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フレックス対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
フレックスタイム制の勤怠管理システムは、単なる出退勤の記録ツールではありません。清算期間ごとの残業自動計算やコアタイム違反の検知、労働時間の過不足をリアルタイムで可視化するなど、フレックス特有の複雑なルールをシステムで正確に処理できるかが導入成否を分けます。しかし、製品によって対応できる制度の複雑さや給与計算との連携方法は大きく異なります。FitGapでは、企業規模や制度の複雑度に応じて3つのタイプに分類し、要件の優先度整理から製品比較までを一貫してガイドします。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
中小企業向けのクラウド勤怠特化タイプ 🚀
KING OF TIME 勤怠管理
/ ジョブカン勤怠管理
/ Touch On Time
バックオフィス一体型タイプ 🔗
マネーフォワード クラウド勤怠
/ SmartHR 労務管理
/ 楽楽勤怠
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ リシテア/就業管理
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
少人数
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タイプ別お勧め製品

中小企業向けのクラウド勤怠特化タイプ 🚀

このタイプが合う企業:

従業員数が数十〜数百名規模で、フレックスタイム制の勤怠管理をクラウドで効率化したい中小企業の人事・労務担当者

どんなタイプか:

従業員数が数十名〜数百名規模の企業に向いている、勤怠管理に特化したクラウドサービスです。フレックスタイム制のコアタイム・フレキシブルタイムの設定や、清算期間内の総労働時間の自動集計といった機能をシンプルな画面で提供してくれます。FitGapでは、初めてフレックス対応の勤怠管理システムを導入する企業には、まずこのタイプから検討することをおすすめしています。導入コストが比較的低く、無料トライアルが用意されている製品も多いため、操作感を試してから本番運用に入れるのが大きなメリットです。

このタイプで重視すべき機能:

コアタイム・フレキシブルタイムの柔軟設定
コアタイムやフレキシブルタイムの時間帯を部署・雇用形態ごとに細かく設定でき、フルフレックスにも対応します。清算期間(1〜3か月)ごとの総労働時間を自動集計し、不足・超過をリアルタイムで可視化してくれます。
📱多彩な打刻方法とアラート通知
PC・スマホ・ICカード・指紋認証・顔認証など多彩な打刻方法に対応しており、テレワークや直行直帰でも正確に記録できます。打刻漏れや残業超過時にはアラートが自動通知されるため、管理者の確認負担を大幅に減らせます。

おすすめ製品3選

クラウド勤怠管理のシェアトップクラスで、フレックスタイム制の清算期間設定や残業集計機能が充実しています。多彩な打刻方式と手厚いサポート体制が中小企業に支持されています。
月額200円〜という低コストで導入でき、フレックス対応のほかシフト管理・休暇管理・工数管理まで幅広くカバーします。累計25万社以上の導入実績を持つ定番製品です。
初期費用無料で始められるクラウド勤怠管理で、フレックスタイム制や変形労働時間制にも柔軟に対応します。指紋・ICカードなどの打刻デバイスとの連携が強く、現場での運用がしやすい点が特長です。
KING OF TIME 勤怠管理
ジョブカン勤怠管理
Touch On Time
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
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メリットと注意点
メリットと注意点
メリットと注意点
仕様・機能
仕様・機能
仕様・機能

バックオフィス一体型タイプ 🔗

このタイプが合う企業:

給与計算・人事労務・経費精算など複数のバックオフィス業務を一元化したい中小〜中堅企業の管理部門

どんなタイプか:

勤怠管理だけでなく、給与計算・人事管理・経費精算などのバックオフィス業務をまとめて一つのプラットフォームで運用できるタイプです。フレックスタイム制で集計した労働時間データがそのまま給与計算や社会保険手続きに連携されるため、データの二重入力や転記ミスを大幅に削減できます。FitGapとしては、すでに同シリーズの給与計算や人事管理を使っている企業、あるいはバックオフィスのDXをまとめて進めたい企業にこのタイプをおすすめします。

このタイプで重視すべき機能:

🔄給与計算・人事労務との自動データ連携
フレックスの清算期間で集計された総労働時間・残業時間・深夜労働時間などが、給与計算モジュールに自動で引き渡されます。手入力や CSV 取り込みの手間が不要になり、締め日後の給与処理スピードが大幅に向上します。
従業員セルフサービスによる申請・承認
残業申請・有休申請・勤務時間修正などをスマホやPCから従業員自身が行い、上長がワンクリックで承認できます。フレックス勤務で出退勤が不規則でも、ペーパーレスで申請フローが完結するため管理工数を削減できます。

おすすめ製品3選

マネーフォワードクラウドシリーズの一つで、給与・人事・社会保険と緊密に連携します。フレックスの清算期間は最長3か月まで対応し、労働時間の過不足繰越にも対応している点が実務で重宝されます。
入退社手続き・年末調整などの労務管理に強みを持ち、勤怠データとの連携で人事情報を一元管理できます。従業員データベースが充実しており、フレックス勤務者を含む多様な雇用形態の管理に適しています。
楽楽シリーズとして経費精算などとの連携が可能で、直感的なUIにより導入後の定着率が高い製品です。コアタイム設定やフレキシブルタイム設定がわかりやすく、フレックス導入が初めての企業でも迷わず運用を始められます。
マネーフォワード クラウド勤怠
SmartHR 労務管理
楽楽勤怠
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中小企業
中堅企業
大企業
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メリットと注意点
メリットと注意点
メリットと注意点
仕様・機能
仕様・機能
仕様・機能

大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員数が数千名以上、または複数の勤務体系が混在する大企業・グループ企業の人事部門・情報システム部門

どんなタイプか:

数千名〜数万名規模の大企業や、部署ごとに異なる就業ルール(フレックス・変形労働・シフト制・裁量労働制の混在など)を運用している企業向けのタイプです。フレックスタイム制とそれ以外の勤務体系が社内に併存していても、すべての就業規則を一つのシステム上で正確に管理できます。FitGapでは、従業員規模が大きい企業や、グループ会社ごとに勤務制度が異なるケースにはこのタイプが最適と考えています。導入・設定にはある程度の期間とコストがかかりますが、複雑なルールを確実にシステム化できる安心感があります。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️複数の勤務体系を横断管理する就業ルールエンジン
フレックス・変形労働・シフト制・裁量労働制など、部署や職種ごとに異なる就業ルールをシステム上で同時に運用できます。それぞれのルールに基づいた残業計算・36協定チェックが自動で行われるため、コンプライアンスリスクを最小化できます。
🏗️大規模組織向けの権限管理とワークフロー
事業部・部門・拠点ごとに閲覧・承認権限を細かく設定でき、数千〜数万名規模の組織でも適切な情報統制を維持できます。多段階の承認フローや代理承認にも対応しており、大組織特有の複雑な承認ルートを忠実にシステム化できます。

おすすめ製品3選

大企業向けERPパッケージとして豊富な導入実績を持ち、フレックスを含むあらゆる勤務体系を一元管理できます。人事・給与・就業をワンパッケージで提供し、グループ全体のガバナンス強化に貢献します。
勤怠管理90年以上の実績を持つアマノが提供する中・大規模企業向けソリューションです。フレックスタイム制と通常勤務が混在する職場でも自動で正確な勤怠集計を実現し、法改正への迅速な対応力が評価されています。
大企業の複雑な就業管理に特化しており、フレックス・変形労働・交代制勤務など多様な制度を柔軟に設定できます。長年にわたる大手企業への導入ノウハウが蓄積されており、導入支援体制も充実しています。
COMPANY 勤怠管理システム
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メリットと注意点
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メリットと注意点
仕様・機能
仕様・機能
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要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

📅清算期間の柔軟な設定
フレックスタイム制では1〜3ヶ月の清算期間を設定できますが、製品によって対応範囲が異なります。自社の清算期間に合った設定ができるかは最初に確認すべきポイントです。
コアタイム・フレキシブルタイムの個別設定
部署や従業員ごとにコアタイム・フレキシブルタイムを細かく設定できるかどうかは、製品間で差が大きい機能です。スーパーフレックス(コアタイムなし)への対応可否もここで確認しましょう。
🧮フレックス専用の残業自動計算
フレックスタイム制の残業は「清算期間の総労働時間」で判定するため、通常の日次計算とはまったく異なります。法定内残業と法定外残業を自動で正しく分離できる製品を選ぶことが重要です。
🔀複数の勤務体系の混在管理
フレックス適用者と固定時間制の社員が社内に混在するケースは非常に多いです。1つのシステム内で複数の勤務体系を一元管理できるかどうかが、運用負荷を大きく左右します。
🔔労働時間の過不足アラート
清算期間の途中で総労働時間の過不足をリアルタイムに把握できるアラート機能があるかは選定の分かれ目です。過重労働の早期発見や不足時間の調整指示に直結します。
🔗給与計算ソフトとの連携
フレックスの残業計算結果をそのまま給与計算に渡せるかどうかで、月末の業務効率が大きく変わります。自社で利用中の給与ソフトとAPI連携やCSV連携が可能かを必ず確認してください。

一部の企業で必須

📆2〜3ヶ月清算期間への対応
2019年の法改正で清算期間が最大3ヶ月に延長されましたが、すべての製品が対応しているわけではありません。2ヶ月・3ヶ月単位で運用する企業は、対応可否を必ず確認してください。
⚠️コアタイム違反の回数カウントと通知
コアタイムへの遅刻・早退を人事考課に反映させたい企業では、違反回数の自動カウントやアラート通知機能が必要になります。フルフレックスの企業では不要な機能です。
🗓️変形労働時間制との併用管理
フレックスに加えて1ヶ月・1年単位の変形労働時間制を併用している企業では、両方の計算ロジックに対応した製品が必須です。該当しない企業は気にしなくて構いません。
🏠テレワーク・在宅勤務の打刻対応
リモートワークを導入済みの企業では、PCログオンやWebブラウザ打刻など、オフィス外からの正確な勤怠記録手段が必要です。全員出社の企業では優先度が下がります。
📋36協定の上限管理
フレックスでも36協定の時間外労働上限は適用されます。月45時間超の回数管理や年間上限の自動チェック機能が必要かどうかは、残業が多い業種かどうかで判断してください。
🔄不足時間の翌月繰り越し計算
清算期間内に総労働時間が不足した場合、翌月への繰り越し運用をしている企業では、繰り越し分を自動で加算できる機能が必要です。不足分を当月控除する運用なら不要です。

ほぼ全製品が対応

⏱️出退勤の打刻機能
ICカード・スマホ・PC打刻といった基本的な打刻手段は、ほぼすべてのクラウド勤怠管理システムに標準搭載されています。フレックス対応製品であれば打刻方法で困ることはまずありません。
🏖️有給休暇の管理
有給取得日を「標準となる1日の労働時間」分の勤務とみなす処理は、フレックス対応製品であれば基本的に対応しています。有給の自動付与・残日数管理もほぼ標準機能です。
📊勤怠データのCSV出力
集計した勤怠データをCSV形式で出力する機能は、ほぼすべての製品が備えています。外部ツールでの二次集計や給与計算への手動取り込みに利用できます。
承認ワークフロー
残業申請や休暇申請の承認フローは、クラウド勤怠管理システムの基本機能として広く搭載されています。フレックス特有の要件ではないため、対応差はほとんどありません。

優先度が低い

🤖AIによる最適シフト提案
AIが勤務パターンを分析して最適なシフトを提案する機能は先進的ですが、フレックスタイム制では従業員自身が勤務時間を決めるため、活用場面が限られます。
📍GPS打刻・位置情報記録
外回りの多い営業職向けに有用な機能ですが、フレックスタイム制は社内完結型の業務に適した制度です。フレックス導入の目的からすると優先度は低めになります。

フレックス対応の勤怠管理システムの選び方

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かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

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