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今の勤怠システムの打刻漏れや集計ミスを減らしたい
フレックス対応の勤怠管理システムおすすめ9選｜タイプ別の選び方ガイド
更新：2026/5/29
フレックスタイム制の勤怠管理システムは、単なる出退勤の記録ツールではありません。清算期間ごとの残業自動計算やコアタイム違反の検知、労働時間の過不足をリアルタイムで可視化するなど、フレックス特有の複雑なルールをシステムで正確に処理できるかが導入成否を分けます。しかし、製品によって対応できる制度の複雑さや給与計算との連携方法は大きく異なります。FitGapでは、企業規模や制度の複雑度に応じて3つのタイプに分類し、要件の優先度整理から製品比較までを一貫してガイドします。
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レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。
おすすめ製品の早見表
| 製品名 | タイプ | 料金 | 企業規模 | 評価ポイント |
|---|---|---|---|---|
| KING OF TIME 勤怠管理 | 中小企業向けのクラウド勤怠特化タイプ 🚀 | 300円ユーザー/月 |
| 勤怠から人事・給与まで一元管理。機能範囲が広くサポートも手厚い。 |
| ジョブカン勤怠管理 | 中小企業向けのクラウド勤怠特化タイプ 🚀 | 0円~ユーザー/月 |
| 必要な勤怠機能だけ選べる。シフト勤務の現場で段階導入しやすい。 |
| Touch On Time | 中小企業向けのクラウド勤怠特化タイプ 🚀 | 300円ユーザー/月 |
| 全機能を低コストで使える勤怠特化型。製造業での利用傾向も強い。 |
| マネーフォワード クラウド勤怠 | バックオフィス一体型タイプ 🔗 | 2,980円月 |
| 勤怠から給与・会計へつなげやすい。中小企業シェアもトップレベル。 |
| SmartHR 労務管理 | バックオフィス一体型タイプ 🔗 | 0円~ |
| 労務手続きと従業員情報を一元管理。使いやすくサポートも手厚い。 |
| 楽楽勤怠 | バックオフィス一体型タイプ 🔗 | 30,000円月 |
| 初めての勤怠管理でも導入しやすい。フレックスや休暇管理も扱える。 |
| COMPANY 勤怠管理システム | 大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢 | 要問合せ |
| 人事・給与と勤怠を全社基盤で統合。大企業での導入シェアが高い。 |
| TimePro-VG | 大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢 | 要問合せ |
| クラウド版とオンプレ版を選択可能。複雑な勤務ルールと連携に強い。 |
| リシテア/就業管理 | 大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢 | 要問合せ |
| 大企業の就業規則に細かく対応。健康管理やAI分析まで広げられる。 |
タイプ別おすすめ製品
中小企業向けのクラウド勤怠特化タイプ 🚀
このタイプが合う企業：
従業員数が数十〜数百名規模で、フレックスタイム制の勤怠管理をクラウドで効率化したい中小企業の人事・労務担当者
どんなタイプか：
フレックス勤務の打刻・コアタイム設定・清算期間の労働時間集計をクラウドで扱う勤怠特化タイプです。低コストで始めやすく、操作確認から本番運用へ移しやすい点が特徴です。
このタイプで重視すべき機能：
⏰コアタイム・フレキシブルタイムの柔軟設定
コアタイムや清算期間を設定し、労働時間の不足・超過をリアルタイムで確認できます。
📱多彩な打刻方法とアラート通知
PC・スマホ・ICカードなどの打刻を記録し、漏れや残業超過を自動通知して確認負担を減らします。
おすすめ製品３選
KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
複雑な勤務ルールを一通り標準機能で押さえたい中小企業向け
KING OF TIME 勤怠管理は、フレックスタイム制に加えて残業・深夜勤務、複数の打刻方法、申請承認まで標準的に固めやすい多機能型のクラウド勤怠です。
人事担当者が少ない中小企業でも複雑な勤務ルールを回しやすく、FitGapでは機能性・サポート・セキュリティ評価が同ページのおすすめ製品内で最上位、フレックス、変形労働時間、オフライン打刻、ジオフェンス打刻制限、PCログオンログオフ打刻に対応しています。
特に内勤と現場、在宅勤務が混在し、勤怠から人事労務・給与計算まで連動させたい企業に向きます。
一方、クラウド提供のみで自社サーバー運用はできず、独自仕様を前提にした大きなカスタマイズも苦手です。AI勤怠分析や予算工数比較を重視する企業、セルフィー打刻を標準で使いたい企業は他製品も比較して下さい。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
- 使いやすさ
- セットアップ
- 料金
- サポート充実
- 連携・拡張性
- 機能性
- セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
フレックスと店舗シフトを同じ仕組みで回したい中小企業向け
ジョブカン勤怠管理は、必要な機能を選んで組み合わせやすい、シフト運用に強いクラウド勤怠です。
フレックスタイム制を使いながら店舗・現場の勤務表も同じ仕組みで回したい中小企業に向き、FitGapでは操作性評価が高く、フレックス、シフトパターン登録、シフト管理ソフト連携、代休・振替休日の自動付与に対応しています。
飲食・宿泊、建設・不動産、生活関連サービスなどシフト勤務が発生しやすい業種で候補にしやすい製品です。KING OF TIMEが多機能な一体運用を重視する選択肢なら、ジョブカンは必要機能から始めて費用と運用範囲を調整しやすい点が魅力です。
一方、PCログオンログオフ打刻は使えず、タスク別打刻やセルフィー打刻は追加オプションです。給与計算や人事管理まで単体でまとめたい企業、10名超で無料運用を続けたい企業は費用と連携範囲を確認して下さい。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
- 使いやすさ
- セットアップ
- 料金
- サポート充実
- 連携・拡張性
- 機能性
- セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
Touch On Time
おすすめの理由
多彩な打刻方法で勤怠集計を一本化したい中小企業におすすめ
Touch On Timeは、勤怠業務に絞りながら、PC・スマートフォン・ICカード・指紋認証など複数の打刻方法とクラウド集計を組み合わせられる勤怠特化製品です。
フレックスタイム制、変形労働時間制、時間単位有休、代休・振替休日の自動付与、労基法帳票出力に対応しており、勤務ルールが複数ある中小企業でも集計を一本化しやすい点が強みです。
FitGapでは中小企業シェアがカテゴリ95製品中7位、製造業シェアが1位で、工場・店舗・現場勤務を含む企業でも候補にしやすいです。1人月額300円でシフト管理やCSV/PDF出力まで使えるため、費用を抑えつつフレックス勤怠を整えたい企業に向きます。
一方、給与計算や人事評価は含まれず、給与反映は別ソフト連携が前提です。自動シフト生成、ジオフェンス打刻制限、チャット打刻を重視する場合や、既存端末をそのまま使いたい場合は他製品も比較して下さい。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
- 使いやすさ
- セットアップ
- 料金
- サポート充実
- 連携・拡張性
- 機能性
- セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
バックオフィス一体型タイプ 🔗
このタイプが合う企業：
給与計算・人事労務・経費精算など複数のバックオフィス業務を一元化したい中小〜中堅企業の管理部門
どんなタイプか：
勤怠、給与計算、人事労務、経費精算を同じ基盤で扱うバックオフィス一体型です。フレックスの労働時間データを給与・手続きへ連携し、転記や二重入力を減らします。
このタイプで重視すべき機能：
🔄給与計算・人事労務との自動データ連携
清算期間の労働時間や残業時間を給与計算へ連携し、締め後の手入力を減らします。
✅従業員セルフサービスによる申請・承認
残業・有休・勤務修正の申請承認をオンライン化し、紙や個別確認の工数を減らします。
おすすめ製品３選
マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
フレックスの勤怠を給与・会計までつなげたい中小企業向け
マネーフォワード クラウド勤怠は、勤怠を単体で置くよりも給与・会計まで同じクラウドでつなげたい企業向けのバックオフィス一体型勤怠システムです。
フレックスタイム制、変形労働時間制、柔軟運用設定に対応し、確定した勤怠データをマネーフォワード クラウド給与へ連携できるため、清算期間の残業・不足時間を給与計算へ渡す運用を作りやすいです。
FitGapでは操作性・導入しやすさ・料金が同ページ内で1位タイ、中小企業シェアも1位タイで、労務と経理を少人数で兼務する中小企業に向きます。
一方、オフライン打刻、ジオフェンス打刻制限、セルフィー打刻、PCログオンログオフ打刻には非対応です。現場や店舗で本人確認・位置制限まで厳密に行うフレックス運用は、打刻統制に強い製品と比較してください。
価格
2,980円
月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
- 使いやすさ
- セットアップ
- 料金
- サポート充実
- 連携・拡張性
- 機能性
- セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
SmartHR 労務管理
おすすめの理由
人事労務データと一体でフレックス勤務を管理したい企業向け
SmartHR 労務管理は、勤怠管理を入退社手続きや年末調整、雇用契約、従業員データベースと同じ基盤に載せる、人事労務寄りのバックオフィス一体型製品です。
フレックスタイム制、変形労働時間制、時間単位有休、テレワーク区分管理に対応し、人事情報と紐づけてフレックス勤務者を管理したい企業に向きます。
FitGapでは操作性とサポート評価がカテゴリ94製品中1位で、従業員自身が入力・申請する運用を広げやすい点も強みです。
一方、給与計算はSmartHR単体では完結せず、派遣労働者管理、ライン別シフト割当、オフライン打刻、ジオフェンス打刻制限も非対応です。勤怠ダッシュボードやCSV/PDF出力は追加オプションのため、製造ラインや現場単位の細かなシフト・集計を標準機能で完結したい企業は他製品も比較してください。
価格
0円~
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
- 使いやすさ
- セットアップ
- 料金
- サポート充実
- 連携・拡張性
- 機能性
- セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
楽楽勤怠
おすすめの理由
初めてフレックス制度をシステム化する中小・中堅企業向け
楽楽勤怠は、楽楽シリーズ周辺のバックオフィス運用に勤怠管理を加えやすいクラウド型システムです。
フレックスタイム制、変形労働時間制、時間単位有休、代休・振替休日の自動付与、シフト登録や勤怠ダッシュボードに対応し、コアタイムや清算期間を伴うフレックス運用を人事労務側で管理しやすい構成です。
FitGapでは導入しやすさがカテゴリ94製品中1位、操作性も5位で、初めて制度をシステム化する中小〜中堅企業に向きます。
一方、オフライン打刻やPCログオン・ログオフ打刻、予算工数比較は非対応で、工数管理はオプションです。通信環境が途切れやすい拠点や、勤怠と工数予実を一体で見たい企業、大企業の複雑な組織管理では他製品も比較して下さい。
価格
30,000円
月
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
- 使いやすさ
- セットアップ
- 料金
- サポート充実
- 連携・拡張性
- 機能性
- セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢
このタイプが合う企業：
従業員数が数千名以上、または複数の勤務体系が混在する大企業・グループ企業の人事部門・情報システム部門
どんなタイプか：
フレックス、変形労働、シフト制など複数の勤務体系を一つの基盤で管理するタイプです。部門別ルールや承認権限を細かく設定し、複雑な就業規則をシステム化できます。
このタイプで重視すべき機能：
⚙️複数の勤務体系を横断管理する就業ルールエンジン
部署や職種ごとの就業ルールを同時運用し、残業計算や36協定チェックを自動化します。
🏗️大規模組織向けの権限管理とワークフロー
部門・拠点別の閲覧権限と多段階承認を設定し、大規模組織の情報統制を保ちます。
おすすめ製品３選
COMPANY 勤怠管理システム
おすすめの理由
勤怠を人事・給与と一体で全社管理したい大企業におすすめ
COMPANY 勤怠管理システムは、大企業向け統合人事パッケージの一部として、勤怠を人事・給与と一体で扱う全社基盤型の製品です。
フレックスと変形労働時間制が混在し、部門別ルールや予算工数比較まで同じ仕組みに載せたい企業に向き、FitGapでもフレックスタイム制、変形労働時間制、柔軟運用設定、予算工数比較への対応と大企業シェアの高さが確認できます。
特に勤怠データを給与計算や人事情報へつなげて、拠点・部署を横断管理したい大企業で候補になります。
一方、チャット打刻・セルフィー打刻は非対応で、同タイプ内ではセキュリティ評価も低めです。スマホ打刻の多様さや情報セキュリティを最優先する企業、小規模で素早く始めたい企業は、軽量なクラウド勤怠や他製品も比較してください。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
- 使いやすさ
- セットアップ
- 料金
- サポート充実
- 連携・拡張性
- 機能性
- セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
TimePro-VG
おすすめの理由
製造・物流の複雑な勤務ルールまでまとめたい中堅・大企業向け
TimePro-VGは、アマノの就業管理シリーズとして、フレックスだけでなく製造現場や物流拠点の変形労働・シフト勤務まで同じ基盤で管理しやすい製品です。
クラウドとオンプレミスを選べ、人事・給与や現場系システムとの接続を重視する中堅〜大企業に向きます。
FitGapでは連携・拡張性が同ページ内で最上位、機能性・セキュリティも高く、タスク別打刻、予算工数比較、看護師夜勤回数管理、介護加算勤務チェックにも対応しています。特に製造・運輸のように拠点や勤務ルールが複雑な企業で候補になります。
一方、自動シフト生成は追加オプション、タイムゾーン対応は非対応です。海外拠点を含む運用や、画面の使いやすさを最優先する現場では、操作性や導入負荷を他製品と比べて確認してください。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
- 使いやすさ
- セットアップ
- 料金
- サポート充実
- 連携・拡張性
- 機能性
- セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
リシテア/就業管理
おすすめの理由
段階導入で全社の就業管理を固めたい大企業におすすめ
リシテア/就業管理は、日立ソリューションズの人事総合ソリューションに属し、フレックスや在宅勤務、交代制などを大企業の就業規則に合わせて細かく設計できる製品です。
必須機能から始め、利用範囲を広げながら高度な機能を追加していく運用に向きます。
FitGapでは大企業シェアが高く、機能性・セキュリティ評価も同ページ内で上位で、フレックスタイム制、変形労働時間制、タイムゾーン対応、看護師夜勤回数管理などをカバーします。コンプライアンス統制や健康管理・AI分析まで視野に入れる本社主導の大規模導入で候補になります。
一方、料金評価は低めで、現場単位の勤怠集計、タスク別打刻、予算工数比較、勤怠ダッシュボード、PCログオンログオフ打刻、AI勤怠分析は追加オプションです。費用を抑えたい中堅企業や標準機能で完結させたい企業は比較が必要です。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
- 使いやすさ
- セットアップ
- 料金
- サポート充実
- 連携・拡張性
- 機能性
- セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
比較すべき機能の優先度マップ
どこから比較すべきか
製品には数多くの機能がありますが、選定の決め手になるのは一部の機能だけです。そこで各機能を「多くの企業で必要か」と「製品ごとに対応が分かれるか」の2つの軸で4つに分け、比較する順番が分かるように並べました。下の表では、このページに登場した製品が各機能にどう対応しているかを、上から順に確認できます。
標準対応
オプション/条件付き
非対応
選定の決め手
フレックス勤務の実打刻をどこまで正確に拾えるかは製品差が出ます。現場・在宅・PC作業など、自社の働き方に近い記録方法から確認してください。
KING OF TIME 勤怠管理 | ジョブカン勤怠管理 | Touch On Time | マネーフォワード クラウド勤怠 | SmartHR 労務管理 | 楽楽勤怠 | COMPANY 勤怠管理システム | TimePro-VG | リシテア/就業管理 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
オフライン打刻 圏外時に端末内保持し復帰後に打刻同期できるか | |||||||||
PCログオンログオフ打刻 PCログイン・ログオフ情報をもとに勤怠を記録する機能 | |||||||||
チャット打刻 SlackやLINEなどチャット上で出退勤を入力すると反映される機能 | |||||||||
タスク別打刻 タスク単位で打刻・稼働を記録できるか | |||||||||
ジオフェンス打刻制限 指定地点・範囲外の打刻を制限できるか |
一部の企業で必須
海外拠点、顔写真確認、工数予算管理、医療・介護の勤務制約がある場合に重要です。該当しない企業では、優先度を下げて比較できます。
KING OF TIME 勤怠管理 | ジョブカン勤怠管理 | Touch On Time | マネーフォワード クラウド勤怠 | SmartHR 労務管理 | 楽楽勤怠 | COMPANY 勤怠管理システム | TimePro-VG | リシテア/就業管理 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイムゾーン対応 海外勤務者の時差を考慮し現地時間で打刻を処理する機能 | |||||||||
セルフィー打刻 打刻時に顔写真を撮影し本人確認できるか | |||||||||
予算工数比較 プロジェクト予算工数と実績工数を比較できるか | |||||||||
看護師夜勤回数管理 看護師の夜勤回数・休息日数制約を自動チェックできるか | |||||||||
介護加算勤務チェック 介護加算要件に基づく勤務割当を自動チェックできるか |
ほぼ全製品が対応
フレックス対応の勤怠管理では、多くの製品が基本的な制度設定や打刻、承認、データ出力に対応しています。まず標準搭載の範囲を確認してください。
KING OF TIME 勤怠管理 | ジョブカン勤怠管理 | Touch On Time | マネーフォワード クラウド勤怠 | SmartHR 労務管理 | 楽楽勤怠 | COMPANY 勤怠管理システム | TimePro-VG | リシテア/就業管理 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
フレックスタイム制対応 コアタイム・清算期間を含むフレックスタイム制に対応できるか | |||||||||
柔軟運用設定 勤務ルール・休暇制度・計算方式などを柔軟に設定できる機能 | |||||||||
PC/Web打刻 PCやブラウザから打刻し、勤怠システムに反映する機能 | |||||||||
CSV/PDF出力 勤怠データやレポートをファイル出力する機能 |
優先度が低い
AIによる勤怠分析は対応製品が限られ、フレックス制度の運用開始時に必須とは言いにくい項目です。高度な分析まで求める場合だけ確認してください。
KING OF TIME 勤怠管理 | ジョブカン勤怠管理 | Touch On Time | マネーフォワード クラウド勤怠 | SmartHR 労務管理 | 楽楽勤怠 | COMPANY 勤怠管理システム | TimePro-VG | リシテア/就業管理 | |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
AI勤怠分析 AIを活用して勤怠データの分析・異常検知・最適化を行う機能 |
フレックス対応の勤怠管理システムの選び方
1.フレックス運用の範囲を決める
まず、対象人数、勤務体系の混在度、給与計算や人事労務まで連携するかを整理します。数十〜数百名で勤怠管理を早く整えるなら「中小企業向けのクラウド勤怠特化タイプ 🚀」、給与や労務までまとめたいなら「バックオフィス一体型タイプ 🔗」、部門ごとにフレックス・変形労働・シフト制が混在するなら「大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢」を起点に候補を絞ります。
よくある質問
フレックスタイム制に対応した勤怠管理システムでは何ができますか？
コアタイムの有無や清算期間を設定し、日々の労働時間ではなく清算期間の総労働時間で過不足や残業を自動計算できます。KING OF TIMEはコアタイムの設定と清算期間ごとの集計に対応し、労働時間の過不足をリアルタイムに可視化できます。フルフレックスや複数の勤務パターンを再現できるかが要点です。
清算期間の労働時間の過不足を自動で計算できますか？
できます。清算期間を1か月や3か月で設定すると、総労働時間に対する過不足を自動で計算し、不足分の控除や超過分の残業を正しく処理できます。コアタイムを設けた場合は、その時間帯の遅刻・早退も検知できます。過不足をリアルタイムに見える化できる製品なら、期末の調整に慌てずに済みます。
コアタイムなしのフルフレックスにも対応できますか？
対応できます。コアタイムを設けないフルフレックスでも、清算期間の総労働時間で管理し、出退勤の時刻が日によって変わっても正しく集計できます。部署や個人ごとに清算期間やコアタイムを変える運用も、設定できる製品なら再現できます。自社のフレックス規程をどこまで再現できるかを確かめておきましょう。
フレックス対応の勤怠管理システムの費用はどのくらいですか？
1ユーザー月300円前後が中心で、無料から始められる製品もあります。KING OF TIMEやTouch On Timeは月300円、ジョブカンやSmartHRは無料枠から使えます。給与まで一体のマネーフォワードクラウド勤怠は月2,980円、初導入向けの楽楽勤怠は月30,000円、大企業向けのCOMPANYやリシテアは要問い合わせです。人数と必要機能で比べましょう。
フレックスに対応していない勤怠管理だと何が困りますか？
日々の所定労働時間で残業を判定する製品だと、清算期間で精算するフレックスの労働時間を正しく計算できず、残業代の過不足が生じます。コアタイムや清算期間を設定し、総労働時間で自動計算できる製品を選ぶと、手作業の補正や計算ミスを防げます。自社の清算期間やコアタイムを再現できるかを試しましょう。
※掲載している機能・対応範囲・料金は一般的な目安です。製品・プラン・契約条件により異なる場合があるため、導入前に各製品の最新の公式情報や比較表でご確認ください。
サービスカテゴリ
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