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みなし残業対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/4/9
みなし残業(固定残業代)制度を導入している企業にとって、勤怠管理システムは単なる打刻ツールではありません。超過分の残業時間を正確に算出し、割増賃金を漏れなく給与へ反映するための「リスク管理装置」です。しかし、製品によって超過計算の精度や給与連携の深さ、複数のみなし制度への対応力には大きな差があります。FitGapでは、こうした製品ごとの違いを「勤怠特化型」「給与・労務一体型」「大企業・複雑規則対応型」の3タイプに整理し、要件定義から製品選定までを順を追って解説します。自社の制度に本当に合う一台を見つけてください。
レビュー担当 加藤 杏奈
業務システムベンダーでCOMPANY・リシテア等の人事・給与・勤怠システムの導入支援に5年間従事。要件確認・設定・テスト・保守対応まで一連の工程を経験し、制度と運用の両面を踏まえた評価を行っている。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
勤怠管理特化・シンプル運用タイプ 🕐
KING OF TIME 勤怠管理
/ Touch On Time
/ ジョブカン勤怠管理
給与計算・労務一体型タイプ 💰
マネーフォワード クラウド勤怠
/ ジンジャー勤怠
/ 楽楽勤怠
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ 就業奉行
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
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タイプ別お勧め製品

勤怠管理特化・シンプル運用タイプ 🕐

このタイプが合う企業:

勤怠管理を初めてシステム化する中小企業やスタートアップ。シンプルかつ低コストに、みなし残業の超過時間を正確に把握したい企業に向いています。

どんなタイプか:

みなし残業(固定残業代)の超過分を正しく把握するには、まず日々の労働時間を正確に記録・集計できることが大前提です。このタイプは勤怠管理に機能を絞り込んだ専業型の製品で、打刻から残業時間の自動集計、みなし時間の超過アラートまでをシンプルな画面で完結できます。月額200〜300円/人と低コストで始められる製品が多く、初めて勤怠管理システムを導入する中小企業やスタートアップにとって、FitGapとしても最初に検討いただきたいグループです。

このタイプで重視すべき機能:

みなし残業の超過時間アラート
あらかじめ設定したみなし残業時間に近づいた際、従業員と管理者の双方に自動で通知が届きます。超過分の未払いリスクをリアルタイムで防止できるため、法令違反を未然に防ぐことができます。
📱多様な打刻方法への対応
PC・スマホ・ICカード・生体認証など複数の打刻手段に対応しています。外回りの多い営業職やテレワーク勤務でも正確に打刻でき、みなし労働時間制の対象者の実労働時間も漏れなく記録できます。

おすすめ製品3選

KING OF TIME 勤怠管理
おすすめの理由
みなし残業の超過分を確実に把握しつつ、将来の多様な打刻・拠点拡張にも耐えられる汎用基盤を一本で持ちたい企業で候補になる製品です。FitGapの全体シェアはおすすめ9製品中1位で、要件対応率も2位(36項目中31件対応)と対応範囲が広く、みなし残業の基礎になる柔軟運用設定・労基法帳票出力・勤怠ダッシュボード・スマホ承認がすべて○(対応)しています。打刻端末連携・PCログオンログオフ打刻・チャット打刻も○(対応)のため、オフィス勤務と現場勤務が混在する企業でも残業時間の抜け漏れを防ぎやすい構成です。FitGapの機能性・サポート・セキュリティ評価はいずれもおすすめ9製品中1位タイで、初めての勤怠システム導入でも運用設計の相談先に困りにくいです。一方、介護加算勤務チェックは×(非対応)、AI勤怠分析も×(非対応)のため、医療・介護の加算要件を重視する法人やAIによる予測集計を前提に選びたい企業は他タイプとの比較が必要です。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
みなし残業の設定を現場ごとに細かく作り込みたい企業より、専任担当者の電話サポートに頼りながら勤怠運用を立ち上げたい企業で候補になる製品です。FitGapの全体シェアはおすすめ9製品中2位と採用実績が広く、フレックスタイム制対応・変形労働時間制対応・柔軟運用設定・労基法帳票出力・スマホ承認が○(対応)しているため、固定残業代の超過判定に必要な基本集計は日常運用でまかなえます。一方、FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中7位(36項目中27件対応)と範囲は絞られており、自動シフト生成・ジオフェンス打刻制限・打刻端末連携・チャット打刻はいずれも×(非対応)です。シフト自動組みやGPS範囲制限、SlackやTeams上での打刻までを前提にしたい企業には機能不足になる場合があります。FitGapのセットアップ評価・サポート評価・連携評価はおすすめ9製品中下位に位置するため、基幹人事システムとの深い連携や短期の自走導入を重視する企業は給与計算・労務一体型タイプとの比較が必要です。
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
ジョブカン勤怠管理
おすすめの理由
みなし残業の超過集計を最小コストで回したい中小企業やスタートアップで候補になる製品です。FitGapの料金評価はおすすめ9製品中3位タイ、操作性評価も2位タイで、経理や労務の専任者がいない体制でも固定残業時間の超過把握を定着させやすい位置取りです。中小企業・生活関連・飲食宿泊・建設不動産といったシフト運用が多い業種での採用割合がページ内でも上位寄りのため、同規模同業種の運用事例を参考にしやすい点も判断材料になります。フレックスタイム制対応・変形労働時間制対応・自動シフト生成・柔軟運用設定・シフトパターン登録が○(対応)で、みなし残業と変則勤務が混在するケースの集計まで標準でまかなえます。一方、PCログオンログオフ打刻は×(非対応)、タスク別打刻とシフト希望提出は追加オプション扱いのため、PCログで残業時間を裏取りしたい企業や工数・希望シフトまで一気通貫で扱いたい企業は、必要な機能を最初に洗い出したうえで費用試算するのが安全です。予算工数比較・AI勤怠分析・介護加算勤務チェックは×(非対応)のため、工数分析や医療・介護加算の自動チェックを重視する場合は他タイプとの比較が必要です。
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能

給与計算・労務一体型タイプ 💰

このタイプが合う企業:

勤怠と給与計算を別々のツールで管理しており、データ連携や転記作業に手間を感じている企業。バックオフィス業務をワンストップで効率化したい成長中の中小〜中堅企業に最適です。

どんなタイプか:

みなし残業制で特に手間がかかるのは、超過分の割増賃金計算と給与への正確な反映です。このタイプは勤怠管理と給与計算・人事労務管理が同一プラットフォームに統合されており、みなし残業時間を超えた分の割増賃金が自動で給与データに反映されます。FitGapでは、勤怠だけでなく給与計算や労務手続きまでまとめて効率化したい企業に特におすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

🔗勤怠データと給与計算の自動連携
勤怠で集計されたみなし残業の超過時間が、そのまま給与計算モジュールに連携されます。割増賃金率の適用や超過分の残業代計算が自動化されるため、手入力ミスや未払いのリスクを大幅に削減できます。
📋人事労務手続きの一元管理
入退社手続き・社会保険・年末調整などの労務業務も同じシステム内で処理できます。みなし残業対象者の雇用契約情報と勤怠設定を一元管理することで、制度変更時の設定漏れも防止できます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド勤怠
おすすめの理由
みなし残業を含む勤怠データを、同社クラウド給与・人事・社会保険シリーズに転記なしで流し込みたい中小企業で候補になる製品です。中小企業シェアはおすすめ9製品中単独1位で、FitGapの操作性評価・料金評価・導入しやすさ評価もいずれもおすすめ9製品中1位タイのため、経理・労務の専任者を置きにくい30〜100名規模でも、みなし残業の超過集計から給与反映まで少人数で回しやすい構成になります。一方でFitGapの要件対応率はおすすめ9製品中8位(36項目中24件対応)で、自動シフト生成・シフト希望提出・オフライン打刻・セルフィー打刻は×(非対応)です。シフトや現場打刻の複雑さが大きい業態では、同タイプ内の他製品や勤怠特化タイプを検討する方が無難です。
価格
2,980円
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
ジンジャー勤怠
おすすめの理由
人事・労務・給与を一つの従業員データベースに寄せ、みなし残業の超過管理もその上で回したい中堅企業で候補になる製品です。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中3位タイ(36項目中30件対応)で、同タイプ内3製品の中では最多の要件に対応します。タスク別打刻・ジオフェンス打刻制限・セルフィー打刻・看護師夜勤回数管理まで○(対応)しており、人材、派遣・官公庁シェアはいずれもおすすめ9製品中1位タイ、FitGapのセキュリティ評価もおすすめ9製品中1位タイで、派遣スタッフや委託職員の固定残業超過を権限分けしながら管理したいケースに寄せやすい製品です。ただし勤怠ダッシュボードは追加オプション、タイムゾーン対応は×(非対応)のため、ダッシュボードを標準で使いたい場合や海外拠点をまたぐ勤怠を一元集計したい場合はオプション費用や適用範囲の確認が必要になります。
価格
要問合せ
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
みなし残業の超過分を給与計算・経費精算まで同シリーズ内で受け渡したい中堅・中小企業で候補になる製品です。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中3位タイ(36項目中30件対応)で、同タイプ内3製品の中で唯一、自動シフト生成とタイムゾーン対応を○(対応)しています。シフト込みで固定残業の運用を設計したい拠点や、海外出張・海外拠点を含む勤怠を扱う企業に向きます。FitGapの導入しやすさ評価と料金評価はおすすめ9製品中1位タイ、連携評価もおすすめ9製品中2位タイで、短期間での立ち上げとコストを抑えた給与・経費連携を両立しやすい構成です。一方、オフライン打刻・PCログオンログオフ打刻・看護師夜勤回数管理は×(非対応)で、通信が不安定な現場や医療・介護の夜勤管理を核に据える場合は、勤怠管理特化タイプや大企業・複雑な就業規則対応タイプでの比較が必要です。
価格
30,000円
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能

大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員500名以上の大企業や、複数のみなし労働制度・変形労働時間制が混在する企業。内部統制やコンプライアンスを重視し、就業規則に合わせた柔軟なカスタマイズが必要な組織に適しています。

どんなタイプか:

従業員数が数百〜数千名規模になると、部署ごとに異なるみなし残業時間の設定や、裁量労働制・事業場外みなし労働時間制など複数のみなし制度が混在するケースが珍しくありません。このタイプは、複雑な就業規則や多段階の承認フローにきめ細かく対応できるエンタープライズ向けの製品群です。FitGapとしては、就業制度が複雑化している大企業や、厳密なコンプライアンス管理が求められる企業にこのタイプをおすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️複数のみなし制度の同時管理
固定残業代制・事業場外みなし労働時間制・裁量労働制など、部門や職種ごとに異なるみなし制度を同一システム内で並行管理できます。それぞれの制度に応じた超過計算ルールも個別に設定可能です。
多段階承認フローと監査ログ
残業申請や勤怠修正の承認を部門長・人事部・役員など複数段階で設定でき、すべての操作履歴が監査ログとして記録されます。内部統制や労基署対応に必要なエビデンスを自動で蓄積できます。

おすすめ製品3選

COMPANY 勤怠管理システム
おすすめの理由
部署ごとに異なるみなし残業時間と、裁量労働や事業場外みなしが混在する就業規則を、1つの勤怠基盤にノーカスタマイズで載せ切りたい大企業で候補になる製品です。FitGapの要件対応率はおすすめ9製品中1位(36項目中33件対応)で、従業員別の固定残業設定に関わる予算工数比較・タスク別打刻・現場単位勤怠集計がいずれも○(対応)となっています。大企業シェアは同タイプ3製品中1位で、電気・ガス・水道および金融・保険での採用が厚く、みなし超過アラートや残業区分をコンプライアンス側から厳しく統制したい本社人事部門に向きます。一方、チャット打刻は×(非対応)、セルフィー打刻も×(非対応)のため、現場スタッフが個人スマホ中心で打刻する運用を想定している企業では、別系統の打刻端末を併用する前提になります。FitGapのセキュリティ評価がおすすめ9製品中下位である点も、情シス側で補完策を検討する必要があります。
価格
要問合せ
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
製造ラインや運輸の交代勤務とみなし残業制度を、同じ集計ルール上で回したい大企業で候補になる製品です。パラメータ設定で複数の残業区分・変形労働時間制・フレックスタイム制を組み合わせられ、従業員別の固定残業時間設定・予算工数比較・タスク別打刻がいずれも○(対応)となっています。FitGapの機能性評価はおすすめ9製品中1位タイ、連携・拡張性評価は単独1位、セキュリティ評価は1位タイで、既存の給与計算ソフトや人事労務システムとのデータ連携を重視する大規模組織で判断材料になります。製造シェア・運輸シェア・医療シェアが同タイプ3製品中いずれも首位で、現場に打刻端末を置いて工場や物流拠点の勤怠をまとめたい企業に向きます。一方、自動シフト生成とセルフィー打刻は追加オプション扱い、ジオフェンス打刻制限・タイムゾーン対応・チャット打刻は×(非対応)のため、海外拠点を含む多国籍運用や、スマホ完結で外勤者を管理したい用途には適合しません。
価格
要問合せ
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能
おすすめの理由
給与奉行をすでに運用している中堅〜準大企業で、みなし残業の集計結果を同一ベンダー基盤で給与計算まで流したい場合に候補になる製品です。中堅企業シェアは同タイプ3製品中1位、製造・卸売小売・士業のシェアも厚く、奉行シリーズで会計・給与を揃えている組織との親和性が判断材料になります。FitGapのサポート評価はおすすめ9製品中1位タイで、就業規則の改定や制度改正時に相談先を一本化しやすい点も向きます。ただし要件対応率は9位(36項目中23件対応)とタイプ内で最も狭く、自動シフト生成・タスク別打刻・ライン別シフト割当・シフト希望提出・看護師夜勤回数管理・介護加算勤務チェックは追加オプションでの対応となり、標準機能として見込むと想定外のコストが発生する場合があります。オフライン打刻・予算工数比較は×(非対応)、料金評価はおすすめ9製品中最下位のため、数千名規模で複数の打刻方式を広く使い分けたい企業や、初期費用を抑えたい企業では他タイプの製品との比較が必要です。
価格
390円
ユーザー/月
無料トライアルあり
シェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
カバー範囲
機能
連携
サポート
低コスト
メリットと注意点
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

⏱️固定残業時間の超過自動計算
従業員ごとに設定したみなし残業時間(例:月20時間)を超えた分の残業時間を自動で差し引き計算してくれる機能です。超過分の割増賃金を正確に算出するために最も重要な要件であり、製品によって対応精度に大きな差があります。
🔔残業超過アラート通知
みなし残業時間に近づいた従業員や、すでに超過した従業員を本人・管理者にリアルタイムで通知する機能です。超過を早期に検知できるかどうかで、未払い残業代リスクの抑止力が大きく変わります。
🔗給与計算ソフトとのデータ連携
みなし残業の超過時間を含む勤怠データを、給与計算ソフトへ自動連携できる機能です。手動での転記が不要になり、計算ミスや未払いリスクを大幅に減らせます。FitGapでは、自社の給与ソフトとの連携可否を最優先で確認することをおすすめしています。
👤従業員別の固定残業時間設定
役職やグレードによって異なるみなし残業時間(例:一般社員20時間、管理職候補30時間)を従業員単位で個別設定できる機能です。一律設定しかできない製品では、複数の雇用条件を持つ企業に対応しきれません。
📊残業時間のリアルタイム集計
月の途中でも、今日時点での残業時間を即座に確認できる機能です。みなし残業制では超過の有無をタイムリーに把握する必要があるため、月末の締め後にしか確認できない製品だと運用上の不安が残ります。
📋複数の残業区分への対応
普通残業・深夜残業・休日残業など区分ごとに集計し、それぞれの割増率を適用できる機能です。みなし残業の対象範囲を「法定外残業のみ」「深夜含む」など柔軟に設定できるかが、正確な超過計算の分かれ目になります。

一部の企業で必須

⚖️36協定の上限管理
みなし残業時間の設定とは別に、36協定で定めた残業上限(月45時間・年360時間等)に対する進捗を管理できる機能です。みなし残業制でも36協定の上限は適用されるため、両方の上限を同時に管理したい企業には必須となります。
🔄変形労働時間制・フレックスタイム制への対応
1ヶ月単位の変形労働時間制やフレックスタイム制を併用している企業向けの機能です。みなし残業との組み合わせでは残業計算のロジックが複雑になるため、自社の勤務制度に合った計算方式を選べるかが重要になります。
残業申請・承認ワークフロー
従業員が事前に残業を申請し、上長が承認する仕組みをシステム上で運用できる機能です。みなし残業時間内は申請不要とし、超過時のみ申請を必須にするなど、柔軟なルール設定ができると運用がスムーズになります。
🏢人事労務システムとの連携
SmartHRやジンジャーなどの人事労務システムと従業員情報を双方向連携できる機能です。入退社や異動に伴うみなし残業時間の変更を手動で反映する手間を省きたい企業には必要となります。
🌙勤務間インターバル管理
退勤から翌日出勤までの休息時間(インターバル)を記録・管理する機能です。みなし残業制で長時間労働が常態化しやすい企業では、従業員の健康管理の観点から導入を検討する価値があります。

ほぼ全製品が対応

多様な打刻方法
PC・スマホ・ICカード・生体認証など複数の打刻手段に対応している機能です。みなし残業制でも客観的な労働時間記録は法律上の義務であり、ほぼすべての勤怠管理システムが複数の打刻方法を提供しています。
🏖️有給休暇の自動管理
年次有給休暇の付与・取得・残日数をシステムで自動管理する機能です。年5日の有給取得義務への対応も含め、ほぼすべての製品が標準機能として搭載しています。
📁勤怠データのCSV・Excel出力
集計した勤怠データをCSVやExcel形式でダウンロードできる機能です。給与計算ソフトへの取り込みや社内報告用に使われ、ほぼすべての製品で対応しています。
📜法改正への自動アップデート
労働基準法などの法改正に合わせて、システム側が計算ロジックや画面を自動更新する仕組みです。クラウド型の勤怠管理システムであれば、ほとんどの製品が無料で対応しています。

優先度が低い

📅シフト作成・管理機能
従業員のシフトを作成・共有・調整する機能です。みなし残業制を導入する企業の多くは固定時間勤務の正社員が中心であり、シフト管理の優先度は高くありません。シフト制が主体の職場でなければ重視する必要はないでしょう。
📐工数・プロジェクト管理機能
勤務時間をプロジェクトやタスク単位で振り分けて記録する機能です。みなし残業の管理とは直接関係がないため、プロジェクト型業務が中心でない限り優先度は低くなります。

みなし残業の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

みなし残業対応の勤怠管理システムを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
みなし残業対応の勤怠管理システムの導入で特に押さえておきたいのは「法的要件の正確な理解と設定」と「従業員への制度説明不足」の2点です。法的要件の正確な理解と設定の面では、みなし残業制度は労働基準法に基づく厳格な要件があり、システム設定前に法的要件を正確に理解することが大切です。従業員への制度説明不足については、システム導入時に従業員に対する制度説明が不十分だと、誤解や不信を招くことがあります。このほか「既存システムとの連携課題」「運用ルールの不明確さ」「労働時間管理の形骸化リスク」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

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