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フレックス対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/4/9
フレックスタイム制の勤怠管理システムは、単なる出退勤の記録ツールではありません。清算期間ごとの残業自動計算やコアタイム違反の検知、労働時間の過不足をリアルタイムで可視化するなど、フレックス特有の複雑なルールをシステムで正確に処理できるかが導入成否を分けます。しかし、製品によって対応できる制度の複雑さや給与計算との連携方法は大きく異なります。FitGapでは、企業規模や制度の複雑度に応じて3つのタイプに分類し、要件の優先度整理から製品比較までを一貫してガイドします。
レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業向けのクラウド勤怠特化タイプ 🚀
KING OF TIME 勤怠管理
/ ジョブカン勤怠管理
/ Touch On Time
バックオフィス一体型タイプ 🔗
マネーフォワード クラウド勤怠
/ SmartHR 労務管理
/ 楽楽勤怠
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ リシテア/就業管理
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

中小企業向けのクラウド勤怠特化タイプ 🚀

このタイプが合う企業:

従業員数が数十〜数百名規模で、フレックスタイム制の勤怠管理をクラウドで効率化したい中小企業の人事・労務担当者

どんなタイプか:

従業員数が数十名〜数百名規模の企業に向いている、勤怠管理に特化したクラウドサービスです。フレックスタイム制のコアタイム・フレキシブルタイムの設定や、清算期間内の総労働時間の自動集計といった機能をシンプルな画面で提供してくれます。FitGapでは、初めてフレックス対応の勤怠管理システムを導入する企業には、まずこのタイプから検討することをおすすめしています。導入コストが比較的低く、無料トライアルが用意されている製品も多いため、操作感を試してから本番運用に入れるのが大きなメリットです。

このタイプで重視すべき機能:

コアタイム・フレキシブルタイムの柔軟設定
コアタイムやフレキシブルタイムの時間帯を部署・雇用形態ごとに細かく設定でき、フルフレックスにも対応します。清算期間(1〜3か月)ごとの総労働時間を自動集計し、不足・超過をリアルタイムで可視化してくれます。
📱多彩な打刻方法とアラート通知
PC・スマホ・ICカード・指紋認証・顔認証など多彩な打刻方法に対応しており、テレワークや直行直帰でも正確に記録できます。打刻漏れや残業超過時にはアラートが自動通知されるため、管理者の確認負担を大幅に減らせます。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
フレックスタイム制を運用しつつ、残業や深夜勤務、オフライン環境での打刻など要件が複層化しやすい中小企業で候補になる製品です。フレックスタイム制対応・変形労働時間制対応・オフライン打刻・ジオフェンス打刻制限・PCログオンログオフ打刻がすべて○(対応)で、36項目の要件対応率はおすすめ9製品中2位(31件対応)です。FitGapの機能性評価・サポート評価・セキュリティ評価はいずれもおすすめ9製品中1位タイで、人事担当者が1〜2名で複数の勤務形態を回す体制でも運用設計を外部に頼らず進めやすいです。全体平均シェアもおすすめ9製品中1位で採用実績の広さが判断材料になります。一方でAI勤怠分析・予算工数比較は×(非対応)のため、工数分析を軸に据えたい企業には別タイプの検討が必要です。セルフィー打刻は追加オプションとなる点も事前に確認が要ります。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
フレックスタイム制に加えて、店舗アルバイトや現場作業員のシフトも同じ基盤でまわしたい中小企業で候補になる製品です。フレックスタイム制対応・シフトパターン登録・シフト管理ソフト連携・代休振替休日自動付与がすべて○(対応)で、シフト希望提出は追加オプションで拡張できます。飲食宿泊・建設不動産・生活関連サービスの各業種シェアはおすすめ9製品中で上位に位置し、パート・アルバイト比率が高い職場での採用が判断材料になります。FitGapの料金評価はおすすめ9製品中4位タイ、使いやすさ評価は3位タイで、経理・労務の専任者が少ない中小企業でも月次締めの負荷を抑えやすいです。一方でPCログオンログオフ打刻は×(非対応)、タスク別打刻やセルフィー打刻は追加オプションのため、内勤中心で在席実績を厳密に押さえたい企業は他タイプと比較する必要があります。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
製造現場や店舗バックヤードなど、複数の打刻デバイスを混在させて使う中小企業で候補になる製品です。全体平均シェアはおすすめ9製品中2位で、製造業シェアおよび卸売小売業シェアもおすすめ9製品中1位タイと、現場系業種での採用実績が判断の裏付けになります。フレックスタイム制対応・変形労働時間制対応・短時間労働契約管理・代休振替休日自動付与が○(対応)で、パート・契約社員・正社員が混在する職場の勤怠集計を1つの基盤にまとめられます。一方で自動シフト生成・ジオフェンス打刻制限・打刻端末連携・チャット打刻は×(非対応)で、FitGapの連携評価とサポート評価はおすすめ9製品中9位です。36項目の要件対応率もおすすめ9製品中6位(27件対応)のため、直行直帰型の営業やテレワーク比率の高いオフィスワーカー中心の組織では、打刻手段の選択肢が広いKING OF TIMEやジョブカン勤怠管理との比較が必要です。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

バックオフィス一体型タイプ 🔗

このタイプが合う企業:

給与計算・人事労務・経費精算など複数のバックオフィス業務を一元化したい中小〜中堅企業の管理部門

どんなタイプか:

勤怠管理だけでなく、給与計算・人事管理・経費精算などのバックオフィス業務をまとめて一つのプラットフォームで運用できるタイプです。フレックスタイム制で集計した労働時間データがそのまま給与計算や社会保険手続きに連携されるため、データの二重入力や転記ミスを大幅に削減できます。FitGapとしては、すでに同シリーズの給与計算や人事管理を使っている企業、あるいはバックオフィスのDXをまとめて進めたい企業にこのタイプをおすすめします。

このタイプで重視すべき機能:

🔄給与計算・人事労務との自動データ連携
フレックスの清算期間で集計された総労働時間・残業時間・深夜労働時間などが、給与計算モジュールに自動で引き渡されます。手入力や CSV 取り込みの手間が不要になり、締め日後の給与処理スピードが大幅に向上します。
従業員セルフサービスによる申請・承認
残業申請・有休申請・勤務時間修正などをスマホやPCから従業員自身が行い、上長がワンクリックで承認できます。フレックス勤務で出退勤が不規則でも、ペーパーレスで申請フローが完結するため管理工数を削減できます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
マネーフォワード クラウドシリーズの給与・人事・社会保険をすでに使っている、または一括で揃えたい中小企業で候補になる製品です。フレックスタイム制対応・変形労働時間制対応・柔軟運用設定に○(対応)しており、清算期間の集計結果をそのまま同シリーズの給与計算へ渡せるため、フレックスの残業・不足時間の転記作業を省ける運用が組めます。FitGapの操作性・導入しやすさ・料金の3評価はいずれもおすすめ9製品中1位タイで、中小企業シェアも1位タイのため、経理・労務を兼任で回す30〜100名規模でも立ち上げやすい構成です。一方でオフライン打刻・ジオフェンス打刻制限・セルフィー打刻・PCログオンログオフ打刻はいずれも×(非対応)で、要件対応率はおすすめ9製品中8位(36項目中24件対応)にとどまります。建設現場や店舗で端末ごとの厳密な打刻統制を効かせたいフレックス運用には向きません。
価格
2,980円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
SmartHR 労務管理
おすすめの理由
入退社手続きや年末調整、従業員データベースをSmartHR側に集約しつつ、そこからフレックス勤務者の勤怠まで同一基盤で管理したい企業に向く製品です。フレックスタイム制対応・変形労働時間制対応・時間単位有休・テレワーク区分管理に○(対応)しており、人事情報と紐づいた状態でコアタイムやフレキシブルタイムの個別設定を運用できます。IT、インターネット業界シェアはおすすめ9製品中1位で、人材・派遣業界シェアも9相当のため、従業員の入れ替わりが多い業界で人事DBと勤怠を一体で回したい場合の候補になります。一方、要件対応率はおすすめ9製品中9位(36項目中20件対応)で、派遣労働者管理・ライン別シフト割当・オフライン打刻・ジオフェンス打刻制限はいずれも×(非対応)、現場単位勤怠集計・勤怠ダッシュボード・CSV/PDF出力は追加オプションでの対応となります。現場・製造ラインでの細かなシフト運用や集計帳票を標準機能で完結させたい企業では物足りなくなります。
価格
0円~
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
楽楽シリーズで経費精算や電子帳簿保存をすでに使っている中堅企業が、フレックス勤務の打刻・集計・申請承認まで同じ運用思想でまとめたい場合に候補になる製品です。フレックスタイム制対応・変形労働時間制対応・柔軟運用設定に加え、バックオフィス一体型3製品のなかでは唯一、自動シフト生成・セルフィー打刻・タスク別打刻に○(対応)しており、清算期間内のシフト調整とフレキシブルタイムの運用幅を広く取れます。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中3位タイ(36項目中30件対応)、導入しやすさ・料金の2評価はそれぞれおすすめ9製品中1位タイのため、フレックス運用が初めての企業でもコアタイムやフレキシブルタイムの設定から始めやすい構成です。ただし、オフライン打刻とPCログオンログオフ打刻は×(非対応)、予算工数比較も×(非対応)のため、通信環境が不安定な拠点や工数予実管理を重視する企業は別タイプを検討する余地があります。
価格
30,000円
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員数が数千名以上、または複数の勤務体系が混在する大企業・グループ企業の人事部門・情報システム部門

どんなタイプか:

数千名〜数万名規模の大企業や、部署ごとに異なる就業ルール(フレックス・変形労働・シフト制・裁量労働制の混在など)を運用している企業向けのタイプです。フレックスタイム制とそれ以外の勤務体系が社内に併存していても、すべての就業規則を一つのシステム上で正確に管理できます。FitGapでは、従業員規模が大きい企業や、グループ会社ごとに勤務制度が異なるケースにはこのタイプが最適と考えています。導入・設定にはある程度の期間とコストがかかりますが、複雑なルールを確実にシステム化できる安心感があります。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️複数の勤務体系を横断管理する就業ルールエンジン
フレックス・変形労働・シフト制・裁量労働制など、部署や職種ごとに異なる就業ルールをシステム上で同時に運用できます。それぞれのルールに基づいた残業計算・36協定チェックが自動で行われるため、コンプライアンスリスクを最小化できます。
🏗️大規模組織向けの権限管理とワークフロー
事業部・部門・拠点ごとに閲覧・承認権限を細かく設定でき、数千〜数万名規模の組織でも適切な情報統制を維持できます。多段階の承認フローや代理承認にも対応しており、大組織特有の複雑な承認ルートを忠実にシステム化できます。

おすすめ製品3選

COMPANY 勤怠管理システム
おすすめの理由
フレックスと他勤務体系が社内に混在する大企業で、勤怠の細部まで一つのシステムに吸収させたい企業で候補になる製品です。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中1位(36項目中33件対応)で、フレックスタイム制・変形労働時間制に○(対応)しつつ、タイプ内他製品が×(非対応)または追加オプションとする予算工数比較まで○(対応)しています。大企業シェアは同タイプ内で最上位に位置し、電気・ガス・水道や金融・保険での採用実績が判断材料になります。一方、FitGapのセキュリティ評価はおすすめ9製品中9位、機能性評価も8位タイと相対的に下位で、チャット打刻・セルフィー打刻は×(非対応)です。スマホ運用やセキュリティ要件を最優先にする情報通信系の企業には、フレックス併用でもタイプ内他製品との併読をおすすめします。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
フレックスに加え、製造現場や物流拠点の変形労働を同じ基盤で回したい企業で候補になる製品です。FitGapの連携・拡張性評価はおすすめ9製品中単独1位で、機能性・セキュリティ評価も1位タイに並び、既存の人事・給与や現場系システムと勤怠データを結線しやすい位置づけです。業種別シェアでは製造と運輸・郵便でおすすめ9製品中上位に入り、タスク別打刻・予算工数比較・看護師夜勤回数管理・介護加算勤務チェックもすべて○(対応)しています。ただし自動シフト生成は追加オプション、タイムゾーン対応は×(非対応)で、海外拠点を含むグローバル運用や店舗シフト自動編成を主目的とする企業には向きません。FitGapの操作性評価はおすすめ9製品中8位タイのため、現場ユーザーの画面体験を最優先する企業は慎重な評価をおすすめします。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
リシテア/就業管理
おすすめの理由
裁量労働やフレックス、交代制が部門ごとに併存する大企業で、まず必須要件だけで立ち上げ、利用範囲を広げながら追加オプションで機能を拡張したい企業で候補になる製品です。大企業シェアはおすすめ9製品中最上位で、製造・情報通信・卸売小売など幅広い業種で採用されており、フレックスタイム制・変形労働時間制・看護師夜勤回数管理・介護加算勤務チェック・タイムゾーン対応まで○(対応)しています。FitGapの機能性・セキュリティ評価はおすすめ9製品中1位タイで、コンプライアンス統制を重視する本社部門の要求に合いやすい位置づけです。一方、FitGapの料金評価はおすすめ9製品中9位で、現場単位勤怠集計・タスク別打刻・予算工数比較・勤怠ダッシュボード・PCログオンログオフ打刻・AI勤怠分析は追加オプション扱いとなります。機能を広く採用するほど費用が積み上がりやすいため、コスト最適化を優先する中堅規模の企業には向きません。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

📅清算期間の柔軟な設定
フレックスタイム制では1〜3ヶ月の清算期間を設定できますが、製品によって対応範囲が異なります。自社の清算期間に合った設定ができるかは最初に確認すべきポイントです。
コアタイム・フレキシブルタイムの個別設定
部署や従業員ごとにコアタイム・フレキシブルタイムを細かく設定できるかどうかは、製品間で差が大きい機能です。スーパーフレックス(コアタイムなし)への対応可否もここで確認しましょう。
🧮フレックス専用の残業自動計算
フレックスタイム制の残業は「清算期間の総労働時間」で判定するため、通常の日次計算とはまったく異なります。法定内残業と法定外残業を自動で正しく分離できる製品を選ぶことが重要です。
🔀複数の勤務体系の混在管理
フレックス適用者と固定時間制の社員が社内に混在するケースは非常に多いです。1つのシステム内で複数の勤務体系を一元管理できるかどうかが、運用負荷を大きく左右します。
🔔労働時間の過不足アラート
清算期間の途中で総労働時間の過不足をリアルタイムに把握できるアラート機能があるかは選定の分かれ目です。過重労働の早期発見や不足時間の調整指示に直結します。
🔗給与計算ソフトとの連携
フレックスの残業計算結果をそのまま給与計算に渡せるかどうかで、月末の業務効率が大きく変わります。自社で利用中の給与ソフトとAPI連携やCSV連携が可能かを必ず確認してください。

一部の企業で必須

📆2〜3ヶ月清算期間への対応
2019年の法改正で清算期間が最大3ヶ月に延長されましたが、すべての製品が対応しているわけではありません。2ヶ月・3ヶ月単位で運用する企業は、対応可否を必ず確認してください。
⚠️コアタイム違反の回数カウントと通知
コアタイムへの遅刻・早退を人事考課に反映させたい企業では、違反回数の自動カウントやアラート通知機能が必要になります。フルフレックスの企業では不要な機能です。
🗓️変形労働時間制との併用管理
フレックスに加えて1ヶ月・1年単位の変形労働時間制を併用している企業では、両方の計算ロジックに対応した製品が必須です。該当しない企業は気にしなくて構いません。
🏠テレワーク・在宅勤務の打刻対応
リモートワークを導入済みの企業では、PCログオンやWebブラウザ打刻など、オフィス外からの正確な勤怠記録手段が必要です。全員出社の企業では優先度が下がります。
📋36協定の上限管理
フレックスでも36協定の時間外労働上限は適用されます。月45時間超の回数管理や年間上限の自動チェック機能が必要かどうかは、残業が多い業種かどうかで判断してください。
🔄不足時間の翌月繰り越し計算
清算期間内に総労働時間が不足した場合、翌月への繰り越し運用をしている企業では、繰り越し分を自動で加算できる機能が必要です。不足分を当月控除する運用なら不要です。

ほぼ全製品が対応

⏱️出退勤の打刻機能
ICカード・スマホ・PC打刻といった基本的な打刻手段は、ほぼすべてのクラウド勤怠管理システムに標準搭載されています。フレックス対応製品であれば打刻方法で困ることはまずありません。
🏖️有給休暇の管理
有給取得日を「標準となる1日の労働時間」分の勤務とみなす処理は、フレックス対応製品であれば基本的に対応しています。有給の自動付与・残日数管理もほぼ標準機能です。
📊勤怠データのCSV出力
集計した勤怠データをCSV形式で出力する機能は、ほぼすべての製品が備えています。外部ツールでの二次集計や給与計算への手動取り込みに利用できます。
承認ワークフロー
残業申請や休暇申請の承認フローは、クラウド勤怠管理システムの基本機能として広く搭載されています。フレックス特有の要件ではないため、対応差はほとんどありません。

優先度が低い

🤖AIによる最適シフト提案
AIが勤務パターンを分析して最適なシフトを提案する機能は先進的ですが、フレックスタイム制では従業員自身が勤務時間を決めるため、活用場面が限られます。
📍GPS打刻・位置情報記録
外回りの多い営業職向けに有用な機能ですが、フレックスタイム制は社内完結型の業務に適した制度です。フレックス導入の目的からすると優先度は低めになります。

フレックス対応の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

フレックス対応の勤怠管理システムを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
注意点はいくつかありますが、なかでも「運用ルールの明確化が必要」「管理者の負担増加」「システム設定の複雑性」が特に重要です。とりわけ運用ルールの明確化が必要については、フレックス制度を効果的に運用するためには、詳細なルール設定と全社への周知徹底が大切です。また管理者の負担増加については、従来の画一的な勤務管理と比べて、管理者の業務が複雑化する傾向があります。このほか「システム設定の複雑性」「コミュニケーション課題の発生」「労務管理の複雑化」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

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