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時差出勤対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/4/9
時差出勤の勤怠管理システムは、早番・遅番など複数の出退勤パターンを正しく記録・集計し、遅刻判定や残業計算まで自動化するためのツールです。近年はテレワークとの併用やフレックスとの掛け合わせが増え、製品ごとの対応力の差が広がっています。FitGapでは、製品を「勤怠管理特化」「バックオフィス一体」「大企業・複雑制度対応」の3タイプに分類し、それぞれの代表製品を紹介します。さらに、要件の優先度整理から製品選定の具体的な手順まで、自社に合った一台を迷わず選ぶためのガイドをお届けします。
レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
勤怠管理特化タイプ 🕐
KING OF TIME 勤怠管理
/ ジョブカン勤怠管理
/ Touch On Time
バックオフィス一体タイプ 🔗
マネーフォワード クラウド勤怠
/ ジンジャー勤怠
/ 楽楽勤怠
大企業・複雑制度対応タイプ 🏢
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ リシテア/就業管理
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

勤怠管理特化タイプ 🕐

このタイプが合う企業:

既存の給与計算ソフトを活かしつつ、時差出勤を含む多様な勤務パターンの打刻・集計を正確に効率化したい中小〜中堅企業の人事労務担当者

どんなタイプか:

時差出勤の管理に必要な勤務パターン登録やスケジュール設定を、専用システムならではの豊富な標準機能でカバーするタイプです。勤怠管理だけに集中して設計されているため、複数の出勤時刻パターンの登録・切り替えがスムーズに行えます。FitGapとしては、まず初めに検討していただきたい王道の選択肢です。給与計算や労務管理は外部ツールとCSV・API連携で対応するスタイルなので、既存の給与ソフトを変えずに時差出勤の管理だけを強化したい企業に向いています。

このタイプで重視すべき機能:

📋複数スケジュールパターン登録
早番・遅番・通常など複数の出退勤時刻パターンをあらかじめ登録し、従業員ごと・日ごとに割り当てることで、時差出勤の労働時間を自動で正確に集計できます。
📱豊富な打刻方式への対応
PC・スマホ・ICカード・生体認証など多彩な打刻手段に対応しており、オフィス勤務でもテレワーク中の時差出勤でも、場所を選ばず正確な打刻が可能です。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
時差出勤の勤務パターンが多く、打刻端末やPCログオンまで方式を混在させて管理したい企業で候補になる製品です。自動シフト生成・シフトパターン登録・フレックスタイム制対応・変形労働時間制対応・ジオフェンス打刻制限・PCログオンログオフ打刻・打刻端末連携がすべて○(対応)で、FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中2位(36項目中31件対応)、全体シェアも1位です。FitGapのサポート評価は9製品中単独1位、機能性とセキュリティの評価も1位タイで、出社・在宅・直行直帰が混在する中堅規模の人事労務担当者が運用ルールを一本化しやすい構成です。ただし予算工数比較とAI勤怠分析は×(非対応)、セルフィー打刻は追加オプションのため、工数原価の見える化やAIによる異常検知まで踏み込みたい場合は別タイプの検討が必要です。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
時差出勤管理だけをまず低コストで始め、後から休暇やシフトなど必要な機能を足していきたい中小企業で候補になる製品です。FitGapの料金評価はおすすめ9製品中3位タイ、使いやすさとサポートも2位タイで、生活関連サービス・娯楽シェアは9製品中1位、飲食・宿泊と建設・不動産のシェアも上位に位置しており、交代制や現場時差シフトを持つ業種で選ばれやすい構成です。フレックスタイム制対応・変形労働時間制対応・シフトパターン登録・スマホ承認はいずれも○(対応)で、遅刻早退判定や時差シフト切替の運用は標準機能で賄えます。一方でシフト希望提出・タスク別打刻・セルフィー打刻は追加オプション、PCログオンログオフ打刻とAI勤怠分析は×(非対応)のため、PC稼働ログで打刻を自動化したい情報通信系やプロジェクト工数まで管理したい企業は必要機能の組み合わせと月額を事前に試算することをおすすめします。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
店舗や工場に専用タイムレコーダーを置き、時差出勤の打刻を端末側で確実に拾いたい企業で候補になる製品です。全体シェアはおすすめ9製品中2位で、製造シェアと卸売・小売シェアがともに上位に入っており、シフト制と時差シフトが混在する現場での採用実績が判断材料になります。フレックスタイム制対応・変形労働時間制対応・シフトパターン登録・オフライン打刻・PCログオンログオフ打刻はいずれも○(対応)で、通信が不安定な現場でも打刻漏れを避けやすい構成です。一方、FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中7位(36項目中27件対応)で、自動シフト生成・打刻端末連携(他社ハード)・ジオフェンス打刻制限・チャット打刻・AI勤怠分析は×(非対応)、FitGapの連携評価とセットアップ評価も9製品中9位のため、既存の他社打刻端末を活かしたい企業やSlack等チャット打刻で全社展開したい企業には同タイプ内の他製品のほうが適合しやすいです。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

バックオフィス一体タイプ 🔗

このタイプが合う企業:

勤怠管理と合わせて給与計算や労務手続きもクラウド化し、時差出勤による複雑な集計をバックオフィス全体で一気通貫に処理したい企業

どんなタイプか:

勤怠管理だけでなく、給与計算・経費精算・労務手続きなどのバックオフィス業務をひとつのサービス群でまとめて運用できるタイプです。時差出勤で発生する労働時間の変動が、そのまま給与計算や各種届出に自動で反映されるため、転記ミスや二重入力の手間を大幅に減らせます。FitGapでは、勤怠以外の管理業務も同時にクラウド化したい企業にとって最も効率的な選択肢だと考えています。バックオフィス全体をこれから整備するフェーズの企業に特におすすめです。

このタイプで重視すべき機能:

💰給与計算との自動連携
時差出勤による所定内・所定外労働時間の集計結果がそのまま給与計算に自動反映されるため、手動でのデータ転記が不要になり、計算ミスのリスクを大幅に減らせます。
📝ワークフロー申請の統合管理
時差出勤の申請・承認を勤怠だけでなく経費精算や休暇申請と同じプラットフォーム上で一元管理でき、管理者・従業員双方の操作負担を軽減します。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
経理専任者を置かず、時差出勤の勤務時間をそのまま給与計算・経費精算まで自社で流し込みたい小規模企業で候補になる製品です。FitGapの操作性評価と料金評価と導入しやすさ評価の3つがおすすめ9製品中で首位水準で、中小企業シェアもおすすめ9製品中1位のため、IT担当者不在でも時差出勤のシフト設定から月次締めまでを内製で回しやすい設計です。一方、FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中9位(36項目中24件対応)と対応範囲が狭く、オフライン打刻・セルフィー打刻・ジオフェンス打刻制限はいずれも×(非対応)のため、現場直行や店舗多店舗で不正打刻を厳密に抑えたい企業には合いません。タイムゾーン対応も×(非対応)で、海外拠点従業員を含む時差運用にも不向きです。
価格
2,980円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジンジャー勤怠
おすすめの理由
時差出勤に加えてテレワークや外回り営業が混在し、不正打刻リスクを抑えながら人事労務まで一気通貫で管理したい中堅・大企業で候補になる製品です。ジオフェンス打刻制限・セルフィー打刻・PCログオンログオフ打刻のいずれも○(対応)で、おすすめ9製品の中で3つをすべて○(対応)しているのはこの製品を含む限られた構成です。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中3位タイ(36項目中30件対応)、セキュリティ評価もおすすめ9製品中1位タイで、人材派遣業・官公庁でのシェアがおすすめ9製品中1位タイのため、勤務場所と本人確認を厳格に記録したい運用に向きます。ただし勤怠ダッシュボードは追加オプション、タイムゾーン対応は×(非対応)のため、リアルタイム閲覧を全員分標準で使いたい企業や海外拠点従業員を混在管理したい企業は設計段階で確認が必要です。
価格
要問合せ
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
時差出勤のシフト組みから給与連携までをバランス良く1サービスで回したい中堅企業で候補になる製品です。自動シフト生成・タスク別打刻・タイムゾーン対応・ジオフェンス打刻制限のすべてに○(対応)しており、バックオフィス一体タイプ3製品の中で時差シフト作成と海外拠点従業員の時間帯管理まで標準で扱える構成はこの製品です。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中3位タイ(36項目中30件対応)、導入しやすさ評価と料金評価はおすすめ9製品中で首位水準、中堅企業シェアもおすすめ9製品中上位で、導入コストを抑えつつ設定作業を短期間で済ませたい企業に向きます。ただしオフライン打刻とPCログオンログオフ打刻は×(非対応)、看護師夜勤回数管理も×(非対応)のため、通信環境が不安定な現場や医療機関での利用には別製品の検討が必要です。
価格
30,000円
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

大企業・複雑制度対応タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

複数拠点・複数雇用形態で異なる時差出勤ルールを運用しており、変形労働時間制やフレックスとの併用など高度な就業管理が求められる大企業の人事部門

どんなタイプか:

数千人〜数万人規模の従業員を抱え、部署や拠点ごとに異なる時差出勤ルールを運用している大企業向けのタイプです。変形労働時間制やフレックスタイム制との組み合わせ、組合協定に基づく独自ルールなど、就業規則が複雑になるほど真価を発揮します。FitGapとしては、標準的なクラウド製品では対応しきれない細かな制度設計が必要な場合に検討すべきタイプだと位置付けています。導入時にはベンダーSEによる設定支援が受けられる製品が多く、制度変更への追従力も強みです。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️就業規則の柔軟なカスタマイズ
拠点・部署・雇用形態ごとに異なる時差出勤の開始終了時刻や休憩ルールをきめ細かく設定でき、変形労働時間制やフレックスとの併用にも対応します。
🏛️大規模組織のガバナンス管理
承認フローの多段階設定や権限の細分化により、数千〜数万人規模の組織でも時差出勤の申請・承認を統制しながら運用できます。

おすすめ製品3選

COMPANY 勤怠管理システム
おすすめの理由
時差出勤に加えて工数管理や医療・福祉特有の勤務チェックまで1つの勤怠基盤で回したい大企業で候補になる製品です。FitGapの要件対応数はおすすめ9製品中1位(36項目中33件)で、タイプ内3製品を見比べると、予算工数比較・タスク別打刻・介護加算勤務チェック・看護師夜勤回数管理まで標準機能として○(対応)しているのはこの製品のみです。大企業シェアは10と最上位帯で、金融や電気・ガス・水道など制度が厳格な業種での採用実績が意思決定の材料になります。一方、中小企業シェアは0で、制度設計や運用負荷が重いため数百人規模以下の企業では持て余します。セルフィー打刻とチャット打刻が×(非対応)のため、モバイル中心の柔らかい打刻運用を重視する現場には向きません。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
時差出勤ルールを給与や人事マスタと密に連携させながら運用したい製造・医療・運輸系の大企業で候補になる製品です。FitGapの連携・拡張性評価はおすすめ9製品中単独1位で、機能性・セキュリティ評価も1位タイと、基幹システム側の人事データや打刻端末を巻き込んだ全社展開に向く構成です。製造シェア9・医療・福祉シェア8・運輸シェア8と、シフトと変形労働時間制の組み合わせが複雑な業種で採用実績が厚く、タイプ内3製品の中で中堅企業シェアが9と最も広い点も特徴です。ただしジオフェンス打刻とタイムゾーン対応は×(非対応)で、自動シフト生成とセルフィー打刻は追加オプション扱いとなるため、海外拠点やモバイル現場をまたいだ時差運用を一基盤で完結させたい企業には不向きです。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
リシテア/就業管理
おすすめの理由
大企業の複雑な就業規則に合わせて必要な機能だけを選んで積み上げたい企業で候補になる製品です。大企業シェアは10と最上位帯で、タイプ内3製品の中では製造シェア9・情報通信シェア8と大規模現場での採用実績が特徴です。FitGapの機能性・使いやすさ・セキュリティ評価はいずれもおすすめ9製品中2位タイ以内で、フレックスタイム制や変形労働時間制、看護師夜勤回数管理、介護加算勤務チェックに○(対応)しています。一方、現場単位勤怠集計・タスク別打刻・予算工数比較・勤怠ダッシュボード・PCログオンログオフ打刻・AI勤怠分析は追加オプションで対応する形となり、素の機能対応数は36項目中26件とタイプ内で最小です。料金評価はおすすめ9製品中9位で、必要な機能を積み増すほど費用がかさむため、時差出勤制度が限定的で対応機能を絞りきれない企業や、中小企業(シェア0)のような小規模組織には向きません。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

🕐勤務パターンの複数設定
早番・遅番など時差出勤用の始業・終業パターンを複数登録し、従業員や日ごとに柔軟に割り当てられる機能です。パターン数の上限や設定の自由度が製品ごとに大きく異なるため、自社の時差出勤ルールに合うかを最優先で確認すべきポイントです。
📋スケジュール申請・承認ワークフロー
従業員が時差出勤の希望パターンをオンラインで事前申請し、上長が承認する一連の流れをシステム上で完結させる機能です。紙やメールでのやり取りが不要になるため、管理者の負担軽減に直結します。
⚠️遅刻・早退の自動判定
割り当てた勤務パターンの始業・終業時刻と実際の打刻を照合し、遅刻や早退を自動で判定する機能です。パターンごとに基準時刻が異なる時差出勤では、この自動判定がないと手作業チェックの工数が膨大になります。
💰給与計算ソフト連携
勤怠集計データをそのまま給与計算ソフトへ受け渡せる連携機能です。時差出勤で深夜割増や残業計算が複雑になりやすいため、手入力なしでデータ連携できるかどうかは運用コストに大きく影響します。
🌙残業・深夜割増の自動計算
勤務パターンに応じた残業時間や、22時以降の深夜労働割増を自動で計算する機能です。時差出勤では終業時刻が遅くなるケースもあり、手計算ではミスが起きやすいため、自動計算の精度と設定柔軟性が重要です。
📊リアルタイム勤務状況モニタリング
誰が何時に出勤し、現在どのパターンで勤務中かをリアルタイムで一覧表示する機能です。始業時刻がバラバラな時差出勤では、在席状況の把握が難しくなるため、管理画面でひと目で確認できることが業務運営上のカギとなります。

一部の企業で必須

🔀フレックスタイム制との併用管理
時差出勤だけでなくフレックスタイム制も併用している企業向けの機能です。コアタイム設定や清算期間内の労働時間管理など、両制度を1つのシステムで切り替え運用できると管理負荷が大幅に下がります。
🏠テレワーク打刻・在宅勤務管理
在宅勤務と時差出勤を組み合わせて運用する企業に必要な機能です。GPS打刻やPC起動ログ連携など、出社せずに勤務実態を記録・確認できる仕組みが求められます。
🏢多拠点・グループ会社一括管理
拠点やグループ会社ごとに異なる時差出勤ルールを一元管理する機能です。全社共通ではなく拠点別に勤務パターンが異なる場合、権限設定や集計の分離・統合が柔軟にできるかが導入判断のポイントです。
🚨36協定・労働時間上限アラート
月間・年間の残業上限を設定し、超過しそうな従業員にアラートを自動通知する機能です。時差出勤では残業の境界が見えにくくなるため、法令違反を未然に防ぎたい企業には必須となります。
📐工数・プロジェクト管理
勤務時間をプロジェクトや業務単位に按分して記録する機能です。IT企業やコンサル業など、クライアント別に稼働時間を管理する必要がある場合に重要ですが、一般的な事業会社では優先度が下がります。

ほぼ全製品が対応

⏱️多様な打刻方法
ICカード・PC・スマートフォン・生体認証など複数の打刻手段に対応する機能です。ほぼすべての勤怠管理システムが複数の打刻方法をサポートしており、製品間の差は小さくなっています。
🌴有給休暇・休暇管理
有給休暇の残日数管理や取得申請・承認をシステム上で行う機能です。法改正で年5日の有休取得義務が課されて以降、ほとんどの製品が標準機能として搭載しています。
📤勤怠データのCSV・Excel出力
勤怠の集計データをCSVやExcel形式で出力する機能です。給与計算ソフトへの取り込みや社内報告用に広く使われ、対応していない製品はほぼ存在しません。
📑出勤簿の自動作成
日々の打刻データから法定の出勤簿を自動作成する機能です。労働基準法で求められる記録の保存義務を満たすために、ほぼ全製品が標準で備えています。

優先度が低い

🤖AI自動シフト作成
過去の勤務データや従業員の希望をもとにAIがシフトを自動生成する機能です。小売・飲食など多人数のシフト制勤務には有効ですが、時差出勤は固定パターンの選択が中心のため、活用場面が限られます。
🧮人件費シミュレーション
シフトの組み方を変えた際の人件費増減を試算する機能です。店舗型のシフト最適化には便利ですが、時差出勤は1日の労働時間自体を変えない制度なので、コスト変動が起きにくく優先度は低めです。

時差出勤の勤怠管理システムの選び方

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かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

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