あなたにぴったりの
中小企業向けの勤怠管理システム
を無料で選定
Q. どちらに当てはまりますか?
中小企業向けの勤怠管理システムを知りたい
あなたにおすすめ
条件に合う勤怠管理システムを知りたい
タイムカードや紙の勤怠管理をやめたい
今の勤怠システムの打刻漏れや集計ミスを減らしたい

中小企業の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/4/9
中小企業向けの勤怠管理システムは、単なる打刻・集計ツールから、給与計算や労務手続きまでカバーするバックオフィス統合型、さらにはシフト作成・配布まで一体化した製品へと進化しています。つまり「勤怠管理システム」と一括りにしても、製品ごとにカバー範囲がまったく異なるのが実情です。FitGapでは、この違いを「給与ソフトとの関係」と「シフト運用の有無」という2つの軸で3タイプに整理しました。本ガイドでは、タイプ別のおすすめ製品紹介から要件定義・選定ステップまでを一気通貫で解説します。
レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
勤怠特化タイプ ⏱️
KING OF TIME 勤怠管理
/ Touch On Time
/ AKASHI
バックオフィス一体タイプ 🏢
マネーフォワード クラウド勤怠
/ ジョブカン勤怠管理
/ freee勤怠管理Plus
シフト管理一体タイプ 📅
HRMOS勤怠
/ kincone
/ レコル
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
すべて表示

タイプ別お勧め製品

勤怠特化タイプ ⏱️

このタイプが合う企業:

変形労働・フレックスなど就業ルールが複雑な企業、既存の給与ソフトを変えずに勤怠管理だけをクラウド化したい中小企業

どんなタイプか:

打刻・集計・残業管理・有休管理といった勤怠管理の中核機能を深く作り込んでいるタイプです。変形労働時間制やフレックスなど複雑な就業ルールにも柔軟に対応でき、既存の給与ソフトや労務システムとの外部連携先が豊富に用意されています。FitGapとしては、「今の給与ソフトはそのまま使いたいが、勤怠だけをしっかりクラウド化したい」という企業にまずおすすめしたいタイプです。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️複雑な就業ルール設定
年単位の変形労働時間制やフレックス、シフト制、雇用形態ごとの残業集計ルールなど、多様な勤務パターンをシステム上で細かく設定できます。法改正にも自動アップデートで対応してくれるため、人事担当者が手計算で補正する手間がなくなります。
🔗豊富な外部連携(給与・労務)
他社製の給与計算ソフトや人事労務システムとAPI・CSVで幅広く連携できます。勤怠データを手入力で転記する必要がなくなり、締め日作業の工数を大幅に削減できます。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
打刻方式や業種別テンプレートを自社の就業ルールに合わせて細かく組み替えたい中小企業で第一候補になる製品です。FitGapの要件対応はおすすめ9製品中1位(36項目中31件対応)で、ジオフェンス打刻制限・オフライン打刻・打刻端末連携・PCログオンログオフ打刻・チャット打刻・看護師夜勤回数管理まで○(対応)しているため、店舗と本社、現場と内勤、夜勤シフトのある医療現場などを1つの勤怠基盤に集約できます。FitGapの機能性評価とセキュリティ評価もおすすめ9製品中1位で、権限分掌や監査ログを重視する30名超の中小企業に向きます。一方で料金評価はおすすめ9製品中8位タイと相対的に高めの水準で、打刻とCSV出力だけで十分な小規模企業には機能が余りがちです。介護加算勤務チェック・AI勤怠分析は×(非対応)のため、介護報酬の加算要件を勤怠側で自動チェックしたい事業者は医療・介護特化タイプとの比較が必要です。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
生体認証や独自タイムレコーダーなど設置型端末を中心に、パートやアルバイトの不正打刻を物理的に抑えたい企業で候補になる製品です。製造業界シェア・卸売小売業界シェアはおすすめ9製品中1位タイで、店舗や工場にレジ横・入口端末を並べる運用と相性が良く、スマホを業務で配布していない現場でも打刻手段を揃えられます。フレックスタイム制・変形労働時間制・時間単位有休・代休振替自動付与はいずれも○(対応)で、勤怠の中核機能は押さえられています。ただしFitGapの要件対応はおすすめ9製品中5位(36項目中27件対応)で、ジオフェンス打刻制限・打刻端末連携(汎用ICカードリーダー等)・チャット打刻・自動シフト生成はいずれも×(非対応)のため、直行直帰のGPS打刻やチャットツール起点の打刻を重視する企業には向きません。FitGapの連携評価はおすすめ9製品中9位と下位で、複数のHR・労務SaaSと密に繋ぐ構成にも不向きです。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
勤怠コストを1人あたり数百円台に抑えつつ、使いやすさは落としたくない中小企業で候補になる製品です。FitGapの操作性評価と料金評価はおすすめ9製品中上位で、連携評価も上位タイのため、経理・労務の担当者が1〜2名しかいない企業でも管理画面に張り付かずに月次集計まで回せます。セルフィー打刻・チャット打刻は○(対応)しており、在宅勤務や外出先からの打刻を本人確認付きで取りたい運用にも合います。一方でFitGapの要件対応はおすすめ9製品中8位(36項目中22件対応)と範囲がやや狭く、テレワーク区分管理・現場単位勤怠集計・タスク別打刻・予算工数比較・看護師夜勤回数管理は追加オプションでの提供となり、シフトパターン登録・シフト希望提出も追加オプション扱いです。ジオフェンス打刻制限・オフライン打刻・タイムゾーン対応は×(非対応)のため、訪問系の直行直帰GPS運用や海外拠点を含む勤怠集約には別タイプが向きます。
価格
200円
月/ユーザー
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

バックオフィス一体タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

給与計算・経費精算・労務手続きを含めバックオフィスを一括クラウド化したい企業、同一ブランドのシリーズ製品を既に利用中の企業

どんなタイプか:

勤怠管理だけでなく、給与計算・経費精算・労務手続き・人事管理などバックオフィス業務をワンブランドでまとめて効率化できるタイプです。同一メーカーのサービス間でデータが自動連携するため、転記ミスやCSV加工の手間がほぼゼロになります。FitGapでは、バックオフィス全体をこれから一気にクラウド化したい企業や、すでに同シリーズの給与・会計ソフトを使っている企業に特におすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

🔄シリーズ内データ自動連携
勤怠データが同シリーズの給与計算・人事労務・経費精算へワンクリックで連携されます。月末の締め作業でCSVを加工したり手入力で転記したりする工程が不要になり、ミスと工数の両方を大幅に減らせます。
📊管理画面の統一と一元管理
勤怠・給与・労務の情報が1つの管理画面に集約されるため、従業員マスタの二重登録や情報の食い違いが起きません。入退社手続きや組織変更もワンオペレーションで反映でき、少人数の管理部門でも回せます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
バックオフィスをまとめてクラウド化したい中小企業で、同シリーズの給与・社会保険とまで一気通貫で運用したい場合に候補となる製品です。中小企業シェアはおすすめ9製品中で単独1位という採用実績があり、FitGapの操作性評価と導入しやすさ評価はおすすめ9製品中いずれも1位タイで、経理や労務を兼任するバックオフィス担当者でも立ち上げと日常運用を進めやすい構成となります。一方で、自動シフト生成は×(非対応)、ジオフェンス打刻制限・オフライン打刻・セルフィー打刻もすべて×(非対応)のため、飲食・小売の多店舗シフトや建設現場のように直行直帰と位置情報打刻を運用の軸にしたい中小企業には向かず、そうした用途では同ページ内の別タイプとの比較をおすすめします。
価格
2,980円
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
同シリーズの給与計算・労務・ワークフローをまとめて導入したい中小企業のうち、シフト制や現場直行直帰が混在する運用まで同じ勤怠基盤で受け止めたい会社で候補となる製品です。本タイプ3製品の中で唯一、自動シフト生成・ジオフェンス打刻制限・オフライン打刻・看護師夜勤回数管理を揃って○(対応)しており、FitGapの要件対応数はおすすめ9製品中2位タイ(36項目中29件対応)となります。中小企業シェアもおすすめ9製品中2位タイで、建設・不動産および生活関連サービスのシェアはいずれも同9製品中で最上位の採用実績が確認できます。セルフィー打刻とタスク別打刻は追加オプションでの対応、FitGapの料金評価はおすすめ9製品中7位のため、最低限の打刻機能だけを安く使いたい小規模オフィス中心の会社では機能が過剰になりやすい点に注意が必要です。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
freee勤怠管理Plus
おすすめの理由
同ブランドの会計・人事労務と勤怠を一体運用し、勤怠から給与・仕訳までを少人数の兼任担当で回したいスタートアップや小規模企業で候補となる製品です。FitGapの要件対応数はおすすめ9製品中2位タイ(36項目中29件対応)で、本タイプ3製品の中では唯一タスク別打刻を○(対応)としており、プロジェクト別の工数を勤怠側で拾って人件費配賦に回す運用と相性が良い構成です。中小企業シェアはおすすめ9製品中5位タイで、士業・コンサルティングおよび広告・芸術のシェアがページ内でも高位の採用実績となります。ただし自動シフト生成は追加オプション、ジオフェンス打刻制限とセルフィー打刻は×(非対応)で、大企業シェアはおすすめ9製品中でゼロのため、多拠点のシフト現場を抱える中堅以上の中小企業や、モバイル打刻の本人認証まで一体で求める会社には向きません。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

シフト管理一体タイプ 📅

このタイプが合う企業:

パート・アルバイトを多く抱える飲食・小売・サービス業、シフトの作成・調整に毎月多くの時間をかけている企業

どんなタイプか:

勤怠の打刻・集計機能に加えて、シフトの作成・配布・調整までをひとつのシステムで完結できるタイプです。飲食・小売・介護など、パート・アルバイトが多くシフト運用が複雑な業種で特にその真価を発揮します。FitGapとしては、「シフト表をExcelで作って印刷・配布している」「希望シフトの収集が毎月大変」といった悩みを持つ企業にぴったりのタイプだと考えています。

このタイプで重視すべき機能:

🗓️シフト作成・希望収集の自動化
従業員がスマホから勤務希望を提出し、管理者がシステム上でドラッグ&ドロップでシフトを組めます。人数の過不足が自動でアラート表示されるため、シフト作成にかかる時間を大幅に短縮できます。
💰時給・日給の自動計算
深夜割増や休日割増などの時給区分をあらかじめ設定しておくと、打刻データから自動で給与額を算出します。パート・アルバイトの人数が多くても、給与計算前の手作業による集計・確認の負担が激減します。

おすすめ製品3選

おすすめの理由
シフト運用と外勤スタッフの位置確認を、別アプリに分けず1つの勤怠基盤でまとめて回したい中小企業で候補になる製品です。シフト管理一体タイプ3製品の中で、ジオフェンス打刻制限・セルフィー打刻・タスク別打刻がすべて○(対応)なのはこの製品のみで、店舗外作業や訪問業務の打刻を位置情報と本人確認付きで記録できます。FitGapの料金評価はおすすめ9製品中1位タイ、要件対応率はおすすめ9製品中4位(36項目中28件対応)で、中小企業シェアも2位タイです。パート・アルバイトが複数拠点に分散する企業や、小規模店舗を多数運営する事業者に向きますが、時間単位有休・短時間労働契約管理・看護師夜勤回数管理は追加オプションでの対応のため、医療・介護現場で夜勤シフトを標準運用する組織では別タイプの検討が必要です。
価格
0円~
月/人
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
交通系ICカードのタッチで打刻と交通費の経路記録を同時に済ませたい、直行直帰や外回りが多い小規模オフィスで候補になる製品です。FitGapのセットアップのしやすさと料金評価はおすすめ9製品中いずれも1位タイで、ICカードを日常的に使う営業担当や現場スタッフの勤怠を軽く立ち上げられます。一方、シフト管理一体タイプを名乗る3製品の中で要件対応率は9位(36項目中18件対応)と対応範囲が絞られ、自動シフト生成・変形労働時間制・代休振替自動付与・シフトパターン登録・シフト希望提出・労基法帳票出力がいずれも×(非対応)です。飲食・小売・介護のように月次でシフト表そのものを組み直す必要のある業種には機能が不足するため、シフト運用の中核をこの製品に寄せたい企業は同タイプ内の他製品を優先的に比較してください。
価格
200円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
シフト作成から打刻・集計・有休管理までを低コストかつ短期間で立ち上げ、問い合わせ対応の手厚さも重視したい中小企業で候補になる製品です。FitGapの料金・導入しやすさ・サポート評価がおすすめ9製品中いずれも1位タイにそろうのは、このタイプではこの製品のみです。要件対応率はおすすめ9製品中6位(36項目中25件対応)で、変形労働時間制・シフトパターン登録・現場単位勤怠集計・タスク別打刻・労基法帳票出力に○(対応)しており、店舗ごとに勤務時間が異なる小売・飲食現場にも適合できます。ITに不慣れなスタッフが多い中小企業や、導入担当者が総務兼任で伴走支援を必要とする企業に向きますが、ジオフェンス打刻制限・セルフィー打刻・代休振替自動付与・シフト希望提出・自動シフト生成は×(非対応)のため、希望シフト収集を紙やチャットから脱却させたい企業やGPSで不正打刻を厳密に抑止したい企業は、同タイプ内の他製品と比較してください。
価格
100円
ユーザー/月
無料トライアルあり
中小企業でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
使いやすさ
セットアップ
料金
サポート充実
連携・拡張性
機能性
セキュリティ
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

💰給与計算ソフトとのデータ連携
勤怠管理のゴールは正しい給与計算です。自社で使っている(または導入予定の)給与計算ソフトとCSVやAPIでスムーズにデータ連携できるかは、最優先で確認してください。連携がうまくいかないと、結局手作業での転記が残り、システム導入の効果が半減してしまいます。FitGapでは、この連携可否だけで候補が半分以下に絞れるケースも珍しくないと感じています。
📐自社の就業ルールへの対応力
変形労働時間制・フレックスタイム制・時短勤務・みなし残業など、自社の就業規則をそのままシステムに落とし込めるかどうかが重要です。中小企業では独自の慣習的ルールが多く、「設定できそうに見えて微妙に合わない」というミスマッチが起きやすいため、無料トライアル中に必ず自社ルールを再現テストしてください。
⏱️打刻方法の種類と柔軟性
オフィス出社だけならPC・タブレット打刻で十分ですが、直行直帰の営業職や現場作業が多い場合はスマホGPS打刻、店舗ならICカード打刻など、従業員の働き方に合った打刻手段が必要です。FitGapとしては、現場の打刻方法が合わないとシステム自体が定着しないため、最も実務に直結する要件だと考えています。
📅シフト管理機能の有無と使いやすさ
飲食・小売・医療など日によって勤務パターンが変わる業種では、シフト作成・希望シフトの収集・人員の過不足チェックといった機能が不可欠です。一方でオフィスワーク中心の企業ではまったく不要な場合もあります。自社の勤務形態に応じて、シフト機能の必要度を最初に見極めてください。
🧮料金体系と従業員数に応じたコスト感
中小企業向け製品は月額200〜500円/人が相場ですが、最低利用人数・最低利用料金の設定がある製品もあります。従業員数が少ないうちはかえって割高になるケースがあるため、現在の人数だけでなく、1〜2年後の人数見込みも含めてトータルコストを試算してから判断しましょう。
🔗他の人事労務・バックオフィス系ソフトとの統合範囲
勤怠管理だけでなく、労務手続き・経費精算・年末調整なども同じブランドのサービスで一気通貫に対応できる製品が増えています。FitGapでは、将来的にバックオフィス全体をまとめたい企業には統合型、勤怠だけをシンプルに管理したい企業には特化型を推奨しています。この方向性の違いが製品選定を大きく左右します。

一部の企業で必須

👥多様な雇用形態への対応
正社員だけでなくパート・アルバイト・契約社員・派遣社員など、雇用形態ごとに異なる勤務ルールや休暇ルールを一つのシステムで管理できるかを確認してください。とくに飲食・小売業では雇用形態が混在しやすく、対応力の差が運用効率を大きく変えます。
🚨36協定・残業上限の自動アラート
時間外労働の上限規制への対応は法的義務ですが、アラートの設定粒度は製品ごとに異なります。月・年単位の上限設定だけでなく、複数月平均や特別条項の管理まで自動化できるかどうかは、残業が多い企業では必須の確認ポイントです。
📍GPS・位置情報付き打刻
営業職や建設現場など、オフィス外で働く従業員が多い企業では、スマホのGPS情報を打刻データに紐付けられるかが重要です。不正打刻の防止と勤務実態の把握の両面で効果がありますが、全員がオフィス勤務の企業にはほぼ不要な機能です。
🌐英語・多言語対応
外国人スタッフが在籍している企業では、打刻画面やマイページが英語などに切り替えられるかを確認しましょう。対応言語は製品ごとにバラつきがあり、日本語のみの製品も少なくありません。
📝ワークフロー(申請・承認)の柔軟な経路設定
残業申請や休暇申請の承認ルートが複雑な企業では、ワークフローの経路をどこまでカスタマイズできるかが重要です。部門長→人事部長のような単純な1段階承認なら大半の製品で対応できますが、条件分岐や多段階承認が必要な場合は製品間の差が顕著に出ます。

ほぼ全製品が対応

📱Web・モバイルでの出退勤打刻
PCやスマートフォンのブラウザから出退勤を記録する機能は、現在のクラウド型勤怠管理システムであればほぼ標準装備です。打刻そのものの有無よりも、操作のしやすさやレスポンスの速さで比較するのがよいでしょう。
📊勤怠データの自動集計・CSV出力
勤務時間・残業時間・休暇日数などを自動で集計し、CSVなどの形式でダウンロードできる機能はどの製品にも備わっています。出力フォーマットのカスタマイズ性に差がある程度ですので、選定の決め手にはなりにくい要件です。
🏖️有給休暇の自動付与・残日数管理
年次有給休暇の付与日計算や残日数の自動管理は、法令対応の観点からほぼ全製品が搭載しています。年5日取得義務への対応アラートもほとんどの製品で利用可能ですので、基本機能として存在を確認する程度で問題ありません。
⚖️法改正時の自動アップデート
クラウド型であれば労働基準法などの法改正に合わせたシステムアップデートが自動で適用されます。オンプレミス型と違い追加費用が発生しないことが多いため、クラウド型を選ぶ限りはこの点を心配する必要はほぼありません。

優先度が低い

🖐️生体認証(指紋・顔認証)打刻
不正打刻を完全に防ぎたい場合には有効ですが、中小企業で実際に生体認証を導入しているケースはまだ少数派です。専用端末のコストもかかるため、ICカードやスマホ打刻で十分な企業が大半でしょう。
工数管理・プロジェクト別の時間配分
IT企業やコンサルティング会社など、プロジェクト単位で労務費を把握したい企業には重要ですが、それ以外の業種では優先度が低い機能です。必要になった時点で工数管理に強い製品を別途検討しても遅くはありません。

中小企業の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

中小企業向け勤怠管理システムは、それ以外の勤怠管理システムと何が違いますか?
勤怠管理システムは企業規模によって必要とされる機能や性能が大きく異なりますです。大企業向けの勤怠管理システムは、数千名から数万名の従業員に対応できる処理能力を持ち、複雑な勤務体系や多様な雇用形態に対応した高度な機能を備えています。複数の部署や拠点をまたいだ管理機能や、詳細な権限設定、他の業務システムとの連携機能が充実しています。一方で、導入費用が高額になり、運用には専任の担当者が必要になることが一般的です。中堅企業向けの勤怠管理システムは、従業員数が300名から1000名程度の規模に適しており、大企業向けほどではありませんが、ある程度の複雑な勤務形態に対応できる機能を持っています。カスタマイズの自由度があり、企業の成長に合わせて機能を拡張できる柔軟性を備えています。中小企業向けの勤怠管理システムは、従業員数が10名から300名程度の規模に最適化されており、導入費用を抑えながら必要十分な機能を提供します。

サービスカテゴリ

AI・エージェント

汎用生成AI・エージェント
LLM・大規模言語モデル
エージェントフレームワーク
エージェントオートメーション基盤

ソフトウェア(Saas)

オフィス環境・総務・施設管理
開発・ITインフラ・セキュリティ
データ分析・連携