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変形労働制対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
変形労働制の勤怠管理システムは、単なる打刻ツールではありません。日・週・変形期間の3段階で残業を自動判定し、途中入退社者の按分計算まで処理する「変形労働制の計算エンジン」としての役割が求められます。しかし、対応範囲は製品ごとに大きく異なり、1ヶ月単位のみ対応の製品から年間カレンダー管理や部署別の変形期間設定まで網羅する製品まで多種多様です。FitGapでは、企業規模・変形労働制の種類・バックオフィス統合ニーズの3軸で製品を3タイプに分類し、要件定義から最終選定までを独自の視点でガイドします。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業向け・低コスト導入タイプ 💰
KING OF TIME 勤怠管理
/ ジョブカン勤怠管理
/ Touch On Time
バックオフィス一体管理タイプ 🔗
マネーフォワード クラウド勤怠
/ SmartHR 労務管理
/ ジンジャー勤怠
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ リシテア/就業管理
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

中小企業向け・低コスト導入タイプ 💰

このタイプが合う企業:

従業員数が数十〜数百名程度の中小企業で、コストを抑えつつ変形労働時間制の勤怠管理を正確に行いたい企業の人事・労務担当者の方

どんなタイプか:

従業員数が数十〜数百名規模の中小企業に最適な勤怠管理システムです。月額300〜400円/人程度のリーズナブルな料金で、1ヶ月単位・1年単位の変形労働時間制に標準対応しています。初期費用が無料または低額で、導入ハードルが低いのが大きな魅力です。FitGapでは、変形労働制をこれから導入する企業や、Excelでの管理から脱却したい企業にまずおすすめしたいタイプと考えています。

このタイプで重視すべき機能:

⏱️変形労働時間制の残業自動計算
日・週・月・年単位それぞれの所定労働時間に基づいて、法定内残業と法定外残業を自動で判定・集計します。変形労働制特有の複雑な残業計算を手作業で行う必要がなくなります。
📱多彩な打刻方法
PC・スマホ・ICカード・生体認証など、さまざまな方法で出退勤を記録できます。店舗や現場など働く場所を問わず、正確な勤怠データを取得できます。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
月額300円/人で全機能が使える圧倒的なコストパフォーマンスが強みです。月単位・年単位・週単位すべての変形労働時間制パターンに対応しており、変形労働制セグメントでシェアトップの実績があります。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
累計導入社数が非常に多く、出勤管理・シフト管理・休暇管理・工数管理を必要な機能だけ組み合わせて利用できる柔軟さが特長です。変形労働制やフレックスなど多様な勤務形態にも対応しています。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
独自開発のタイムレコーダーによる正確な打刻と、専属サポート担当による手厚い支援が魅力です。シフト制や変形労働時間制など複雑な勤務形態にも標準機能で対応できます。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

バックオフィス一体管理タイプ 🔗

このタイプが合う企業:

勤怠データの給与計算や労務管理への転記に手間を感じている企業や、バックオフィス業務全体をまとめて効率化したい企業の管理部門担当者の方

どんなタイプか:

勤怠管理だけでなく、給与計算・労務管理・経費精算などのバックオフィス業務をひとつのプラットフォームで一括管理できるタイプです。変形労働制で計算した残業時間をそのまま給与計算へ自動連携できるため、データの二重入力や転記ミスを防げます。FitGapとしては、勤怠と給与をバラバラに管理している企業が統合を検討する際に、特に効果を実感しやすいタイプだと感じています。

このタイプで重視すべき機能:

💴給与計算との自動連携
変形労働制の残業時間や深夜割増・休日割増を自動集計した結果が、そのまま給与計算モジュールに反映されます。転記作業や計算ミスのリスクを大幅に削減できます。
📋労務手続きの一元化
入退社手続き・社会保険・年末調整などの労務管理と勤怠管理を同一システム上で運用できます。従業員マスタを一か所で管理するため、情報の不整合が起きにくくなります。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
マネーフォワード クラウド給与・労務・経費など同シリーズとシームレスに連携でき、勤怠データをワンクリックで給与計算に反映できます。変形労働時間制にも標準対応しています。
価格
2,980円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
SmartHR 労務管理
おすすめの理由
労務管理領域で高いシェアを持ち、入退社手続きや年末調整をペーパーレス化できます。勤怠管理機能と組み合わせることで、労務と勤怠の一元管理が実現します。
価格
0円~
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジンジャー勤怠
おすすめの理由
ジンジャーシリーズとして給与計算・労務・人事評価など人事業務全般をカバーしています。変形労働時間制では日・週・月の残業時間を自動集計し、従業員一覧で確認できます。
価格
要問合せ
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員数1,000名以上の大企業や、複数拠点・グループ会社で異なる勤務形態を一元管理したい企業の人事部門・情報システム部門の方

どんなタイプか:

従業員数が1,000名を超えるような大企業や、部署ごとに異なる変形労働制を併用する企業に適したタイプです。グループ会社横断での勤怠管理や、1年単位の変形労働制における年間カレンダー作成、途中入退社者の法定労働時間按分など、高度な要件にも標準機能またはカスタマイズで対応します。FitGapでは、中小向けシステムでは設定しきれない複雑な就業規則をお持ちの企業には、このタイプが不可欠だと考えています。

このタイプで重視すべき機能:

🔀複数勤務形態の同時運用
変形労働制・フレックス・裁量労働制・シフト制など、部署やグループ会社ごとに異なる勤務形態を1つのシステム上で同時に管理できます。制度変更時も柔軟に設定を追加・変更できます。
🚨高度な残業アラートとコンプライアンス管理
36協定の上限に近づいた従業員への自動アラートや、管理者ダッシュボードでの法令違反リスクの可視化など、大規模組織に必要なコンプライアンス機能を備えています。

おすすめ製品3選

COMPANY 勤怠管理システム
おすすめの理由
約1,200の大手法人グループに導入実績があり、1年・1ヶ月・1週間単位の変形労働制はもちろん、裁量労働制やフレックスなど多様な制度を網羅的に管理できます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
中堅〜大手企業向けに設計された勤怠管理パッケージで、変形労働制やフレックスなど複雑な勤務形態の対応実績が豊富です。オンプレミス・クラウド両対応で柔軟に導入できます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
リシテア/就業管理
おすすめの理由
大手企業での導入実績が多く、複雑な就業規則や多様な勤務形態への対応力が強みです。勤務計画から実績管理・分析までを一貫して行えます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

⏱️変形労働時間制の残業自動計算
日・週・変形期間の3段階で時間外労働を自動判定し、割増賃金の計算ミスを防ぐ機能です。変形労働制では通常の「1日8時間超=残業」というシンプルな計算が通用しないため、この自動計算の精度が製品選定の最重要ポイントになります。FitGapでは、1ヶ月単位・1年単位それぞれの残業ロジックに正しく対応しているかを必ず確認することをおすすめしています。
📅年間カレンダー・シフト表作成
1年単位の変形労働時間制を採用する場合に必須となる、年間の労働日・所定労働時間を事前設定できる機能です。法律上、対象期間すべての労働日ごとの労働時間をあらかじめ特定する必要があるため、カレンダーやシフト表をシステム上で作成・管理できるかどうかが運用の要になります。
🔄変形期間の途中入退社への対応
対象期間の途中で入社・退社した従業員について、法定労働時間の総枠を按分計算し、残業時間を正しく精算できる機能です。手計算では非常にミスが起こりやすい領域なので、FitGapではこの按分計算を自動処理できるかどうかを必ず確認するようおすすめしています。
👥複数の勤務形態の併用管理
変形労働時間制の従業員と、通常勤務やフレックスタイム制の従業員を同一システム内で一元管理できる機能です。部署ごとに異なる労働時間制度を採用する企業は多いため、従業員単位で勤務形態を切り替えられる柔軟性があるかが重要な判断基準になります。
🔔残業アラート・超過通知
残業時間が上限に近づいた従業員に対し、段階的にアラート通知を送る機能です。変形労働制では日常的に所定労働時間が変動するため、管理者が感覚で超過を把握することが難しくなります。システムが自動でモニタリングし、本人と上長の双方に通知を飛ばせるかがポイントです。
📋36協定の上限管理
36協定で定めた時間外労働の上限を超えないよう、リアルタイムで残業時間を監視する機能です。変形労働制では残業の判定自体が複雑なため、36協定の上限チェックも連動して正しく機能するかを確認する必要があります。

一部の企業で必須

📆1年単位の変形労働時間制への対応
1ヶ月単位には対応していても、1年単位に対応していない製品は意外と存在します。季節ごとに繁閑差がある業種(観光業・農業・建設業など)では、1年単位への対応は必須条件になりますので、導入前に必ず確認してください。
🏢部署別・拠点別の変形期間設定
部署や拠点ごとに繁忙期が異なる企業では、変形期間や所定労働時間を部署単位で個別に設定できる機能が必要です。全社一律の設定しかできない製品を選ぶと、現場の実態に合わない運用を強いられることになります。
💰給与計算ソフトとの連携
変形労働制の複雑な残業計算結果を、そのまま給与計算ソフトに自動連携できる機能です。手入力での転記はミスの温床になるため、FitGapでは自社で利用中の給与ソフトとのデータ連携可否を事前に確認することを強くおすすめしています。
🌙勤務間インターバル管理
前日の終業から翌日の始業までに一定時間(通常11時間)の休息を確保しているかをチェックする機能です。変形労働制では勤務時間が日によって異なるため、長時間労働が続くリスクが高く、インターバル管理の重要性が増します。
ワークフロー(残業・休暇申請)
残業申請や休暇申請をシステム上で承認・管理する機能です。変形労働制では所定労働時間が日ごとに変わるため、紙やメールベースの申請では上長が正しく判断しにくく、システム上で所定時間と照合しながら処理できると運用が安定します。

ほぼ全製品が対応

📱多様な打刻方法(PC・スマホ・ICカード)
PC、スマートフォン、ICカード、生体認証など複数の打刻手段に対応する機能です。現在はほぼすべての勤怠管理システムが複数の打刻方法を提供しているため、製品間の差はあまりありません。
📊リアルタイム勤怠集計
打刻データをもとに労働時間をリアルタイムで自動集計する機能です。手入力やExcel管理と比較したときの最大の利点ですが、今やほぼ全製品が標準搭載しています。
🏖️有給休暇の自動付与・管理
入社日や勤続年数に応じた有給休暇の自動付与と残日数管理、年5日の取得義務チェックなどを行う機能です。法改正対応も含め、主要な勤怠管理システムであれば標準的に備わっています。
⚖️法改正への自動アップデート
労働基準法などの法改正があった際に、システム側が自動でアップデートして対応する機能です。クラウド型の勤怠管理システムであれば原則として標準対応しています。

優先度が低い

📐プロジェクト別の工数管理
勤務時間をプロジェクトやタスク単位に按分して記録する機能です。変形労働制の運用自体には直接関係しないため、工数管理が不要な企業では優先度を下げて問題ありません。
🤖AI による勤務シフト自動生成
AIが人員配置やスキル・希望を考慮して最適なシフトを自動作成する機能です。大規模なシフト運用がある現場では便利ですが、変形労働制の正確な管理という観点では必須ではなく、まずは残業計算の精度を優先すべきです。

変形労働制対応の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

変形労働制対応の勤怠管理システムを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
変形労働制対応の勤怠管理システムを選ぶ際に見落とされがちなのが、「複雑な法令要件への対応」と「従業員への説明と理解促進」への対応です。複雑な法令要件への対応の面では、変形労働制には厳格な法的要件があり、システム導入前に十分な理解が必要です。従業員への説明と理解促進についても、変形労働制は従来の勤務制度と大きく異なるため、従業員への十分な説明と理解促進が大切です。このほか「既存システムとの連携課題」「運用管理者の育成」「導入コストと運用負荷」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

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