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年末調整対応の給与計算ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/5/29
年末調整に対応した給与計算ソフトは、紙の申告書をWeb化するだけのシンプルなものから、複雑な給与体系の一括処理や業務そのものを外部に委託できるBPO連携型まで、実は製品ごとの守備範囲がまったく異なります。さらに近年は、従業員がスマホからアンケート形式で控除情報を入力できるUIや、マイナポータルとの自動連携など、申告の手間を減らす機能面での進化も加速しています。FitGapでは、この多様な製品群を「中小企業向けオールインワン」「中堅・大企業向け専門給与システム」「BPO・アウトソーシング連携」の3タイプに整理し、要件定義から最終選定までを順を追ってご案内します。
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レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業向けオールインワンタイプ 🏢
freee人事労務
/ 弥生給与Next
/ マネーフォワード クラウドERP
中堅・大企業向け専門給与システムタイプ 🏗️
給与奉行クラウド
/ MJSLINK DX
/ Galileopt DX 給与大将
BPO・アウトソーシング連携タイプ 🤝
PROSRV
/ COMPANY 給与計算システム
/ CCS給与計算
企業規模
大企業
個人事業主
デバイス
その他
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おすすめ製品の早見表

タイプ別おすすめ製品 9

年末調整対応の給与計算ソフトのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名タイプ料金企業規模評価ポイント
freee人事労務
中小企業向けオールインワンタイプ 🏢
2,000円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

専門知識が少なくても給与・年末調整を始めやすい。中小企業シェアもトップ。

弥生給与Next
中小企業向けオールインワンタイプ 🏢
9,000円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

弥生会計と年末調整の分業を組みやすい。中小企業シェアもトップ。

マネーフォワード クラウドERP
中小企業向けオールインワンタイプ 🏢
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

給与・年末調整を会計、経費、人事労務まで統合。複数法人管理にも対応。

給与奉行クラウド
中堅・大企業向け専門給与システムタイプ 🏗️
5,500円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

奉行シリーズの給与業務をクラウド化。制度更新と高いセキュリティにも対応。

MJSLINK DX
中堅・大企業向け専門給与システムタイプ 🏗️
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

給与・人事・会計をERPで連携。人件費分析や複数法人管理まで広げられる。

Galileopt DX 給与大将
中堅・大企業向け専門給与システムタイプ 🏗️
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

複雑な給与規定を細かくカスタマイズ可能。人事・勤怠・会計連携も強い。

PROSRV
BPO・アウトソーシング連携タイプ 🤝
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

給与システムとBPOを柔軟に組み合わせ可能。大企業シェアもトップ。

COMPANY 給与計算システム
BPO・アウトソーシング連携タイプ 🤝
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

大企業の複雑な給与制度と海外拠点に対応。人事・勤怠・給与を統合管理。

CCS給与計算
BPO・アウトソーシング連携タイプ 🤝
27,500円パッケージ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

Excel環境で複数企業の給与計算を低コストで運用。会計事務所の代行業務に向く。

タイプ別おすすめ製品

中小企業向けオールインワンタイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員数が数名〜300名程度の中小企業で、給与計算から年末調整までを一つのソフトで完結させたい企業の経理・人事担当者の方

どんなタイプか:

給与計算・年末調整・労務を1サービスに集約し、会計連携と従業員セルフ申告で転記や紙運用を減らすタイプです。給与周辺の労務まで一体運用できる点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

🔗会計ソフト自動連携
給与結果を会計ソフトへ仕訳連携し、月次経理や年末調整の転記作業を減らします。
📱従業員セルフ申告(スマホ対応)
従業員が控除・扶養情報をWeb入力でき、紙の配布回収と進捗確認の手間を減らします。

おすすめ製品3選

freee人事労務
おすすめの理由

紙・Excelの年末調整から早く移行したい小規模〜中小企業の第一候補

freee人事労務は、給与計算と年末調整を迷わず立ち上げやすい、クラウド完結型の人事労務システムです。画面案内に沿ってWeb回収、進捗管理、住民税年度更新、源泉徴収票出力、電子申請まで進めやすく、FitGapでは操作性・導入しやすさ・料金評価が同じ中小企業向けオールインワンタイプ3製品中1位です。 経理や労務の専任者が少ない小規模〜中小企業が、紙やExcelの年末調整から早く移行したい場合に向きます。 freee会計なども使う企業なら、勤怠・給与・会計の連動も選びやすい点です。 一方、退職金計算、人事評価連携、人件費予測、複数企業一括管理は非対応です。グループ会社管理や人件費分析まで広げたい企業は、マネーフォワード クラウドERPなど連携範囲の広い製品と比較してください。
価格
2,000円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
弥生給与Next
おすすめの理由

弥生会計・会計事務所との連携を前提に1社単位で給与業務を回したい中小企業向け

弥生給与Nextは、給与計算と年末調整を1社単位で継続して回したい中小企業向けのクラウド給与ソフトです。勤怠データから給与・賞与計算、Web年末調整の回収、源泉徴収票出力、電子申請まで扱え、弥生会計との連携や会計事務所との年末調整分業を前提にしやすい点が特徴です。 FitGapでは中小企業シェアがカテゴリ78製品中1位で、従業員数十名〜数百名規模の企業が、過度に大きなERPではなく給与業務中心に導入したい場合に向きます。 一方、年末調整計算やWeb源泉徴収票配信、電子申告データ出力は上位プランが必要です。 ERP連携、経費精算連携、操作ログ監査、社労士向け機能も非対応のため、複数法人や部門横断の人件費管理まで見たい企業は統合範囲の広い製品を比べてください
価格
9,000円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウドERP
おすすめの理由

複数法人・部門の人件費を会計・経費と連動管理したい成長中の中小企業向けERP

マネーフォワード クラウドERPは、給与計算・年末調整を会計、経費、人事労務までつないで管理するバックオフィス統合型のクラウドERPです。年末調整データを給与処理で終わらせず、部門別の人件費把握や経費・会計処理まで連動させたい成長中の中小企業に向きます。 FitGapでは、同じ中小企業向けオールインワンタイプ3製品の中で複数企業一括管理、人事評価連携、経費精算連携、ERP連携、操作ログ監査に対応している唯一の製品です。 複数法人や部門をまたいで運用する企業では、freeeや弥生より統合範囲を重視して選びやすいです。 一方、振込指示書出力と退職金計算は非対応で、経営ダッシュボード、人件費予測、カスタマイズ性は追加オプションです。年末調整だけを低コストに済ませたい小規模企業には過剰になりやすく、必要機能を絞って比較してください。
価格
要問合せ
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

中堅・大企業向け専門給与システムタイプ 🏗️

このタイプが合う企業:

従業員数300名以上の中堅・大企業で、複雑な給与規定や多拠点管理が必要な企業の人事・給与担当部門の方

どんなタイプか:

複雑な給与テーブル、独自手当、多拠点・グループ運用を扱う給与計算システムです。大量の年末調整データ処理や電子申告、導入時の設計支援まで重視する点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️複雑な給与体系への対応
役職・雇用形態別の給与テーブルや手当計算式を設定し、控除計算へ正確に反映できます。
📊大量データ一括処理・電子申告
年末調整データを一括処理し、源泉徴収票・給与支払報告書の作成と電子申告を効率化します。

おすすめ製品3選

給与奉行クラウド
おすすめの理由

社内運用を大きく変えずクラウド化したい中堅企業向けバランス重視の給与システム

給与奉行クラウドは、奉行シリーズの給与業務をクラウドで使える、バランス重視の中堅企業向け給与システムです。給与・賞与計算、社会保険、年末調整を一通り扱え、法令改正も自動更新されるため、社内運用を大きく変えずにクラウド化したい企業に向きます。 FitGapでは機能性・操作性・導入しやすさ・料金・サポート・セキュリティ・連携がいずれも同ページ上位で、年末調整自動化と住民税年度更新にも対応しています。 一方、電子申請、源泉徴収票・法定調書出力、複数企業一括管理、給与明細Webは追加オプションです。 申告書の配付・回収まで電子化したい企業や、従業員数が1,000名を超える規模では、プラン上限と別サービスの要否を確認して比較すべきです。
価格
5,500円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由

給与計算と人件費予測・複数法人管理をERP連携で一体化したい中堅企業向け

MJSLINK DXは、会計を中心に給与・人事・販売までつなぐERPの給与領域を使い、年末調整と人件費管理を同じ基盤で見たい企業向けの製品です。退職金計算、複数企業一括管理、人件費予測シミュレーション、人事評価連携に対応するため、給与計算だけでなく人件費の見通しや複数法人の管理まで広げたい中堅企業に向きます。 FitGapでは中堅企業シェアがこのページ内で1位タイで、想定規模での選ばれやすさもあります。 一方、給与明細Web、電子申請、源泉徴収票・法定調書出力は追加オプションです。 大企業向けに拡張する評価は強くなく、グローバル連結や超大規模取引を含む運用では適合確認が必要です。年末調整だけを低コストに済ませたい企業より、ERP連携を前提に設計できる企業向きです
価格
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
Galileopt DX 給与大将
おすすめの理由

複雑な給与規定と複数法人を統合管理したい中堅企業向け人事給与ERPシステム

Galileopt DX 給与大将は、中堅企業向けERPの人事給与領域として、給与制度の作り込みとグループ運用を重視する企業に合う給与システムです。支給・控除・勤怠項目を細かく設定でき、複数企業一括管理、人事評価連携、社労士向け機能、ERP連携にも対応するため、給与規定が複雑な企業や複数法人を統合管理したい企業で候補になります。 FitGapでは連携・拡張性評価が同ページで1位タイで、人事・勤怠・会計までつなげる運用に強みがあります。 一方、一般的なクラウド型給与計算ソフトとして手軽に使う製品ではなく、給与明細Web、電子申請、源泉徴収票・法定調書出力、勤怠管理連携は追加オプションです。 給与計算だけを短期導入したい企業や、小規模でシンプルに年末調整を回したい企業は、導入範囲と費用を他製品と比べる必要があります。
価格
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

BPO・アウトソーシング連携タイプ 🤝

このタイプが合う企業:

人事・給与部門の人手が不足している企業や、年末調整を含む給与業務をプロに任せてコア業務に集中したい企業の管理部門責任者の方

どんなタイプか:

給与計算システムにBPOを組み合わせ、月次給与から年末調整の申告書確認・計算代行まで外部専門スタッフが担うタイプです。法改正対応を委託できる点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

👥給与計算・年末調整の業務代行
給与計算、年末調整税額計算、源泉徴収票作成を専門スタッフが代行し、繁忙期の確認作業を減らします。
📜法改正の自動キャッチアップ
税制改正や社会保険料率の変更を反映し、最新ルールで年末調整を処理して社内調査の負担を減らします。

おすすめ製品3選

おすすめの理由

繁忙期の年末調整をBPOで外出しして自社負荷を下げたい中堅〜大企業向け基盤

PROSRVは、クラウド型人事給与システムに年末調整や住民税更新などのBPOを組み合わせられる、大規模向けの給与業務アウトソーシング基盤です。年末調整の申告回収、源泉徴収票、法定調書、電子申請、多言語給与明細まで扱えるため、自社の人事部門だけで繁忙期を抱え込みたくない中堅〜大企業に向きます。 FitGapでは大企業シェアがカテゴリ内1位、中堅企業も3位で、複数拠点管理や勤怠・人事・会計連携にも対応しています。 一方、最低500名規模の契約が前提で、導入にも数か月の準備と専門支援が必要です。 小規模企業や、社労士事務所が顧問先をまとめて運用する用途、人件費予測まで内製したい企業は別製品も比較すべきです。
価格
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
COMPANY 給与計算システム
おすすめの理由

海外拠点・複数通貨・グループ会社制度差まで対応できる大企業向け統合人事基盤

COMPANY 給与計算システムは、大手企業向け統合人事システムの一部として、人事・勤怠・給与と年末調整を一つの基盤で管理できる製品です。海外拠点、複数通貨、多言語給与明細に対応し、複雑な給与テーブルやグループ会社の制度差も扱えるため、国内外の拠点を持つ大企業がBPO利用も含めて給与基盤を整える場面に向きます。 FitGapでは機能性とセキュリティ評価が同タイプ内で高く、大企業シェアも1位タイです。 一方、給与明細のWeb配布や経営ダッシュボードは追加オプションで、導入には要件整理、社内調整、教育期間が必要です。 年末調整だけを短期でWeb化したい中小企業には重く、PROSRVよりも内製の統合基盤を重視する企業向けです
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
CCS給与計算
おすすめの理由

社労士・会計事務所が関与先の給与計算を低コストで代行する専用パッケージ

CCS給与計算は、Excelベースのインストール型パッケージで、複数企業の給与計算や年末調整を低コストに処理しやすい製品です。1社100名まで、データファイル数に制限なく扱えるため、会計事務所や社労士事務所、小規模な管理部門が関与先やグループ会社の給与計算をまとめて代行する用途に向きます。 FitGapでは年末調整、源泉徴収票、法定調書出力、多拠点管理に対応し、中小企業シェアは大企業より上位です。 一方、クラウド型ではなくWindowsとExcel環境が必須で、Web給与明細、電子申請、住民税年度更新、勤怠・会計・人事システム連携には対応しません。 年末調整申告のWeb回収や周辺システムとの自動連携まで進めたい企業は、PROSRVやCOMPANYの方が候補になります。
価格
27,500円
パッケージ
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

比較すべき機能の優先度マップ

どこから比較すべきか

製品には数多くの機能がありますが、選定の決め手になるのは一部の機能だけです。そこで各機能を「多くの企業で必要か」と「製品ごとに対応が分かれるか」の2つの軸で4つに分け、比較する順番が分かるように並べました。下の表では、このページに登場した製品が各機能にどう対応しているかを、上から順に確認できます。
標準対応
オプション/条件付き
非対応

選定の決め手

年末調整を含む給与計算ソフトでは、Web配信や電子申請、複数会社処理、独自計算・ERP連携で対応差が出るため、運用規模に合わせて重点確認します。
freee人事労務
弥生給与Next
マネーフォワード クラウドERP
給与奉行クラウド
MJSLINK DX
Galileopt DX 給与大将
PROSRV
COMPANY 給与計算システム
CCS給与計算
給与明細(Web)
Webで給与明細を配信できるか
電子申請対応
e-Gov / e-Tax / eL-Tax を利用した電子申請に対応できるか
複数企業一括管理(マルチカンパニー)
複数の企業・拠点の給与計算を一元的に処理できるか
カスタマイズ性
計算ロジックや項目を自社仕様に変更できるか
ERP連携
ERP(SAP等)と連携し給与データを統合管理できるか

一部の企業で必須

社労士やBPOへ任せる企業、退職金制度や外国籍従業員がある企業では重要度が上がるため、自社の委託範囲と従業員構成に照らして確認します。
freee人事労務
弥生給与Next
マネーフォワード クラウドERP
給与奉行クラウド
MJSLINK DX
Galileopt DX 給与大将
PROSRV
COMPANY 給与計算システム
CCS給与計算
退職金計算
勤続年数・規程に基づき退職金を自動計算できるか
多言語給与明細
英語など多言語で給与明細を発行できるか
社労士向け機能
社労士が複数企業の給与・社会保険を管理できるか
顧問先アクセス制御
顧問先ごとに閲覧・編集権限を制御できるか

ほぼ全製品が対応

年末調整対応の給与計算ソフトとして、従業員情報、社会保険料計算、年末調整計算、源泉徴収関連の出力は多くの製品で前提機能として見ます。
freee人事労務
弥生給与Next
マネーフォワード クラウドERP
給与奉行クラウド
MJSLINK DX
Galileopt DX 給与大将
PROSRV
COMPANY 給与計算システム
CCS給与計算
従業員マスター管理
従業員の基本情報を一元管理できるか
社会保険料自動計算
標準報酬月額から社会保険料を自動算出できるか
年末調整自動化
年末調整を自動計算できるか
源泉徴収票・法定調書出力
源泉徴収票や法定調書を自動作成できるか

優先度が低い

国内拠点の年末調整を主目的にする企業では、海外給与や外貨、経営向け可視化は比較優先度が下がりやすく、必要な場合だけ確認します。
freee人事労務
弥生給与Next
マネーフォワード クラウドERP
給与奉行クラウド
MJSLINK DX
Galileopt DX 給与大将
PROSRV
COMPANY 給与計算システム
CCS給与計算
海外拠点対応
海外赴任者・海外支店向け給与計算に対応できるか
複数通貨対応
外貨建て給与計算に対応できるか
経営ダッシュボード
人件費や労務コストをリアルタイムに可視化できるか

年末調整の給与計算ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

年末調整に対応した給与計算ソフトでは何ができますか?

一年間の給与と源泉徴収額を集計し、保険料控除や扶養の申告をもとに年税額を計算して、過不足を12月や1月の給与で精算できます。従業員がスマホで控除情報を申告し、源泉徴収票の作成まで自動でつなげられる製品もあります。中小向けオールインワン型・中堅大企業向け専門型・BPO連携型の3タイプがあります。

従業員がスマホで年末調整の申告をできますか?

できます。従業員が自分のスマホやPCから保険料控除や扶養の情報を入力でき、紙の書類を配って回収する手間をなくせます。freee人事労務やマネーフォワード クラウドは画面の案内に沿って従業員が入力でき、担当者は内容の確認に集中できます。回収状況を管理して未提出者へ督促できるかも確かめると安心です。

計算結果を源泉徴収票や会計へ自動で反映できますか?

反映できます。年末調整の結果から源泉徴収票や法定調書を作成し、e-TaxやeLTAXへ電子提出でき、精算額を会計仕訳へ連携できます。中堅向けの給与奉行クラウドやMJSLINK DXは大量の従業員分を一括処理でき、PROSRVやCCS給与計算は計算の代行と組み合わせて使えます。申告から提出までが切れないかが要点です。

年末調整に対応した給与計算ソフトの料金はどのくらいですか?

オールインワン型は月数千円からで、freee人事労務は月2,000円、弥生給与Nextは年9,000円が目安です。中堅向けの給与奉行クラウドは月5,500円、複数企業対応のCCS給与計算は27,500円からで、COMPANYやPROSRVなど大企業向けやBPO連携型は要問い合わせです。従業員数と申告の電子化の範囲で総額が変わります。

年末調整を紙とExcelで続けると何が大変ですか?

申告書を配って集め、控除額を一人ずつ計算して源泉徴収票に転記する作業は、年末の短い期間に集中し、記入漏れや計算ミスも起きがちです。年末調整に対応した製品なら、従業員のスマホ申告から年税額の計算や源泉徴収票の作成、電子提出までつなげられ、担当者の負担を大きく減らせます。まず申告と提出の電子化の範囲を確かめましょう。

※掲載している機能・対応範囲・料金は一般的な目安です。製品・プラン・契約条件により異なる場合があるため、導入前に各製品の最新の公式情報や比較表でご確認ください。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

オフィス環境・総務・施設管理
開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携