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時差出勤対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
時差出勤の勤怠管理システムは、早番・遅番など複数の出退勤パターンを正しく記録・集計し、遅刻判定や残業計算まで自動化するためのツールです。近年はテレワークとの併用やフレックスとの掛け合わせが増え、製品ごとの対応力の差が広がっています。FitGapでは、製品を「勤怠管理特化」「バックオフィス一体」「大企業・複雑制度対応」の3タイプに分類し、それぞれの代表製品を紹介します。さらに、要件の優先度整理から製品選定の具体的な手順まで、自社に合った一台を迷わず選ぶためのガイドをお届けします。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
勤怠管理特化タイプ 🕐
KING OF TIME 勤怠管理
/ ジョブカン勤怠管理
/ Touch On Time
バックオフィス一体タイプ 🔗
マネーフォワード クラウド勤怠
/ ジンジャー勤怠
/ 楽楽勤怠
大企業・複雑制度対応タイプ 🏢
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ リシテア/就業管理
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
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タイプ別お勧め製品

勤怠管理特化タイプ 🕐

このタイプが合う企業:

既存の給与計算ソフトを活かしつつ、時差出勤を含む多様な勤務パターンの打刻・集計を正確に効率化したい中小〜中堅企業の人事労務担当者

どんなタイプか:

時差出勤の管理に必要な勤務パターン登録やスケジュール設定を、専用システムならではの豊富な標準機能でカバーするタイプです。勤怠管理だけに集中して設計されているため、複数の出勤時刻パターンの登録・切り替えがスムーズに行えます。FitGapとしては、まず初めに検討していただきたい王道の選択肢です。給与計算や労務管理は外部ツールとCSV・API連携で対応するスタイルなので、既存の給与ソフトを変えずに時差出勤の管理だけを強化したい企業に向いています。

このタイプで重視すべき機能:

📋複数スケジュールパターン登録
早番・遅番・通常など複数の出退勤時刻パターンをあらかじめ登録し、従業員ごと・日ごとに割り当てることで、時差出勤の労働時間を自動で正確に集計できます。
📱豊富な打刻方式への対応
PC・スマホ・ICカード・生体認証など多彩な打刻手段に対応しており、オフィス勤務でもテレワーク中の時差出勤でも、場所を選ばず正確な打刻が可能です。

おすすめ製品3選

クラウド勤怠管理でシェアNo.1の実績があり、時差出勤を含む多彩な勤務パターンをカスタマイズなしで設定できます。10種類以上の打刻方式や幅広い給与ソフト連携も強みです。
シリーズ累計の導入社数が非常に多く、必要な機能だけをオプションで追加できるため、時差出勤管理を低コストで始められます。シフト管理や休暇申請との組み合わせも柔軟です。
指紋認証・ICカード・パスワードに対応したオリジナルのタイムレコーダーが特徴で、不正打刻を防ぎながら時差出勤の正確な記録を実現します。月額1人300円のシンプルな料金体系も魅力です。
KING OF TIME 勤怠管理
ジョブカン勤怠管理
Touch On Time
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
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シェア
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
メリットと注意点
メリットと注意点
仕様・機能
仕様・機能
仕様・機能

バックオフィス一体タイプ 🔗

このタイプが合う企業:

勤怠管理と合わせて給与計算や労務手続きもクラウド化し、時差出勤による複雑な集計をバックオフィス全体で一気通貫に処理したい企業

どんなタイプか:

勤怠管理だけでなく、給与計算・経費精算・労務手続きなどのバックオフィス業務をひとつのサービス群でまとめて運用できるタイプです。時差出勤で発生する労働時間の変動が、そのまま給与計算や各種届出に自動で反映されるため、転記ミスや二重入力の手間を大幅に減らせます。FitGapでは、勤怠以外の管理業務も同時にクラウド化したい企業にとって最も効率的な選択肢だと考えています。バックオフィス全体をこれから整備するフェーズの企業に特におすすめです。

このタイプで重視すべき機能:

💰給与計算との自動連携
時差出勤による所定内・所定外労働時間の集計結果がそのまま給与計算に自動反映されるため、手動でのデータ転記が不要になり、計算ミスのリスクを大幅に減らせます。
📝ワークフロー申請の統合管理
時差出勤の申請・承認を勤怠だけでなく経費精算や休暇申請と同じプラットフォーム上で一元管理でき、管理者・従業員双方の操作負担を軽減します。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウドシリーズの給与・社会保険・経費精算と自動連携し、時差出勤の勤務データを一気通貫で処理できます。UIの分かりやすさにも定評があります。
人事労務・給与・経費などジンジャーシリーズと統合されており、時差出勤やテレワークなど多様な勤務形態をワンプラットフォームで管理できます。導入企業数18,000社超の実績も安心材料です。
楽楽シリーズとの連携でバックオフィス業務を広くカバーしつつ、シンプルなUIで現場の定着率が高い製品です。時差出勤のスケジュール設定もわかりやすく設計されています。
マネーフォワード クラウド勤怠
ジンジャー勤怠
楽楽勤怠
価格
2,980円
無料トライアルあり
価格
要問合せ
無料トライアルあり
価格
30,000円
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
メリットと注意点
メリットと注意点
仕様・機能
仕様・機能
仕様・機能

大企業・複雑制度対応タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

複数拠点・複数雇用形態で異なる時差出勤ルールを運用しており、変形労働時間制やフレックスとの併用など高度な就業管理が求められる大企業の人事部門

どんなタイプか:

数千人〜数万人規模の従業員を抱え、部署や拠点ごとに異なる時差出勤ルールを運用している大企業向けのタイプです。変形労働時間制やフレックスタイム制との組み合わせ、組合協定に基づく独自ルールなど、就業規則が複雑になるほど真価を発揮します。FitGapとしては、標準的なクラウド製品では対応しきれない細かな制度設計が必要な場合に検討すべきタイプだと位置付けています。導入時にはベンダーSEによる設定支援が受けられる製品が多く、制度変更への追従力も強みです。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️就業規則の柔軟なカスタマイズ
拠点・部署・雇用形態ごとに異なる時差出勤の開始終了時刻や休憩ルールをきめ細かく設定でき、変形労働時間制やフレックスとの併用にも対応します。
🏛️大規模組織のガバナンス管理
承認フローの多段階設定や権限の細分化により、数千〜数万人規模の組織でも時差出勤の申請・承認を統制しながら運用できます。

おすすめ製品3選

大企業向け統合人事システムCOMPANYの勤怠モジュールで、時差出勤・フレックス・変形労働など複雑な勤務制度を標準機能でカバーします。数万人規模の運用実績が豊富です。
アマノ社が長年培った就業管理のノウハウを凝縮した製品で、複雑な勤務パターンの設定をSEが支援してくれます。オンプレミスからクラウドまで柔軟な導入形態に対応します。
日立ソリューションズが提供する大企業向け就業管理システムで、多様な勤務制度の組み合わせに強みがあります。人事・給与システムとの高度な連携も可能です。
COMPANY 勤怠管理システム
TimePro-VG
リシテア/就業管理
価格
要問合せ
価格
要問合せ
価格
要問合せ
シェア
シェア
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
メリットと注意点
メリットと注意点
仕様・機能
仕様・機能
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🕐勤務パターンの複数設定
早番・遅番など時差出勤用の始業・終業パターンを複数登録し、従業員や日ごとに柔軟に割り当てられる機能です。パターン数の上限や設定の自由度が製品ごとに大きく異なるため、自社の時差出勤ルールに合うかを最優先で確認すべきポイントです。
📋スケジュール申請・承認ワークフロー
従業員が時差出勤の希望パターンをオンラインで事前申請し、上長が承認する一連の流れをシステム上で完結させる機能です。紙やメールでのやり取りが不要になるため、管理者の負担軽減に直結します。
⚠️遅刻・早退の自動判定
割り当てた勤務パターンの始業・終業時刻と実際の打刻を照合し、遅刻や早退を自動で判定する機能です。パターンごとに基準時刻が異なる時差出勤では、この自動判定がないと手作業チェックの工数が膨大になります。
💰給与計算ソフト連携
勤怠集計データをそのまま給与計算ソフトへ受け渡せる連携機能です。時差出勤で深夜割増や残業計算が複雑になりやすいため、手入力なしでデータ連携できるかどうかは運用コストに大きく影響します。
🌙残業・深夜割増の自動計算
勤務パターンに応じた残業時間や、22時以降の深夜労働割増を自動で計算する機能です。時差出勤では終業時刻が遅くなるケースもあり、手計算ではミスが起きやすいため、自動計算の精度と設定柔軟性が重要です。
📊リアルタイム勤務状況モニタリング
誰が何時に出勤し、現在どのパターンで勤務中かをリアルタイムで一覧表示する機能です。始業時刻がバラバラな時差出勤では、在席状況の把握が難しくなるため、管理画面でひと目で確認できることが業務運営上のカギとなります。

一部の企業で必須

🔀フレックスタイム制との併用管理
時差出勤だけでなくフレックスタイム制も併用している企業向けの機能です。コアタイム設定や清算期間内の労働時間管理など、両制度を1つのシステムで切り替え運用できると管理負荷が大幅に下がります。
🏠テレワーク打刻・在宅勤務管理
在宅勤務と時差出勤を組み合わせて運用する企業に必要な機能です。GPS打刻やPC起動ログ連携など、出社せずに勤務実態を記録・確認できる仕組みが求められます。
🏢多拠点・グループ会社一括管理
拠点やグループ会社ごとに異なる時差出勤ルールを一元管理する機能です。全社共通ではなく拠点別に勤務パターンが異なる場合、権限設定や集計の分離・統合が柔軟にできるかが導入判断のポイントです。
🚨36協定・労働時間上限アラート
月間・年間の残業上限を設定し、超過しそうな従業員にアラートを自動通知する機能です。時差出勤では残業の境界が見えにくくなるため、法令違反を未然に防ぎたい企業には必須となります。
📐工数・プロジェクト管理
勤務時間をプロジェクトや業務単位に按分して記録する機能です。IT企業やコンサル業など、クライアント別に稼働時間を管理する必要がある場合に重要ですが、一般的な事業会社では優先度が下がります。

ほぼ全製品が対応

⏱️多様な打刻方法
ICカード・PC・スマートフォン・生体認証など複数の打刻手段に対応する機能です。ほぼすべての勤怠管理システムが複数の打刻方法をサポートしており、製品間の差は小さくなっています。
🌴有給休暇・休暇管理
有給休暇の残日数管理や取得申請・承認をシステム上で行う機能です。法改正で年5日の有休取得義務が課されて以降、ほとんどの製品が標準機能として搭載しています。
📤勤怠データのCSV・Excel出力
勤怠の集計データをCSVやExcel形式で出力する機能です。給与計算ソフトへの取り込みや社内報告用に広く使われ、対応していない製品はほぼ存在しません。
📑出勤簿の自動作成
日々の打刻データから法定の出勤簿を自動作成する機能です。労働基準法で求められる記録の保存義務を満たすために、ほぼ全製品が標準で備えています。

優先度が低い

🤖AI自動シフト作成
過去の勤務データや従業員の希望をもとにAIがシフトを自動生成する機能です。小売・飲食など多人数のシフト制勤務には有効ですが、時差出勤は固定パターンの選択が中心のため、活用場面が限られます。
🧮人件費シミュレーション
シフトの組み方を変えた際の人件費増減を試算する機能です。店舗型のシフト最適化には便利ですが、時差出勤は1日の労働時間自体を変えない制度なので、コスト変動が起きにくく優先度は低めです。

時差出勤の勤怠管理システムの選び方

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かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

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