中小企業の勤怠管理システムおすすめ9選｜タイプ別の選び方ガイド

更新：2026/5/13

中小企業向けの勤怠管理システムは、単なる打刻・集計ツールから、給与計算や労務手続きまでカバーするバックオフィス統合型、さらにはシフト作成・配布まで一体化した製品へと進化しています。つまり「勤怠管理システム」と一括りにしても、製品ごとにカバー範囲がまったく異なるのが実情です。FitGapでは、この違いを「給与ソフトとの関係」と「シフト運用の有無」という2つの軸で3タイプに整理しました。本ガイドでは、タイプ別のおすすめ製品紹介から要件定義・選定ステップまでを一気通貫で解説します。

レビュー担当 加藤杏奈

業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。

FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

経費精算システムのおすすめ製品を製品ごとにタイプ、料金、企業規模、評価ポイントで比較する表
製品名	タイプ	料金	企業規模	評価ポイント
KING OF TIME 勤怠管理	勤怠特化タイプ ⏱️	300円ユーザー/月	中小中堅大企業	勤怠から人事・給与・シフトまで一元管理。機能範囲が最上位で複数拠点にも対応。
Touch On Time	勤怠特化タイプ ⏱️	300円ユーザー/月	中小中堅大企業	店舗・工場の現場打刻に強い。製造業シェアがトップで、労基法帳票も出力可能。
AKASHI	勤怠特化タイプ ⏱️	200円月/ユーザー	中小中堅大企業	出勤簿確認や承認画面が使いやすい。日常の打刻・申請を定着させたい企業に合う。
マネーフォワードクラウド勤怠	バックオフィス一体タイプ 🏢	2,980円月	中小中堅大企業	勤怠を給与・会計まで同じクラウドで連携。中小企業シェアがトップで始めやすい。
ジョブカン勤怠管理	バックオフィス一体タイプ 🏢	0円~ユーザー/月	中小中堅大企業	勤怠機能を段階的に組み合わせ可能。シフト勤務の多い中小・中堅企業で利用傾向が強い。
freee勤怠管理Plus	バックオフィス一体タイプ 🏢	300円ユーザー/月	中小中堅大企業	freee人事労務へ勤怠データを連携。少人数でも低コストで給与処理までつなげられる。
HRMOS勤怠	シフト管理一体タイプ 📅	0円~月/人	中小中堅大企業	無料プランから始めやすい。LINEやSlack打刻に対応し、中小企業シェアも上位。
kincone	シフト管理一体タイプ 📅	200円ユーザー/月	中小中堅大企業	交通系ICで打刻と交通費を同時記録。外回りの多い中小企業が低コストで始めやすい。
レコル	シフト管理一体タイプ 📅	100円ユーザー/月	中小中堅大企業	月額100円から使える低コスト勤怠。設定不要で始めやすく、サポートも手厚い。

タイプ別おすすめ製品

勤怠特化タイプ ⏱️

このタイプが合う企業：

変形労働・フレックスなど就業ルールが複雑な企業、既存の給与ソフトを変えずに勤怠管理だけをクラウド化したい中小企業

どんなタイプか：

打刻・集計・残業・有休など勤怠の中核機能を深く扱うタイプです。変形労働やフレックスなど複雑な勤務ルールと、給与・労務システム連携の厚さが特徴です。

このタイプで重視すべき機能：

⚙️複雑な就業ルール設定

変形労働やフレックス、雇用形態別の残業集計ルールを設定し、手計算による補正を減らします。

🔗豊富な外部連携（給与・労務）

給与計算・人事労務システムへ勤怠データを連携し、転記やCSV加工の手間を減らします。