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36協定対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/4/9
36協定対応の勤怠管理システムは、単なる出退勤の記録ツールではなく、残業上限の超過アラートや特別条項の適用回数カウント、複数月平均80時間チェックといった法令遵守機能を備えた労務リスク管理の要です。ただし、製品によって対応できる協定パターンの複雑さや、給与・労務との連携範囲には大きな差があります。FitGapでは、自社の規模・就業規則の複雑さ・バックオフィス連携の必要性という3つの軸から製品を3タイプに分類し、要件定義から最終選定までを段階的にガイドします。
レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業向けのコスパ重視タイプ 💰
KING OF TIME 勤怠管理
/ ジョブカン勤怠管理
/ Touch On Time
バックオフィス一体運用タイプ 🔗
マネーフォワード クラウド勤怠
/ SmartHR 労務管理
/ ジンジャー勤怠
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ リシテア/就業管理
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

中小企業向けのコスパ重視タイプ 💰

このタイプが合う企業:

従業員数が数十〜300名程度の中小企業で、低コストかつスピーディーに36協定対応の勤怠管理を始めたい人事・総務担当者の方

どんなタイプか:

従業員数が数十〜数百名規模の中小企業に最適な、月額数百円/人から導入できるコストパフォーマンスの高い勤怠管理システムです。36協定の残業上限アラートや超過チェックといった法令対応機能を標準搭載しつつ、初期費用ゼロ・最短即日で運用開始できる手軽さが特長です。FitGapとしては、初めて勤怠管理システムを導入する企業や、紙・Excelからの移行を検討している企業にまずおすすめしたいグループです。

このタイプで重視すべき機能:

🔔36協定の超過アラート・残業上限チェック
月45時間・年360時間などの残業上限に近づいた従業員をリアルタイムで検知し、管理者と本人にアラート通知します。特別条項の年6回制限や複数月平均80時間のチェックにも対応しており、うっかり違反を未然に防ぐことができます。
📱多彩な打刻方法とGPS対応
PC・スマホ・ICカード・生体認証など複数の打刻手段を備えており、オフィス勤務から直行直帰・テレワークまで柔軟にカバーできます。GPS打刻により外出先での打刻位置も記録できるため、客観的な労働時間把握の要件を満たせます。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
PCログオンログオフ打刻とジオフェンス打刻制限、チャット打刻の3つをすべて○(対応)しており、オフィス・現場・テレワークが混在する職場で36協定の客観記録をそろえやすい製品です。36協定対応タイプ3製品の中では要件対応数が31件で単独2位、全体シェアは1位で、自動シフト生成・看護師夜勤回数管理・PCログオンログオフ打刻など、他の中小向け2製品で×(非対応)となる機能も押さえています。FitGapの機能性・サポート・セキュリティ評価はいずれもおすすめ9製品中1位タイで、就業規則が複雑化してきた数百名規模まで長く使える体制を組みたい企業に向きます。一方、料金評価は6位タイと同タイプ内では最も下に位置するため、必要最小限の機能だけを最安値で動かしたい50名以下の企業では、後述の2製品との価格差を検討する余地があります。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
必要な機能だけを組み合わせて使いたい中小企業で候補になる製品です。タスク別打刻とシフト希望提出が追加オプションで、PCログオンログオフ打刻は×(非対応)という構成で、出退勤の記録と36協定チェックだけを最小構成で動かすか、工数管理まで必要かを後から判断できる余地があります。中小企業シェアは同タイプ内で9と同率最上位、飲食・宿泊、生活関連サービス、建設・不動産の中小シェアはいずれも9〜10で、店舗・現場が多い業態での採用実績が判断材料になります。FitGapの料金評価はおすすめ9製品中3位タイで、36協定対応タイプ3製品の中では最も料金順位が高い位置にあります。残業上限アラートなど36協定の基本要件は○(対応)ですが、PCログとの乖離チェックまで求める情報通信系企業ではKING OF TIMEを優先する方が運用が合います。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
打刻方式の不正対策を物理端末側でかためたい企業で候補になる製品です。36協定対応タイプ3製品の中で全体シェアは2位で、中でも製造の中小シェア9、卸売・小売の中小シェア9が目立ち、工場や店舗など本人確認を厳密にしたい職場での採用が中心になっています。FitGapの要件対応数は36項目中27件で同タイプ内3位、自動シフト生成・ジオフェンス打刻制限・チャット打刻は×(非対応)で、勤怠特化というより現場の打刻運用に割り切った構成です。36協定の残業上限アラート・残業申請ワークフローといった基本要件は○(対応)のため、法令対応の最低ラインは満たせます。一方、FitGapの導入しやすさ・サポート・連携評価はいずれもおすすめ9製品中9位で、勤怠ダッシュボード上での多角的な分析やシフト希望提出のオンライン化までまとめて進めたい企業では、同タイプの他2製品の方が運用に合います。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

バックオフィス一体運用タイプ 🔗

このタイプが合う企業:

勤怠・給与・労務・経費精算などを個別ツールで運用しており、データ連携の手間や転記ミスに悩んでいる人事・経理部門の担当者の方

どんなタイプか:

勤怠管理だけでなく、給与計算・労務管理・経費精算などバックオフィス業務をひとつのプラットフォームで統合管理できるタイプです。36協定の残業データがそのまま給与計算や労務手続きに連動するため、二重入力や転記ミスを排除できます。FitGapでは、勤怠だけでなく人事労務全体のDXを一気に進めたい企業に特におすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️給与計算・労務管理との自動データ連携
勤怠データ(残業時間・深夜労働・休日出勤など)が同一プラットフォーム内の給与計算モジュールへ自動で連携されます。36協定で管理した時間外労働のデータがそのまま割増賃金の計算に反映されるため、月末の締め作業を大幅に短縮できます。
📋入退社手続き・届出の一元化
従業員の入退社に伴う社会保険手続きや雇用契約、マイナンバー管理などを同一システムで完結できます。勤怠マスターと人事マスターが統合されているため、異動や雇用形態の変更が即座に36協定の管理区分へ反映されます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
勤怠から会計・給与・経費までを1つのID基盤でまとめて運用し、36協定の残業データを転記作業なしで給与計算や労務手続きへ流したい中小企業で第一候補になる製品です。FitGapの操作性・導入しやすさ・料金の3評価がおすすめ9製品中いずれも上位で、特に導入しやすさは単独1位、中小企業シェアもおすすめ9製品中1位タイで、経理・労務専任の担当者がいない企業でも立ち上げやすい位置付けです。変形労働時間制・フレックス・時間単位有休・労基法帳票出力はいずれも○(対応)で、36協定運用の基本は押さえられます。一方、ジオフェンス打刻制限・セルフィー打刻・オフライン打刻・タイムゾーン対応はいずれも×(非対応)のため、国内オフィスで働く社員を中心にPC/Web打刻とスマホ承認で回す企業に向きますが、現場作業者や海外拠点をまたぐ打刻が混在する企業には追加の仕組みが必要になります。要件対応率はおすすめ9製品中8位(36項目中24件対応)と対応範囲は狭めで、勤怠単体の機能拡張よりもバックオフィス連携のまとまりで選ぶ製品です。
価格
2,980円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
SmartHR 労務管理
おすすめの理由
入退社・異動・年末調整など労務手続き側を軸にして、そこから36協定の管理区分や残業集計を連動させたい企業で候補になる製品です。FitGapの操作性・料金・サポート・セキュリティの4評価がいずれもおすすめ9製品中上位で、従業員が自分のスマホから申請まで進めやすい評価です。IT・インターネット業界シェアはおすすめ9製品中単独トップで、オフィスワーク中心のテック企業やスタートアップで労務管理の起点として採用される位置付けです。労基法帳票出力・柔軟運用設定・スマホ承認・変形労働時間制・フレックスはいずれも○(対応)で、36協定レポートと申請ワークフローの基本線は備わっています。ただし要件対応率はおすすめ9製品中9位(36項目中20件対応)とタイプ内で最も狭く、自動シフト生成・ジオフェンス打刻制限・オフライン打刻・派遣労働者管理はいずれも×(非対応)、現場単位勤怠集計・勤怠ダッシュボード・CSV/PDF出力は追加オプションでの対応となります。勤務形態が複雑な現場業務や派遣スタッフを多数抱える企業には勤怠機能が足りず、労務起点で勤怠をシンプルに回したい企業向けの製品です。
価格
0円~
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジンジャー勤怠
おすすめの理由
バックオフィス一体運用タイプの中で、勤怠側の機能網羅性を重視しつつ人事・給与・経費までワンパッケージで揃えたい企業で候補になる製品です。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中3位タイ(36項目中30件対応)でタイプ内3製品の中では最も広く、ジオフェンス打刻制限・セルフィー打刻・オフライン打刻・派遣労働者管理・PCログオンログオフ打刻・タスク別打刻がいずれも○(対応)のため、オフィスと現場が混在する働き方にも対応しやすい構成です。人材・派遣業界シェアと官公庁シェアがそれぞれおすすめ9製品中1位タイで、36協定の事業場単位の協定管理が必要な派遣・公共領域で採用される位置付けです。変形労働時間制・フレックス・時間単位有休・労基法帳票出力もすべて○(対応)で、36協定チェックに必要な基本項目は揃っています。ただし自動シフト生成・タイムゾーン対応は×(非対応)、勤怠ダッシュボードは追加オプションでの対応となるため、シフト作成をシステム側で自動化したい小売・飲食業や、海外拠点を同一システムで管理したいグローバル企業では運用要件に合わない場合があります。
価格
要問合せ
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員1,000名以上の大企業や、複数の勤務形態・事業所を横断して36協定を管理する必要がある人事部門・労務管理部門の方

どんなタイプか:

従業員数が1,000名を超える大企業や、変形労働時間制・裁量労働制・交替制勤務など複雑な就業規則を運用する組織向けのタイプです。36協定の特別条項管理はもちろん、事業所・部門ごとに異なる協定内容を個別設定できる柔軟性を備えています。FitGapとしては、就業規則のカスタマイズ性と大規模運用の安定性を重視する企業にこのグループをおすすめします。

このタイプで重視すべき機能:

🏗️事業所・部門別の36協定個別設定
事業所や部門ごとに異なる36協定の上限時間・特別条項回数・起算日を個別に設定できます。全社一律ではなく拠点単位で協定内容が異なる大企業でも、各拠点の協定条件に合わせた正確な超過管理とアラート通知が可能です。
🔄変形労働・裁量労働など多様な勤務体系への対応
1か月単位・1年単位の変形労働時間制、フレックスタイム制、裁量労働制、交替制勤務など、複雑な勤務形態ごとに異なる残業計算ロジックを正確に処理します。36協定の上限判定も勤務体系に応じて自動で切り替わるため、制度が混在する企業でも一元管理できます。

おすすめ製品3選

COMPANY 勤怠管理システム
おすすめの理由
36協定運用に加え、タスク別打刻・予算工数比較・介護加算勤務チェックまで一体で管理したい大企業で候補になる製品です。このタイプ3製品のうち、この3要件をすべて○(対応)しているのはこの製品のみで、FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中1位(36項目中33件対応)です。大企業シェアはおすすめ9製品中1位タイで、金融・保険や電気、ガス、水道といった規制業種のシェアも同タイプ内で最上位のため、事業所ごとに特別条項付き36協定の条件を分けて運用する大規模組織で検討しやすい構成です。一方、FitGapのセキュリティ評価はおすすめ9製品中で下位、料金評価も中位のため、数百名規模でITガバナンスを小さく始めたい企業では他タイプの方が無理なく運用できます。また中小企業シェアは0のため、1,000名未満の組織には合いません。
価格
要問合せ
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
製造ラインや運輸、医療など多業種の現場を抱えるグループで、工数把握と外部システム連携を両立したい企業で候補になる製品です。製造シェアと医療、福祉シェアはこのタイプ3製品の中で最も高く、タスク別打刻・予算工数比較・ライン別シフト割当を○(対応)しているため、ライン別や案件別の工数を36協定運用と同じ基盤で集計できます。FitGapの連携・拡張性評価はおすすめ9製品中1位で、給与・人事・シフト系の既存システムへ接続しながら全社展開しやすい構成です。一方、FitGapの操作性評価はタイプ3製品の中で最も低く、自動シフト生成とセルフィー打刻は追加オプション扱いで、タイムゾーン対応は×(非対応)のため、海外拠点を含めたグローバル運用や、現場メンバーの自己管理だけで完結させたい組織ではType外の製品と比較することをおすすめします。
価格
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
リシテア/就業管理
おすすめの理由
大企業の基幹人事と同じ思想で就業管理を内製運用したい企業で候補になる製品です。大企業シェアはおすすめ9製品中1位タイで、製造・情報通信・卸売、小売・建設、不動産・電気、ガス、水道の各業種シェアもこのタイプ3製品の中で上位に位置し、看護師夜勤回数管理・介護加算勤務チェックも○(対応)しているため、大規模グループの本社で複数業態を横串管理したい人事部門に合います。一方、現場単位勤怠集計・タスク別打刻・予算工数比較・勤怠ダッシュボード・PCログオンログオフ打刻・AI勤怠分析は追加オプション扱いで、FitGapの料金評価はおすすめ9製品中9位のため、現場工数や分析機能までパッケージ内で使いたい企業では見積総額が膨らみやすくなります。また要件対応数はタイプ3製品の中で最も少ないため、36協定運用に付随する工数・原価領域まで1製品で済ませたい場合はタイプ内他製品との比較をおすすめします。
価格
要問合せ
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🔔残業時間の上限アラート設定
月45時間・年360時間などの36協定上限に近づいた従業員へ自動でアラートを通知する機能です。上限値だけでなく警告値(例:80%到達時)も設定でき、違反を未然に防げるかどうかが製品選定の最大の分かれ目になります。FitGapでは、日・月・年の3段階でアラートを細かく設定できる製品を推奨しています。
📋特別条項付き36協定への対応
繁忙期など臨時的な事情で月45時間を超える残業が発生するケースに備え、特別条項の上限(年720時間・複数月平均80時間・単月100時間未満・年6回制限)を個別に設定・管理できる機能です。特別条項が不要な企業もありますが、適用回数のカウントまで自動化できるかは製品によって大きく差があります。
残業申請・承認ワークフロー
従業員が残業前に申請し、上司がシステム上で承認する仕組みです。申請なしの残業を抑止し、上限を超過している従業員の申請を却下する運用が可能になります。FitGapとしては、休日出勤や代休申請もまとめて管理できるワークフローを備えた製品をおすすめしています。
📊36協定チェックレポート
部署別・個人別に残業時間の累計や上限到達率を一覧表示するレポート機能です。月の途中でも「あと何時間残業できるか」が一目でわかるため、管理者が先手を打って業務量を調整できます。色分けやCSV出力に対応しているかなど、使い勝手に差が出やすいポイントです。
⏱️複数月平均80時間チェック
2〜6か月の時間外労働+休日労働の平均が80時間を超えていないかを自動で計算・監視する機能です。単月の残業だけ見ていると見落としがちなルールであり、この自動チェックに対応しているかどうかで管理の手間が大きく変わります。
🔍打刻時間と残業申請の乖離チェック
実際の退勤打刻時間と申請された残業時間のズレを自動検出する機能です。申請なしで長時間残っているケースやサービス残業の実態を把握できるため、36協定遵守だけでなくコンプライアンス全体の強化につながります。

一部の企業で必須

🔄変形労働時間制への対応
1か月単位・1年単位の変形労働時間制を採用している企業では、法定労働時間の計算方法が通常と異なります。変形労働時間制に対応した残業時間の自動計算ができないと、36協定の上限判定そのものが不正確になるため、該当する企業には必須の要件です。
🏢事業場単位での協定管理
36協定は事業場ごとに締結・届出が必要であり、拠点ごとに上限時間が異なるケースがあります。複数拠点を持つ企業では、事業場ごとに別々の上限値やアラートを設定できるかが重要な判断基準になります。
💼裁量労働制・みなし労働時間制の管理
裁量労働制やみなし労働時間制の対象者は36協定の残業カウントが異なりますが、労働安全衛生法上の労働時間把握義務はあります。これらの勤務形態が混在する企業では、勤務区分ごとに集計ロジックを切り替えられる機能が求められます。
🩺医師面接指導の管理
月80時間超の残業をした従業員には医師による面接指導が義務付けられています。対象者を自動抽出し、面接実施状況を記録・追跡できる機能は、特別条項を頻繁に適用する企業にとって重要な要件です。
🚛建設業・運送業など猶予業種への対応
2024年4月から上限規制が適用された建設業・自動車運転業務などは、上限値が一般業種と異なります。年960時間上限など業種固有のルールに対応したアラート設定が可能かどうかを確認する必要があります。

ほぼ全製品が対応

リアルタイム労働時間集計
出退勤の打刻データをもとに、残業時間や休日労働時間をリアルタイムで自動集計する機能です。ほぼすべての勤怠管理システムが対応しており、36協定管理の大前提となる基本機能です。
🌴年次有給休暇の取得管理
年5日の有給休暇取得義務化に対応し、取得日数・残日数を自動管理する機能です。36協定対応を謳う製品であればほぼ標準搭載されており、取得が進んでいない従業員へのアラートも一般的です。
💰給与計算ソフトとの連携
残業時間データをCSVやAPI経由で給与計算ソフトに渡す連携機能です。割増賃金率(25%・50%)の正確な適用にも関わるため、ほとんどの製品が主要な給与ソフトとの連携に対応しています。
🔄法改正時の自動アップデート
労働基準法の改正に合わせてシステムの計算ロジックや帳票が自動更新される機能です。クラウド型の勤怠管理システムでは標準的に提供されており、手動設定の負担を大幅に減らせます。

優先度が低い

📍GPS打刻・位置情報記録
外勤や直行直帰の従業員の打刻場所を記録する機能です。不正打刻の防止には有効ですが、36協定の上限管理そのものへの影響は限定的であり、外勤者がいない企業では優先度を下げて問題ありません。
🖐️生体認証(指紋・静脈)打刻
なりすまし防止を目的とした打刻方法ですが、専用端末の導入コストがかかります。36協定遵守の観点では打刻精度よりも上限管理機能の充実度を優先すべきであり、FitGapでは他の要件を満たしたうえで検討することを推奨しています。

36協定対応の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

36協定対応の勤怠管理システムを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
ツール選定の観点から特に確認しておきたいのが、「既存の労働時間管理制度との整合性確保」と「従業員への操作方法と制度理解の徹底」の2点です。既存の労働時間管理制度との整合性確保については、現在運用している就業規則や労働時間管理のルールとシステム設定の間に齟齬が起こることがあります。一方、従業員への操作方法と制度理解の徹底については、システムの操作方法だけでなく、36協定の内容や労働時間管理の重要性について従業員に十分な説明を行うことが大切です。このほか「データの正確性と改ざん防止対策」「システム障害時の代替手段の準備」「導入コストと継続的な運用費用の把握」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

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開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携