、医療・福祉の大半の施設では日本語対応のみで十分です。FitGapでは、優先順位を上げるのは外国人スタッフ比率が高い場合のみで良いと考えています。
🤖AIによる給与シミュレーション
昇給や人員増のシミュレーションをAIで自動提案してくれる機能を搭載する製品が出てきていますが、まだ実用面で発展途上の段階です。日々の給与計算業務の正確性を優先した方が、導入効果は確実に得られます。

医療、福祉の給与計算ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

医療、福祉業界において給与計算ソフトを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
医療、福祉業界において給与計算ソフトは業務効率化に役立つ一方で、「業界特有の手当への対応確認」や「既存システムとの連携」といった点を事前に理解しておくことが重要です。業界特有の手当への対応確認については、給与計算ソフトを選ぶ際には、医療、福祉業界特有の手当に対応しているかを事前に確認することが大切です。既存システムとの連携については、給与計算ソフトを導入する際には、既に使用している勤怠管理や会計の仕組みと連携できるかを確認することが大切です。このほか「データ移行の準備」「職員への操作教育」「セキュリティ対策の確認」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。
医療、福祉向けの給与計算ソフトは、生成AIやAIエージェントの登場でどのように変化していますか?
医療、福祉向けの給与計算ソフトは、生成AIとAIエージェントの登場で急速に進化しています。給与計算など定型業務はAIエージェントで自動化されつつあります。例えばPlanbase社の医療用プラットフォームは、自然言語で指示するだけでスケジュールや給与支払い手続きを自動実行します。またUKGのBryteエージェントは昇進手続を自動化し、複数ステップの作業を効率化します。さらにADPもAIでエラー検出と分析を進めており、処理時間の短縮に貢献しています。法令遵守もAIで強化されています。UKGのBryte「コンティニュアスコンプライアンスエージェント」は税制変更を自動で検知し、設定更新を加速します。ADPもAIで各国の税・労務規制の変化を監視し、必要な対応を支援します。KPMGの分析でも、生成AIは給与関連帳票のチェックを自動化し法規準拠を助けると指摘されています。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

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開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携