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みなし残業対応の勤怠管理システムおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026年03月05日
みなし残業(固定残業代)制度を導入している企業にとって、勤怠管理システムは単なる打刻ツールではありません。超過分の残業時間を正確に算出し、割増賃金を漏れなく給与へ反映するための「リスク管理装置」です。しかし、製品によって超過計算の精度や給与連携の深さ、複数のみなし制度への対応力には大きな差があります。FitGapでは、こうした製品ごとの違いを「勤怠特化型」「給与・労務一体型」「大企業・複雑規則対応型」の3タイプに整理し、要件定義から製品選定までを順を追って解説します。自社の制度に本当に合う一台を見つけてください。

目次

1
タイプ別おすすめ製品
勤怠管理特化・シンプル運用タイプ 🕐
KING OF TIME 勤怠管理
/ Touch On Time
/ ジョブカン勤怠管理
給与計算・労務一体型タイプ 💰
マネーフォワード クラウド勤怠
/ ジンジャー勤怠
/ 楽楽勤怠
大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢
COMPANY 勤怠管理システム
/ TimePro-VG
/ 就業奉行
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
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タイプ別お勧め製品

勤怠管理特化・シンプル運用タイプ 🕐

このタイプが合う企業:

勤怠管理を初めてシステム化する中小企業やスタートアップ。シンプルかつ低コストに、みなし残業の超過時間を正確に把握したい企業に向いています。

どんなタイプか:

みなし残業(固定残業代)の超過分を正しく把握するには、まず日々の労働時間を正確に記録・集計できることが大前提です。このタイプは勤怠管理に機能を絞り込んだ専業型の製品で、打刻から残業時間の自動集計、みなし時間の超過アラートまでをシンプルな画面で完結できます。月額200〜300円/人と低コストで始められる製品が多く、初めて勤怠管理システムを導入する中小企業やスタートアップにとって、FitGapとしても最初に検討いただきたいグループです。

このタイプで重視すべき機能:

みなし残業の超過時間アラート
あらかじめ設定したみなし残業時間に近づいた際、従業員と管理者の双方に自動で通知が届きます。超過分の未払いリスクをリアルタイムで防止できるため、法令違反を未然に防ぐことができます。
📱多様な打刻方法への対応
PC・スマホ・ICカード・生体認証など複数の打刻手段に対応しています。外回りの多い営業職やテレワーク勤務でも正確に打刻でき、みなし労働時間制の対象者の実労働時間も漏れなく記録できます。

おすすめ製品3選

業界最大級の打刻方式に対応し、みなし残業の超過集計やアラートも標準搭載しています。月額300円/人のワンプライスで全機能を利用でき、国内トップクラスのシェアを誇る定番製品です。
独自開発のタイムレコーダーと専属担当による電話サポートが強みです。みなし勤務の出勤・退勤それぞれのみなし設定にも柔軟に対応でき、初期費用無料・月額300円/人で始められます。
シリーズ累計30万社以上の導入実績を持つクラウド勤怠管理の代表格です。必要な機能だけを選んで月額200円~と低コストで導入でき、みなし残業を含む多様な就業ルールに標準対応しています。
KING OF TIME 勤怠管理
Touch On Time
ジョブカン勤怠管理
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
価格
300円
ユーザー/月
無料トライアルあり
価格
0円~
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
メリットと注意点
メリットと注意点
仕様・機能
仕様・機能
仕様・機能

給与計算・労務一体型タイプ 💰

このタイプが合う企業:

勤怠と給与計算を別々のツールで管理しており、データ連携や転記作業に手間を感じている企業。バックオフィス業務をワンストップで効率化したい成長中の中小〜中堅企業に最適です。

どんなタイプか:

みなし残業制で特に手間がかかるのは、超過分の割増賃金計算と給与への正確な反映です。このタイプは勤怠管理と給与計算・人事労務管理が同一プラットフォームに統合されており、みなし残業時間を超えた分の割増賃金が自動で給与データに反映されます。FitGapでは、勤怠だけでなく給与計算や労務手続きまでまとめて効率化したい企業に特におすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

🔗勤怠データと給与計算の自動連携
勤怠で集計されたみなし残業の超過時間が、そのまま給与計算モジュールに連携されます。割増賃金率の適用や超過分の残業代計算が自動化されるため、手入力ミスや未払いのリスクを大幅に削減できます。
📋人事労務手続きの一元管理
入退社手続き・社会保険・年末調整などの労務業務も同じシステム内で処理できます。みなし残業対象者の雇用契約情報と勤怠設定を一元管理することで、制度変更時の設定漏れも防止できます。

おすすめ製品3選

マネーフォワード クラウド給与・人事・社会保険などとシームレスに連携し、みなし残業の超過分を含む勤怠データを給与計算まで一気通貫で処理できます。フレックスや裁量労働制にも対応しています。
人事・労務・給与計算を一つのデータベースで統合管理できる包括型システムです。みなし残業時間の設定と超過管理に対応し、専任カスタマーサクセスによる手厚いサポート体制も高く評価されています。
シンプルな操作画面と労務知識を持つ専任担当者のサポートが特長です。みなし残業制の運用に必要な設定をスムーズに行え、同社の楽楽シリーズとの連携で給与・経費精算までカバーできます。
マネーフォワード クラウド勤怠
ジンジャー勤怠
楽楽勤怠
価格
2,980円
無料トライアルあり
価格
要問合せ
無料トライアルあり
価格
30,000円
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
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中堅企業
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メリットと注意点
メリットと注意点
メリットと注意点
仕様・機能
仕様・機能
仕様・機能

大企業・複雑な就業規則対応タイプ 🏢

このタイプが合う企業:

従業員500名以上の大企業や、複数のみなし労働制度・変形労働時間制が混在する企業。内部統制やコンプライアンスを重視し、就業規則に合わせた柔軟なカスタマイズが必要な組織に適しています。

どんなタイプか:

従業員数が数百〜数千名規模になると、部署ごとに異なるみなし残業時間の設定や、裁量労働制・事業場外みなし労働時間制など複数のみなし制度が混在するケースが珍しくありません。このタイプは、複雑な就業規則や多段階の承認フローにきめ細かく対応できるエンタープライズ向けの製品群です。FitGapとしては、就業制度が複雑化している大企業や、厳密なコンプライアンス管理が求められる企業にこのタイプをおすすめしています。

このタイプで重視すべき機能:

⚙️複数のみなし制度の同時管理
固定残業代制・事業場外みなし労働時間制・裁量労働制など、部門や職種ごとに異なるみなし制度を同一システム内で並行管理できます。それぞれの制度に応じた超過計算ルールも個別に設定可能です。
多段階承認フローと監査ログ
残業申請や勤怠修正の承認を部門長・人事部・役員など複数段階で設定でき、すべての操作履歴が監査ログとして記録されます。内部統制や労基署対応に必要なエビデンスを自動で蓄積できます。

おすすめ製品3選

大企業向け統合人事システムとして国内トップクラスの実績を持ちます。複雑な就業規則やみなし残業制度のパターンにノーカスタマイズで対応でき、数千名規模の運用にも耐える処理性能が強みです。
アマノが長年培ったタイムレコーダー技術を基盤に、大規模組織の複雑な勤務体系をカバーします。みなし残業を含む多様な就業パターンの集計ルールをパラメータ設定で柔軟に構築できます。
OBC(オービックビジネスコンサルタント)が提供する就業管理システムで、奉行シリーズの給与奉行と密接に連携します。複雑なみなし残業ルールにも対応し、中堅〜大企業の厳密な勤怠管理に定評があります。
COMPANY 勤怠管理システム
TimePro-VG
就業奉行
価格
要問合せ
価格
要問合せ
価格
390円
ユーザー/月
無料トライアルあり
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ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
ユーザの企業規模
中小企業
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メリットと注意点
メリットと注意点
メリットと注意点
仕様・機能
仕様・機能
仕様・機能

要件の優先度のチャート:比較すべき機能はどれか

要件の優先度チャートとは?

製品の機能は多岐にわたりますが、選定の結果を左右するのは一部の機能です。 FitGapの要件の優先度チャートは、各機能を"必要とする企業の多さ"と"製品ごとの対応差"で4つに整理し、比較の優先順位をわかりやすく示します。

選定の決め手

⏱️固定残業時間の超過自動計算
従業員ごとに設定したみなし残業時間(例:月20時間)を超えた分の残業時間を自動で差し引き計算してくれる機能です。超過分の割増賃金を正確に算出するために最も重要な要件であり、製品によって対応精度に大きな差があります。
🔔残業超過アラート通知
みなし残業時間に近づいた従業員や、すでに超過した従業員を本人・管理者にリアルタイムで通知する機能です。超過を早期に検知できるかどうかで、未払い残業代リスクの抑止力が大きく変わります。
🔗給与計算ソフトとのデータ連携
みなし残業の超過時間を含む勤怠データを、給与計算ソフトへ自動連携できる機能です。手動での転記が不要になり、計算ミスや未払いリスクを大幅に減らせます。FitGapでは、自社の給与ソフトとの連携可否を最優先で確認することをおすすめしています。
👤従業員別の固定残業時間設定
役職やグレードによって異なるみなし残業時間(例:一般社員20時間、管理職候補30時間)を従業員単位で個別設定できる機能です。一律設定しかできない製品では、複数の雇用条件を持つ企業に対応しきれません。
📊残業時間のリアルタイム集計
月の途中でも、今日時点での残業時間を即座に確認できる機能です。みなし残業制では超過の有無をタイムリーに把握する必要があるため、月末の締め後にしか確認できない製品だと運用上の不安が残ります。
📋複数の残業区分への対応
普通残業・深夜残業・休日残業など区分ごとに集計し、それぞれの割増率を適用できる機能です。みなし残業の対象範囲を「法定外残業のみ」「深夜含む」など柔軟に設定できるかが、正確な超過計算の分かれ目になります。

一部の企業で必須

⚖️36協定の上限管理
みなし残業時間の設定とは別に、36協定で定めた残業上限(月45時間・年360時間等)に対する進捗を管理できる機能です。みなし残業制でも36協定の上限は適用されるため、両方の上限を同時に管理したい企業には必須となります。
🔄変形労働時間制・フレックスタイム制への対応
1ヶ月単位の変形労働時間制やフレックスタイム制を併用している企業向けの機能です。みなし残業との組み合わせでは残業計算のロジックが複雑になるため、自社の勤務制度に合った計算方式を選べるかが重要になります。
残業申請・承認ワークフロー
従業員が事前に残業を申請し、上長が承認する仕組みをシステム上で運用できる機能です。みなし残業時間内は申請不要とし、超過時のみ申請を必須にするなど、柔軟なルール設定ができると運用がスムーズになります。
🏢人事労務システムとの連携
SmartHRやジンジャーなどの人事労務システムと従業員情報を双方向連携できる機能です。入退社や異動に伴うみなし残業時間の変更を手動で反映する手間を省きたい企業には必要となります。
🌙勤務間インターバル管理
退勤から翌日出勤までの休息時間(インターバル)を記録・管理する機能です。みなし残業制で長時間労働が常態化しやすい企業では、従業員の健康管理の観点から導入を検討する価値があります。

ほぼ全製品が対応

多様な打刻方法
PC・スマホ・ICカード・生体認証など複数の打刻手段に対応している機能です。みなし残業制でも客観的な労働時間記録は法律上の義務であり、ほぼすべての勤怠管理システムが複数の打刻方法を提供しています。
🏖️有給休暇の自動管理
年次有給休暇の付与・取得・残日数をシステムで自動管理する機能です。年5日の有給取得義務への対応も含め、ほぼすべての製品が標準機能として搭載しています。
📁勤怠データのCSV・Excel出力
集計した勤怠データをCSVやExcel形式でダウンロードできる機能です。給与計算ソフトへの取り込みや社内報告用に使われ、ほぼすべての製品で対応しています。
📜法改正への自動アップデート
労働基準法などの法改正に合わせて、システム側が計算ロジックや画面を自動更新する仕組みです。クラウド型の勤怠管理システムであれば、ほとんどの製品が無料で対応しています。

優先度が低い

📅シフト作成・管理機能
従業員のシフトを作成・共有・調整する機能です。みなし残業制を導入する企業の多くは固定時間勤務の正社員が中心であり、シフト管理の優先度は高くありません。シフト制が主体の職場でなければ重視する必要はないでしょう。
📐工数・プロジェクト管理機能
勤務時間をプロジェクトやタスク単位で振り分けて記録する機能です。みなし残業の管理とは直接関係がないため、プロジェクト型業務が中心でない限り優先度は低くなります。

みなし残業の勤怠管理システムの選び方

ぴったりの製品が見つかる

かんたんな質問に答えるだけで、あなたの要件が整理され、解消すべき注意点や導入までに必要なステップも分かります。

よくある質問

みなし残業対応の勤怠管理システムを導入する際、どのような点に注意すべきですか?
みなし残業対応の勤怠管理システムの導入で特に押さえておきたいのは「法的要件の正確な理解と設定」と「従業員への制度説明不足」の2点です。法的要件の正確な理解と設定の面では、みなし残業制度は労働基準法に基づく厳格な要件があり、システム設定前に法的要件を正確に理解することが大切です。従業員への制度説明不足については、システム導入時に従業員に対する制度説明が不十分だと、誤解や不信を招くことがあります。このほか「既存システムとの連携課題」「運用ルールの不明確さ」「労働時間管理の形骸化リスク」なども、事前に確認しておくことをおすすめします。

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