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中小企業の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年02月27日
中小企業向けの勤怠管理システムは、単なる打刻・集計ツールから、給与計算や労務手続きまでカバーするバックオフィス統合型、さらにはシフト作成・配布まで一体化した製品へと進化しています。つまり「勤怠管理システム」と一括りにしても、製品ごとにカバー範囲がまったく異なるのが実情です。FitGapでは、この違いを「給与ソフトとの関係」と「シフト運用の有無」という2つの軸で3タイプに整理しました。本ガイドでは、タイプ別のおすすめ製品紹介から要件定義・選定ステップまでを一気通貫で解説します。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
勤怠特化タイプ ⏱️
KING OF TIME 勤怠管理
/ Touch On Time
/ AKASHI
バックオフィス一体タイプ 🏢
マネーフォワード クラウド勤怠
/ ジョブカン勤怠管理
/ freee勤怠管理Plus
シフト管理一体タイプ 📅
HRMOS勤怠
/ kincone
/ レコル
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

勤怠特化タイプ ⏱️

このタイプが合う企業:

変形労働・フレックスなど就業ルールが複雑な企業、既存の給与ソフトを変えずに勤怠管理だけをクラウド化したい中小企業

どんなタイプか:

打刻・集計・残業管理・有休管理といった勤怠管理の中核機能を深く作り込んでいるタイプです。変形労働時間制やフレックスなど複雑な就業ルールにも柔軟に対応でき、既存の給与ソフトや労務システムとの外部連携先が豊富に用意されています。FitGapとしては、「今の給与ソフトはそのまま使いたいが、勤怠だけをしっかりクラウド化したい」という企業にまずおすすめしたいタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️複雑な就業ルール設定
年単位の変形労働時間制やフレックス、シフト制、雇用形態ごとの残業集計ルールなど、多様な勤務パターンをシステム上で細かく設定できます。法改正にも自動アップデートで対応してくれるため、人事担当者が手計算で補正する手間がなくなります。
🔗豊富な外部連携(給与・労務)
他社製の給与計算ソフトや人事労務システムとAPI・CSVで幅広く連携できます。勤怠データを手入力で転記する必要がなくなり、締め日作業の工数を大幅に削減できます。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
クラウド勤怠管理でSaaS市場シェアNo.1を誇り、20種類以上の打刻方法と変形労働・フレックスへの柔軟な対応力が強みです。30以上の外部サービスとの連携実績があり、既存システムを活かしやすい点も中小企業に選ばれる理由です。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
専属サポート担当が無料で付き、独自タイムレコーダーによる多彩な打刻手段を提供します。1人あたり月額300円のシンプルな料金体系で、勤怠管理に特化したコストパフォーマンスの高さが中小企業から支持されています。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
工数管理や36協定の超過アラートなど、勤怠データを活用した労務リスク管理機能を備えています。シンプルな操作画面で設定の負担が少なく、勤怠管理を初めてクラウド化する企業でもスムーズに導入できます。
価格
200円
月/ユーザー
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

バックオフィス一体タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

給与計算・経費精算・労務手続きを含めバックオフィスを一括クラウド化したい企業、同一ブランドのシリーズ製品を既に利用中の企業

どんなタイプか:

勤怠管理だけでなく、給与計算・経費精算・労務手続き・人事管理などバックオフィス業務をワンブランドでまとめて効率化できるタイプです。同一メーカーのサービス間でデータが自動連携するため、転記ミスやCSV加工の手間がほぼゼロになります。FitGapでは、バックオフィス全体をこれから一気にクラウド化したい企業や、すでに同シリーズの給与・会計ソフトを使っている企業に特におすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

🔄シリーズ内データ自動連携
勤怠データが同シリーズの給与計算・人事労務・経費精算へワンクリックで連携されます。月末の締め作業でCSVを加工したり手入力で転記したりする工程が不要になり、ミスと工数の両方を大幅に減らせます。
📊管理画面の統一と一元管理
勤怠・給与・労務の情報が1つの管理画面に集約されるため、従業員マスタの二重登録や情報の食い違いが起きません。入退社手続きや組織変更もワンオペレーションで反映でき、少人数の管理部門でも回せます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
マネーフォワード クラウドシリーズ(給与・経費・社会保険など)とシームレスに連携し、バックオフィス全体をまとめてクラウド化できます。中小企業のシェア指標でトップクラスの評価を得ており、分かりやすいUIと充実したサポートが特徴です。
価格
2,980円
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
ジョブカンシリーズ(給与計算・労務HR・経費精算・ワークフロー)と共通IDで連携でき、累計30万社超の導入実績を持ちます。必要な機能だけを追加課金で選べるため、スモールスタートしやすい点が中小企業に好評です。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
freee勤怠管理Plus
おすすめの理由
freee会計・freee人事労務と一体で運用でき、勤怠から給与計算・年末調整・会計仕訳までを自動で繋げられます。スタートアップや少人数企業で広く使われており、経理と人事の兼任担当でも無理なく回せる設計です。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

シフト管理一体タイプ 📅

このタイプが合う企業:

パート・アルバイトを多く抱える飲食・小売・サービス業、シフトの作成・調整に毎月多くの時間をかけている企業

どんなタイプか:

勤怠の打刻・集計機能に加えて、シフトの作成・配布・調整までをひとつのシステムで完結できるタイプです。飲食・小売・介護など、パート・アルバイトが多くシフト運用が複雑な業種で特にその真価を発揮します。FitGapとしては、「シフト表をExcelで作って印刷・配布している」「希望シフトの収集が毎月大変」といった悩みを持つ企業にぴったりのタイプだと考えています。

このタイプで重視すべき機能:

🗓️シフト作成・希望収集の自動化
従業員がスマホから勤務希望を提出し、管理者がシステム上でドラッグ&ドロップでシフトを組めます。人数の過不足が自動でアラート表示されるため、シフト作成にかかる時間を大幅に短縮できます。
💰時給・日給の自動計算
深夜割増や休日割増などの時給区分をあらかじめ設定しておくと、打刻データから自動で給与額を算出します。パート・アルバイトの人数が多くても、給与計算前の手作業による集計・確認の負担が激減します。

おすすめ製品3選

おすすめの理由
1人あたり月額100円からという業界最安水準の料金ながら、シフト管理や有休管理まで備えています。無料プランも用意されており、アルバイト主体の小規模店舗でもコストを気にせず導入しやすい点が魅力です。
価格
0円~
月/人
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
交通系ICカードをかざすだけで打刻と交通費精算を同時に完了できるユニークな仕組みが特徴です。外出や直行直帰が多い現場スタッフの勤怠とシフトを、手間なく一元管理できます。
価格
200円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
1人あたり月額100円のシンプルな料金で、シフト作成から打刻・集計・有休管理までカバーします。画面がシンプルで迷いにくく、ITに不慣れなスタッフが多い現場でもスムーズに定着しやすいと評判です。
価格
100円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

💰給与計算ソフトとのデータ連携
勤怠管理のゴールは正しい給与計算です。自社で使っている(または導入予定の)給与計算ソフトとCSVやAPIでスムーズにデータ連携できるかは、最優先で確認してください。連携がうまくいかないと、結局手作業での転記が残り、システム導入の効果が半減してしまいます。FitGapでは、この連携可否だけで候補が半分以下に絞れるケースも珍しくないと感じています。
📐自社の就業ルールへの対応力
変形労働時間制・フレックスタイム制・時短勤務・みなし残業など、自社の就業規則をそのままシステムに落とし込めるかどうかが重要です。中小企業では独自の慣習的ルールが多く、「設定できそうに見えて微妙に合わない」というミスマッチが起きやすいため、無料トライアル中に必ず自社ルールを再現テストしてください。
⏱️打刻方法の種類と柔軟性
オフィス出社だけならPC・タブレット打刻で十分ですが、直行直帰の営業職や現場作業が多い場合はスマホGPS打刻、店舗ならICカード打刻など、従業員の働き方に合った打刻手段が必要です。FitGapとしては、現場の打刻方法が合わないとシステム自体が定着しないため、最も実務に直結する要件だと考えています。
📅シフト管理機能の有無と使いやすさ
飲食・小売・医療など日によって勤務パターンが変わる業種では、シフト作成・希望シフトの収集・人員の過不足チェックといった機能が不可欠です。一方でオフィスワーク中心の企業ではまったく不要な場合もあります。自社の勤務形態に応じて、シフト機能の必要度を最初に見極めてください。
🧮料金体系と従業員数に応じたコスト感
中小企業向け製品は月額200〜500円/人が相場ですが、最低利用人数・最低利用料金の設定がある製品もあります。従業員数が少ないうちはかえって割高になるケースがあるため、現在の人数だけでなく、1〜2年後の人数見込みも含めてトータルコストを試算してから判断しましょう。
🔗他の人事労務・バックオフィス系ソフトとの統合範囲
勤怠管理だけでなく、労務手続き・経費精算・年末調整なども同じブランドのサービスで一気通貫に対応できる製品が増えています。FitGapでは、将来的にバックオフィス全体をまとめたい企業には統合型、勤怠だけをシンプルに管理したい企業には特化型を推奨しています。この方向性の違いが製品選定を大きく左右します。

一部の企業で必須

👥多様な雇用形態への対応
正社員だけでなくパート・アルバイト・契約社員・派遣社員など、雇用形態ごとに異なる勤務ルールや休暇ルールを一つのシステムで管理できるかを確認してください。とくに飲食・小売業では雇用形態が混在しやすく、対応力の差が運用効率を大きく変えます。
🚨36協定・残業上限の自動アラート
時間外労働の上限規制への対応は法的義務ですが、アラートの設定粒度は製品ごとに異なります。月・年単位の上限設定だけでなく、複数月平均や特別条項の管理まで自動化できるかどうかは、残業が多い企業では必須の確認ポイントです。
📍GPS・位置情報付き打刻
営業職や建設現場など、オフィス外で働く従業員が多い企業では、スマホのGPS情報を打刻データに紐付けられるかが重要です。不正打刻の防止と勤務実態の把握の両面で効果がありますが、全員がオフィス勤務の企業にはほぼ不要な機能です。
🌐英語・多言語対応
外国人スタッフが在籍している企業では、打刻画面やマイページが英語などに切り替えられるかを確認しましょう。対応言語は製品ごとにバラつきがあり、日本語のみの製品も少なくありません。
📝ワークフロー(申請・承認)の柔軟な経路設定
残業申請や休暇申請の承認ルートが複雑な企業では、ワークフローの経路をどこまでカスタマイズできるかが重要です。部門長→人事部長のような単純な1段階承認なら大半の製品で対応できますが、条件分岐や多段階承認が必要な場合は製品間の差が顕著に出ます。

ほぼ全製品が対応

📱Web・モバイルでの出退勤打刻
PCやスマートフォンのブラウザから出退勤を記録する機能は、現在のクラウド型勤怠管理システムであればほぼ標準装備です。打刻そのものの有無よりも、操作のしやすさやレスポンスの速さで比較するのがよいでしょう。
📊勤怠データの自動集計・CSV出力
勤務時間・残業時間・休暇日数などを自動で集計し、CSVなどの形式でダウンロードできる機能はどの製品にも備わっています。出力フォーマットのカスタマイズ性に差がある程度ですので、選定の決め手にはなりにくい要件です。
🏖️有給休暇の自動付与・残日数管理
年次有給休暇の付与日計算や残日数の自動管理は、法令対応の観点からほぼ全製品が搭載しています。年5日取得義務への対応アラートもほとんどの製品で利用可能ですので、基本機能として存在を確認する程度で問題ありません。
⚖️法改正時の自動アップデート
クラウド型であれば労働基準法などの法改正に合わせたシステムアップデートが自動で適用されます。オンプレミス型と違い追加費用が発生しないことが多いため、クラウド型を選ぶ限りはこの点を心配する必要はほぼありません。

優先度が低い

🖐️生体認証(指紋・顔認証)打刻
不正打刻を完全に防ぎたい場合には有効ですが、中小企業で実際に生体認証を導入しているケースはまだ少数派です。専用端末のコストもかかるため、ICカードやスマホ打刻で十分な企業が大半でしょう。
工数管理・プロジェクト別の時間配分
IT企業やコンサルティング会社など、プロジェクト単位で労務費を把握したい企業には重要ですが、それ以外の業種では優先度が低い機能です。必要になった時点で工数管理に強い製品を別途検討しても遅くはありません。

中小企業の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

中小企業向け勤怠管理システムは、それ以外の勤怠管理システムと何が違いますか?
勤怠管理システムは企業規模によって必要とされる機能や性能が大きく異なりますです。大企業向けの勤怠管理システムは、数千名から数万名の従業員に対応できる処理能力を持ち、複雑な勤務体系や多様な雇用形態に対応した高度な機能を備えています。複数の部署や拠点をまたいだ管理機能や、詳細な権限設定、他の業務システムとの連携機能が充実しています。一方で、導入費用が高額になり、運用には専任の担当者が必要になることが一般的です。中堅企業向けの勤怠管理システムは、従業員数が300名から1000名程度の規模に適しており、大企業向けほどではありませんが、ある程度の複雑な勤務形態に対応できる機能を持っています。カスタマイズの自由度があり、企業の成長に合わせて機能を拡張できる柔軟性を備えています。中小企業向けの勤怠管理システムは、従業員数が10名から300名程度の規模に最適化されており、導入費用を抑えながら必要十分な機能を提供します。

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