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裁量労働制対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/5/13
裁量労働制の勤怠管理システムは、単なる出退勤の記録ツールではありません。みなし労働時間の自動計上、深夜・休日労働の割増賃金計算、そして2024年法改正で強化された健康・福祉確保措置への対応まで、通常の勤怠管理にはない専門的な機能が求められます。しかし、製品によって得意領域は大きく異なり、低コストで始められるものから大企業の複雑な就業規則を丸ごと再現できるものまで幅広く存在します。FitGapでは、自社の裁量労働制の型(専門業務型・企画業務型)や他の勤務制度との混在状況、給与計算との連携ニーズという3つの軸をもとに、最適なタイプを見極めるガイドを用意しました。
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レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業でも導入しやすいコスパ特化タイプ 💰
KING OF TIME 勤怠管理
/ ジョブカン勤怠管理
/ Touch On Time
人事労務・給与と一体運用できるバックオフィス統合タイプ 🔗
マネーフォワード クラウド勤怠
/ SmartHR 労務管理
/ ジンジャー勤怠
大企業・複雑な就業規則に対応する高機能エンタープライズタイプ 🏢
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ リシテア/就業管理
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
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タイプ別おすすめ製品 9

経費精算システムのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名 / ロゴタイプ料金企業規模評価ポイント
KING OF TIME 勤怠管理
中小企業でも導入しやすいコスパ特化タイプ 💰
300円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

勤怠から人事・給与まで月300円で一元管理。全機能込みで費用対効果が高い。

ジョブカン勤怠管理
中小企業でも導入しやすいコスパ特化タイプ 💰
0円~ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

出勤・シフト・休暇・工数を必要分だけ選択。低コストで段階導入できる。

Touch On Time
中小企業でも導入しやすいコスパ特化タイプ 💰
300円ユーザー/月
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

月300円で全機能を利用可能。製造業シェアがトップで現場勤怠に強い。

マネーフォワード クラウド勤怠
人事労務・給与と一体運用できるバックオフィス統合タイプ 🔗
2,980円
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

勤怠データを給与・会計へ連携可能。中小企業シェアがトップで始めやすい。

SmartHR 労務管理
人事労務・給与と一体運用できるバックオフィス統合タイプ 🔗
0円~
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

従業員入力で労務データを一元管理。社員名簿や人事施策にも活用できる。

ジンジャー勤怠
人事労務・給与と一体運用できるバックオフィス統合タイプ 🔗
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

勤怠を人事・給与・経費と同じ基盤で管理。現場の多様な打刻にも対応。

COMPANY 勤怠管理システム
大企業・複雑な就業規則に対応する高機能エンタープライズタイプ 🏢
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

人事・給与と勤怠を全社統合。大企業シェアがトップで複雑な制度に強い。

TimePro-VG
大企業・複雑な就業規則に対応する高機能エンタープライズタイプ 🏢
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

2万社導入の就業管理。クラウド版とオンプレ版を選択でき、連携に強い。

リシテア/就業管理
大企業・複雑な就業規則に対応する高機能エンタープライズタイプ 🏢
要問合せ
  • 中小
  • 中堅
  • 大企業

個社の就業規則に合わせやすい。カスタマイズ性が強く大企業シェアもトップ。

タイプ別お勧め製品

中小企業でも導入しやすいコスパ特化タイプ 💰

このタイプが合う企業:

従業員数が数十〜数百名規模の中小企業で、裁量労働制を含む複数の勤務形態をコストを抑えて一元管理したい企業

どんなタイプか:

裁量労働制と通常勤務などを同じ基盤で扱い、みなし労働時間や深夜・休日労働アラートを低コストで使えるタイプです。初期費用を抑えつつ勤務パターンを切り替え管理できます。

このタイプで重視すべき機能:

みなし労働時間の自動設定と深夜・休日労働アラート
みなし労働時間を自動計上し、深夜・休日労働を検知して割増賃金の漏れを防ぎます。
🔀複数の勤務形態を一画面で切り替え管理
裁量労働制やフレックスなどの勤務形態を画面上で切り替え、制度別の集計ルールで管理できます。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
KING OF TIME 勤怠管理は、裁量労働制を含む複数の勤務ルールを、打刻・申請承認・帳票・給与連携まで広くつなげて扱えるクラウド勤怠管理システムです。月額1人300円(税別)で全機能を使えるため、安さだけでなく必要になった機能を後から広げやすい費用対効果を重視する中小企業に向きます。FitGapではフレックスタイム制、変形労働時間制、時間単位有休、36協定に関わる労基法帳票出力に対応しており、裁量労働の対象者と通常勤務者を併用管理しやすい点が評価できます。店舗・現場のシフト勤務者も同じ基盤で管理したい企業では、ジョブカンより多機能寄りの候補になります。一方、タスク別打刻、予算工数比較、AI勤怠分析、介護加算勤務チェックは非対応です。案件別工数や介護報酬に関わる勤務確認まで勤怠側で完結したい企業、自社サーバー運用が必須の企業は他製品も比べて下さい。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
ジョブカン勤怠管理は、必要な機能だけを組み合わせて使える、コスト調整のしやすいクラウド勤怠管理システムです。裁量労働制の対象者と現場・バックオフィスの通常勤務者を同じ基盤で管理したいが、最初から多機能製品を入れるほどではない中小企業に向きます。FitGapでは料金評価がこのタイプで上位に入り、フレックスタイム制、変形労働時間制、時間単位有休、代休自動付与、労基法帳票出力にも対応しています。建設・不動産、生活関連サービス、飲食・宿泊など現場勤務が発生しやすい業種でも候補にしやすい製品です。一方、無料プランは10名までで、少人数でも最低利用料があるため、数名規模では月額総額を確認して下さい。PCログオン・ログオフ打刻は非対応、タスク別打刻、シフト希望提出、セルフィー打刻は追加オプションです。実労働時間の裏取りやシフト希望収集を標準機能で済ませたい企業は、KING OF TIMEなど多機能型との比較が必要です。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
Touch On Timeは、1人月額300円(税抜)で複数の打刻方法と勤怠集計をまとめられる、コストを抑えたい中小企業向けのクラウド勤怠管理システムです。専用端末、PC/Web、PCログオン・ログオフ、オフライン打刻を使えるため、工場・店舗・事務所と裁量労働の対象者が混在する会社でも勤怠を同じ基盤で集計しやすいです。FitGapでは中小企業シェアがカテゴリ95製品中7位、製造業シェアは1位で、現場勤務を含む企業の候補にしやすい位置づけです。フレックスタイム制、変形労働時間制、時間単位有休、労基法帳票出力にも対応します。一方、給与計算や人事評価は含まれず、給与ソフト連携はCSVが前提です。自動シフト生成、ジオフェンス打刻制限、チャット打刻は非対応で、セルフィー打刻や専用端末は追加費用を確認して検討する必要があります。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

人事労務・給与と一体運用できるバックオフィス統合タイプ 🔗

このタイプが合う企業:

勤怠管理と給与計算・人事労務を一つのプラットフォームで完結させたい中堅企業や、既にHR系クラウドサービスを導入済みで勤怠管理を追加したい企業

どんなタイプか:

勤怠データを給与計算・労務・人事情報とつなぎ、裁量労働制の割増賃金計算や健康・福祉確保措置を一体管理するタイプです。転記や二重管理を減らせる点が特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

💸勤怠データから給与計算への自動連携
深夜・休日労働の勤怠データを給与計算へ連携し、割増賃金の転記漏れを減らします。
🩺健康・福祉確保措置の記録と過重労働モニタリング
健康・福祉確保措置の実施状況と長時間労働傾向を、人事データと紐づけて確認できます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
マネーフォワード クラウド勤怠は、勤怠データを同シリーズの給与・会計へ渡して使うことを前提にした、バックオフィス連携重視の勤怠管理システムです。裁量労働制の対象者を管理しながら、フレックスタイム制、変形労働時間制、時間単位有休、代休・振替休日の自動付与、テレワーク区分も扱えるため、複数の勤務制度を併用する中小〜中堅企業に向きます。FitGapでは操作性・導入しやすさ・料金評価が同タイプ内で上位で、中小企業シェアも高く、初めてクラウド勤怠を入れる企業でも候補にしやすい製品です。一方、ジオフェンス打刻制限、セルフィー打刻、オフライン打刻、PCログオン・ログオフ打刻は非対応で、予算工数比較は追加オプションです。現場の客観記録やプロジェクト原価まで勤怠側で細かく管理したい場合は、ジンジャー勤怠など機能範囲の広い製品も比較した方がよいです。
価格
2,980円
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
SmartHR 労務管理
おすすめの理由
SmartHR 労務管理は、勤怠そのものを作り込むより、従業員情報・雇用契約・年末調整などの労務データを中心に据える人事労務プラットフォームです。裁量労働制では、対象者の契約情報や労使協定、関連書類を人事データベース側でそろえ、勤怠・給与は外部システム連携や周辺機能で補う運用に向きます。FitGapでは操作性・サポート・セキュリティ評価が高く、従業員自身が情報入力するセルフサービスを全社に広げたい企業で扱いやすい製品です。一方、給与計算エンジンは単体で持たず、勤怠ダッシュボードやCSV/PDF出力は追加オプションです。ジオフェンス打刻制限、セルフィー打刻、オフライン打刻、ライン別シフト割当も非対応のため、裁量労働者と現場勤務者を同じ勤怠機能で細かく集計したい企業は、マネーフォワード クラウド勤怠やジンジャー勤怠と比較して下さい。
価格
0円~
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
ジンジャー勤怠
おすすめの理由
ジンジャー勤怠は、勤怠を人事・給与・労務・経費と同じジンジャー基盤で扱い、現場の打刻方法まで広くカバーする統合型の勤怠管理システムです。裁量労働制に加え、ジオフェンス打刻制限、セルフィー打刻、オフライン打刻、タスク別打刻、PCログオン・ログオフ打刻、看護師夜勤回数管理に対応するため、外勤営業、店舗・工場、夜勤を含む職場を同一基盤で見たい中堅企業に向きます。FitGapでも勤怠管理で確認されやすい機能を幅広く備える評価で、同タイプでは現場記録を重視する場合の有力候補です。一方、勤怠ダッシュボードは追加オプション、タイムゾーン対応は非対応です。海外拠点や個別カスタマイズ、外部ツールとのリアルタイム連携を重視する企業は、連携方式やエンタープライズ向け製品と比較して下さい。
価格
要問合せ
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

大企業・複雑な就業規則に対応する高機能エンタープライズタイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員数1,000名以上の大企業や、多拠点・複数労働制度を厳格に管理する必要がある組織、セキュリティ要件が厳しい業界の企業

どんなタイプか:

専門業務型・企画業務型、拠点別就業規則、36協定監視などを細かく設定し、複数制度を厳密に管理するタイプです。クラウドとオンプレ対応や統制機能の厚さが特徴です。

このタイプで重視すべき機能:

📋36協定・法定上限の自動監視とコンプライアンスレポート
36協定や法定上限に対する労働時間を監視し、警告や報告用データ出力につなげます。
⚙️専門業務型・企画業務型の制度別ルールエンジン
専門業務型・企画業務型ごとにみなし時間や健康確保措置を設定し、制度差を再現できます。

おすすめ製品3選

COMPANY 勤怠管理システム
おすすめの理由
COMPANY 勤怠管理システムは、統合人事パッケージの一部として勤怠・人事・給与を結び、裁量労働制を含む複雑な就業ルールを全社基盤で管理する製品です。専門業務型と企画業務型を併用し、工数や介護加算勤務まで勤怠と一緒に見たい大企業に向きます。FitGapでは大企業シェアがカテゴリ内1位で、タスク別打刻・予算工数比較・介護加算勤務チェックをこのタイプ内で扱えるのはこの製品だけです。人事給与まで統合したい企業ではCOMPANYが最も一体運用寄りです。一方、セキュリティ評価と料金評価は同ページ内で下位で、導入設計にも専門知識が必要です。セルフィー打刻・チャット打刻を使う現場中心の運用や、少人数で短期導入したい企業は軽量な製品も比べるべきです。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
TimePro-VGは、タイムレコーダー運用で培った就業管理を、クラウド・オンプレミスのどちらでも導入できる中堅〜大企業向けの勤怠管理システムです。裁量労働制を、36協定チェックや長時間労働アラート、給与ソフト連携と合わせて管理したい企業に向きます。既存の人事・給与システムにつなぎ込みたい企業で選びやすく、FitGapでは機能性評価が上位、連携・拡張性は同ページ内で最上位です。タスク別打刻・予算工数比較・介護加算勤務チェックに対応し、製造や医療・福祉の現場勤怠にも寄せやすい点が特徴です。一方、自動シフト生成は追加機能で、ジオフェンス打刻制限とタイムゾーン対応はできません。海外拠点を含む管理やGPSで打刻場所を厳密に制御する企業、少人数で低コストに始めたい企業は他製品も確認が必要です。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
リシテア/就業管理
おすすめの理由
リシテア/就業管理は、日立ソリューションズの人事ソリューション群に属し、個社の就業規則に合わせて細かく作り込む大企業向けの勤怠管理システムです。裁量労働制に加え、フレックスタイム、在宅勤務、申請ワークフローなどを組み合わせ、拠点や部門ごとに異なるルールを設計したい企業に向きます。FitGapでは大企業シェアがカテゴリ内1位で、介護加算勤務チェックとタイムゾーン対応を扱えるため、海外拠点や医療系グループ会社を同じ基盤で統制したい場合に有力です。このタイプでは、標準機能の広さよりもカスタマイズ前提の制度対応を重視する企業に合います。一方、料金評価は下位で、タスク別打刻・予算工数比較・勤怠ダッシュボード・AI勤怠分析などは追加機能です。自動シフト生成やジオフェンス打刻制限、セルフィー打刻も使えないため、現場運用を標準機能中心で早く始めたい企業はTimePro-VGなども比べた方がよいです。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

比較すべき機能の優先度マップ

どこから比較すべきか

製品には数多くの機能がありますが、選定の決め手になるのは一部の機能だけです。そこで各機能を「多くの企業で必要か」と「製品ごとに対応が分かれるか」の2つの軸で4つに分け、比較する順番が分かるように並べました。下の表では、このページに登場した製品が各機能にどう対応しているかを、上から順に確認できます。
標準対応
オプション/条件付き
非対応

選定の決め手

裁量労働制では実労働の把握方法や打刻経路、勤務場所の統制で製品差が出ます。対象者が通常勤務者と混在する企業ほど、運用に合う記録方法を確認してください。
KING OF TIME 勤怠管理
ジョブカン勤怠管理
Touch On Time
マネーフォワード クラウド勤怠
SmartHR 労務管理
ジンジャー勤怠
COMPANY 勤怠管理システム
TimePro-VG
リシテア/就業管理
PCログオンログオフ打刻
PCログイン・ログオフ情報をもとに勤怠を記録する機能
チャット打刻
SlackやLINEなどチャット上で出退勤を入力すると反映される機能
タイムゾーン対応
海外勤務者の時差を考慮し現地時間で打刻を処理する機能
ジオフェンス打刻制限
指定地点・範囲外の打刻を制限できるか

一部の企業で必須

プロジェクト別の工数把握や顔写真による本人確認は、裁量労働制でも職種や内部統制の方針によって必要性が分かれます。該当する運用だけ比較対象にしてください。
KING OF TIME 勤怠管理
ジョブカン勤怠管理
Touch On Time
マネーフォワード クラウド勤怠
SmartHR 労務管理
ジンジャー勤怠
COMPANY 勤怠管理システム
TimePro-VG
リシテア/就業管理
タスク別打刻
タスク単位で打刻・稼働を記録できるか
予算工数比較
プロジェクト予算工数と実績工数を比較できるか
セルフィー打刻
打刻時に顔写真を撮影し本人確認できるか

ほぼ全製品が対応

裁量労働制の勤怠管理では、勤務ルールの柔軟な設定、労基法関連の帳票、基本的なWeb打刻などは多くの製品で対応済みです。まず標準搭載の範囲を確認してください。
KING OF TIME 勤怠管理
ジョブカン勤怠管理
Touch On Time
マネーフォワード クラウド勤怠
SmartHR 労務管理
ジンジャー勤怠
COMPANY 勤怠管理システム
TimePro-VG
リシテア/就業管理
柔軟運用設定
勤務ルール・休暇制度・計算方式などを柔軟に設定できる機能
労基法帳票出力
労基法関連の提出帳票を出力できるか
PC/Web打刻
PCやブラウザから打刻し、勤怠システムに反映する機能
管理者権限ロール
権限ロール設定により操作範囲を制御できる機能

優先度が低い

自動シフト生成やAI分析は、裁量労働制の中核であるみなし時間管理や健康確保措置とは距離があります。必要な業態でなければ優先度を下げて構いません。
KING OF TIME 勤怠管理
ジョブカン勤怠管理
Touch On Time
マネーフォワード クラウド勤怠
SmartHR 労務管理
ジンジャー勤怠
COMPANY 勤怠管理システム
TimePro-VG
リシテア/就業管理
自動シフト生成
希望休・必要人員等を考慮してシフトを自動生成できるか

裁量労働制の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

裁量労働制対応の勤怠管理システムを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
裁量労働制対応の勤怠管理システムの導入で特に押さえておきたいのは「労使協定の内容とシステム設定の整合性確保」と「健康管理措置の実効性を担保する仕組み作り」の2点です。労使協定の内容とシステム設定の整合性確保の面では、裁量労働制の運用では、労使協定で定められた条件を正確にシステムに反映することが重要です。健康管理措置の実効性を担保する仕組み作りについては、裁量労働制では従業員の健康管理がより重要になりますが、システムがアラートを発信するだけでは実効性のある健康管理措置とは言えません。このほか「従業員への制度理解促進と適切な利用指導」「既存の人事制度との整合性確保」「システムの技術的制約と業務要件のギャップ」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

オフィス環境・総務・施設管理
開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携