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クリニックの会計ソフトおすすめ9選|タイプ別の選び方ガイド

更新:2026/4/17
クリニック向けの会計ソフトは、一般企業向けとは選び方がまったく異なります。最大の理由は「顧問税理士が使っているソフトに合わせる必要がある」という業界特有の事情があるからです。さらに、個人開業か医療法人かで必要な会計基準が変わり、保険診療の入金が約2か月遅れるという資金管理上の課題もあります。つまり、クリニックの会計ソフトは「税理士との連携方法」「開設形態」「日常業務の自動化レベル」という3つの軸で製品タイプが分かれます。本ガイドでは、この3タイプに沿っておすすめ9製品を紹介し、要件の整理から最終選定までを順を追って解説します。
レビュー担当 松浦 大輔
FP技能士2級(AFP)・日商簿記2級を保有し、財務・会計の実務知識を裏付けている。freee等の会計・経費精算システムの業務利用経験を持ち、バックオフィス業務設計の視点から製品を評価している。
FitGapにおけるすべての評価は、公平性を最優先に、客観的なアルゴリズムを用いて計算されています。製品の評価方法は「FitGapの評価メソッド」、シェアデータの算出根拠は「シェアスコアの算出方法」をご覧ください。
企業規模
大企業
中小企業
個人事業主
その他
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会計王
価格
¥44,000
買い切り
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
JDL IBEX会計net
価格
3,610円
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
JDL IBEX会計
価格
3,610円
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
大蔵大臣NX
価格
264,000円
買い切り
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
SuperStream-NX 会計
価格
¥90,000
年額
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
価格
要問合せ
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
SAP S/4HANA Cloud
価格
要問合せ
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
福祉大臣NX
価格
792,000円
買い切り
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
BTrex 連結会計
価格
要問合せ
無料トライアルあり
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
価格
要問合せ
医療・福祉業界でのシェア
ユーザの企業規模
中小企業
中堅企業
大企業
メリットと注意点
仕様・機能
3

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