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個人事業主向け勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/5/13
個人事業主の勤怠管理システムは、単なる打刻ツールにとどまらず、給与計算ソフトとのAPI連携やスマホGPS打刻など、少人数のバックオフィスを丸ごと効率化できるサービスへと進化しています。一方で、勤怠記録だけに特化した製品から会計・労務まで一体化した製品、無料プランで十分まかなえるライトな製品まで、製品ごとの守備範囲には大きな開きがあります。FitGapでは、この違いを「勤怠管理の周辺業務をどこまでカバーしたいか」と「スタッフ規模・コスト感」の2軸で3タイプに整理しました。本ガイドでは、タイプ別のおすすめ製品紹介から要件定義・選定ステップまでを一気通貫で解説します。
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レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
勤怠管理だけを手軽に始められるシンプル特化タイプ 🕐
KING OF TIME 勤怠管理
/ ジョブカン勤怠管理
/ HRMOS勤怠
給与計算・労務管理とまとめて効率化できるバックオフィス一体タイプ 💼
マネーフォワード クラウド勤怠
/ freee勤怠管理Plus
/ SmartHR 労務管理
少人数・低コストで始められるライト運用タイプ 💰
CLOUZA
/ レコル
/ kincone
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
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タイプ別おすすめ製品 9

経費精算システムのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名 / ロゴタイプ料金企業規模評価ポイント
KING OF TIME 勤怠管理
勤怠管理だけを手軽に始められるシンプル特化タイプ 🕐
300円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

多様な打刻から給与連携まで対応範囲が広い。シェアもトップ級。

ジョブカン勤怠管理
勤怠管理だけを手軽に始められるシンプル特化タイプ 🕐
0円~ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

出勤・シフト・休暇・工数を選んで導入可能。現場勤務の管理に強い。

HRMOS勤怠
勤怠管理だけを手軽に始められるシンプル特化タイプ 🕐
0円~月/人
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

30名以下なら無料で始められる。LINE・Slack打刻で現場でも使いやすい。

マネーフォワード クラウド勤怠
給与計算・労務管理とまとめて効率化できるバックオフィス一体タイプ 💼
2,980円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

勤怠データを会計・給与へ連携できる。中小企業シェアもトップ。

freee勤怠管理Plus
給与計算・労務管理とまとめて効率化できるバックオフィス一体タイプ 💼
300円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

最小1名から低コストで始められる。勤怠から給与処理までfreeeで連携。

SmartHR 労務管理
給与計算・労務管理とまとめて効率化できるバックオフィス一体タイプ 💼
0円~
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

従業員入力で労務手続きを電子化。使いやすくサポートも手厚い。

CLOUZA
少人数・低コストで始められるライト運用タイプ 💰
200円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

打刻と勤務集計に絞り、1名から低コストで利用可能。初導入でも立ち上げやすい。

レコル
少人数・低コストで始められるライト運用タイプ 💰
100円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

低価格ながら休暇・勤務ルールを広く管理。サポートも手厚く始めやすい。

kincone
少人数・低コストで始められるライト運用タイプ 💰
200円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

交通系ICカードで勤怠と交通費を同時記録。移動の多い小規模チームに強い。

タイプ別お勧め製品

勤怠管理だけを手軽に始められるシンプル特化タイプ 🕐

このタイプが合う企業:

スタッフ数名の勤怠記録をまず正確に残したい個人事業主や、給与計算ソフトは別途選定したい方

どんなタイプか:

出退勤の記録と勤怠集計に絞り、打刻方法・シフト管理・残業アラートを扱うタイプです。給与計算や経費精算は別ツールに分ける点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

📱多様な打刻方法
PC・スマホ・ICカードなどから打刻でき、勤務場所に応じた出退勤記録を残せます。
🔔残業・有休の自動アラート
残業上限や有休取得状況を自動通知し、日々の勤怠管理の見落としを減らします。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
KING OF TIME 勤怠管理は、勤怠だけを始める製品の中では打刻方法と管理機能の幅が広いクラウド型です。指紋・ICカード・スマホなどを使い分けられ、ジオフェンスによる場所制限、オフライン打刻、打刻端末連携、PCログオン・ログオフ打刻にも対応するため、店舗やサロンなど勤務場所やスタッフごとの打刻手段がばらつく個人事業主に向きます。FitGapではこのページのおすすめ内で要件対応が最上位、全体平均シェアも1位で、サポート評価も高い製品です。一方、料金評価は同タイプ内で低く、1〜2名だけの勤怠記録なら機能を持て余しやすいです。セルフィー打刻は追加オプション、クラウド利用が前提のため、最小費用や自社サーバー運用を重視する場合は他製品も比較してください。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
ジョブカン勤怠管理は、出勤管理・シフト管理・休暇管理・工数管理を必要な範囲で組み合わせられる、勤怠特化のクラウド型です。最初は打刻と申請承認だけなど小さく始め、スタッフ増加やシフト運用に合わせて機能を足したい個人事業主に向きます。FitGapではこのページのおすすめ内で要件対応が上位で、建設・不動産や生活関連サービス・娯楽のシェアも同タイプ内で上位です。スマホ打刻やスマホ承認、シフトパターン登録を使う店舗・現場系の運用では候補になります。一方、最低利用料があるため数名規模では月額総額を確認したい製品です。タスク別打刻、シフト希望提出、セルフィー打刻は追加オプションで、PCログオン・ログオフ打刻は非対応です。デスクワーク中心の自動打刻や給与・人事まで一体管理したい場合は別候補も見てください。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
HRMOS勤怠は、無料プランから勤怠管理だけを始めやすいクラウド型の勤怠管理システムです。従業員30名以下なら初期費用・月額費用をかけずに使えるため、スタッフ数名の個人事業主が紙や表計算から移行する最初の候補になります。FitGapでは料金評価がカテゴリ94製品中1位、操作性も5位で、LINE・Slack、PC/Web、オフライン打刻に対応しているため、店舗・現場・在宅が混在しても日々の打刻を集めやすい点が強みです。タスク別打刻も使えるので、撮影・施術など案件ごとの作業時間を分けたい事業にも合います。一方、無料利用は30名までで、電話や訪問支援はプラン次第です。自動シフト生成、タイムゾーン対応はなく、時間単位有休や短時間労働契約管理は追加対応のため、複雑なシフト運用や海外拠点、人事管理まで一体化したい事業者は他製品も比較すべきです。
価格
0円~
月/人
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

給与計算・労務管理とまとめて効率化できるバックオフィス一体タイプ 💼

このタイプが合う企業:

勤怠記録から給与計算・社会保険手続きまでを一元管理したい個人事業主や、すでにfreeeやマネーフォワードの会計ソフトを利用中の方

どんなタイプか:

勤怠データを給与計算や労務手続きへ連携し、月次の締め作業まで一体で処理するタイプです。会計・給与系サービスとの接続を重視します。

このタイプで重視すべき機能:

🔗給与計算ソフトとのAPI自動連携
打刻・残業の集計結果を給与計算ソフトへ渡し、CSV作業や転記ミスを減らします。
📋労務手続きの一括管理
入退社、社会保険、有休、年末調整などの手続きを同じ画面で管理し、書類対応を減らせます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
マネーフォワード クラウド勤怠は、会計・給与と同じマネーフォワード クラウド上で勤怠を扱える、バックオフィス統合志向の勤怠管理システムです。確定した勤怠データをクラウド給与へ1クリックで連携できるため、経理・給与・勤怠を少人数で回す個人事業主や小規模法人に向きます。FitGapでは中小企業シェアがカテゴリ95製品中1位で、操作性と導入しやすさもこのページ内で上位です。時間単位有休、フレックスタイム制、変形労働時間制、労基法帳票出力に対応し、法令対応を含む標準的な勤怠管理を進めやすい点も強みです。一方、ジオフェンス打刻制限、オフライン打刻、セルフィー打刻は非対応で、他社システムとはCSV連携が中心です。現場スタッフの打刻管理や既存基幹システムとのリアルタイム連携を重視する場合は、別製品も比較して下さい。
価格
2,980円
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
freee勤怠管理Plus
おすすめの理由
freee勤怠管理Plusは、低コストで始めやすい勤怠管理をfreee人事労務・会計とつなげ、給与計算や経理処理まで流しやすいクラウド製品です。基本料金0円、1人あたり月300円の料金で最小1名から使えるため、個人事業主がアルバイトを雇い始める段階でも導入しやすいです。FitGapでは操作性がカテゴリ94製品中5位、料金評価も8位で、紙の出勤簿から移行する少人数運用に合います。時間単位有休、代休振替、フレックス、変形労働、オフライン打刻まで対応しており、同タイプの中では勤怠ルールの広がりに強い選択肢です。一方、自動シフト生成は追加オプションで、ジオフェンス打刻制限とセルフィー打刻は非対応です。freee以外の給与ソフトを中心に使う場合や、人材管理・詳細な人件費分析まで1製品で見たい場合は合いにくいです。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
SmartHR 労務管理
おすすめの理由
SmartHR 労務管理は、勤怠そのものよりも入退社手続き、年末調整、雇用契約、従業員情報管理をオンライン化する労務基盤として選ぶ製品です。従業員本人がスマホやPCから情報を入力でき、事業主が紙書類を回収・転記する負担を減らしたい小規模事業に向きます。FitGapでは操作性とサポート評価がカテゴリ94製品中1位で、セキュリティ評価も高く、マイナンバーなど従業員情報を扱う運用でも選びやすいです。外部の勤怠管理システムや給与ソフトと連携し、労務手続きと人事データ活用へ広げやすい点は他2製品と異なります。一方、単体では給与計算エンジンを持たず、勤怠ダッシュボードやCSV/PDF出力は追加オプションです。時間単位有休、ジオフェンス打刻、オフライン打刻、セルフィー打刻も非対応のため、勤怠集計と給与処理を1製品で完結したい場合は比較が必要です。
価格
0円~
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

少人数・低コストで始められるライト運用タイプ 💰

このタイプが合う企業:

スタッフ1〜5名程度の小規模事業で、とにかく低コスト・最小限の機能から始めたい個人事業主

どんなタイプか:

最低限の打刻記録と勤務時間集計を低コストで扱うタイプです。無料・低額プランや簡単な画面を中心に、機能を必要最小限へ絞る点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

🆓無料または月額200円以下の低価格
無料・低額プランで人数分だけ使いやすく、スタッフ変動時の固定費を抑えられます。
設定不要ですぐ使えるシンプルUI
登録後すぐ打刻を始められ、複雑な初期設定や操作説明の負担を減らします。

おすすめ製品3選

おすすめの理由
CLOUZAは、打刻と勤務時間集計に絞ったシンプルなクラウド勤怠管理システムです。初期費用・基本料金なし、月額200円/人から使えるため、出勤日や人数が月ごとに変わる個人事業主、飲食店、小規模サロンが固定費を抑えて始める用途に向きます。PC・スマートフォン・タブレットからWeb打刻でき、FitGapでは導入しやすさがライト運用タイプ3製品中1位タイで、初めて勤怠管理をクラウド化する現場でも立ち上げやすい製品です。勤怠データはCSVで出力できるので、給与計算ソフトへ手動で受け渡す運用なら組みやすいです。一方、給与計算や人事情報管理はなく、リアルタイム連携を前提にする運用には向きません。フレックスタイム制・変形労働時間制・代休振替休日の自動付与は非対応で、有休残管理やスマホ承認は追加オプションのため、複雑なシフトや労務管理まで広げたい事業者は他製品も比較した方がよいです。
価格
200円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
レコルは、低価格ながら休暇・勤務ルールの管理を広く押さえたライト運用向け勤怠管理システムです。有休残管理、時間単位有休、36協定アラート、フレックスタイム制、変形労働時間制、代休・振替休日まで扱えるため、数名のスタッフを抱える個人事業主が、紙や表計算から移行して勤怠計算の抜けを減らしたい場合に向きます。FitGapでは料金・サポート・導入しやすさの評価がカテゴリ内1位で、初めての導入でも始めやすい点も強みです。一方、少人数でも月額3,000円の最低利用料金があり、1人利用では表示単価ほど安くなりません。シフト希望提出、ジオフェンス打刻制限、セルフィー打刻は非対応のため、交通費まで一体化したい場合はkincone、外出先の位置確認を厳密にしたい場合は別タイプも比較した方がよいです。
価格
100円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
kinconeは、勤怠打刻と交通費精算を同じ流れで処理できる、移動の多い小規模チーム向けのライトな勤怠管理システムです。交通系ICカードをタッチすると出退勤と乗車履歴をまとめて記録でき、Slack、Chatwork、LINE WORKSからの打刻、PC/Web打刻、スマホ承認にも対応するため、外回りやリモート勤務のスタッフを抱える個人事業主に向きます。FitGapでは料金評価と導入しやすさ評価がカテゴリ内1位で、初期費用不要・契約期間の縛りなしという料金設計もあり、低コストで始めやすい点も魅力です。一方、正式利用は5名からで、1〜4名の事業には合いません。シフトパターン登録、変形労働時間制、代休・振替休日自動付与、労基法帳票出力には対応しないため、勤務ルールを細かく管理したい場合はレコルなど、勤怠機能の幅が広い製品を優先して比較するのが現実的です。
価格
200円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

比較すべき機能の優先度マップ

どこから比較すべきか

製品には数多くの機能がありますが、選定の決め手になるのは一部の機能だけです。そこで各機能を「多くの企業で必要か」と「製品ごとに対応が分かれるか」の2つの軸で4つに分け、比較する順番が分かるように並べました。下の表では、このページに登場した製品が各機能にどう対応しているかを、上から順に確認できます。
標準対応
オプション/条件付き
非対応

選定の決め手

個人事業主が少人数スタッフを管理する際に、休暇処理、勤務条件、外出先の打刻、作業別集計、シフト希望の扱いで製品差が出る項目です。
KING OF TIME 勤怠管理
ジョブカン勤怠管理
HRMOS勤怠
マネーフォワード クラウド勤怠
freee勤怠管理Plus
SmartHR 労務管理
CLOUZA
レコル
kincone
代休・振替休日自動付与
残業・休日労働に基づき代休/振替休日を自動付与できるか
短時間労働契約管理
契約上の勤務条件(例:週20h未満)を自動チェックできるか
オフライン打刻
圏外時に端末内保持し復帰後に打刻同期できるか
タスク別打刻
タスク単位で打刻・稼働を記録できるか
シフト希望提出
従業員が希望休・希望シフトを提出できる機能

一部の企業で必須

店舗、現場、直行直帰、本人確認、海外勤務などの運用がある個人事業主では重要になりますが、該当しなければ優先度を下げられます。
KING OF TIME 勤怠管理
ジョブカン勤怠管理
HRMOS勤怠
マネーフォワード クラウド勤怠
freee勤怠管理Plus
SmartHR 労務管理
CLOUZA
レコル
kincone
自動シフト生成
希望休・必要人員等を考慮してシフトを自動生成できるか
ジオフェンス打刻制限
指定地点・範囲外の打刻を制限できるか
セルフィー打刻
打刻時に顔写真を撮影し本人確認できるか
タイムゾーン対応
海外勤務者の時差を考慮し現地時間で打刻を処理する機能

ほぼ全製品が対応

個人事業主向けの勤怠管理では多くの製品が備える基本機能です。まず対応有無を確認し、差がある場合だけ運用条件を見比べます。
KING OF TIME 勤怠管理
ジョブカン勤怠管理
HRMOS勤怠
マネーフォワード クラウド勤怠
freee勤怠管理Plus
SmartHR 労務管理
CLOUZA
レコル
kincone
PC/Web打刻
PCやブラウザから打刻し、勤怠システムに反映する機能
シフト管理ソフト連携
他社シフト管理ツールやExcelとのデータ連携が可能な機能
CSV/PDF出力
勤怠データやレポートをファイル出力する機能
管理者権限ロール
権限ロール設定により操作範囲を制御できる機能

優先度が低い

プロジェクト予算や医療夜勤のような専門的な管理項目です。一般的な個人事業主の勤怠記録では、必要な場合だけ比較対象に含めます。
KING OF TIME 勤怠管理
ジョブカン勤怠管理
HRMOS勤怠
マネーフォワード クラウド勤怠
freee勤怠管理Plus
SmartHR 労務管理
CLOUZA
レコル
kincone
予算工数比較
プロジェクト予算工数と実績工数を比較できるか
看護師夜勤回数管理
看護師の夜勤回数・休息日数制約を自動チェックできるか

個人事業主の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

個人事業主向け勤怠管理システムは、それ以外の勤怠管理システムと何が違いますか?
最大の違いは個人事業主向けの勤怠管理システムと他の企業規模向け製品では、機能の充実度や価格設定に大きな違いがあります。大企業向けの勤怠管理システムは、数百人から数千人規模の従業員管理に対応しており、複雑な勤務体系や多様な雇用形態に対応できる高度な機能を備えています。部門別の管理や承認フローの多段階設定、他の基幹システムとの連携機能なども充実していますが、導入費用や月額費用が高額になる傾向があります。中堅企業向けの勤怠管理システムは、数十人から数百人規模の管理に適しており、ある程度の柔軟性を持ちながらも費用を抑えた設計になっています。中小企業向けの製品は、さらにシンプルな機能構成で、10人から50人程度の管理に焦点を当てています。一方、個人事業主向けの勤怠管理システムは、数人から10人程度の少人数管理に特化しており、必要最小限の機能に絞られています。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

オフィス環境・総務・施設管理
開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携