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電子申請対応の給与計算ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
給与計算ソフトの「電子申請対応」とは、算定基礎届や月額変更届といった社会保険届出をe-GovやeLTAXへソフトの画面から直接提出できる機能を指します。ただし、対応する届出の範囲や操作性は製品によって大きく異なり、自社に合わない製品を選ぶと結局手入力が残ってしまうケースも少なくありません。FitGapでは、企業規模や給与体系の複雑さに応じて「クラウド一体タイプ」「給与専門パッケージタイプ」「ERP統合タイプ」の3タイプに分類し、それぞれの代表製品と選定時に確認すべき要件を整理しました。自社に最適な1製品を見つけるためのガイドとしてご活用ください。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
給与・労務を一画面で完結できるクラウド一体タイプ 🌐
freee人事労務
/ 弥生給与Next
/ マネーフォワード クラウドERP
帳票・計算機能が充実した給与専門パッケージタイプ 📊
給料王
/ PCAクラウド給与
/ 給与大臣NX Super
大規模・複雑な給与制度に対応するERP統合タイプ 🏢
COMPANY 給与計算システム
/ PROSRV
/ POSITIVE
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大企業
中小企業
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その他
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タイプ別お勧め製品

給与・労務を一画面で完結できるクラウド一体タイプ 🌐

このタイプが合う企業:

従業員数が数名〜50名規模の中小・スタートアップ企業で、バックオフィス全体をクラウドで一本化したい方

どんなタイプか:

給与計算・勤怠管理・年末調整・社会保険の電子申請までを1つのサービス内でまとめて行えるタイプです。FitGapでは、とくに従業員50名以下の企業がはじめて給与計算ソフトを導入するケースで最も選ばれている印象があります。会計ソフトとの仕訳連携にも強く、freee会計やマネーフォワード会計をすでに利用中であれば、そのまま同シリーズの給与ソフトを選ぶのが自然な流れになります。電子申請はe-Gov・マイナポータルの両方にAPI連携しており、算定基礎届や月額変更届などの社会保険手続きをソフトの画面からワンクリックで提出できます。操作画面がシンプルで、専任の給与担当者がいない企業でも運用しやすい点が最大の魅力です。

このタイプで重視すべき機能:

📡e-Gov・マイナポータルAPI連携による電子申請
給与計算データから算定基礎届・月額変更届・被保険者資格取得届などを自動作成し、ソフトの画面上からe-Govやマイナポータルへそのまま電子申請できます。役所への郵送や窓口提出が不要になり、申請ステータスもオンラインで確認できます。
🔗会計ソフトとのワンクリック仕訳連携
給与確定後の仕訳データを同シリーズの会計ソフトへ自動連携できます。給与・社会保険料・源泉税などの勘定科目への振り分けが自動化されるため、月次決算の手間を大幅に削減できます。

おすすめ製品3選

freee人事労務
おすすめの理由
給与計算から勤怠管理、年末調整、社会保険の電子申請まで1サービスで完結でき、クラウド給与計算市場でトップクラスのシェアを持ちます。freee会計との仕訳連携もスムーズです。
価格
2,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
弥生給与Next
おすすめの理由
老舗の弥生シリーズのクラウド版で、勤怠管理から社会保険・労働保険の電子申請まで一括対応します。初めてでも使いやすい画面設計と手厚いサポートが特長です。
価格
9,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
マネーフォワード クラウドERP
おすすめの理由
給与・年末調整・社会保険・会計など各領域のクラウドサービスをERP的に統合利用でき、電子申請を含む労務手続きをシリーズ全体でカバーします。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

帳票・計算機能が充実した給与専門パッケージタイプ 📊

このタイプが合う企業:

従業員50〜300名規模の中堅企業で、複雑な給与体系や多様な雇用形態への対応力を重視する方

どんなタイプか:

給与計算の正確性と帳票出力の充実度を最優先に設計された、いわば"給与計算のプロ仕様"のタイプです。FitGapとしては、雇用形態が多様で複雑な手当計算が必要な企業、あるいは既存の勤怠管理システムとCSV連携して運用したい企業に適していると考えます。100以上の給与項目を自由に設定できる製品が多く、パート・アルバイトの有給付与計算や細かな割増率の設定にも柔軟に対応します。電子申請はe-GovやeLTAXとの連携に対応しており、算定基礎届や源泉所得税の電子申告まで給与データからシームレスにつなげられます。クラウド一体型と比べると周辺機能は別ソフトとの連携前提になりますが、その分、給与計算そのものの機能が深く作り込まれています。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️自由度の高い給与項目・計算式設定
支給・控除あわせて100以上の項目を自由に追加・編集でき、独自の手当体系やインセンティブ計算もマスタ設定で対応できます。時間外労働の割増率やパートの有給付与なども細かくカスタマイズ可能です。
🏛️e-Gov・eLTAX連携による届出の電子申請
給与データをもとに算定基礎届・月額変更届などの社会保険届出を自動作成し、e-Govへ直接電子申請できます。源泉所得税や住民税特別徴収の届出もeLTAXとの連携で電子化できます。

おすすめ製品3選

おすすめの理由
中小企業に特化したパッケージ型ソフトで、累計200万本超の出荷実績があります。電子申請やマイナンバー管理にも対応し、専門スタッフによる電話サポートが手厚い点も魅力です。
価格
44,000円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
PCAクラウド給与
おすすめの理由
25,000法人超の導入実績を持ち、100以上の給与項目や複数給与体系の設定など、専門性の高い給与計算機能が充実しています。e-Gov電子申請にも対応しています。
価格
13,860円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
給与大臣NX Super
おすすめの理由
豊富な帳票出力と細やかな計算設定が特長の老舗パッケージです。給与・賞与計算に加え、年末調整や各種届出の電子申請にも対応し、安定した運用ができます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

大規模・複雑な給与制度に対応するERP統合タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員数300名以上の大企業・グループ企業で、複雑な給与体系や多拠点管理、BPOを含めた運用を検討している方

どんなタイプか:

従業員数が数百名〜数千名規模の企業で、複雑な給与制度・福利厚生・グループ会社間の給与管理などを統合的に扱えるタイプです。FitGapでは、このタイプは単なる"給与計算ソフト"ではなく、人事・給与・会計を横断する業務基盤として位置づけています。e-Gov・e-Tax・eLTAXとの連携により社会保険届出や源泉税の電子申告を一括処理でき、数千人分の届出を効率的に申請できる点が中小向けソフトとの大きな違いです。部門別・拠点別の費用按分や労務費の会計連携、持株制度・貸付金管理といった大企業特有の給与周辺業務までカバーします。導入・運用にはベンダーの支援が不可欠ですが、一度構築すれば企業固有の業務フローにフィットした強力な基盤になります。

このタイプで重視すべき機能:

📮大量届出の電子申請一括処理
数百〜数千名分の社会保険届出や源泉税申告をe-Gov・e-Tax・eLTAXへまとめて電子申請できます。申請状況の一括管理やエラー件の差し戻し対応など、大規模運用に必要な管理機能も備わっています。
📈部門別労務費の会計自動連携
給与計算結果を部門別・拠点別に自動で按分し、会計システムへ仕訳データとして連携できます。グループ会社間の費用按分や出向者の給与振り分けなど、大企業特有の管理ニーズに対応します。

おすすめ製品3選

COMPANY 給与計算システム
おすすめの理由
大手企業の約3社に1社が採用しており、複雑な給与制度や福利厚生の一元管理に強みがあります。e-Gov・e-Tax・eLTAXとの連携で行政手続きの電子化も万全です。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
給与計算のBPO(業務委託)サービスとシステム利用を組み合わせて運用でき、大企業向けに電子申請を含む給与業務をフルアウトソースできる点が強みです。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
人事・給与・就業を統合管理できるERP型製品で、大規模企業の多様な給与体系に柔軟に対応します。社会保険届出の電子申請にも対応し、グループ全体の人事給与基盤として活用できます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

📡e-Gov・eLTAX電子申請の対応範囲
社会保険届出(算定基礎届・月額変更届など)や労働保険、源泉所得税の電子申告にどこまでソフト単体で対応しているかは、製品ごとに大きく異なります。FitGapとしては、電子申請の対応範囲の広さが導入効果を左右する最大の分岐点と考えています。
🔗勤怠管理システムとのデータ連携
勤怠データの自動取り込みに対応しているかどうかで、毎月の給与計算の工数が大きく変わります。自社で利用中の勤怠管理ソフトとAPI連携できるか、CSVインポートのみかを必ず確認しましょう。
👥対応できる給与体系・雇用形態の幅
月給・日給・時給・年俸制・出来高払いなど、自社に存在する給与パターンをすべて登録できるかがポイントです。パート・契約社員・派遣社員など雇用形態が多い企業ほど、この要件が選定の決め手になります。
🗓️年末調整のWeb完結対応
控除申告書の配布・回収・修正をすべてオンラインで完結できるかどうかは、年に一度とはいえ業務負荷に大きな差が出ます。従業員側がスマホから申告できる製品は特に便利です。
📊会計ソフト・ERPとの仕訳連携
給与データから仕訳を自動作成し、会計ソフトやERPへ連携できるかを確認しましょう。FitGapでは、部門別の人件費按分まで自動化できる製品を選ぶと経理側の工数も減らせると考えています。
📝社会保険届出書類の自動作成
算定基礎届・月額変更届・被保険者資格取得届などを給与データから自動生成し、そのまま電子申請まで一気通貫で行えるかは、電子申請対応ソフト選びの核心部分です。

一部の企業で必須

🔒マイナンバー収集・管理機能
従業員のマイナンバーをソフト内で安全に収集・保管・廃棄まで管理できる機能です。外部の専門サービスで管理している企業には不要ですが、自社完結したい場合は必須になります。
🤝給与計算のBPO・アウトソーシング連携
社労士事務所や給与計算代行サービスへデータを共有できる仕組みがあると、アウトソーシング併用型の企業にとっては大きなメリットです。
🏢複数法人・複数事業所管理
グループ会社や複数拠点を持つ企業では、法人・事業所ごとに異なる保険料率や手当体系を一つのソフトで横断管理できるかが重要になります。
💌Web給与明細・源泉徴収票の電子配付
給与明細や源泉徴収票をWeb上で従業員に配付できる機能です。ペーパーレス化を推進する企業には必須ですが、紙配付で問題ない企業では優先度が下がります。
🏦退職金・企業年金の計算対応
退職金制度や企業年金を導入している企業では、退職所得控除の計算や退職金明細の発行に対応しているかを確認する必要があります。

ほぼ全製品が対応

🧮給与・賞与の自動計算
基本給・各種手当・社会保険料・所得税・住民税の自動計算は、ほぼすべての給与計算ソフトに搭載されている標準機能です。
⚖️法改正・保険料率の自動アップデート
税率や社会保険料率の変更があった際に、ソフト側で自動的に反映される機能です。クラウド型ではほぼ標準で備わっています。
📒法定三帳簿の作成
労働者名簿・賃金台帳・出勤簿の法定三帳簿を作成・出力する機能は、大半の製品が対応しています。
🏧全銀フォーマット振込データ出力
給与振込用の全銀協フォーマットデータを出力する機能も、ほとんどの製品で標準的にサポートされています。

優先度が低い

🌐多言語対応
外国人従業員向けに英語など多言語で給与明細を表示する機能は、グローバル展開する一部の企業を除き、優先度が低い要件です。
💸給与前払い・随時払い機能
従業員が給与を前払い申請できる機能は、飲食・小売など一部の業態でニーズがありますが、多くの企業にとっては必須ではありません。

電子申請の給与計算ソフトの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

電子申請対応の給与計算ソフトを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
電子申請対応の給与計算ソフトは業務効率化に役立つ一方で、「システム環境の事前準備」や「電子証明書の管理負担」といった点を事前に理解しておくことが重要です。システム環境の事前準備については、電子申請を行うためには、安定したインターネット環境と適切なシステム要件を満たすことが大切です。電子証明書の管理負担については、電子申請には電子証明書の取得と適切な管理が必要となり、新たな管理業務が発生します。このほか「法制度変更への対応」「データ移行時の課題」「従業員への影響」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

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