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残業申請対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/5/13
残業申請に対応した勤怠管理システムは、単なる打刻ツールではありません。事前・事後の申請切り替え、多段階の承認フロー、36協定の上限カウント、残業種別ごとの割増計算など、製品によって対応範囲に大きな差があります。FitGapでは、こうした違いを「勤怠管理特化」「バックオフィス一体」「大企業・複雑な就業規則対応」の3タイプに整理しました。本記事では、各タイプの代表製品を紹介したうえで、要件の優先度の付け方から実機検証のポイントまで、自社に合った1製品を選び抜くためのステップを解説します。
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レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
勤怠管理特化タイプ 🕐
KING OF TIME 勤怠管理
/ Touch On Time
/ 楽楽勤怠
バックオフィス一体タイプ 🏢
マネーフォワード クラウド勤怠
/ ジョブカン勤怠管理
/ ジンジャー勤怠
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏗️
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ リシテア/就業管理
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別おすすめ製品 9

経費精算システムのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名 / ロゴタイプ料金企業規模評価ポイント
KING OF TIME 勤怠管理
勤怠管理特化タイプ 🕐
300円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

打刻手段と勤務ルールへの対応が幅広い。サポートも手厚く多拠点運用に強い。

Touch On Time
勤怠管理特化タイプ 🕐
300円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

製造・店舗現場での利用が多い。低コストで勤怠専用に始めやすい。

楽楽勤怠
勤怠管理特化タイプ 🕐
30,000円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

在宅・外勤の打刻管理に強い。導入が容易で現場にも定着させやすい。

マネーフォワード クラウド勤怠
バックオフィス一体タイプ 🏢
2,980円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

勤怠から給与・会計まで連携。中小企業シェアが高く、低コストで始めやすい。

ジョブカン勤怠管理
バックオフィス一体タイプ 🏢
0円~ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

必要な勤怠機能を選んで拡張可能。シフト勤務や外勤の現場管理に強い。

ジンジャー勤怠
バックオフィス一体タイプ 🏢
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

人事労務・給与・経費を同じ基盤で管理。セキュリティと低コストも強み。

COMPANY 勤怠管理システム
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏗️
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

大企業シェアがトップ。複雑な就業規則を人事・給与と一体管理できる。

TimePro-VG
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏗️
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

クラウド版とオンプレ版を選択可能。連携に強く既存システムへ接続しやすい。

リシテア/就業管理
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏗️
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

就業規則を細かく反映できる。大企業シェアがトップで健康管理・AI分析も扱える。

タイプ別お勧め製品

勤怠管理特化タイプ 🕐

このタイプが合う企業:

既存の給与計算ソフトや人事システムは変えずに、残業申請を含む勤怠管理だけをクラウド化・効率化したい中小〜中堅企業の管理部門担当者

どんなタイプか:

残業申請、打刻、休暇管理など勤怠の基本業務を中心に扱うタイプです。給与・人事は外部連携を前提とし、承認フローや36協定チェックの柔軟さが特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

📝残業申請ワークフローの柔軟設定
事前・事後申請、承認ルート、上限超過アラートを就業規則に合わせて設定できます。
🔗多様な外部給与ソフト連携
勤怠データをCSVやAPIで給与計算ソフトへ渡し、既存システムとの連携作業を減らします。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
KING OF TIME 勤怠管理は、打刻手段の多さと残業申請・承認を同じ基盤で組みやすいクラウド勤怠管理システムです。PC/Web打刻、PCログオンログオフ打刻、チャット打刻、打刻端末連携、ジオフェンス打刻制限に対応し、内勤・外勤・拠点勤務が混在しても残業時間を集計しやすい点が強みです。労基法帳票出力とスマホ承認も使えるため、36協定の上限確認から承認までを勤怠側で回したい中小〜中堅企業に向きます。FitGapでは機能性・サポート評価がカテゴリ内1位で、幅広い勤務ルールを標準機能で扱いたい企業にも選びやすい製品です。一方、予算工数比較やタスク別打刻には対応せず、セルフィー打刻は追加オプションです。工数分析や自社専用の細かな改修まで求める企業は、工数管理型やカスタマイズ可能な製品も比較してください。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
Touch On Timeは、勤怠管理だけを切り出して低コストにクラウド化しやすい、現場運用寄りの勤怠特化システムです。残業申請ではスマホ承認に対応し、フレックスタイム制・変形労働時間制、時間単位有休、代休・振替休日の自動付与、労基法帳票出力まで扱えるため、給与計算ソフトは既存のまま残業・休暇管理を整えたい中小〜中堅企業に向きます。FitGapでは全体シェア2位で、製造はカテゴリ内1位、卸売・小売は2位と、工場や店舗を持つ企業でも検討しやすい位置づけです。一方、勤怠専用のため給与計算や人事評価は別システム連携が前提です。自動シフト生成、ジオフェンスによる打刻位置制限、チャット打刻は非対応なので、シフト作成の自動化を重視する企業は別候補を、外勤打刻の位置制限やチャット打刻まで必要な企業は楽楽勤怠を含めて比べる必要があります。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
楽楽勤怠は、残業申請の承認フローと勤怠打刻に加え、在宅・外勤やタスク単位の稼働も同じ画面で見たい企業向けの勤怠特化システムです。勤務予定、残業申請、休暇申請を同じ基盤で扱え、チャット打刻、ジオフェンスによる打刻位置制限、セルフィー打刻、タスク別打刻に対応するため、リモートワークや直行直帰を含む中小〜中堅企業に向きます。FitGapでは導入しやすさ評価がカテゴリ内1位、操作性も上位で、中堅企業シェアは2位です。初めて勤怠管理をクラウド化し、残業抑制や休暇管理まで定着させたい場合に選びやすい製品です。一方、プロジェクト別工数管理やAPI連携、英語対応はオプションで、大企業シェアは39位です。オフライン打刻やPCログオン・ログオフ打刻、医療・介護特有の集計は非対応なので、複雑な組織管理やネットワーク断がある現場では別製品も比較してください。
価格
30,000円
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

バックオフィス一体タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

残業申請の効率化だけでなく、給与計算や労務手続きなどバックオフィス業務をまとめてクラウド化したい中小〜中堅企業

どんなタイプか:

勤怠、給与計算、経費精算、人事労務を同じシリーズで扱うタイプです。残業申請から給与反映までデータをつなぎ、二重入力や月次締め作業を減らします。

このタイプで重視すべき機能:

シリーズ製品間のデータ自動連携
残業時間や休暇情報を給与・人事製品へ反映し、CSV転記や取り込み作業を減らします。
🖥️統一されたUI・管理画面での一元管理
勤怠・給与・経費などを同じ画面で扱い、ログインや従業員マスタ管理を集約できます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
マネーフォワード クラウド勤怠は、残業申請を勤怠集計だけで終わらせず、給与計算・会計まで同じクラウドシリーズでつなげたい企業向けのバックオフィス統合型勤怠管理です。残業・休暇申請のワークフロー、長時間労働アラート、勤怠ダッシュボードに対応し、FitGapでは操作性、料金、導入しやすさが同ページ内で最上位、中小企業シェアも1位です。経理・労務担当が少ない中小〜中堅企業が、残業承認から給与反映までを手早く回したい場合に向きます。一方、自動シフト生成、ジオフェンス打刻制限、オフライン打刻、セルフィー打刻は非対応で、予算工数比較は追加オプションです。現場スタッフの打刻精度や工数原価まで残業管理に含めたい企業は、ジョブカンなど現場寄りの製品も比較してください。
価格
2,980円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
ジョブカン勤怠管理は、残業申請の前提になる打刻・シフト・承認を現場運用に合わせて細かく組み立てやすい、勤怠軸のクラウド製品です。PCやスマホ、ICカードなどの打刻に加え、自動シフト生成、ジオフェンス打刻制限、オフライン打刻に対応し、FitGapでは生活関連サービス・娯楽、建設・不動産でのシェアが同ページ内1位です。シフト勤務や直行直帰が多い中小〜中堅企業が、残業申請前の勤務実績を取りこぼしにくくしたい場合に向きます。必要機能を選んで導入できる一方、単体では給与計算や人事管理まで一体化せず、ジョブカンシリーズの別サービス併用が前提になります。予算工数比較は非対応、タスク別打刻・シフト希望提出・セルフィー打刻は追加オプションのため、原価管理や不正打刻対策まで標準で求める企業は範囲確認が必要です。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
ジンジャー勤怠
おすすめの理由
ジンジャー勤怠は、勤怠だけでなく人事労務・給与・経費まで同じデータベースでつなげやすい、バックオフィス一体型の勤怠管理システムです。残業申請は申請・承認ワークフローで処理でき、スマホ承認、PC/Web打刻、セルフィー打刻、ジオフェンス打刻制限、PCログオンログオフ打刻に対応するため、出社とテレワークが混在する組織でも打刻ルールと残業統制をそろえやすいです。FitGapではセキュリティ評価が同ページ内で1位タイ、料金評価も上位で、中堅企業が内部統制と導入コストを両立したい場合に候補になります。一方、自動シフト生成やタイムゾーン対応は非対応で、勤怠ダッシュボードは追加オプションです。海外拠点の勤務状況をリアルタイムに見たい企業や、シフト作成の自動化を重視する企業は他タイプも比較してください。
価格
要問合せ
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏗️

このタイプが合う企業:

従業員数が数百〜数万名規模で、複雑な就業規則や多段階の残業承認フローを運用する必要がある大企業・中堅企業の人事労務部門

どんなタイプか:

多拠点・多雇用形態の残業申請や、変形労働・交替勤務・フレックスなど複雑な就業規則を扱うタイプです。要件定義支援と高度な設定自由度が特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

🔀多段階承認・複雑な残業ルールの設定
部門・役職・雇用形態別に残業上限や承認ルートを定義し、条件分岐も管理できます。
🤝専任SEによる導入・運用支援
要件定義、設定代行、稼働後サポートを受けながら、就業規則をシステムへ反映できます。

おすすめ製品3選

COMPANY 勤怠管理システム
おすすめの理由
COMPANY 勤怠管理システムは、人事・給与と一体で勤怠を管理する大企業向け統合人事基盤です。残業申請では多段階承認に加え、残業種別ごとの集計ルール、36協定カウント、申請内容と勤務実績の自動突合まで扱え、予算工数比較や介護加算勤務チェックも同じ基盤で管理できます。FitGapでは大企業シェアが勤怠管理カテゴリ95製品中1位で、複数拠点・複数制度を本社人事が集中管理する企業に向きます。一方、導入時の設定設計や社内説明には専門知識と時間が必要です。中小企業には機能が過大になりやすく、セルフィー打刻には非対応のため、写真照合付きスマホ打刻を重視する分散拠点では軽量なクラウド勤怠も比較対象になります。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
TimePro-VGは、タイムレコーダー事業を持つアマノの運用知見を背景に、複雑な勤務体系と周辺システム連携を重視する大企業向けの就業管理システムです。36協定チェック、長時間労働アラート、変形労働時間制・フレックス対応を備え、FitGapでは機能性がカテゴリ94製品中1位、連携評価も2位のため、給与計算や人事システムとつなぎながら残業申請と実績管理を固めたい企業に向きます。クラウドとオンプレミスを選べる点も、製造・運輸・医療福祉など多拠点やシフト勤務の現場を持つ企業で評価しやすいです。一方、小規模企業には機能過多になりやすく、導入時の設定やインフラ準備も軽くありません。自動シフト生成やセルフィー打刻は追加対応、タイムゾーン対応やチャット打刻はできないため、海外拠点やチャット起点の打刻を重視する企業は他製品も比べる必要があります。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
リシテア/就業管理
おすすめの理由
リシテア/就業管理は、日立ソリューションズの人事総合ソリューション群に属し、大規模組織の就業規則を細かい設定でシステムに落とし込むタイプの勤怠管理システムです。残業・休暇管理や申請ワークフローに加え、在宅勤務、フレックスタイム、シフトパターン登録、PC/Web打刻に対応し、FitGapでは大企業シェアがカテゴリ95製品中1位、機能性もカテゴリ94製品中1位です。特にグループ会社や多様な雇用形態を抱え、残業ルールや勤怠集計を自社制度に合わせて設計したい企業に向きます。健康管理やAI分析まで検討対象にできる点も、残業抑制を労務リスク管理まで広げたい企業に合います。一方、導入しやすさと料金の評価は低く、勤怠ダッシュボードやAI勤怠分析などは追加対応です。短期・低コストで標準的な残業申請だけを始めたい企業や中小企業は、より軽量な製品も比較して下さい。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

比較すべき機能の優先度マップ

どこから比較すべきか

製品には数多くの機能がありますが、選定の決め手になるのは一部の機能だけです。そこで各機能を「多くの企業で必要か」と「製品ごとに対応が分かれるか」の2つの軸で4つに分け、比較する順番が分かるように並べました。下の表では、このページに登場した製品が各機能にどう対応しているかを、上から順に確認できます。
標準対応
オプション/条件付き
非対応

選定の決め手

残業申請対応の勤怠管理システムでは、申請内容と実際の働き方をどこまで客観的に確認できるかで差が出ます。外出先やPC作業の多い職場ほど、打刻制限やログ連動の有無を優先して確認してください。
KING OF TIME 勤怠管理
Touch On Time
楽楽勤怠
マネーフォワード クラウド勤怠
ジョブカン勤怠管理
ジンジャー勤怠
COMPANY 勤怠管理システム
TimePro-VG
リシテア/就業管理
ジオフェンス打刻制限
指定地点・範囲外の打刻を制限できるか
PCログオンログオフ打刻
PCログイン・ログオフ情報をもとに勤怠を記録する機能
タイムゾーン対応
海外勤務者の時差を考慮し現地時間で打刻を処理する機能
オフライン打刻
圏外時に端末内保持し復帰後に打刻同期できるか

一部の企業で必須

シフト勤務、現場作業、工数配賦まで残業管理に含める企業では、基本的な申請承認だけでは足りません。対象となる勤務形態や部門がある場合に、対応範囲と追加費用を個別に見てください。
KING OF TIME 勤怠管理
Touch On Time
楽楽勤怠
マネーフォワード クラウド勤怠
ジョブカン勤怠管理
ジンジャー勤怠
COMPANY 勤怠管理システム
TimePro-VG
リシテア/就業管理
自動シフト生成
希望休・必要人員等を考慮してシフトを自動生成できるか
セルフィー打刻
打刻時に顔写真を撮影し本人確認できるか
タスク別打刻
タスク単位で打刻・稼働を記録できるか
予算工数比較
プロジェクト予算工数と実績工数を比較できるか
チャット打刻
SlackやLINEなどチャット上で出退勤を入力すると反映される機能

ほぼ全製品が対応

残業申請を日常運用に乗せるうえで、多くの勤怠管理システムが備えている基本機能です。ここは製品間の大差より、承認者の使いやすさや帳票出力の運用しやすさを確認するとよいです。
KING OF TIME 勤怠管理
Touch On Time
楽楽勤怠
マネーフォワード クラウド勤怠
ジョブカン勤怠管理
ジンジャー勤怠
COMPANY 勤怠管理システム
TimePro-VG
リシテア/就業管理
柔軟運用設定
勤務ルール・休暇制度・計算方式などを柔軟に設定できる機能
スマホ承認
モバイルで承認作業を完結できる機能
労基法帳票出力
労基法関連の提出帳票を出力できるか
CSV/PDF出力
勤怠データやレポートをファイル出力する機能

優先度が低い

一部の業種では役立つものの、残業申請対応を目的に勤怠管理システムを選ぶ多くの企業では優先度が下がります。医療・介護など該当部門がない場合は、比較対象から外しても支障は小さいです。
KING OF TIME 勤怠管理
Touch On Time
楽楽勤怠
マネーフォワード クラウド勤怠
ジョブカン勤怠管理
ジンジャー勤怠
COMPANY 勤怠管理システム
TimePro-VG
リシテア/就業管理
介護加算勤務チェック
介護加算要件に基づく勤務割当を自動チェックできるか

残業申請の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

残業申請対応の勤怠管理システムを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
残業申請対応の勤怠管理システムを比較・選定する前に知っておきたいのが、「申請手続きによる業務負荷の増加」と「承認者の負担とボトルネック化」の点です。申請手続きによる業務負荷の増加については、残業申請システムの導入により、従業員は残業を行う度に申請手続きを行う必要があり、従来よりも作業工数が増加することがあります。また承認者の負担とボトルネック化については、残業申請が増加することで、承認者の業務負荷が大幅に増大し、承認処理が業務のボトルネックとなることがあります。このほか「システムの技術的制約と運用コスト」「法令対応と労使関係への影響」「業務文化と現場実態との齟齬」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

オフィス環境・総務・施設管理
開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携