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裁量労働制対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
裁量労働制の勤怠管理システムは、単なる出退勤の記録ツールではありません。みなし労働時間の自動計上、深夜・休日労働の割増賃金計算、そして2024年法改正で強化された健康・福祉確保措置への対応まで、通常の勤怠管理にはない専門的な機能が求められます。しかし、製品によって得意領域は大きく異なり、低コストで始められるものから大企業の複雑な就業規則を丸ごと再現できるものまで幅広く存在します。FitGapでは、自社の裁量労働制の型(専門業務型・企画業務型)や他の勤務制度との混在状況、給与計算との連携ニーズという3つの軸をもとに、最適なタイプを見極めるガイドを用意しました。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業でも導入しやすいコスパ特化タイプ 💰
KING OF TIME 勤怠管理
/ ジョブカン勤怠管理
/ Touch On Time
人事労務・給与と一体運用できるバックオフィス統合タイプ 🔗
マネーフォワード クラウド勤怠
/ SmartHR 労務管理
/ ジンジャー勤怠
大企業・複雑な就業規則に対応する高機能エンタープライズタイプ 🏢
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ リシテア/就業管理
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
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タイプ別お勧め製品

中小企業でも導入しやすいコスパ特化タイプ 💰

このタイプが合う企業:

従業員数が数十〜数百名規模の中小企業で、裁量労働制を含む複数の勤務形態をコストを抑えて一元管理したい企業

どんなタイプか:

裁量労働制を含む多様な勤務形態に対応しつつ、1人あたり月額数百円という手頃な価格帯で利用できる勤怠管理システムのグループです。FitGapとしては、まず「裁量労働制に対応しているかどうか」だけでなく、みなし労働時間の設定や深夜・休日労働のアラート機能がきちんと備わっているかを重視して選ぶことをおすすめします。このタイプは初期費用ゼロ・無料トライアルありの製品が多く、従業員数が数十〜数百名規模の企業でも気軽に始められます。裁量労働制の対象者と通常勤務の社員が混在する職場でも、勤務パターンを柔軟に切り替えて一元管理できるのが共通の強みです。

このタイプで重視すべき機能:

みなし労働時間の自動設定と深夜・休日労働アラート
裁量労働制のみなし労働時間をあらかじめ設定しておくと、実労働時間が深夜帯や休日に及んだ際に自動でアラートを出してくれます。割増賃金の計算漏れを防ぎ、法令違反リスクを大幅に下げられます。
🔀複数の勤務形態を一画面で切り替え管理
裁量労働制・フレックスタイム制・固定時間勤務など、同じ会社の中で異なる勤務形態の社員をひとつの管理画面で一括管理できます。勤務パターンごとに集計ルールを分けられるため、部署やチームごとの運用もスムーズです。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
勤怠管理システムの国内シェアNo.1クラスで、裁量労働制のみなし労働設定や深夜・休日アラートを標準搭載しています。月額1人300円からと手頃で、打刻方法も豊富なため中小企業に最適です。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
必要な機能を組み合わせて使えるモジュール方式で、裁量労働制を含む多様な勤務形態に柔軟に対応します。無料プランもあるため、小規模チームからスタートできます。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
利用ID数380万人超の実績があり、裁量労働制対応の勤務パターン設定やリアルタイム集計が充実しています。月額1人300円からのシンプルな料金体系が中小企業に支持されています。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

人事労務・給与と一体運用できるバックオフィス統合タイプ 🔗

このタイプが合う企業:

勤怠管理と給与計算・人事労務を一つのプラットフォームで完結させたい中堅企業や、既にHR系クラウドサービスを導入済みで勤怠管理を追加したい企業

どんなタイプか:

勤怠管理だけでなく、給与計算・労務管理・人事情報管理といったバックオフィス業務をまとめて効率化できるタイプです。FitGapでは、裁量労働制の運用において特に重要な「みなし労働時間と実労働時間の乖離チェック」や「健康・福祉確保措置の記録管理」を、人事データと連動して行えるかどうかを評価ポイントにしています。裁量労働制では深夜・休日の割増賃金計算が発生するため、勤怠データがそのまま給与計算に流れる仕組みがあると、計算ミスや転記漏れを大きく減らせます。すでに同シリーズの人事・給与製品を使っている企業であれば、追加導入のハードルが低い点もメリットです。

このタイプで重視すべき機能:

💸勤怠データから給与計算への自動連携
裁量労働制で発生する深夜労働・休日労働の割増賃金を、勤怠データをもとに自動で給与計算システムに反映します。手作業による転記が不要になり、未払い賃金リスクを防止できます。
🩺健康・福祉確保措置の記録と過重労働モニタリング
裁量労働制で義務づけられている健康・福祉確保措置の実施状況を、人事データと紐づけて記録・管理できます。長時間労働の傾向がある社員を自動で検出し、面談や産業医への連携をサポートします。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
マネーフォワードクラウドシリーズの給与・人事と連携でき、裁量労働制の勤怠データから割増賃金の自動計算まで一気通貫で対応します。残業時間の色別アラート表示で過重労働も一目で把握できます。
価格
2,980円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
SmartHR 労務管理
おすすめの理由
労務手続きや人事情報管理に強みを持ち、裁量労働制の対象者管理や健康・福祉確保措置の記録を人事データベースと統合的に運用できます。従業員セルフサービス機能で申請業務も効率化されます。
価格
0円~
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジンジャー勤怠
おすすめの理由
人事・給与・勤怠・労務をワンプラットフォームで提供するジンジャーシリーズの勤怠管理機能です。裁量労働制を含む複雑な勤務体系に対応し、勤怠データを人事評価や給与にシームレスに連携できます。
価格
要問合せ
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

大企業・複雑な就業規則に対応する高機能エンタープライズタイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員数1,000名以上の大企業や、多拠点・複数労働制度を厳格に管理する必要がある組織、セキュリティ要件が厳しい業界の企業

どんなタイプか:

従業員数が1,000名を超えるような大企業や、拠点・部署ごとに異なる就業規則を運用している組織向けのタイプです。裁量労働制では「専門業務型」と「企画業務型」で適用ルールが異なりますが、このタイプの製品はそうした細かな制度差を含め、複数の労働制度を並行して厳密に管理できる設計になっています。FitGapとしては、36協定の自動監視、労基署への定期報告に必要なデータ出力、勤務間インターバルの自動チェックなど、コンプライアンスを徹底するための機能が充実しているかどうかを重視しています。オンプレミスとクラウドの両方に対応する製品もあり、セキュリティ要件が厳しい業界でも導入しやすいのが特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

📋36協定・法定上限の自動監視とコンプライアンスレポート
36協定で届け出た上限時間をもとに、裁量労働制の対象者を含む全従業員の労働時間を自動監視します。警告基準を超えた時点でアラートが発報され、労基署への報告用データもワンクリックで出力できます。
⚙️専門業務型・企画業務型の制度別ルールエンジン
裁量労働制の「専門業務型」と「企画業務型」で異なるみなし労働時間や健康確保措置のルールを、それぞれ個別に設定・運用できます。通常勤務やフレックスとの混在管理も含め、複雑な就業規則をシステム上で正確に再現します。

おすすめ製品3選

COMPANY 勤怠管理システム
おすすめの理由
大企業向け統合人事システムCOMPANYの勤怠モジュールで、数千〜数万名規模の裁量労働制管理に豊富な実績があります。専門業務型・企画業務型の制度差や複雑な就業規則も細かく設定できます。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
アマノ社の中堅〜大企業向け勤怠管理システムで、多拠点・多勤務形態の一元管理に強みがあります。裁量労働制の労働時間把握や36協定管理を自動化し、オンプレミスとクラウドの両対応で柔軟な導入が可能です。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
リシテア/就業管理
おすすめの理由
日立ソリューションズが提供する大企業向け就業管理システムで、裁量労働制を含む多種多様な勤怠管理に柔軟対応します。リアルタイムの勤務状況把握機能で過重労働の早期発見と健康確保措置を支援します。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

⏱️みなし労働時間の自動計上
裁量労働制では実労働時間ではなく「みなし労働時間」で給与を計算します。雇用区分ごとにみなし労働時間を設定し、自動で計上できる機能があるかどうかが、製品選びの最大の分かれ目になります。
🌙深夜・休日労働の割増賃金の自動計算
裁量労働制でも22時〜翌5時の深夜労働や法定休日の出勤には割増賃金が発生します。深夜打刻を自動で検知して割増計算に反映できる機能がないと、未払い賃金のリスクが高まります。
🔔残業アラート・長時間労働アラート
2024年法改正で健康・福祉確保措置が強化されました。みなし労働時間と実労働時間の乖離や、月間の労働時間が一定基準を超えた場合に管理者・本人へ自動通知する機能は、過重労働の防止に直結します。
🔀複数の勤務制度の併用管理
裁量労働制の対象は限定された職種のみで、社内にはフレックスや固定時間制の社員も混在するのが普通です。1つのシステムで複数の勤務制度を並行管理できるかどうかで、運用負荷が大きく変わります。
🛏️勤務間インターバルの自動判定
裁量労働制の従業員は勤務時間が不規則になりがちです。前日の終業から翌日の始業まで一定時間の休息が確保されているかを自動で判定し、不足時にアラートを出す機能は、健康管理の土台になります。
📊実労働時間とみなし時間の乖離レポート
FitGapでは、この機能を裁量労働制特有の最重要レポートと位置づけています。実際の出退勤データとみなし時間の差を月次・週次で可視化できれば、制度が適正に運用されているかの判断材料になります。

一部の企業で必須

📝深夜・休日労働の事前申請・承認ワークフロー
割増賃金の発生を事前に把握するために、深夜労働や休日出勤を申請・承認制にする企業が増えています。ワークフロー機能がシステム上にあれば、未申請の深夜労働を検知しやすくなります。
💻PCログ・入退室ログとの連携
裁量労働制は自己申告による打刻だけでは実態を把握しにくい面があります。PCのログオン・ログオフや入退室記録と打刻データを突合できれば、客観的な労働時間の把握に役立ちます。
❤️健康管理ダッシュボード
月80時間超の時間外労働者への産業医面談など、健康・福祉確保措置の対象者を一覧で把握できるダッシュボードです。裁量労働制の従業員が多い企業ほど、この機能の重要度が上がります。
🔗給与計算ソフトとのAPI連携
みなし労働時間ベースの基本給に加え、深夜・休日の割増賃金を正確に給与へ反映するには、給与ソフトへのデータ連携が欠かせません。自社の給与システムとスムーズに連携できるかを確認しましょう。
🏛️労働基準監督署向け定期報告の出力
企画業務型裁量労働制では、労使委員会の運用状況を定期的に労基署へ報告する義務があります。報告に必要な労働時間データや健康措置の実施状況をそのまま出力できると、大幅な工数削減になります。

ほぼ全製品が対応

📱多様な打刻方法(PC・スマホ・ICカード)
裁量労働制ではオフィス外から出退勤するケースも多いため、PC・スマホ・ICカードなど複数の打刻手段への対応はほぼ全製品が備えています。打刻手段の有無で悩む必要はほとんどありません。
🏖️有給休暇の取得管理・年5日取得義務チェック
裁量労働制の従業員にも年5日の有給取得義務は適用されます。取得日数の自動カウントやアラート機能はほぼ標準装備ですので、ここで製品差がつくことはまずありません。
📋36協定の上限管理
時間外労働の上限(月45時間・年360時間)の管理機能は、法改正対応として大半の製品が搭載しています。裁量労働制に限らず全従業員に適用される基本機能です。
☁️勤怠データのクラウド保存・5年保存対応
勤務状況の記録を法令に基づき5年間保存する義務があります。クラウド型の勤怠管理システムであればデータの長期保存はほぼ自動的に対応されており、特別な追加対応は不要です。

優先度が低い

📍GPS打刻・位置情報記録
外回りの営業職や現場作業員向けの機能です。裁量労働制の対象は主に企画職・専門職でオフィスや在宅勤務が中心のため、GPS打刻の優先度は低くなります。
🗓️シフト作成・自動シフト生成
シフト管理は飲食・小売などの業種で重要な機能ですが、裁量労働制の従業員は勤務時間を自分で決めるため、シフトを組む必要がありません。裁量労働制メインの選定では考慮不要です。

裁量労働制の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

裁量労働制対応の勤怠管理システムを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
裁量労働制対応の勤怠管理システムの導入で特に押さえておきたいのは「労使協定の内容とシステム設定の整合性確保」と「健康管理措置の実効性を担保する仕組み作り」の2点です。労使協定の内容とシステム設定の整合性確保の面では、裁量労働制の運用では、労使協定で定められた条件を正確にシステムに反映することが重要です。健康管理措置の実効性を担保する仕組み作りについては、裁量労働制では従業員の健康管理がより重要になりますが、システムがアラートを発信するだけでは実効性のある健康管理措置とは言えません。このほか「従業員への制度理解促進と適切な利用指導」「既存の人事制度との整合性確保」「システムの技術的制約と業務要件のギャップ」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

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