変形労働制対応の勤怠管理システムおすすめ9選｜タイプ別の選び方ガイド

更新：2026/5/13

変形労働制の勤怠管理システムは、単なる打刻ツールではありません。日・週・変形期間の3段階で残業を自動判定し、途中入退社者の按分計算まで処理する「変形労働制の計算エンジン」としての役割が求められます。しかし、対応範囲は製品ごとに大きく異なり、1ヶ月単位のみ対応の製品から年間カレンダー管理や部署別の変形期間設定まで網羅する製品まで多種多様です。FitGapでは、企業規模・変形労働制の種類・バックオフィス統合ニーズの3軸で製品を3タイプに分類し、要件定義から最終選定までを独自の視点でガイドします。

レビュー担当 加藤杏奈

業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。

FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

経費精算システムのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名 / ロゴ	タイプ	料金	企業規模	評価ポイント
KING OF TIME 勤怠管理	中小企業向け・低コスト導入タイプ 💰	300円ユーザー/月	中小中堅大企業	変形労働制とシフト、人事・給与まで月300円で統合。シェアもトップ。
ジョブカン勤怠管理	中小企業向け・低コスト導入タイプ 💰	0円~ユーザー/月	中小中堅大企業	出勤・シフト・休暇・工数を必要分だけ選択可能。現場の勤怠を小さく始められる。
Touch On Time	中小企業向け・低コスト導入タイプ 💰	300円ユーザー/月	中小中堅大企業	月300円でシフト・工数管理まで追加料金なし。製造や小売での利用も多い。
マネーフォワードクラウド勤怠	バックオフィス一体管理タイプ 🔗	2,980円月	中小中堅大企業	勤怠データを給与・会計へつなげやすい。中小企業シェアがトップ。
SmartHR 労務管理	バックオフィス一体管理タイプ 🔗	0円~	中小中堅大企業	入退社・年末調整・従業員情報を一元管理。使いやすくサポートも手厚い。
ジンジャー勤怠	バックオフィス一体管理タイプ 🔗	要問合せ	中小中堅大企業	現場打刻や派遣管理まで勤怠機能が幅広く、人事・給与・経費とも同基盤で使える。
COMPANY 勤怠管理システム	大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢	要問合せ	中小中堅大企業	複雑な就業規則から工数・加算勤務まで統合管理。大企業シェアがトップ。
TimePro-VG	大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢	要問合せ	中小中堅大企業	クラウドとオンプレを選択可能。周辺システム連携に強く中堅・大企業向き。
リシテア/就業管理	大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢	要問合せ	中小中堅大企業	細かなパラメータで大組織の就業ルールを管理。海外拠点や病院勤務にも対応。

タイプ別お勧め製品

中小企業向け・低コスト導入タイプ 💰

このタイプが合う企業：

従業員数が数十〜数百名程度の中小企業で、コストを抑えつつ変形労働時間制の勤怠管理を正確に行いたい企業の人事・労務担当者の方

どんなタイプか：

月額を抑えて導入できるクラウド勤怠管理タイプです。1ヶ月・1年単位の変形労働時間制、残業集計、打刻管理を標準機能中心で扱える点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能：

⏱️変形労働時間制の残業自動計算

変形期間ごとの所定労働時間をもとに、法定内外の残業を自動判定・集計します。

📱多彩な打刻方法

PC、スマホ、ICカード、生体認証などで打刻し、勤務場所に合わせて記録できます。